청구법인이 쟁점투자주식 처분이익의 귀속시기를 조기인식하였으므로 법인세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2016.4.4. OOO(이하 “쟁점투자조합”이라 한다)에 OOO원을 출자하여 37.39%의 지분(이하 “쟁점투자주식”이라 한다)을 취득하였고, 쟁점투자조합은 2016.4.8. 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)의 발행주식 1,343,330주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 주식회사 BBB(이하 “BBB”라 한다)에게 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였다. 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고시 쟁점투자주식의 처분이익을 포함하여 과세표준을 OOO원, 납부할 세액을 OOO원으로 신고하였다가, 2022.3.15. 쟁점투자주식의 처분이익이 2017사업연도에 발생하였음에도 불구하고 2016사업연도에 조기인식하였다는 이유로, 2016사업연도 법인세 과세표준을 OOO원으로 경정하여 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 주장하는 쟁점투자주식 처분이익의 귀속시기에 대한 객관적인 근거자료가 제출되지 않았다는 이유로 2022.3.28. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.6.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점투자조합에 출자하여 발생된 소득은 법인세법제40조 및 같은 법 시행령 제68조에 따라 잔금청산일 및 명의개서일 중 빠른 날이 속하는 사업연도에 귀속된다.

(2) 쟁점투자조합은 BBB와 쟁점주식 양수도 계약을 체결하면서, 보툴리눔 균주 및 연구자료 등이 약정대로 이전되지 않을 것을 대비하여 의무이행을 담보하는 차원에서 중도금을 전환사채로 지급하는 계약서를 작성하게 되었다.

(3) 실제 2017년경에 이르러서야 보툴리눔 균주가 이전하였고, 그에 따라 2017년에 투자주식 명의개서와 전환사채권 인수가 이루어졌으므로, 손익귀속시기는 2017사업연도로 보는 것이 타당하다.

(4) 쟁점투자조합은 조합원들의 세금과 관련한 책임을 피하고자 약식계약서를 작성하여 실제 손익귀속시기보다 빠른 2016사업연도에 일괄하여 신고가 이루어졌고, BBB의 공시내용이 실질과 다르다고 하여, 이를 달리 판단할 이유는 없다.

(5) 그에 따라 청구법인이 한 아래 <표1>의 회계처리는 <표2>와 같이 수정되어야 한다. <표1> 당초 2016.6.7.자 쟁점투자주식의 처분에 대한 회계처리 OOO <표2> 청구법인 주장에 따른 올바른 회계처리 OOO

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점주식의 양수자인 BBB의 전자공시 내용을 확인한 바, BBB는 AAA 주식 1,872,263주(쟁점주식 1,343,334주, CCC 528,929주)를 쟁점투자조합 외 1인으로부터 OOO원(@OOO원)에 양수하면서, 아래와 같이 대금을 지급한 것으로 공시하였고, 2016.5.16. 전환사채(OOO원)가 발행된 것이 보호예수 증서로 확인된다. OOO

(2) 따라서 쟁점투자조합과 BBB 간에 2016.4.8. 체결된 쟁점주식 매매계약에 따른 실제 잔금청산일은 2016.6.7.이다.

(3) 청구법인의 주주 DDD이 2016.7.27. 쟁점법인의 발행주식을 EEE에게 명의신탁한 것에 대해 EEE에게 2016.7.27. 증여분 증여세 OOO원이 부과되었고, 2020.8.4. DDD이 연대납세의무자로 지정되었으며, DDD은 심판청구를 통해 명의신탁 사실은 인정하지만 쟁점투자주식의 처분이익이 2016사업연도에 귀속된 것으로 잘못 처리되었고, 이로 인해 청구법인의 2016사업연도 순자산가치가 과다계상되어 증여세의 과세표준이 과다하게 산정되었음을 주장하였다. 조세심판원은 DDD의 심판청구에 대하여, 쟁점투자조합과 BBB간에 체결한 쟁점주식에 대한 매매계약에 따른 실제 잔금청산일을 재조사하여 증여세 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정(조심 2021서2804, 2021.10.12.)하였고, OOO국세청 조사2국에서 재조사를 실시하였는바, 실제 잔금청산일을 2016.6.7.로 보아 조사종결 통지하였다.

