[요지] 청구인 명의로 사업자등록된 aaa을 청구인이 운영‧관리하는 것은 사실상 불가능하였을 것으로 보이는 점, 甲·직원·거래처의 확인서에 의하면 청구인 명의의 사업장의 실사업자가 甲이라고 확인해 주고 있고, 청구인 명의 사업용계좌의 입출금 등 거래내역을 보면 청구인 외 甲이 거래한 내역이 상당부분 확인되어 甲이 사실상 채워드림을 운영한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[요지] 청구인 명의로 사업자등록된 aaa을 청구인이 운영‧관리하는 것은 사실상 불가능하였을 것으로 보이는 점, 甲·직원·거래처의 확인서에 의하면 청구인 명의의 사업장의 실사업자가 甲이라고 확인해 주고 있고, 청구인 명의 사업용계좌의 입출금 등 거래내역을 보면 청구인 외 甲이 거래한 내역이 상당부분 확인되어 甲이 사실상 채워드림을 운영한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2022.2.24. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 일반토지의 양도와 쟁점토지의 양도는 그 성격이 다르므로 자경요건 판단시 쟁점토지의 소유권이전 등기후에도 실제 경작이 있었으므로 그 시기를 자경기간에 포함하여 판단하는 것이 타당하다. (가) 청구인은 쟁점토지를 취득하여 2006년부터 직접 영농에 종사하였으나 2019년 5월 청구인의 의사와 상관없이 쟁점토지가 제2경부고속도로를 건설할 목적으로 한국도로공사에 수용되었다. (나) 부동산 거래라 함은 토지 및 그 정착물의 거래로 통상 계약하고 중도금을 치른 후 잔금을 받고 등기이전을 하는 절차로 진행되나, 이 건의 경우 대규모 국책사업에 토지가 수용되는 것이므로 일반적인 부동산 거래 절차와 달리 토지수용과 지장물 수용으로 나뉘어 보상금 명목으로 거래되었으며, 토지보상금을 받는다는 의미는 지장물 보상이 원만히 이루어진다는 가정하에 협의를 하여 보상받기로 하고, 토지보상금은 신속한 등기이전을 위해 일시불로 지급받았을 뿐이며, 지장물 보상전 까지는 어떠한 제약도 없이 영농이 가능하여 청구인은 2019년 말까지 영농을 지속하였고, 기타 영농작물 및 지장물에 대한 보상은 2020년에 이루어졌다. (다) 이렇듯 대규모 토지수용시 1차 토지보상으로 마무리되는 것이 아니고 지장물 보상까지 모두 끝나야 토지수용절차가 마무리되는 것임에도 처분청은 등기일을 양도일로 보아 쟁점토지 자경기간 8년 요건이 충족되지 않는다고 판단하였다. 토지보상이 되고 등기가 이전되는 시점이 양도소득세 부과기준일이라는 점은 청구인도 인정하나, 토지수용절차가 완료되는 시점인 지장물 보상이 끝나는 시점까지 경작을 할 수 있으므로 쟁점토지의 실 경작기간도 포함하여 판단하는 것이 타당하고 청구인은 2019년 12월 초까지 쟁점토지를 경작하였으므로 청구인은 8년의 자경농지 감면기간 요건을 충족하는 것으로 보아야 한다. (라) 처분청은 청구인이 8년 자경감면기준에 6개월이 부족하다고 보아 양도소득세를 부과하였으나, 청구인의 지인 AAA는 8년 자경기간 요건에서 1년이 부족함에도 양도소득세 1억원이 감면된 사실이 있는바, 이렇듯 일관성 없는 과세로 형평성이 저해되는 결과를 초래해서는 아니되므로 쟁점토지 8년 자경 요건이 6개월 부족한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 취소하는 것이 타당하다.
