조세심판원 심판청구 종합부동산세

종부세 계산시 공제되는 재산세액 산정이 부당하다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2022-중-7704 선고일 2023.09.21

이 건 과세처분은 관련 규정을 위반한 사정이 없는 것으로 보임

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1969년에 설립하여 전자제품 등의 제조·판매업 등을 영위하고 있는 법인으로, 2016년 및 2017년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 보유하고 있는 과세대상 물건에 대하여 종합부동산세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29524호로 일부개정되기 전의 것, 이하 “이 사건 시행령”이라 한다) 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 규정하는 산식(이하 “이 사건 산식”이라 한다)에 따라 종합부동산세의 세액 계산시 공제되는 재산세액을 계산하여 처분청에 2016.12.13. 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을, 2017.12.12. 2017년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 각각 신고하였다.
  • 나. 이후 청구법인은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액이 과소계산되었다는 사유로 2021.12.14.(2016년 귀속분) 및 2022.5.31.(2017년 귀속분) 처분청에 2016년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원, 2017년 귀속 종합부동산세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 감액경정하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2022.6.21. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 종합부동산세는 재산세와 동일한 부동산에 과세되는 조세로 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세의 문제가 해소되지 않은 채 남아있게 된다. 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 재산세를 부과한 후 이를 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 종합부동산세를 과세함으로써 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산 가격의 안정을 도모하는데 있다고 할 수 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 보유세라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 이중과세의 조정이 필수적이다. 그런데 이 사건 시행령 및 이 사건 산식의 계산방식에 따르면 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율)에 재산세에 적용되는 공정시장가액비율을 곱한 후 여기에 재산세 표준세율을 적용하게 되어 있는바, 이는 과세대상이 중첩되는 부분(공시가격 – 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 부과된 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제하게 되어 이중과세의 불합리를 해소하지 못해 부당하다.

(2) 종합부동산세의 계산에 있어서 공제되는 재산세액의 계산방법을 대통령령에 위임하고 있는데, 이는 공제대상 전부를 공제하도록 하면서 이를 계산하는 방법 등 세부적인 사항만을 위임한 것이지 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 위임한 것은 아니다. 종합부동산세법제9조 제3항 및 제14조 제3항, 제6항(이하 “공제규정”이라 한다)에서 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하고, 같은 법 제9조 제4항 및 제14조 제7항(이하 “위임규정”이라 한다)에서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 공제규정에서는 공제될 재산세액을 산정하는 산식 등 구체적인 계산방법을 규정하지는 않은 채 위임규정을 통해 공제될 세액의 계산에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 위임하고 있는데, 이는 공제대상 전부를 공제하도록 하면서 이를 계산하는 방법 등 기술적이고 세부적인 사항만을 위임한 것이지 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 위임한 것은 아니다. 공제규정에서 해당 과세대상에 재산세로 부과된 세액 전부를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 하므로 법이 ‘전부’ 공제하여야 한다고 명시적으로 규정하지 않았다 하여 ‘일부’ 공제 여부 및 그 범위에 관한 권한을 대통령령에 위임하였다고 볼 수는 없다.

(3) 동일한 납세의무자에게 동일한 과세기준일을 적용한 동일한 과세대상에 대하여 과세하면서 이중과세에 해당함이 분명한데도 불구하고 공제의 범위를 제한하여 이중과세의 일부만을 해소하는 것은 이중과세금지원칙에 반하여 부당하다. 또한 이는 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하고자 하는 모법인 종합부동산세법의 위임범위를 벗어난 것으로서 부당하다. 따라서 공제되는 재산세액을 계산할 때 이 사건 시행령 및 이 사건 산식에 따라 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만을 차감하는 것이 아니라 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액 전액을 차감해야 한다.

  • 나. 처분청 의견 국세기본법제45조의2 제1항 제1호에 따라 경정청구는 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때” 할 수 있는 것이고, 헌법 제107조 제2항에 따르면 시행령이 모법의 위임 범위를 벗어났는지 여부는 대법원에서 판단할 사항인 점, 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부가 아닌 처분의 근거 법령이 헌법 또는 모법에 위반되는지 여부는 조세심판 청구의 불복사유에 해당하지 아니하는 것인 점(조심 2010중1973, 2010.7.29. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어 청구법인이 당초 유효하게 시행 중인 법령에 따라 적법하게 신고하였다가 이 사건 시행령 및 이 사건 산식이 이중과세에 해당하고 모법의 위임 범위를 초과한다는 사유로 제기한 경정청구를 처분청이 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 이 사건 산식에 따라 산정한 것은 부당하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 헌법 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

