분할된 쟁점토지를 과세연도를 달리하여 동일인에게 매매한 거래에 대하여 실질과세원칙을 적용하여 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1999.1.8. OOO 전 2,919㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매매를 원인으로 취득하여 보유하다가 2020.9.11. OOO 전 1,917㎡(이하 “쟁점토지a”라 한다)와 OOO 전 1,002㎡(이하 “쟁점토지b”라 한다)로 분할․등기한 후, AAA 및 BBB(부부로서, 이하 “매수인측”이라 한다)에게 2020.10.29. 쟁점토지a를, 2021.1.28. 쟁점토지b를 각 양도하고 조세특례제한법 제133조 제1항 제1호 에 따라 귀속 연도별로 자경농지에 대한 공제한도 1억원을 각 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였으며, 2021년 귀속 양도소득세는 세액없음으로 하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 2021.9.3.∼2021.11.2. 쟁점토지의 양도에 대해 세무조사를 실시한 결과 쟁점토지a 및 쟁점토지b의 각 양도거래를 하나의 거래로 보아 2022.1.12. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.2.14. 이의신청을 거쳐 2022.7.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 일괄 매각하기를 원하였으나 매수인측이 자경하기에 쟁점토지의 면적(883평, 2,919㎡)이 너무 넓어 300평(991.72㎡)을 남기고 583평(1927.28㎡)을 분할하여 매각할 것을 제안하였고 청구인도 이에 동의하여 쟁점토지 중 1,927.28㎡를 분할하여 매매하기로 하는 내용의 토지매매계약서를 2020.7.26. 작성하였다. 그 후 공인중개사가 300평 미만의 농지는 농지원부를 만들 수 없으므로 제3자에게 매각하는데 지장을 초래할 수 있다는 문제를 제기하여 청구인과 매수인측은 위 토지매매계약서를 즉시 폐기한 후 같은 날 1,002㎡(쟁점토지b)를 제외한 1,917㎡(쟁점토지a)에 대하여 매매하기로 하는 토지매매계약서를 다시 작성하였다. 그 후 청구인은 2020.7.26. DDD(OOO 대표)에게 토지분할 허가신청 대행용역을 의뢰하였고 청구인과 매수인측이 그 비용(OOO원)을 각 부담하기로 합의함에 따라 청구인은 2020.7.28. 매수인측으로부터 용역수수료 일부금액인 OOO원을 계좌이체 받았다. 분할하기로 한 나머지 토지인 쟁점토지b가 2020.8.1. 부동산중개업소에 매물로 나온 상태에서 매수인측은 처음 계약 시에는 쟁점토지 전체를 매입할 의사가 없다고 하였으나 마음이 바뀌어 쟁점토지b를 추가로 매입할 의사가 있다고 하면서 제3자에게 매각될 것을 염려하여 가계약금조로 OOO원을 청구인 계좌로 입금한 후 2020.8.20. 쟁점토지b에 대한 매매계약서를 작성하게 되었고, 농사가 봄철(3월 이후)에 시작되므로 농지의 소유권 이전을 빨리할 필요가 없다는 매수인측의 요청으로 잔금지급일을 2021.1.28.로 정하게 된 것이다. 이렇듯 쟁점토지를 분리하여 매매한 것은 사적계약자유의 원칙에 의해 매매 당사자 간 자유로운 의사에 따라 합의하여 결정된 것으로 아무런 법적 하자가 없을 뿐만 아니라 쟁점토지a와 쟁점토지b의 잔금지급일이 반드시 같아야 할 근거도 없다. 처분청은 국세기본법 제14조 제3항 의 규정을 적용함에 있어서 거래 당시의 정황이나 사회통념, 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 함에도 불구하고 이를 종합적으로 고려하지 않고 판단하는 등 위법한 잘못이 있다. 