(2) 청구인은 전업농민으로 쟁점토지를 경작해왔고, 청구인의 명의대여사업장에서 발생한 사업소득의 실질귀속자는 BBB임에도 사업소득발생기간을 쟁점토지 자경기간에서 제외하여 양도소득세를 부과하였으므로 이는 타당하지 아니하다. (가) 청구인은 전업농민으로 청구인의 부친 고 CCC와 함께 OOO일대의 농지에서 쌀농사와 밭농사를 함께 영위하였고, 부친 CCC는 2006년 대장암이 발병하여 1차 수술을 하였고, 이후 2012년 재발하여 2차 수술하였으며, 그 후 여러 부위로 전이되어 2015년에 사망하였다. 청구인은 2006년부터 부친의 병원 뒷바라지를 하면서 혼자서 아래 ＜표1＞과 같이 2만㎡ 이상의 농지를 혼자서 경작했어야 하므로 다른 사업을 영위할 수가 없었고, 이러한 내용은 아래 ＜표2＞와 같이 청구인이 부친 CCC 명의로 OOO에 벼를 납품한 현황을 보더라도 알 수 있다. ＜표1＞ 청구인이 경작한 농지 현황 ㅇㅇㅇ ＜표2＞ OOO의 벼 수매현황 ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 청구인의 명의를 배우자 DDD와 딸 BBB에게 대여하여 사업자 등록을 하였고, DDD와 BBB이 청구인 명의로 사업소득을 신고한 사실을 알고 있었으나, 청구인은 관련 사업내용과 위 사업에서 발생하는 소득에 대하여 전혀 알지 못하고, 사업에 관여하지도 않았으며, 실질적으로 농업에만 전념하였는바, 청구인은 명의대여 사업장의 사업과 실질적으로 아무런 관련이 없다. (다) 설사 배우자 DDD는 청구인과 경제공동체로서 청구인이 실질적으로 사업에 관여하지 않았다 하더라도 같이 사업을 영위한 것으로 볼 수 있다고 할 수 있으나, 딸 BBB이 영위한 사업장의 경우 청구인이 전세보증금 OOO원을 마련해주면서 명의를 대여해준 것이므로 BBB의 사업에서 발생한 사업소득을 청구인의 사업소득으로 보아서는 아니된다. (라) BBB은 OOO이라는 상호의 문구점을 운영하였고, 청구인이 관여하지 아니하였다는 사실은 BBB의 확인서와 거래처 직원의 확인서 등을 보면 알 수 있으며, 청구인 명의로 개설한 사업용계좌는 청구인 명의의 계좌가 필요하다고 하여 개설하여 준 것으로 기왕 개설된 계좌이니 이 계좌를 이용하여 청구인과 배우자 DDD도 가끔 거래를 하였으나 동 계좌는 실질적으로 BBB이 보유하면서 사용하였는바, 아래 ＜표3＞의 계좌 거래내역 분석자료를 보면 BBB이 OOO의 실지사업자임을 알 수 있다. ＜표3＞ OOO 사업용계좌(OOO 351-0350-****-*3) 분석내용 ㅇㅇㅇ (마) 2014.2.21. 신설된조세특례제한법 시행령제66조 제14항의 개정이유를 보면 자경농민에 대한 지원 취지에 맞도록 감면요건을 보완한 것이라고 하였고, 사업소득 OOO원은 농업에 전념할 수 없을 정도의 사업소득을 예시한 규정으로 실질적으로 사업소득이 농민 본인의 사업소득이 아니라면 위 조항을 적용하는 것은 그 취지에 반한다고 볼 수 있는바, 청구인은 전업농민으로서 명의대여사업장의 사업소득이 청구인에게 귀속되지 아니하였으므로 위 조항의 취지에 맞게 자경기간에서 제외한 연도를 자경기간에 포함하여 양도소득세를 산정하는 것이 타당하다.