(2) 종합부동산세법(2018.12.31. 법률 제16109호로 일부개정되기 전의 것) 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 “1세대 1주택자”라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제9조(세율 및 세액) ③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조(과세표준) ① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

③ 제1항 또는 제2항의 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다. 제14조(세율 및 세액) ③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제111조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 종합부동산세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29524호로 일부개정되기 전의 것) 제2조의4(공정시장가액비율) ① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 공정시장가액비율”이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다. 제4조의2(주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산) ① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 “주택분 종합부동산세액”이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조제1항제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 – 6억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제2호 에 따른 공정시장가액비율)] × 지방세법 제111조 제1항 제3호 에 따른 표준세율 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제) ① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 – 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 지방세법제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 × [(법 제13조 제2항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 – 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 지방세법 시행령 제109조 제1호 에 따른 공정시장가액비율] × 지방세법 제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2016년 및 2017년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 보유하고 있는 과세대상 물건에 대하여 2016.12.13.(2016년 귀속분) 및 2017.12.12.(2017년 귀속분) 관할세무서장에게 아래 <표1>과 같이 종합부동산세의 과세표준과 세액을 신고하면서 종합부동산세의 세액 계산시 공제되는 재산세액을 이 사건 시행령 및 이 사건 산식에 따라 계산하였다가, 이후 청구법인은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액이 과소계산되었다는 사유로 2021.12.14.(2016년 귀속분) 및 2022.5.31.(2017년 귀속분) 처분청에 같은 <표1>과 같이 종합부동산세 등을 감액경정하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였다. <표1> 종합부동산세 등 신고 및 경정청구 내역 ㅇㅇㅇ (나) 이에 대하여 처분청은 2022.6.21. 청구법인에게 “당초 법령에 따라 신고한 내용이 적정”하다는 사유로 경정청구를 거부하였다. (다) 대법원은 2015.6.23. 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009.9.23. 기획재정부령 제102호로 일부개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]에서 정한 산식[(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정가액비율 × 재산세 공정가액비율 × 재산세율]에 의해 계산하여 종합부동산세액을 산정⋅부과한 처분과 관련하여, 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식상의 계산방식은 종합부동산세법령에서 정하고 있는 것보다 공제되는 재산세액의 범위를 축소한 것으로 조세법률주의에 위반되고, 이에 근거한 처분 중 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종합부동산세를 부과한 부분은 이중과세에 해당하여 위법하다고 판시(OOO 판결)하였다. (라) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 OOO 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 종합부동산세 시행령제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 다음 <표2>와 같이 개정하였다. <표2> 종합부동산세에 대한 재산세 공제액 산식 개정내용 종 전 개 정

□ 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세 공제액 산식 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 표준세액 전체 재산세 표준세액

□ 공제액 산식 명확화 재산세로 부 과된 세액의 합계액 × {(주택 또는 토지의 공시가격 합계액 - 과세기준금액) × 종부세 공정시장가액비율} × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세 표준세율 전체 재산세 표준세액 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 사건 시행령 조항 및 산식이 종합부동산세법에 반하므로 청구법인에게 부과된 재산세액 전액을 종합부동산세에서 공제하여야 한다고 주장하나, 법률과 명령‧규칙의 위헌‧위법 여부에 대하여는 헌법 제107조 제1항과 제2항 및 헌법재판소법 제2조 등의 규정에 따라 헌법재판소와 대법원이 최종적으로 이를 각각 심사할 권한을 가지는 것으로서, 헌법재판소 또는 대법원이 이 건 처분의 근거 법령인 종합부동산세법령의 규정에 대하여 위헌·위법하다는 결정을 하지 아니한 이상 우리 원은 유효한 종합부동산세법령의 규정에 따라 판단하여야 할 것인 점, 종합부동산세법 공제규정에서 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상에 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하면서 위임규정에서 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고, 이에 따라 이 사건 시행령 제4조의2 제1항, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 이 사건 산식을 규정하여 과세대상 물건에 대하여 재산세로 부과된 세액 중 과세대상 물건에 대한 표준세율 재산세 상당액에서 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 비율 상당의 금액을 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있으며, 청구법인이 당초 종합부동산세를 신고하면서 종합부동산세법령 및 이 사건 산식 등에 따라 과세대상 물건에 대한 종합부동산세 과세표준, 종합부동산세액 및 공제할 재산세액 등을 산정한 데 달리 잘못이 없는 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)