계속사업자인 원천징수의무자에게 상여처분에 대한 근로소득세가 부과된 이후 미납을 이유로 소득자인 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분의 당부

• [주 문] OOO서장이 2022.4.7. 청구인에게 한 2016년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 주식회사 AAA(현재 상호 OOO, 이하 “AAA”라 한다)는 2006.9.1. OOO 제조업을 목적으로 설립되어 2013년 1월 코스닥에 상장되었고, 2016년 OOO 사업부문을 양도한 후 의류‧화장품 위주의 전자상거래업을 영위하고 있으며, 청구인은 2016.10.26.부터 2018.5.30.까지 AAA의 대표이사로 재직하였다.
• 나. AAA는 2016.12.16. AAA 외 9명(이하 “이 건 양도자들”이라 한다)으로부터 주식회사 BBB(대표이사 청구인, 이하 “쟁점법인”이라 한다) 주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원으로 하여 OOO원에 취득하였다.
• 다. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.3.2.부터 2020.12.31.까지 AAA에 대한 법인통합조사(이하 “이 건 세무조사”라 한다)를 실시한 결과, AAA가 2016.12.16. 이 건 양도자들로부터 쟁점주식을 시가(2016.12.16. 기준일 전 6개월 거래가액의 평균액)인 1주당 OOO원보다 고가로 매입한 것으로 보아 그 차액인 1주당 OOO원(OOO원)만큼인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 법인세 과세표준에 포함하고, 쟁 점금액의 실제 귀속자인 청구인에게 상여로 소득 처분하여 2021.3.23. AAA에게 2016년 귀속 소득금액변동통지를 하였으며, 이를 OOO서장에게 통보하였다.
• 라. 하지만 AAA는 OOO서장에게 원천징수이행상황신고서 및 근로소득지급조서를 제출하지 아니하였고, 이에 따라 OOO서장은 AAA가 쟁점금액에 대한 근로소득세 상당액을 원천징수하지 아니한 것으로 보아 그 당시 공동 대표이사인 BBB에 대한 상여처분 금액(OOO원)을 포함하여 2021.5.1. AAA에게 2016년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 부과하였다.
• 마. 이후 처분청은 AAA가 해당 근로소득세를 납부하지 아니하였고, 청구인이 종합소득세를 신고‧납부하지 아니하여 2022.4.7. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원(이하 “이 건 종합소득세”라 한다)을 경정‧고지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2022.7.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주식 거래가액(1주당 OOO원)은 이 건 양도자들과 AAA가 외부평가기관에 의뢰하고 합의를 거쳐 실제 거래한 것이므로 시가에 해당한다. (2) 조사청은 쟁점금액(쟁점주식의 거래가액 중 시가 초과액)의 귀속이 불분명한 것으로 보아 당시 대표이사인 청구인에게 소득 처분하였으나, 쟁점금액은 실제 귀속된 이 건 양도자들에게 배당으로 소득처분하는 것이 타당하므로 이 건 종합소득세 과세처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점주식은 보통 1주당 OOO원에서 OOO원 사이의 계속 거래되는 비상장주식으로 청구인이 제시한 1주당 OOO원은 시가로 보기 어렵고, 조사청이 제시한 1주당 OOO원은 시가에 해당한다. (2) 청구인은 이 건 양도자들의 명의를 빌려 쟁점주식 거래 및 이후 유상증자 납입을 하였다고 보이므로 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 쟁점주식 고가매입을 익금산입하고 청구인에게 상여로 소득 처분하는 것으로 보아 이 건 종합소득세를 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점

① [직권심리] 계속사업자인 원천징수의무자에게 상여처분에 대한 근로소득세가 부과된 이후 미납을 이유로 소득자인 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분의 당부

② 쟁점주식을 고가로 양도한 거래에 있어 시가초과액의 실질 귀속자를 청구인으로 보아 청구인에게 상여로 소득 처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부

• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에게 상여로 소득 처분하여 종합소득세를 과세한 처분의 당부에 대하여 심리하기에 앞서 국세기본법 제56조 제1항 및 행정심판법 제39조 에 따라 이 건 종합소득세 과세처분이 AAA에게 부과된 근로소득세와 중복된 것인지 여부에 대하여 직권 심리하여 살펴본다. (가) OOO서장은 쟁점금액에 대한 청구인의 상여처분에 대하여 2021.5.1. AAA에게 원천징수분 근로소득세 OOO원을 경정․고지하였으나, AAA는 해당 근로소득세를 납부하지 아니하였다. (나) 처분청은 청구인의 종합소득 산출세액에서 위 원천징수분 근로소득세를 공제하지 아니하여 2022.4.7. 청구인에게 종합소득세 OOO원을 경정․고지하였다. (다) AAA의 수익․재무 현황은 다음과 같다.

1. AAA는 2006.9.1. 설립된 법인으로 사업을 계속 영위하고 있는 계속사업자이다.

2. AAA의 2022사업연도 감사보고서(출처: OOO)에 의하면, 아래 <표1>과 같이 2021․2022사업연도 손익 및 재무 현황이 확인된다. <표1> AAA의 손익 및 재무현황 ㅇㅇㅇ 위 <표1>에 의하면, AAA는 2022사업연도 당시 자산이 약 OOO원, 부채가 약 OOO원, 자본이 약 OOO원이고, 매출은 약 OOO원, 당기순손실이 약 △OOO원이었으며, 직전사업연도 당기순손익은 약 OOO원이었다. (라) AAA는 2022.2.8. 회생절차(사건번호: OOO) 종결결정을 공시하였고, 동 결정 내용에 의하면, 2021.3.29. 회생절차개시신청하여 2021.4.30. 회생절차개시결정이 되었고, 2022.2.8. 회생절차 종결신청을 하여 2022.2.21. 종결되었다. (마) AAA가 이 건 세무조사로 인하여 고지받은 세액과 조세심판관회의일(2023.4.5.) 당시까지 납부한 세액은 아래 <표2>와 같다. <표2> 이 건 세무조사의 고지세액 및 납부내역 ㅇㅇㅇ

1. 위 <표2>에 의하면, 이 건 세무조사로 발생한 고지세액(이 건 종합소득세 포함) OOO원 중 OOO원이 납부되었고, 이 건 근로소득세 OOO원을 포함한 OOO원이 납부되지 아니하였다.

2. 국세청 전산망의 체납내역에 의하면, AAA의 체납은 위 OOO원의 미납금액이고 동 금액은 현재 정리보류 상태이다. (바) AAA는 2020.4.24. 청구인 등에 대한 횡령ㆍ배임 혐의발생 (고 소)를 공시하였고, 동 결정 내용에 의하면, “향후 대책에 고소장 제출 후 제반상황에 대해서 적법한 절차에 따라 모든 조치를 취할 예정이며, 관련기관의 조사에 적극 협조할 예정”이라는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 본다. 1) 소득세법 제127조 제1항 에서 “국내에서 거주자나 비거주자에게 이자소득(제1호), 배당소득(제2호), 대통령령으로 정하는 사업소득(제3호), 근로소득(제4호) 등의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 법 제76조 제3항 제4호에서는 “확정신고납부를 할 때에는 제127조에 따른 원천징수세액을 공제하여 납부한다”고 규정하고 있다. 한편, 소득세법 제80조 제2항 제2호 에서 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자가 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 ‘소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행 방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우’에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다”고 규정하고 있다. 또한 같은 법 제85조 제3항 본문에서 “ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 국세기본법 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다”고 규정하고 있고, 같은 항 단서 조항 및 제2호에서 “원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 ‘원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우(제2호)’에 해당하는 경우에는 국세기본법 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다”고 규정하고 있다. 2) 살피건대, 처분청은 AAA에게 쟁점금액에 대한 근로소득세가 부과된 이후 미납을 이유로 청구인에게 쟁점금액을 수입금액에 포함하여 이 건 종합소득세를 과세하였으나, 원천징수의무자에 의하여 이미 원천징수가 있은 후에 있어서는 그 징수한 원천소득세를 징수한 징수의무자가 세무관서에 납부하지 아니하였다는 사유로 납세의무자에게 다시 부과할 수는 없다고 할 것(대법원 1981.10.13. 선고 80누288 판결, 같은 뜻임)인바, 가) 소득세법 제85조 제3항 제2호 를 보면, 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우에는 원천징수불이행가산세만을 징수하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 집행기준 제85-0-2(상여처분소득에 대한 소득금액변동통지 및 세액의 징수) 제1항에서 소득세법 제85조 제3항 제2호 를 동일하게 해석ㆍ적용하고 있는 것으로 보이는 점, 나) 소득세법 집행기준 제85-0-2 제2항에서 “ 납세의무자가 이미 원천징수대상 소득금액을 신고‧납부하였거나 납세의무자에게 관할세무서장이 직접 소득세를 부과 징수한 경우에는 원천징수의무자로부터 원천징수납부 불성실가산세액만을 징수하는 것이나, 납세의무자의 관할세무서장이 결정(경정)은 하였으나 그 세액이 징수되지 아니한 경우에는 원천징수의무자에게 가산세만을 징수하는 사유가 되지 않는다”고 규정하고 있는데, 동 규정은 위 대법원 판결(1981.10.13. 선고 80누288 판결)의 취지를 감안해 볼 때 소득세법 제80조 제2항 제2호 에서 열거되어 있듯이 “ 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우”로 한정하여 해석․적용하는 것이 타당해 보이는 점,