• 가. 쟁점 청구법인이 쟁점투자주식 처분이익의 귀속시기를 조기인식하였으므로 법인세를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제40조(손익의 귀속사업연도) ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용 수익일 중 빠른 날로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016.4.4. 쟁점투자조합에 OOO원을 출자하여 700,000구좌(구좌당 OOO원)를 취득 (지분율 37.39%)하였고, 쟁점투자조합은 위 출자금을 AAA의 발행 주식 취득에 사용하였다

(2) 쟁점투자조합은 BBB와 2016.4.8. 쟁점주식 매매계약을 체결하고 쟁점주식을 양도하였는바, 청구법인은 위 매매계약에 따른 실제 잔금청산이 2017사업연도에 이루어졌다고 주장하며 다음의 증빙을 제출하였다. (가) 쟁점투자조합(매도인)과 BBB(매수인) 간의 2016.4.8.자 AAA 주식 1,343,330주에 대한 양수도계약서(총 양수도대금: OOO원)의 주요내용은 다음과 같다. OOO (나) BBB가 2016.4.7. 금융감독원 전자공시시스템을 통하여 공시한 자료에 따르면, AAA의 주식을 CCC으로부터 528,929주, 쟁점투자조합으로부터 1,343,334주 양수한 내용에 대하여 다음과 같이 공시하였다. OOO (다) 한국예탁결제원이 BBB에게 발급한 보호예수증명서에 따르면, 명의인을 쟁점투자조합으로 한 BBB 채권(매수 30, 수량 5,160,000,000)의 보호예수일은 2016.5.16. 반환가능일은 2016.11.16.로 되어 있다. (라) AAA가 2017.1.2. 질병관리본부에 보낸 공문에 따르면, AAA는 FFF(주)가 보유한 클로스트리디움 보툴리눔 균주를 2017.1.5. AAA 기업부설연구소로 이동함을 신고하는 내용이 확인된다. (마) 쟁점투자조합이 2017.4.13. BBB에 보낸 내용증명에 따르면, 쟁점투자조합은 BBB가 2016.5.16. 발행한 ‘제3회 무기명식 이권부 무기명 전환사채’를 조기상환(풋옵션행사) 요청한 사실이 확인되고, 조기상환 신청표상 권면합계액은 OOO원이며, 신청 조합원에 청구법인은 포함되지 않았다. (바) AAA는 2017.5.25. 한국예탁결제원과 증권의 명의개서 대행업무 위탁계약을 체결하였다. (사) BBB 대표이사 GGG이 2017.6.2. BBB 대표이사 HHH에게 보낸 내용증명에 따르면, 제3회 무기명식 이권부 무보증 사모전환사채 OOO원을 1년 보호예수 차원에서 BBB가 보관하고 있었는데 1년이 경과하여 쟁점투자조합에게 돌려주기로 되어 있으므로 이를 보내달라는 내용이 확인된다. (아) BBB 대표이사 GGG이 2017.6.15. BBB 대표이사 HHH에게 보낸 내용증명에 따르면, 청구법인이 법률사무소 OOO의 AAA의 합병에 따른 법률검토 의견 및 공인회계사 III의 합병으로 인한 주식거래에 따른 제세 검토보고서를 전달하며, CCC 교수의 세금이슈는 부존재하니 제3회 전환사채 중 쟁점투자조합 조합원인 청구법인이 소유하고 있는 OOO원을 돌려달라는 요청을 받았다는 내용이 확인된다.

(3) 청구법인의 주주인 DDD이 이 건과 동일한 내용을 주장하며 제기한 심판청구에 대해서 우리 원은 재조사 결정을 하였는바(조심 2021서2804, 2021.10.12.), 결정서 판단 부분의 주요내용은 다음과 같다. OOO

(4) 위의 재조사 결정에 따라 OOO국세청 조사2국에서 재조사를 실시한 결과, 실제 잔금청산일을 2016.6.7.로 보아 조사종결 통지하였는바, 조사종결 보고서의 주요내용은 다음과 같다. OOO

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점투자주식 처분이익의 귀속시기가 2017사업연도에 도래하였다고 주장하나, 이 건과 동일한 쟁점에 대하여 판단한 우리 원의 재조사 결정(조심 2021서2804, 2021.10.12.)에 따라 행해진 OOO국세청의 재조사 관련 주식변동조사 종결보고서에 따르면, BBB가 제출한 계약서의 내용대로 계약금, 중도금, 잔금이 지급된 사실이 확인되고, BBB의 전자공시내용, AAA의 주식등변동상황명세서 및 주식ㆍ출자지분 양도명세서를 보더라도 쟁점주식의 양도시기가 2016년으로 나타나며, 청구법인이 제출한 보호예수증명서상 BBB가 2016.5.16. 전환사채를 발행한 사실이 확인된다는 등의 이유로 쟁점주식의 잔금청산일을 2016.6.7.로 판단한 점, 청구법인은 청구주장을 입증하기 위하여 쟁점투자조합과 BBB가 체결한 주식양수도 계약서를 제출하였으나, 해당 계약서의 내용과 다르게 계약금과 잔금(또는 중도금)이 지급된 사실이 확인되고, 그 외 AAA의 공문이나 쟁점투자조합이 BBB에 보낸 내용증명 등은 전환사채의 행사 등과 관련한 것으로 쟁점주식 매매계약에 따른 잔금청산일이 2017사업연도임을 입증할 수 있는 객관적이고 명확한 증빙으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.