청구인은 장기간 쟁점주택에 거주하다가 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로 대체주택의 취득이 투기목적을 위한 것이었다고 보기 어려운 점, 변경된 계약에 따라 대체주택에 대한 잔금을 지급한 ..부터 쟁점주택의 소유권이 이전된 ..까지의 기간이 약 28일에 불과하여 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하므로 쟁점주택의 양도는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우로서 장기보유특별공제도 적용되어야 하고, 이와 다른 전제에서 나온 이 건 처분은 위법하여 취소하는 것이 타당한 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2022.8.4. 청구인에게 한 2018년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
(1) 청구인은 임대주택을 제외하고 사실상 1개의 주택을 보유한 것이다. 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제10호 (1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당주택)에 해당하는 주택은 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택으로 중과되지 아니하는데, 청구인의 배우자가 보유한 임대주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목에 해당하는 주택이고, 쟁점주택과 대체주택의 중복 보유기간은 28일에 불과하여 청구인은 임대주택을 제외하고 사실상 1개의 주택을 보유한 것이다.
(2) 대법원 판결에 비추어도 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다. (가) 대법원(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)은 “주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로 거주자에게 투기목적이 없고, 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소유된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 양도소득세를 중과할 수 없다”고 판결하였다. 또한 행정법원(서울행정법원 2021.11.26. 선고 2020구단70819 판결)에서 “1세대 3주택 이상 중과세 규정의 취지는 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고, 부동산 투기를 차단하여 주택가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함이고, 장기임대주택에 대하여 1세대 3주택 중과세 대상에서 배제하고 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민ㆍ중산층의 주거안정을 지원하기 위한 것으로, 이러한 장기임대주택의 소유는 부동산 투기로 보기 어렵고, 오히려 국민주거생활의 안정에 기여한다고 볼 수 있기 때문에 일시적 2주택에 대하여 1세대 1주택 특례를 인정하는 취지는 대체주택의 취득목적이 부동산 투기가 아닌 거주를 위한 것이므로 거주이전의 자유를 실질적으로 보장하려는데 있는바, 이러한 입법취지에 비추어 이 건 임대주택과 주택을 보유하고 있던 원고 세대가 대체주택인 신규주택을 취득한 후 종전주택을 양도하는 경우와 같이 부동산 투기로 보기 어려운 양도에 대해서 다주택자로서 중과세율을 적용하는 것이 타당한지 의문이 있다”고 판결한바 있다. (나) 최근 행정법원 판결(서울행정법원 2022.9.29. 선고 2021구단73167 판결)에서도 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도할 때까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적으로 인정되는 기간으로 보아 일시적 3주택(장기임대주택 1채 및 일시적 주택 2채) 보유자에 대하여 양도소득세를 중과할 수 없다고 판결하였는데, 이는 위 대법원(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결)의 취지를 유지하고 있음을 알 수 있다. (다) 청구인이 쟁점주택을 적지 않은 금액에 양도하였으나, 물가상승률을 감안하면 30년간의 가격상승분이 일시에 나타난 것에 불과하다. 또한 청구인은 쟁점주택 취득시부터 양도시까지 쟁점주택에 실제 28년 10개월 정도 거주하였고, 대체주택 취득일부터 현재까지 대체주택에 실제 거주하고 있으며, 청구인은 이사로 인해 부득이하게 3주택자가 된 것으로 쟁점주택과 대체주택의 중복보유기간은 28일에 불과하여 청구인에게 투기 목적이 없었다는 것은 자명하므로 이와 같은 경우에도 양도소득세를 중과하는 것은 부당하다.