(3) 처분청의 의견은 아래와 같은 사유로 타당하지 아니하다. (가) 처분청은 당초 청구인이 명의대여하면서 신고한 사실만을 근거로 청구인에 대한 양도소득세 부과처분을 유지하고자 하나, 청구인이 자경농민일 뿐 사업을 영위한 사실이 없다고 주장한 내용에 대하여 어떠한 사실조사도 하지 않았고, 사업용 계좌나 청구인 또는 BBB에 대한 금융거래 확인도 없이 사업소득 OOO원을 초과한 기간을 자경기간에서 제외하였으므로 이는 타당하지 아니하다. (나) 처분청은 실사업자에게 소득금액이 변동되지 않은 상태에서 청구인이 주장하는 자경사실을 인정할 수 없다는 의견이나, 국세기본법제14조에 따르면 과세대상이 되는 소득, 수익 등이 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납부의무자로 하여 세법을 적용하도록 하고 있는바, 처분청은 실지사업자가 달리 있을 개연성이 있다면 세무조사 등 행정력을 동원하여 그 실질을 판단하여 과세하여야 한다. 따라서 BBB이 실제 사업을 운영하였고 당해 사업에서 발생한 소득이 모두 BBB에게 귀속된 사실이 확인되면 처분청은 즉시 BBB에게 소득금액을 귀속시키고 사실관계에 따라 이 건 자경여부를 판단하여야 하나, 처분청은 그 의무를 다하지 않은 상태에서 이 건 처분을 유지하겠다는 의견이므로 이 또한 타당하지 아니하다.
(1) 쟁점토지의 소유권이전 등기완료시를 양도시기로 보아 OOO원 이상의 사업소득이 있는 과세기간을 자경기간에서 제외하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 타당하다. (가) 조세특례제한법 시행령제66조 제14항에 의하면 소득세법제19조 제2항에 따른 사업소득금액 중 농업, 임업 및 같은 법 제45조의2의 부동산 임대업에서 발생하는 소득, 같은 법 시행령 제9조 농가부업소득을 제외하고 남은 사업소득금액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 해당 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외하는 것으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항에는 취득한 때부터 양도할 때까지 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지라고 규정하고 있다. (나) 청구인은 쟁점토지 취득일인 2006.5.24.부터 양도일인 2019.5.16.까지 재촌 및 자경을 하였다고 주장하나, 청구인이 쟁점토지 보유기간 동안에 신고한 사업소득금액이 OOO원 미만인 기간은 7년 6개월로 확인되고, 쟁점토지가 수용된 이후 실제 경작한 기간도 자경기간에 포함하여야 한다고 주장하나, 소득세법제98조 및 소득세법 시행령162조 제1항 제7호는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날이 양도시기가 됨을 명확하게 규정하고 있으므로 쟁점토지의 자경기간은 양도일인 2019.5.16.을 기준으로 판단하여야 한다. (다) 조세특례제한법제69조 제1항은 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령제66조 제1항 및 제4항, 제5항은 농지 소재지 및 토지에 대해 규정하고 있는바, 청구인은 OOO시에 주소를 두고 있으며, 쟁점토지는 농림지역에 소재하고 양도일 당시 농지로서 위 요건들을 충족하나 보유기간 중 7년 6개월만 소득금액이 OOO원 미만으로 확인되므로 청구인은 조세특례제한법 시행령제66조 제14항에 따라 자경기간이 8년 미만에 해당하고, 양도일 이후에 실제 자경을 하였다하더라도 조세특례제한법 시행령제66조 제4항에 따라 양도일까지의 자경기간으로 판단하는 것이 타당하다. (라) 또한 각각의 납세자가 동일한 감면을 신청한다 하더라도 농지의 소재지, 취득시기, 보유기간, 소득요건, 거주요건 및 자경요건 등이 모두 다르고, 처분청이 청구인이 제시한 지인의 사례를 검토한바 청구인의 지인은 자경기간 부족이 아닌 다른 사유로 검토되었음이 확인되었다.
(2) 청구인은 사실상 부친과 함께 농업에 전념한 전업농민이고 청구인의 사업소득은 명의대여 사업장에서 발생한 소득일 뿐이라고 주장하나, 국세기본법제14조는 과세대상이 되는 소득, 수익 등이 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납부의무자로 하여 세법을 적용하도록 하고 있고, 청구인이 명의대여한 사업장의 실자업자에게 소득금액이 변동되지 않은 상태에서 청구인의 자경사실만을 인정하기는 어려우며, BBB에게 명의를 대여한 사업장의 경우 2010년 5월에 개업하여 2017년 3월 폐업시까지 원천세 신고 및 급여지급명세서 등이 매년 정기적으로 신고되어 왔고, 위 사업체의 사업기간 동안 사업소득을 합산하여 매년 종합소득세를 신고하였던 점 등을 볼 때 청구인이 사업장에 관여하지 않고 단순히 명의를 대여하였다는 주장은 인정하기 어렵다고 판단된다.