즉, 쟁점토지를 분할하여 매각하게 된 경위와 부동산 거래 관련 법령 등을 종합적으로 고려해 보면, 청구인이 세법의 혜택을 부당하게 받기 위하여 하나의 거래를 2회로 분할하여 거래하는 방법으로 소유권이전등기를 한 것이 아니라 매수인측의 사정으로 불가피하게 쟁점토지를 분할하여 거래할 수밖에 없었고, 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조 제1항 의 “매매계약 체결일로부터 30일 이내에 그 권리의 대상인 부동산등의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 공동으로 신고하여야 한다”는 규정 등에 따라 관련 법령을 위반하지 않기 위하여 쟁점토지a와 쟁점토지b를 구분하여 각각 신고할 수밖에 없었다. 한편, 처분청은 매수인측이 2020.9.17. 쟁점토지a와 쟁점토지b 전체에 대한 농지취득자격을 이미 취득하였고, 쟁점토지a의 잔금일인 2020.10.29. 쟁점토지 전체의 매매대금을 지급할 수 있을 정도의 금액을 자신들의 계좌에 보유하고 있던 상태였으며, 취득 후 공부상 분할된 농지를 별도로 구분하여 사용하는 것이 아니고 토지 이용시기도 다르게 하여 취득하여야 할 특별한 사정을 찾기 어렵다는 의견이나, 농지취득자격은 농지법 제8조 에 따라 소유권이전등기 잔금일 이전까지 발급받으면 되는 것인바, 쟁점토지a의 잔금일은 2020.10.29.이고 쟁점토지b의 잔금일은 2021.1.28.이므로 농지취득자격 취득일이 2020.9.17.인 것은 매우 정상적인 것이고, 쟁점토지 취득 후 공부상 분할된 쟁점토지를 반드시 구분하여 사용하여야 하는 것은 아니며 분할된 토지를 구분하여 사용할지 여부는 농지 소유자가 필요에 따라 선택하여 결정할 사항이고 농사는 농사철이 되어야 시작하는 것이므로 쟁점토지a와 쟁점토지b의 이용시기는 같을 수밖에 없는 것이며, 매수인측은 자금사정 때문이 아니라 농지의 규모라 너무 커서 쟁점토지 전체 면적을 자경하기에는 부담스러워 토지를 분할하여 당초 쟁점토지a만 매입하기로 한 것이기 때문에 쟁점토지a의 잔금지급일인 2020.10.29. 매수인측의 잔금 지급능력은 쟁점토지의 분할매매와 관련성이 없는 것이다. 따라서, 처분청이 분할된 쟁점토지를 과세연도를 달리하여 매매한 거래에 대하여 실질과세원칙을 적용하여 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법ㆍ부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지a 및 쟁점토지b의 양도거래가 독립된 거래라고 주장하면서 최초 면적을 잘못 기재한 계약서 및 분할 관련 경비지출내역 등을 제시하고 있고 이왕에 작성된 계약서대로 거래를 진행한 것일 뿐이므로 추가계약으로 인하여 전체 토지를 매매하였다고 하더라도 이를 하나로 묶어 잔금일자를 통일시키는 계약서를 다시 작성해야 할 이유가 없다며 쌍방합의에 의하여 잔금일자를 달리한 이들의 거래는 성격이 서로 다른 독립된 계약으로 토지분할 목적이 조세감면을 부당하게 받기 위함이 아니라고 주장하나, 청구인이 제시한 자료만으로 두 번의 계약과 토지분할의 목적 및 그 의도 등을 진실이라고 단정지을 수 없으며, 쟁점토지에 대한 최초 계약 시(2020.7.26.) 일부 면적(쟁점토지a)만이 계약되었다고 하더라도 청구인은 2020.8.1. 잔여 면적(쟁점토지b)에 대한 계약금을 지급받으면서 이날 쟁점토지 전체 면적에 대한 구매의사를 서로 확인한 점을 보면 이는 경제적 실질로 보았을 때 동일한 매수인측에게 분할(2020.9.11. 분할등기)되기 전에 한 필지의 토지를 매도하는 하나의 거래로 보아야 할 것이며, 일부 면적을 계약한 후 분할하여 연도를 달리하여 소유권이전 등기를 별도로 한 것은 조세감면 목적 때문에 의도적으로 두 개의 거래로 나눈 것으로 보이는 점, 매수인측은 2020.9.17. 쟁점토지 전체 지분에 대한 농지취득자격을 이미 득하였고 쟁점토지a의 잔금일인 2020.10.29. 