청구인을 쟁점영농법인의 실질사업자로 보아 종합소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2022.7.6. 청구인에게 한 2016년 귀속 종합소득세 OOO원 부과처분은 청구인이 OOO법인의 실질사업자에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1992년 4월 OOO에서 개업하여 고랭지채소 등을 재배하는 농가로부터 야채 등을 납품받아 대기업 등에 공급하는 사업을 영위하는 OOO법인(이하 “쟁점영농법인”이라 한다)의 대표자이다.
• 나. 처분청은 2021.7.29.부터 2021.9.28.까지 쟁점영농법인에 대하여 2016년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세 조사를 실시한 결과 쟁점영농법인이 2016년 수입금액 OOO원(이하 “쟁점수입금액”이라 한다)을 무신고하였고, 쟁점수입금액의 귀속이 불분명하다 하여 명의상 대표자인 청구인의 인정상여에 해당한다고 보아 2022.7.6. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 2016년경에 쟁점영농법인의 형식적인 대표이사에 불과하였고, 실질적인 운영은 쟁점영농법인을 인수하기로 하였던 AAA과 직원인 BBB이다.

(2) 쟁점영농법인은 2015년부터 경영상태가 악화하여 운영이 불가능한 상황이었고, 이에 AAA과 BBB가 자신들이 쟁점영농법인을 운영할 것이라고 제안하여 청구인은 경영권을 양도해 주었다. 그러나 AAA과 BBB가 사업을 제대로 진행하지 않아 쟁점영농법인 채무에 담보로 제공하였던 청구인 소유의 부동산이 경매로 넘어갔으며, 쟁점영농법인의 채권자들로부터 청구인이 사기죄로 고소를 당하기도 하였다. 이에 부득이 청구인은 2016.12.28. 쟁점영농법인을 폐업신고 하였다.

(3) 청구인이 확인한 바로는 2016년에 쟁점영농법인의 소득이 전혀 없었으며 설령 소득이 있었다면 AAA과 BBB가 허위로 발행한 세금계산서에 따른 것 뿐이므로 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 2016년 당시 청구인이 쟁점영농법인의 형식상 대표자였을 뿐이고 실제운영자는 따로 있었다고 주장하며 이 건 과세처분이 위법하다는 의견이나, 청구인과 실제운영자라고 하는 AAA간에 작성하였다는 쟁점영농법인의 양수도계약서 등 청구주장을 뒷받침할 수 있는 증빙자료를 제출하지 못하여 2016년 당시 쟁점영농법인의 대표자는 청구인인 것으로 보이고, 금융거래내역으로도 2016년 수입금액이 사외유출되어 누구에게 귀속되었는지 명확하게 드러나지 않으므로 대표자에게 소득처분하여 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 청구인을 쟁점영농법인의 실질사업자로 보아 종합소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

(2) 법인세법 제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (3) 법인세법 시행령 제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

• 가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당
• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제120조 에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.
• 라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 쟁점영농법인이 2016년 쟁점수입금액을 무신고한 사실을 확인하여 익금산입한 후 사외유출(귀속 불분명)된 것으로 보아 명의상 대표자인 청구인의 인정상여로 소득처분하여 2022.7.6. 청구인에게 이 건 종합소득세를 결정·고지하였다. (나) 국세청 전산망과 쟁점영농법인의 등기사항증명서에 따르면 쟁점영농법인은 1992.4.17. 설립되었고, 2016.12.31. 페업하였으며 청구인이 대표이사로 계속 등기되어 있던 것으로 나타난다. (다) 청구인에 대한 범칙혐의자 심문조서를 보면 <표1>과 같은 사실이 나타나고, 심문조서에서 청구인은 AAA에게 총 계약금액 OOO원에 쟁점영농법인을 양도하는 계약서를 작성한 후 OOO원을 수령하였다고 진술하였으나 계약서는 제출하지 아니하였다. <표1> 청구인 심문조서 중 일부 ㅇㅇㅇ (라) 이 건과 관련한 조사종결보고서를 보면 쟁점영농법인이 무신고한 쟁점수입금액은 <표2>와 같고, 처분청은 사외유출된 금액의 귀속이 불분명하다 하여 대표자인 청구인의 인정상여로 소득처분하였다. <표2> 쟁점영농법인의 2016년 수입금액 확정액(쟁점수입금액) ㅇㅇㅇ (마) 과세전적부심사 당시 청구인이 제출한 OOO의 ‘체불 임금등·사업주 확인서(2016.12.22.)’를 살펴보면 쟁점영농법인의 실제대표는 AAA, 명의대표로 CCC로 기재되어 있다. (바) 청구인은 쟁점영농법인에 대한 투자관련 사기 고소건에서OOO으로부터 피의자 CCC(청구인)이 이 사건 법인의 등기사항전부증명서에 대표이사로 등재되어 있는 사실은 인정되나 2015년 경부터는 법인의 경영에 참여하지 아니하였던 것으로 보이고, 달리 이 사건 투자가 이루어질 당시 법인의 경영에 참여하였다거나 본 건 투자를 인지하였다고 볼만한 증거가 부족하다는 취지로 무혐의 결정을 받은 불기소 결정서를 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 쟁점영농법인의 실제운영자가 명의상 대표인 청구인이라는 의견이나, OOO의 불기소결정서(OOO)에서 피의자 CCC는 이 사건 법인의 등기사항전부증명서에 대표이사로 등재되어 있는 사실은 인정되는 사실이나 2015년 경부터는 법인의 경영에 참여하지 아니하였던 것으로 보이고, 달리 이 사건 투자가 이루어질 당시 법인의 경영에 참여하였다거나 본 건 투자를 인지하였다고 볼만한 증거가 부족하다고 기재되어 있는 점, 쟁점영농법인의 체불 임금과 관련하여 OOO가 발급한 ‘체불 임금등·사업주 확인서’를 보면 쟁점영농법인의 실제대표를 AAA으로 하고 명의대표를 청구인으로 기재하고 있는 점 등에 비추어 이 건 처분의 귀속시기 당시의 쟁점영농법인의 실질사업자를 확인하여 그 결과에 따라 당해 처분을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.