3. 심리 및 판단
① 8년 자경요건 판단시 토지수용절차를 감안하여 소유권 이전시가 아닌 실제 영농에 종사한 기간까지 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
② 자경기간에서 제외된 기간 중의 사업소득은 청구인이 명의대여한 사업장에서 발생한 소득이므로 해당 기간도 자경기간에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
(2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
(3) 소득세법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날
4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 건축법 제22조 제2항에 따른 사용승인서 교부일. 다만, 사용승인서 교부일 전에 사실상 사용하거나 같은 조 제3항 제2호에 따른 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.
5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날
6. 민법 제245조 제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 당해부동산의 점유를 개시한 날
7. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.
(4) 조세특례제한법(2019.4.30. 법률 제16413호로 일부개정된 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. 제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다.
② 제1항에 따라 양도하거나 취득하는 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령으로 정하는 토지의 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따라 양도소득세의 감면을 적용받은 거주자가 대통령령으로 정하는 사유가 발생하여 제1항에서 정하는 요건을 충족하지 못하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 감면받은 양도소득세를 납부하여야 한다.
⑤ 제1항에 따라 감면받은 양도소득세를 제4항에 따라 납부하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한다.
(5) 조세특례제한법 시행령(2019.4.2. 대통령령 제29677호로 일부개정된 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{지방자치법 제3조제4항에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.
⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 소득세법 제19조 제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다. 제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.
⑥ 제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다.
(1) 청구인 및 쟁점토지 현황 및 수용내용 등은 아래와 같다. (가) 청구인의 주민등록등본에 의하면 청구인과 배우자 DDD는 1986년 OOO로 전입하여 현재까지 거주하고 있고, 2007.1.23. 이후 OOO에서 거주하고 있는 것으로 나타난다. (나) 쟁점토지 등기사항전부증명서에 의하면 OOO 토지(답, 1,577㎡ 중 공유자 지분 477분의 463), OOO 토지(전, 1,041㎡), OOO 토지(답, 1,980㎡) 모두 2019.5.14. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 2019.5.16. 등기접수되어 국토교통부에 소유권이전된 것으로 나타난다. (다) 2019.6.4. 한국도로공사 사장이 발급한 쟁점토지 수용(협의매수) 확인서에 의하면 청구인은 2019.5.27. 쟁점토지 보상금으로 합계 OOO원을 수령한 것으로 나타난다. (라) 지장물에 대한 보상 재결서에 의하면 2021.8.5. 한국도로공사는 쟁점토지의 지장물에 대하여 중앙토지수용위원회에 수용재결을 신청하였고, 중앙토지수용위원회는 손실보상금 OOO원, 수용개시일은 2021.9.29.로 한다고 기재되어 있으며, 지장물 보상금 내역에 의하면 OOO 토지의 관정(2식), 조선소나무 50주, 뽕나무 25주, 매실나무, 복숭아나무, 산수유 17주, 목책 100m, 배수로공사가 기재되어 있고, OOO 토지는 개발행위허가비용이 기재되어 있다. (마) 청구인과 배우자 DDD의 사업자등록 내역은 아래 ＜표4＞와 같고, 청구인은 2011.2.28. 최초로 농업경영체 등록을 하였으며, 최종 변경일자는 2016.11.7.로 나타나는바, 경영주 외 농업인 성명은 DDD, 농지소재지는 OOO, 공부면적은 1,980㎡, 재배품목은 콩과 건고추로 기재되어 있고, 추가 필지내역에 OOO, 공부면적은 1,041㎡, 재배품목은 콩과 건고추로 기재되어 있으며, 위 기재 모두 자경으로 하여 농업경영체 등록한 것으로 나타난다. ＜표4＞ 청구인과 배우자 DDD의 사업자등록 내역 ㅇㅇㅇ (바) 청구인은 2011.2.28. 최초로 농업경영체 등록을 하였고, 최종 변경일자는 2016.11.7.로 나타나며, 경영주 외 농업인 성명은 DDD, 농지소재지는 OOO, 공부면적은 1,980㎡, 재배품목은 콩과 건고추로 기재되어 있고, 추가 필지내역에 OOO, 공부면적은 1,041㎡, 재배품목은 콩과 건고추로 기재되어 있는바, 위 기재 모두 자경으로 하여 농업경영체등록한 것으로 나타난다.