매매대금 전체를 지급할 수 있을 정도의 금액을 계좌에 보유하고 있던 상태였으며 취득 후 공부상 분할된 농지를 별도로 구분하여 사용하는 것이 아니고 토지 이용시기도 다르지 않는 등 쟁점토지a와 쟁점토지b의 소유권등기 이전 시기를 다르게 하여야 할 특별한 사정을 찾기 어려운 점, 동일한 매수인측이 전체 면적을 매수하기로 결정한 이상 청구인은 세금감면 목적 이외에 양도과정에서 분할된 토지의 잔금일을 달리하여 양도하여야 할 이유가 없는 점 등을 감안하여 볼 때, 이 건은 실질과세의 원칙을 적용하여 하나의 거래로 보는 것이 타당하다. 따라서, 쟁점토지를 동일한 매수인측에게 양도하는 상황에서 분할하여 양도하는 조건이 계약의 내용에 있다 하여도 양도과정에서 분할된 2개 토지의 잔금을 달리하여야 할 이유를 찾기 어려우므로 이는 하나의 거래를 형식상 2개의 거래로 나눈 것에 불과하다고 봄이 상당하므로 쟁점토지a 및 쟁점토지b의 각 양도거래를 하나의 거래로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 분할된 쟁점토지를 과세연도를 달리하여 동일인에게 매매한 거래에 대하여 실질과세원칙을 적용하여 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조 (실질과세) ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

(3) 조세특례제한법(2021.3.16. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1999.1.8. 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득하여 보유하다가 2020.7.26. 및 2020.8.20. 매수인측에게 쟁점토지a와 쟁점토지b를 양도하기로 하는 매매계약을 각 체결하고 쟁점토지a에 대하여는 2020.10.29., 쟁점토지b에 대하여는 2021.1.29. 각 잔금을 수령하여 양도한 후 아래와 같이 2020년 및 2021년 귀속분 양도소득세에 대하여 조세특례제한법 제133조 제1호 의 양도소득세 감면한도(과세기간별로 1억원)를 각 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다. ㅇㅇㅇ (나) 처분청은 쟁점토지a 및 쟁점토지b의 각 양도거래를 하나의 거래로 보아 아래와 같이 2021년 귀속 양도소득세를 경정ㆍ고지하였다. ㅇㅇㅇ (다) 쟁점토지a와 쟁점토지b에 대한 매매계약서 상 기재된 계약금, 중도금, 잔금지급일은 아래와 같다. ㅇㅇ (라) 쟁점토지a와 쟁점토지b에 대한 매매 관련 금융거래내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 쟁점토지a 및 쟁점토지b의 취득과 관련하여 매수인측은 2020.7.26.∼2020.8.1. OOO 계좌에서 쟁점토지a 및 쟁점토지b의 계약금을 지급하였고, 2020.8.28. OOO에서 OOO원을 대출받아 쟁점토지a의 중도금 OOO원을 지급하였으며, 쟁점토지a의 잔금일인 2020.10.29. OOO에서 OOO을 추가 대출함에 따라 이 때 매수인측은 OOO원을 보유하게 되었고 동 대출금으로 쟁점토지a와 쟁점토지b의 잔금을 지급하였다. (바) 쟁점토지a의 매매에 대하여 2020.7.26. 청구인과 매수인측이 작성한 매매계약서 특약사항에는 분할측량 및 경계측량 비용 OOO원 중 매도인이 OOO원, 매수인이 OOO원을 부담하는 것으로 기재되어 있다. (사) 청구인의 쟁점토지 양도 관련 내용을 정리하면 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (아) 매수인측이 2021.11.5. 연명으로 작성한 확인서 기재내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (자) OOO사무소 대표 CCC가 2021.11.5. 