(3) 대체주택을 취득하는 과정에서 매도인의 사정으로 잔금을 약정일보다 미리 지급하게 된 부득한 점이 감안되어야 한다. (가) 청구인은 관리에 어려움이 있었던 단독주택인 쟁점주택을 양도하고, 아파트인 대체주택으로 주거를 이전하기로 결정하였으며, 금전적 여유가 없어 쟁점주택을 양도하고 받은 자금으로 대체주택을 구매하기로 하였다. (나) 당초 2018.6.6. 대체주택 취득 계약시 잔금일은 쟁점주택 잔금일 이후였지만, 이후 대체주택의 매도자가 당시 자녀의 결혼식을 앞두고 있던 상황이라 여유자금이 필요하다며 잔금일을 앞당겨 줄 수 없는지 부탁을 하였고, 서울의 단독주택인 쟁점주택을 정리하고 경기도의 아파트를 매수하는 상황으로 일부 자금의 여유가 있었으므로 매도자의 사정을 감안해줄 수 있었다. 이후 2018.7.16. 잔금일자를 2018.9.13.로 변경하는 계약서를 작성하였고, 변경된 계약서 내용대로 잔금을 치르게 된 것이다. (다) 조세심판원 또한 이와 같이 납세자의 사정을 배려한 결정을 하였는데, 선결정(조심 2021서2603, 2021.10.26.)에서 “대체주택 매도인의 요청에 따라 잔금을 미리 지급하는 과정에서 부득이하게 1세대 3주택이 되었다는 청구주장이 신빙성이 있으므로 실질적으로 3주택을 보유한 것으로 볼 수 없다”고 판단하였고, 또 다른 선결정(조조심 2019인4489, 2020.5.15.)에서도 “대체주택을 취득하는 과정에서 매도인의 사정으로 잔금을 약정일보다 미리 지급하게 됨에 따라 부득이하게 3주택을 보유하게 되었다”는 점을 인용의 판단 근거로 삼았다. 따라서 매도인의 사정으로 잔금을 약정일보다 미리 지급하게 된 부득한 점이 감안되어야 한다.
(1) 실수요 보호와 단기 투기수요억제를 통한 주택시장 안정화 방안에 따른 8.2대책(2017.8.2.) 후속 조치로 2017.12.14. 소득세법이 개정되어 다주택자가 조정대상지역 내에 있는 주택을 2018.4.1. 이후 양도하는 경우 양도소득세를 중과(1세대 2주택자는 기본세율 + 10%p 가산, 1세대 3주택자는 기본세율 + 20%p 가산)하는 제도를 신설하였다.
(2) 1세대 1주택 비과세와 관련한 법령에 따르면 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 같은 법 시행령 제154조의 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득은 비과세소득으로 규정하면서 고가주택은 비과세 양도소득에서 제외하는 것으로 명시하였고, 같은 영 제155조 제1항에서 일시적 2주택이 된 경우 종전주택의 양도에 대하여 1세대 1주택으로 보도록 규정하고 있으나, 이 경우에도 고가주택 부분의 양도소득은 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 따라 비과세 소득이 될 수 없다. 청구인은 장기임대주택과 일시적 2주택 보유자에 대한 비과세 입법취지를 고려하여 고가주택 부분의 양도소득에 대하여 중과세율을 적용할 수 없다고 주장하나, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것이 허용되지 아니하는바, 청구인에게 투기의 목적이 없었다는 이유만으로 현행 법령과 달리 중과세율을 배제할 이유는 없다. (3) 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서 장기임대주택을 제외하고 1개의 일반주택만을 소유하고 있는 경우 해당 일반주택은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있는바, 장기임대주택 외에 일시적 2주택을 보유하고 있는 경우에는 일반주택이 2개이므로 장기임대주택과 2개의 일반주택을 보유한 3주택자에 해당한다. 양도소득세가 중과되는 1세대 2주택자에 해당하는 주택의 범위를 규정한 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 에서 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우 종전주택을 1세대 2주택에 해당하는 주택에 해당하지 않는 것으로 명시하고 있으나, 같은 영 제167조의3에서는 일시적 2주택 소유자의 종전주택을 1세대 3주택에 해당하는 주택에서 제외한다는 특례규정이 없는 점이 명확히 구별된다.
(4) 매도인의 사정으로 잔금을 약정일보다 미리 지급하게 된 부득한 점이 감안되어야 한다는 청구주장은 세무조사 당시부터 과세전적부심사청구를 거쳐 심판청구의 항변에 이르기까지 없었던 새로운 주장이다. 이러한 주장을 통해 청구인도 쟁점주택 양도 전에 대체주택을 취득한 것이 문제가 된다는 것을 정확하게 인지하고 있다는 것이 확인된다. 또한 청구인이 제출한 자료만으로 계약서를 다시 작성한 것인지, 재작성된 것이 맞다 하더라도 당초 잔금시기가 언제였는지, 당초 잔금시기대로 계약이 진행되었다면 1세대 3주택에 해당되지 않았을 것인지 등의 판단을 할 수 있는 정도에 미치지 못한다. 설령 청구인이 주장하는 사실관계가 진실이라 하더라도 청구인의 주장은 인정에 호소하는 것에 불과하고, 당시 법령에 의해 1세대 3주택 중과세 대상임은 명백하다.