(2) 청구인의 종합소득신고내역 및 DDD와 BBB의 급여신고내역, 처분청의 이 건 양도소득세 경정내역은 아래와 같다. (가) 청구인의 종합소득세 신고내역은 아래 ＜표5＞와 같고, 쟁점토지를 취득한 2006.5.24. 이후 청구인의 연간소득금액이 OOO원 미만인 과세기간은 약 7년 6개월로 나타난다. ＜표5＞ 청구인의 종합소득세 신고내역 ㅇㅇㅇ (나) 청구인의 배우자 DDD와 자녀 BBB은 청구인 명의 사업장으로부터 급여를 수령한 것으로 나타나며, 연도별 수령액은 아래 ＜표6＞과 같고, 청구인은 ＜표6＞의 BBB 급여소득뿐만 아니라 ＜표5＞의 OOO 사업소득도 모두 BBB에게 귀속되었다고 주장한다. ＜표6＞ DDD와 BBB의 급여신고내역 ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 청구인이 쟁점토지 양도 후 2년 내 새로운 농지를 취득하지 않아 대토에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하지 못하였다고 보아 이를 부인하면서 쟁점토지의 양도소득이 조세특례제한법제77조 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면(10%)을 적용하여 아래 ＜표7＞과 같이 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. ＜표7＞ 쟁점토지 양도소득세 경정내역 ㅇㅇㅇ
(3) 청구인이 쟁점토지를 자경하였다는 증빙으로 제시한 자료는 아래와 같다. (가) 부친 CCC의 2006년부터 2015년 사망당시까지 병원 진료일수 내역을 정리한 내역은 아래 ＜표8＞과 같다. ＜표8＞ 부친 CCC 병원진료 내역 ㅇㅇㅇ (나) 2023.7.18. OOO이 발행한 매입내역조회자료에 의하면, OOO은 매입거래처 CCC로부터 2006.10.11.부터 2012.10.9.까지 벼(논벼, 추청)을 매입한 것으로 나타난다. (다) OOO의 거래자별 매출상세내역서에 의하면 청구인은 조합원으로 2012.2.18.부터 2019.6.25.까지 비료, 농약, 자재 등 총 27회, 구입한 것으로 기재되어 있고, 2016년도 면세유류관리대장에 의하면 청구인은 2008.12.3. 구입한 농산물건조기와 그 외 경운기, 트랙터 등 7개의 농기계를 보유하고 있으며, 면세유류로 실내등유 400ℓ, 경유 500ℓ를 사용한것으로 기재되어 있다. (라) 청구인 명의 사업용 계좌(OOO 351-0350-****-*3)의 거래자별 입출금 내역은 아래 ＜표9＞와 같고, 2011년부터 2017년까지 거래회수는 청구인 245회, BBB 130회로 나타난다. ＜표9＞ 청구인 명의 사업용계좌 입출금 정리내역 ㅇㅇㅇ (마) 2023.7.18. BBB의 확인서에 의하면 사업자등록시 청구인과 동행하여 임대인을 만나서 임대차계약을 하였고, 청구인과 사업용계좌를 개설하고 공인인증서와 계좌에 연결된 카드를 발급받을 때만 청구인이 동행하였으며, 그 이후에는 BBB이 직접 사업을 경영하고 매월 수익을 직접 관리․처분(임차료, 종업원 급여, 차량비, 식대 등 경비처리후 나머지 금액 직접 처분 및 사용)하였고, 급여로 매월 OOO원을 원천징수 신고하였으나 이는 사업장의 경비로 처리하기 위하여 3년간 일부러 정기적으로 출금한 것이며, 사업용계좌의 출금액은 BBB의 수익이라고 기재하고 서명하였다. (바) OOO의 종업원 FFF의 2023년 7월 확인서에 의하면 BBB이 실사업자이고, 본사와 모든 업무를 진행하여 오다가 임신으로 인하여 영업을 종료하였다고 기재되어 있으며, OOO의 본사대표 ㈜AAA EEE의 2023년 7월 확인서에 의하면 OOO의 실제 운영자가 BBB이었고, 청구인이 대리점계약을 체결하였으나 BBB이 본사와 모든 업무를 진행하여 왔다고 기재하고 날인하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도는 토지수용에 의한 것으로 그 특수성을 감안해야 하고 