• 다) 이 건의 경우, 쟁점금액에 대하여 원천징수의무자인 AAA의 관할세무서장인 OOO서장은 청구인의 퇴사에도 불구하고 AAA에게 계속사업자로서 원천징수의무의 이행을 기대하여 이를 안내한 후 그 의무가 이행되지 아니하자 2021.5.1. AAA에게 2016년 귀속 원천징수분 근로소득세 OOO원을 경정․고지하였고, 이후 AAA가 해당 상여처분 소득에 대한 원천징수세액을 납부하지 아니하자 처분청은 2022.4.7. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정‧고지하였던 것으로 보아 쟁점금액이라는 동일 과세대상에 대하여 중복 과세된 것으로 보이는 점,
• 라) 원천징수의무자인 AAA는 계속사업자로서 사업을 계속 영위하고 있고, 이 건 세무조사로 인한 고지세액 중 부가가치세는 전부 납부를 하였으며, 이 건 상여처분에 대한 근로소득세 외 다른 원천징수분 근로소득세는 일부 납부를 하였던 것으로 미루어 볼 때 이 건의 경우는 소득세법 제80조 제2항 제2호 의 “원천징수의무자의 폐업 등 및 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우”에 해당하지 아니한 것으로 보이는 점,
• 마) AAA는 계속 사업자로서 쟁점금액에 대한 근로소득세를 원천징수할 수 있는 상황에 있었던 것으로 보이고, 청구인의 퇴사로 인하여 징수하기 어려웠을 사정은 원천징수의무자와 납세의무자 사이의 사법상 채권․채무로 보아 당사자 간 구상권 행사로 상계하여야 하는 것으로 보이며, 이는 국가에서 청구인에게 직접 부과․징수하는 상황과 크게 다르지 않다는 것을 미루어 볼 때 청구인에게 쟁점금액에 대한 납세의무를 부여하기 보다는 소득세법령에 따라 AAA에게 원천징수 의무를 부여하여 해당 근로소득세를 징수하는 것이 타당하다 하겠다. 3) 따라서 처분청이 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. (나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 일부 개정되기 전의 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제56조(다른 법률과의 관계) ① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 행정심판법 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 “위원회”는 “국세심사위원회”, “조세심판관회의” 또는 “조세심판관합동회의”로 본다.

(2) 행정심판법(2020.6.9. 법률 제17354호로 타법 개정된 것) 제39조(직권심리) 위원회는 필요하면 당사자가 주장하지 아니한 사실에 대하여도 심리할 수 있다.