(1) 소득세법(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다.
1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (2) 소득세법 시행령(2018.2.13.. 대통령령 제28637호로 일부개정된 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조【1세대 1주택의 특례】① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 영유아보육법 제13조 제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). (단서 생략)
10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다) 제167조의10【양도소득세가 중과되는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
8. 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택을 소유하게 되는 경우의 종전의 주택[다른 주택을 취득한 날부터 3년이 지나지 아니한 경우(3년이 지난 경우로서 제155조 제18항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 포함한다)에 한정한다]
10. 1세대가 제1호부터 제7호까지의 규정에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우 그 해당 주택 (3) 소득세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 일부개정된 것) 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.
13. 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택(2021.2.17. 신설)
(1) 청구인 세대의 주택 보유현황은 <표1>와 같고, 청구인의 배우자 AAA은 임대주택에 대해 2016.10.17. OOO장에 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대사업자등록을 하였고, 2016.10.18. OOO서장에게 임대사업자 등록을 하였다. 청구인 세대가 보유한 아래 임대주택이 소득세법 시행령 제167조의3 제2호 의 장기임대주택에 해당한다는 사실에 대해서는 양측의 다툼이 없다. <표1> 청구인 세대의 주택 보유 현황 ㅇㅇㅇ
(2) 청구인은 쟁점주택의 양도에 대하여 9억원 이하분은 1세대 1주택 비과세를 적용하고, 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 처분청은 쟁점주택의 양도가 조정대상지역 내 3주택 이상의 주택의 양도에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고, 일반세율에 가산세율 20%p를 더한 중과세율을 적용하여 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다. <표2> 양도소득세 신고 및 경정내역 ㅇㅇㅇ
(3) 그 밖에 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 쟁점주택의 취득 및 양도내용은 <표3>과 같고, 등기부등본상 2018.10.11. 소유권이전등기(등기원인: 2018.6.2. 매매)를 한 것으로 나타난다. <표3> 쟁점주택 취득 및 양도 내용 ㅇㅇㅇ (나) 대체주택의 취득 내용은 <표4>와 같고, 2018.9.13. 소유권이전등기(등기원인: 2018.7.16. 매매)를 한 것으로 나타난다. <표4> 대체주택 취득 내용 ㅇㅇㅇ (다) 청구인의 주민등록표상 주소변동이력에 따르면 1988.9.17. 쟁점주택에 전입하였고, 2018.9.13. 대체주택으로 주소지를 이전하여 현재까지 주소지를 두고 있는 것으로 나타난다. (라) 청구인이 이 건 심판청구시 제출한 대체주택의 계약서에 기재된 내용에는 위 <표4>와 같이 계약일은 2018.7.16.로, 계약금은 OOO원으로, 잔금은 2018.9.13. OOO원을 지급하는 것으로 기재되어 있고, 특약사항에 계약금중 OOO원은 계약시 지불, 계약금의 잔금은 2018.6.7. 입금하기로 한다는 내용이 기재되어 있다{<별지1>, 대체주택 취득 계약서(계약일 2018.7.16.)}. (마) 청구인은 이 건 심판청구 과정에서 당초 2018.6.6. 잔금을 2018.10.12.에 지급하기로 하는 계약을 체결하였다가, 매도인이 잔금일을 앞당겨 달라는 부탁을 하여 2018.7.16. 계약서를 재작성한 것이라고 주장하며 아래 자료를 추가 제출하였다.
1. 청구인은 당초 2018.6.6. 작성된 계약서라며 계약서를 제출하였고, 당초 제출된 계약서와 잔금일 및 계약일을 제외하고는 기재된 내용이 동일하다{<별지2>, 대체주택 취득 계약서(계약일 2018.6.6.)}.