작성한 확인서 기재내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지를 쟁점토지a와 쟁점토지b로 각 분할등기하고 과세기간을 달리하여 양도한 것은 매수인측의 요구에 따른 것이고 이러한 거래는 사적계약자유의 원칙 및 부동산 거래신고 등에 관한 법률 등 관련 법령에 따른 것임에도 불구하고 처분청이 이를 하나의 양도거래로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다는 취지로 주장하나, 사법상 계약자유의 원리를 존중하여 쟁점토지에 대한 분할양도 계약사실을 인정할 수 있다 하더라도, 이 건은 청구인이 쟁점토지를 분할등기하여 과세연도를 달리하여 양도함에 따라 결과적으로 자경농지에 대한 감면한도를 추가 적용하여 양도소득세를 신고한 건이므로 이러한 신고가 실질에 부합되는지 여부는 세법상 실질과세의 원칙을 적용하여 판단하여야 할 것이고, 세법상 실질과세의 원칙을 적용함에 있어서는 거래 당시의 정황이나 사회통념, 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여야 할 것인바, 이 건의 경우, 청구인은 2020.8.1. 매수인측으로부터 쟁점토지b의 양도에 대한 계약금(청구인은 가계약금이라고 주장한다) OOO원을 받는 등 쟁점토지a 뿐만 아니라 쟁점토지b까지도 모두 양도하기로 하였음에도 불구하고 이후 분할허가 신청(2020.8.3.)을 거쳐 분할등기(2020.9.11.)까지 마쳤는데, 이렇듯 다 같이 양도하기로 합의한 쟁점토지에 대하여 비용을 들여가면서까지 분할등기하여 양도한데 대한 특별한 이유가 있어야 할 것임에도, 청구인은 그 특별한 이유에 대하여 “매수인측이 농사가 봄철(3월 이후)에 시작되므로 농지의 소유권 이전을 빨리할 필요가 없다고 하여 (쟁점토지b에 대하여) 2021.1.28.을 잔금지급일로 정하게 된 것”이고, “ 부동산 거래신고 등에 관한 법률 등 관련 법령을 위반하지 않기 위하여 쟁점토지를 구분하여 신고할 수밖에 없었다”는 취지로 설명하고 있으나, 농사 시작 시기 때문에 쟁점토지b에 대한 잔금지급일을 2021년 1월로 하기를 원하였다는 매수인측의 요청이 사실이라면 같은 지목의 쟁점토지a도 역시 같은 이유로 잔금지급일을 달리 정할 이유가 없어 보이고, 부동산 거래신고 등에 관한 법률상 신고시기와 쟁점토지 분할양도의 필요성에 대하여는 상관관계가 부족해 보이는 점 등에 비추어, 이러한 사정만으로는 전부를 양도하기로 결정된 쟁점토지에 대하여 청구인이나 매수인측 모두 분할등기하여 과세연도를 달리하여 양도하는 방법을 선택한 특별한 이유가 있었던 것으로 보기는 어렵다 하겠으며(한편 청구인은 쟁점토지a에 대한 매매계약체결일인 2020.7.26. 토지분할허가신청 대행용역 의뢰 및 매수인측으로부터 용역수수료 일부를 받는 등 쟁점토지b의 매매가 결정되기 전에 분할을 추진한 것은 사실이나 그렇다 하더라도 이후 쟁점토지 전부를 매매하기로 쌍방 합의를 한 이상 더 이상 분할을 진행할 이유가 없어 보이는 것도 마찬가지 이유라 할 것이다), 또한 경제적 관점에서 볼 때, 매수인측은 계약금 외에는 대출을 통하여 쟁점토지의 취득자금을 마련하였는데 쟁점토지a에 대한 잔급지급일인 2020.10.29. OOO에서 OOO원을 추가 대출함에 따라 이 때 매수인측은 현금 OOO원을 보유하게 되어 쟁점토지b에 대한 잔금지급 능력이 충분한 것으로 보임에도 이자비용을 감수하면서까지 쟁점토지b에 대한 잔금지급일을 3개월이나 뒤로 미룰 이유가 부족해 보인다 할 것이어서, 결국 청구주장과 달리 쟁점토지a와 쟁점토지b의 각 양도거래를 하나의 양도거래로 보는 것이 사회통념과 거래의 실질에 부합해 보인다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지a 및 쟁점토지b의 각 양도거래를 하나의 양도거래로 보아 자경농지에 대한 공제한도 1억원만을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.