청구법인에게 가산세 면제의 정당한 사유가 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2009.1.2.부터 스포츠마케팅 서비스업 등 과세사업과 면세사업을 겸영하는 재단법인으로, 2018년 제1기～2021년 제1기(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 부가가치세 신고시 선수단 용품 등 매입에 따른 매입세액을 공제하여 OOO원을 환급받았다.
• 나. 처분청은 2021.7.14.부터 2021.9.15.까지 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점과세기간에 신고한 매입세액은 부가가치세법 시행령 제81조 에 의한 공통매입세액 안분계산 대상에 해당한다고 보고, 면세사업에 관련된 매입세액을 안분계산함에 있어 OOO로부터 수령한 출연금 OOO원과 스포츠단체로부터 수령한 지원금 OOO원 합계 OOO을 면세공급가액 및 총공급가액에 포 함하여 불공제할 매입세액을 재계산한 후, 2021.12.9. 청구법인에게 부가가치세 2018년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원, 2021년 제1기분 OOO원 합계 OOO을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.17. 이의신청을 거쳐 2022.7.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고나 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의나 과실은 인정되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다OOO. 2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정된 부가가치세법 시행령제81조 제1항에 따르면, 공통매입세액 안분계산시 국고보조금 등이 면세공급가액 등에 포함되었는데, 과세관청은 청구법인과 같은 비영리법인은 회계담담당직원이 없는 경우가 많고 세법개정 내용을 인지하기 어렵다는 점을 고려하여 설명과 안내를 해 주어야 함에도, 이를 하지 아니하였다. 청구법인은 2009년 개업 이래 매입세액을 전액 공제하여 부가가치세 환급을 신청하였고, 처분청은 그 때마다 환급조사를 통해 청구법인의 신청내용대로 환급하였으며, 심지어 이 건 세무조사 중에도 2021년 제1기 부가가치세 환급이 이루어졌는바, 이러한 반복적인 과세관청의 행위로 인해 청구법인은 매입분이 전액 환급되는 것으로 인지하였다. 따라서, 청구법인이 납세의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 처분 중 초과환급신고가산세 및 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 세법상 가산세는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 면제되는 것이나, 과세관청으로부터 세법 개정에 대한 내용을 안내받지 못하였다는 사정은 정당한 사유로 볼 수 없다. 일반적으로 조세법률관계에서 신의성실 원칙이 적용되기 위해서는 첫째 과세관청이 신뢰의 대상이 되는 공식적인 견해표명을 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 이에 따라 어떠한 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 납세자가의 이익이 침해되어야 할 것이고, 신의성실의 원칙을 적용함에 있어서도 과세상 잘못을 시정하는 것까지 금하는 것은 아니라 할 것이다. 청구법인은 부가가치세 환급을 받아온 것이 과세관청의 견해표명이고, 이에 반하여 세무조사를 통해 부가가치세를 추징하는 것은 소급과세에 해당한다고 주장하나, 부가가치세 환급 신고시 처분청은 신고내용의 기본사항(계약서, 대금증빙의 적정여부 등)을 서면으로 검토한 것에 불과하므로 신고내용대로 환급한 것을 공적 견해의 표명으로 보기 어렵고, 이 건 처분은 공제할 수 없는 매입세액을 공제하여 이루어진 신고에 대해 관련 법령에 따라 다시 계산하여 반환하도록 한 것이어서 침해된 납세자의 이익이 있다고 보기 어려우므로 신의성실의 원칙에 반하거나 청구법인에게 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

• 가. 쟁점 청구법인에게 가산세 면제의 정당한 사유가 있는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것) 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

• 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
• 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(인지세법 제8조 제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

3. 법정납부기한까지 납부하여야 할 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) 중 납부고지서에 따른 납부기한까지 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 100분의 3(국세를 납부고지서에 따른 납부기한까지 완납하지 아니한 경우에 한정한다) 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 부가가치세법(2017.12.19. 법률 제15223호로 개정된 것) 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (3) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정된 것) 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009.1.2.부터 OOO라는 상호로 OOO에서 OOO을 영위하는 재단법인이다.

(2) 청구법인이 쟁점과세기간에 부가가가치세를 신고한 내용은 아래 OOO과 같다.

(3) 처분청이 2021.7.14.부터 2021.9.15.까지 청구법인을 조사한 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인의 공익사업 목적은 ‘축구단 운영을 통한 지방체육 발전과 시민화합의 기여’이고 수익사업 목적은 ‘축구단 운영을 통한 공익사업 목적 경비 충당’으로, 공익사업과 수익사업이 모두 ‘축구단 운영’을 통해 실현된다. 청구법인의 공익사업은 OOO 등 불특정다수에게 무상으로 제공되는 용역에 해당하여 비과세사업이고, 청구법인의 수익사업은 광고수익, 입장료수익 등 유상으로 제공되는 용역에 해당하여 과세사업이므로, 청구법인은 부가가치세법상 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자이다. (나) 과세 및 비과세사업을 겸영하는 사업자는 환급세액이 발생할 수 없음에도 불구하고 청구법인은 부가가치세 환급세액이 지속적으로 발생하는바 매입세액 중 면세사업 등 관련된 매입세액(공제받지 못할 매입세액)을 공제한 혐의가 있다. (다) 쟁점과세기간의 매입세액은 세금계산서 수취분과 신용카드매출전표 등 수령명세서 제출분으로, 매입세금계산서의 주요 내역은 선수단 용품 매입, 경기장시스템설치 용역대, 선수보상금 지급 등이고, 신용카드 수취 관련 주요 내역은 선수단 숙박비, 훈련비, 식사비 등이다. 즉, 모두 축구단 운영과 관련되어 있으므로 매입의 실지귀속이 비과세사업(공익사업)인지 과세사업(수익사업)인지 구분할 수 없다. (라) 공통매입세액 안분기준에 의하면 면세사업 등에 관련된 매입세액 계산시 공통매입세액에 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율을 곱하여 계산하도록 규정되어 있고, 이 때 면세공급가액의 비율에는 ‘ 부가가치세법 제29조 의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액’을 포함하도록 규정되어 있다. 청구법인이 OOO에서 수령한 출연금은 인건비․운영비 등 경상경비 충당 목적으로 지방자치단체로부터 수령한 것이어서 지방자치단체 보조금에 해당하고, 스포츠단체 지원금은 OOO에 출연된 기금을 재원으로 하여 운영비 충당을 위해 수령한 것이어서 공공보조금에 해당하므로 쟁점출연금 등은 공통매입세액 안분계산시 총공급가액 및 면세공급가액에 포함된다. (마) 쟁점과세기간 동안 안분계산시 총공급가액에 쟁점출연금 등을 포함하여 계산하면, 면세사업등 관련 매입세액은 총 OOO원OOO이고, 처분청은 청구법인이 부가가치세 신고시 불공제한 세액 OOO원을 차감하고, 초과환급신고가산세 및 납부불성실가산세를 가산하여 이 건 처분을 하였다OOO.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 수년간 신고내용대로 환급이 이루어졌고, 과세관청이 세법 개정 내용을 안내하지 아니하였으므로 청구법인에게 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바OOO, 처분청이 청구법인의 신고내용대로 계속 환급하였다 할지라도 이를 처분청의 공적인 견해표명으로 보기 어렵고, 과세관청으로부터 공통매입세액 안분계산 관련 규정 등에 대하여 안내를 받은 사실이 없다 하더라도 그러한 사실만으로 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인에게 가산세를 포함하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.