토지소유권등기이전 이후에도 계속 쟁점토지를 경작하여 농작물을 수확하였으므로 해당연도는 자경기간으로 인정하는 것이 타당하다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제66조 제14항에 의하면 소득세법제19조 제2항에 따른 사업소득금액 중 농업, 임업 및 같은 법 제45조의2의 부동산 임대업에서 발생하는 소득, 같은 법 시행령 제9조 농가부업소득을 제외하고 남은 사업소득금액이 OOO원 이상인 과세기간이 있는 경우 해당 기간은 거주자가 경작한 기간에서 제외하는 것으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령제66조 제4항에는 취득한 때부터 양도할 때까지 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지라고 규정하고 있으며, 소득세법제98조 및 소득세법 시행령162조 제1항 제7호는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날을 양도일로 규정하고 있는바, 쟁점토지는 2019.5.16. 국토교통부에 소유권이전된 것으로 나타나고, 청구인은 2019.5.27. 쟁점토지 보상금으로 OOO원을 수령한 것으로 나타나므로 쟁점토지의 자경기간은 양도일인 2019.5.16.을 기준으로 판단하여야 하므로 쟁점토지가 소유권이전된 이후에도 청구인이 쟁점토지를 경작하였다 하더라도 이를 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 명의대여한 사업장의 실자업자에게 소득금액이 변동되지 않은 상태에서 청구인의 자경기간을 추가로 인정하기 어렵고, 청구인이 해당 사업장의 업무에 관여하지 않고 단순히 명의대여를 하였다는 주장을 받아들이기 어렵다는 의견이나, 청구인은 2011.2.28. 최초로 농업경영체 등록을 하였는바, 그 이전인 2008.12.3. 부터 농산물건조기, 경운기, 트랙터 등 7개의 농기계를 보유한 것으로 나타나고, OOO이 발행한 거래자별 매출 상세내역서에 의하면 청구인은 조합원으로 2012.2.18.부터 2019.6.25.까지 비료, 농약, 자재 등을 구입한 것으로 나타나는 점, 청구인의 부친 CCC는 2006년부터 대장암이 발병하였고, 1ㆍ2차수술 후 전이되어 2015년 사망한 것으로 나타나므로 청구인이 CCC의 농지를 함께 경작해야 했던 상황이 추정되는바, 청구인 명의로 사업자등록된 OOO을 청구인이 운영․관리하는 것은 사실상 불가능하였을 것으로 보이는 점, 2023.7.18.자 BBB의 확인서, 직원 FFF 및 OOO의 본사대표 EEE의 확인서에 의하면 청구인 명의의 사업장의 실사업자가 BBB이라고 확인해 주고 있고, 청구인 명의 사업용계좌의 입출금 등 거래내역을 보면 청구인 외 BBB이 거래한 내역이 상당부분 확인되어 BBB이 사실상 OOO을 운영한 것으로 보이는 점, 청구인이 OOO의 실지사업자가 아니라는 주장에 대하여 처분청은 이를 별도로 확인하지 아니한 채 사업소득이 모두 청구인에게 귀속된다고 보아 쟁점토지의 자경기간을 산정하였는바, 적어도 자경기간에서 제외된 2013년도의 사업소득의 경우 OOO원으로 소득기준 OOO원에서 OOO원이 초과되었으나 2013년 OOO의 사업용 계좌 거래내역 중 BBB의 입출금내역이 가장 많은 것으로 나타나고, 앞서 제시한 바와 같이 청구인이 2006년부터 농업에 전념했을 것으로 보이는 사정을 보태어보면 동 기간 OOO의 사업소득(OOO원) 모두가 청구인에게 귀속된다고 보기 어려워 2013년도는 자경기간에 포함되는 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청은 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 8년 자경감면요건을 충족한 것으로 보아 이 건 처분을 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.