소득법§95②의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 소득법§95② 단서의 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우 장기보유특별공제의 대상은 같은 항 괄호 규정에 따라 관리처분계획인가 전의 쟁점아파트 양도차익에 한정되는 것이지 그 단서에 따라 〔표2〕의 공제율이 적용된다고 하여 장기보유특별공제의 대상이 쟁점조합원입주권 양도차익전부에까지 확대되는 것은 아닌 점, 처분청은 같은 취지로 쟁점아파트와 쟁점조합원입주권의 양도차익을 구분한 후 쟁점아파트의 양도차익에 대하여 쟁점아파트 취득일부터 관리처분계획인가일까지 그 보유기간으로 보아 소득법§95② 단서에 따라 〔표2〕의 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 산정한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 하겠음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 소득세법제95조 제2항 본문은 괄호로 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제액은 관리처분계획 인가 전 토지분 및 건물분의 양도차익에 한정하여 동 양도차익에 [표1]에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 산정하는 것으로 정하고 있으나, 단서 규정에서는 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 [표2]에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여” 산정하는 것으로 정하고 있다.
(2) 쟁점조합원입주권은 소득세법제89조 제1항 제4호 등에 따라 1세대 1주택에 해당하는 자산에 해당하므로 양도일 당시에도 주택으로 의제되어야 마땅한 것이고(실제 쟁점아파트는 양도일 당시 철거되지도 아니함) 같은 조 제4항은 “제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자신의 취득일부터 양도일까지로 한다.”고 명확하게 규정하고 있는바, 청구인이 당초 신고한 것과 같이 쟁점아파트 및 쟁점조합원입주권을 보유한 전체기간을 보유기간으로 하고, 동 양도차익 전체에 대해 장기보유특별공제액을 산정하여 이 건 양도소득세를 계산하는 것이 타당하다.
(3) 처분청 의견은 소득세법제95조 제2항 본문이 적용되어야 한다는 것으로 동 의견이 타당하다면 쟁점아파트 및 쟁점조합원입주권 양도차익에 관하여 소득세법제95조 제2항 본문 규정에 따라 [표1]의 공제율이 적용되어야 한다고 보는 것이 일관성이 있음에도 처분청은 동 본문 규정을 처분의 이유로 보면서도 [표2]의 공제율을 적용하여 이 건 과세처분을 하였는바, 모순되는 결정을 한 것이나 마찬가지이다.
(1) OOO 재건축정비사업의 진행경과는 아래 <표1>과 같다. <표1> OOO 재건축정비사업 진행경과 ◯◯◯
(2) 쟁점아파트에 대한 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 쟁점아파트를 2001.4.2. 취득하였다가 관리처분계획인가일(2017.11.13.) 이후인 2018.2.7. 이를 OOO원에 양도하였고, 쟁점아파트는 OOO이 진행됨에 따라 2021.5.18. 멸실된 것으로 나타난다.
(3) 2013.1.1. 법률 제11611호로 개정된 소득세법제95조 제2항은 조합원입주권을 장기보유특별공제 적용대상에 추가하면서 조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 주택분의 양도차익에 한정하여 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 규정하고 있는바, 동 개정사항에 관한 기획재정부 2012 간추린 개정세법의 주요 내용은 아래와 같다. ◯◯◯
(4) 청구인은 쟁점조합원입주권의 보유기간은 2001.4.2.부터 2018.2.7.로 보아 장기보유특별공제액을 산정하여 양도소득세를 예정신고하였고, 처분청은 쟁점아파트의 양도차익과 쟁점조합원의 양도차익을 분리한 후 쟁점아파트의 보유기간을 2001.4.2.부터 2017.11.13.로 보아 장기보유특별공제액을 산정하였는바, 처분청 결의서 및 양도차익 구분계산 내역은 아래 <표2>, <표3>과 같다. <표2> 처분청 결의서 주요 내역 ◯◯◯ <표3> 각 양도차익 구분계산 내역 ◯◯◯
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 소득세법제95조 제2항 단서에 따라 쟁점아파트 및 쟁점조합원입주권 양도차익 전부에 대해 소득세법제95조 제2항 [표2]의 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법제95조 제2항의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 소득세법제95조 제2항 단서의 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우 장기보유특별공제의 대상은 같은 항 괄호 규정에 따라 관리처분계획인가 전의 쟁점아파트 양도차익에 한정되는 것이지 그 단서에 따라 [표2]의 공제율이 적용된다고 하여 장기보유특별공제의 대상이 쟁점조합원입주권 양도차익 전부에까지 확대되는 것은 아닌 점(대법원 2017.10.26. 선고 2017두52504 판결, 같은 뜻임), 처분청은 같은 취지로 쟁점아파트와 쟁점조합원입주권의 양도차익을 구분한 후 쟁점아파트의 양도차익에 대하여 쟁점아파트 취득일부터 관리처분계획인가일까지를 그 보유기간으로 보아 소득세법제95조 제2항 단서에 따라 [표2]의 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 산정한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구인이 장기보유특별공제액을 과다하게 적용하였다고 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 소득세법(2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것) 제89조【비과세 양도소득】① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 제2항에 따른 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호 가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[같은 법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 소규모재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 [표1]에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 [표2]에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. [표2] 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 24 4년 이상 5년 미만 100분의 32 5년 이상 6년 미만 100분의 40 6년 이상 7년 미만 100분의 48 7년 이상 8년 미만 100분의 56 8년 이상 9년 미만 100분의 64 9년 이상 10년 미만 100분의 72 10년 이상 100분의 80
③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.
⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대1주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제155조【1세대1주택의 특례】⑰ 법 제89조 제1항 제4호 각 목 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 경우”란 조합원입주권의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 9억원을 초과하는 경우를 말한다. 제156조【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 “가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다. 제159조의3【장기보유특별공제】법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다. 제160조【고가주택에 대한 양도차익등의 계산】① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × 양도가액 - 9억원 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × 양도가액 - 9억원 양도가액
결정 내용은 붙임과 같습니다.