(3) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 일부 개정되기 전의 것) 제76조(확정신고납부) ① 거주자는 해당 과세기간의 과세표준에 대한 종합소득 산출세액 또는 퇴직소득 산출세액에서 감면세액과 세액공제액을 공제한 금액을 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

② 제1항에 따른 납부를 이 장에서 “확정신고납부”라 한다.

③ 확정신고납부를 할 때에는 다음 각 호의 세액을 공제하여 납부한다.

4. 제127조에 따른 원천징수세액(제133조의2 제1항에 따른 채권등의 이자등 상당액에 대한 원천징수세액은 제46조 제1항에 따른 해당 거주자의 보유기간의 이자등 상당액에 대한 세액으로 한정한다) 제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2. 제137조, 제137조의2, 제138조, 제143조의4, 제144조의2, 제145조의3 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 원천징수의무자의 폐업ㆍ행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우 제85조(징수와 환급) ③ 납세지 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나 미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 국세기본법 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그 원천징수의무자로부터 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국세기본법 제47조의5 제1항 에 따른 가산세액만을 징수한다.

2. 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과ㆍ징수하는 경우 제127조(원천징수의무) ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자(제3호의 소득을 지급하는 자의 경우에는 사업자 등 대통령령으로 정하는 자로 한정한다)는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

4. 근로소득. (단서 생략)

⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 원천징수를 하여야 할 자를 “원천징수의무자”라 한다.

⑧ 원천징수의무자의 범위 등 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제128조(원천징수세액의 납부) ① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 제129조(원천징수세율) ① 원천징수의무자가 제127조 제1항 각 호에 따른 소득을 지급하여 소득세를 원천징수할 때 적용하는 세율(이하 “원천징수세율”이라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따른다.

4. 근로소득에 대해서는 기본세율. 다만, 일용근로자의 근로소득에 대해서는 100분의 6으로 한다. (4) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부 개정되기 전의 것) 제134조(추가신고납부) ① 종합소득 과세표준 확정신고기한이 지난 후에 법인세법에 따라 법인이 법인세 과세표준을 신고하거나 세무서장이 법인세 과세표준을 결정 또는 경정하여 익금에 산입한 금액이 배당ㆍ상여 또는 기타소득으로 처분됨으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 종합소득 과세표준 확정신고 의무가 없었던 자, 세법에 따라 과세표준 확정신고를 하지 아니하여도 되는 자 및 과세표준 확정신고를 한 자가 소득세를 추가 납부하여야 하는 경우 해당 법인(제192조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 거주자가 통지를 받은 경우에는 그 거주자를 말한다)이 제192조 제1항에 따른 소득금액변동통지서를 받은 날(법인세법에 따라 법인이 신고함으로써 소득금액이 변동된 경우에는 그 법인의 법인세 신고기일을 말한다)이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 법 제70조 또는 제74조의 기한까지 신고납부한 것으로 본다. 제185조(원천징수세액의 납부) ① 법 제127조의 규정에 의한 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 법 제128조의 규정에 의한 기한 내에 국세징수법에 의한 납부서와 함께 원천징수 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 하며, 기획재정부령이 정하는 원천징수이행상황신고서를 원천징수 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

② 제1항의 원천징수이행상황신고서에는 원천징수하여 납부할 세액이 없는 자에 대한 것도 포함하여야 한다. 제192조(소득처분에 따른 소득금액변동통지서의 통지) ① 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분(국제조세조정에 관한 법률 시행령 제25조 제6항에 따라 처분된 것으로 보는 경우를 포함한다)되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. 다만, 당해 법인의 소재지가 분명하지 아니하거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 당해 주주 및 당해 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 통지하여야 한다.

④ 세무서장 또는 지방국세청장이 제1항에 따라 해당 법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실(소득금액 변동내용은 포함하지 아니한다)을 해당 주주 및 해당 상여나 기타소득의 처분을 받은 거주자에게 알려야 한다.