2. 청구인은 2018.6.6. 계약시 OOO원을 지급하였고, 2018.6.7. OOO원을 계좌이체하였다며 영수증을 제출하였다. <대체주택 계약금 지급 후 수령한 영수증>
3. 대체주택 매매계약의 중개인인 BBB은 아래와 같은 내용의 확인서를 제출하였다(매도인은 대체주택 매도 이후 부동산 가격의 상승으로 인한 계약에 대한 불만 등을 사유로 확인서 작성을 거절하였다고 소명). <대체주택 매매중개인의 확인서, 2022.10.7.> ㅇㅇㅇ (4) 소득세법 제104조 제7항 의 다주택자가 조정대상지역 내 주택양도시 양도소득세를 중과한다는 규정은 2017.12.19. 공포된 법률 제15225호 부칙에 따라 2018.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용하고 있는데, 개정세법 해설(2018년 국세청 발간)에 따르면 “부동산 투기 억제를 위해 2주택 이상 보유자가 조정대상지역내 주택을 양도하는 경우 기본세율에 10%를 가산한다”고 그 개정취지를 밝히고 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 소득세법 제95조 제2항 및 같은 법 제104조 제7항 제3호에서 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 배제하고, 양도소득세율을 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율에 20%p를 더한 세율을 적용하도록 규정하고 있으며, 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서 “법 제104조 제7항 제3호에서 ‘대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이라 함은 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다”고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 일반 주택을 각각 들고 있다. 청구인은 쟁점주택이 장기보유특별공제 및 일반세율이 적용되는 일시적 2주택(1세대 1주택)에 해당한다고 주장하나, 청구인은 쟁점주택을 양도할 당시 쟁점주택 외에도 임대주택 및 대체주택을 소유하고 있었던 점, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호에서 중과배제주택으로 쟁점주택을 포함하고 있지 아니하는 점, 같은 항 본문에서 ‘장기임대주택’을 주택 수를 계산할 때 산입하지 아니하도록 하는 규정이 없고, 해당 조문상 대체주택의 취득으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 실질적인 주택수를 감안하여 이를 1개의 주택으로 본다는 규정이 없으므로 장기임대주택과 일시적 2주택(양도대상인 쟁점주택과 대체주택)을 소유한 것을 두고 같은 항 제10호에 해당한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어, 쟁점주택의 양도는 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당하여 소득세법 제95조 제2항 및 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제가 적용되지 아니하고, 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다. (나) 다만, 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014.2.27. 선고 2010두27806 판결, 같은 뜻임)할 것이다. 이 건의 경우 청구인은 당초 2018.6.6. 대체주택을 취득하는 계약을 체결하였다가 매도인의 사정으로 2018.7.16. 계약서를 재작성 하였다고 주장하는데, 변경후 계약서는 잔금일 및 계약일을 제외하고는 변경전 계약서와 다른 기재사항이 동일하고, 변경전 계약서상 기재된 계약일에 계약금이 지급된 사실이 확인(2018.6.6. OOO원을 지급하고 다음날 OOO원을 지급)되므로 이후 2018.7.16.자로 계약서가 재작성 되었다는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점(청구인은 당초 매매계약대로 잔금을 지급하였다면 소득세법 시행령 제155조 제20항 에 따라 일시적 2주택자 비과세가 적용되었을 것이어서 위 청구주장 외 다른 사유로 계약을 변경했다고 보기 어려움), 위와 같이 청구인은 2018.6.2. 쟁점주택을 양도하는 계약을 체결하고, 2018.6.6. 대체주택을 취득하는 계약을 체결하였으며, 쟁점주택의 매도대금으로 대체주택의 매수대금을 지급한 후, 대체주택으로 이전하여 현재까지 거주하고 있는 것으로 나타나는 사정 등을 종합하면 청구인은 장기간 쟁점주택에 거주하다가 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로 대체주택의 취득이 투기목적을 위한 것이었다고 보기 어려운 점, 변경된 계약에 따라 대체주택에 대한 잔금을 지급한 2018.9.13.부터 쟁점주택의 소유권이 이전된 2018.10.11.까지의 기간이 약 28일에 불과하여 주택거래의 현실 등을 감안할 때 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다고 보이는 점 등에 비추어 쟁점주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다. (다) 따라서 쟁점주택의 양도는 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되고, 그 중과를 전제로 한 장기보유특별공제의 배제도 되지 않는다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 계약일이 2018.7.16.인 계약서 ㅇㅇㅇ <별지2> 계약일이 2018.6.6.인 계약서 ㅇㅇㅇ
결정 내용은 붙임과 같습니다.