[요지] 조특법 제66조 제8항에서 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다라고 규정하여 신청요건을 시행령에 위임하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[요지] 조특법 제66조 제8항에서 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다라고 규정하여 신청요건을 시행령에 위임하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[참조결정] 조심2019중4455
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 법률의 위임 없이 시행령에서 농업경영체 등록 여부를 기준으로 법인세 면제를 배제하는 것은 조세법률주의에 위배된다. (가) 조세특례제한법 제66조에서는 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 “농어업경영체법”이라 한다)에 따른 영농조합법인에 대하여 법인세를 감면한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 농업경영체로 등록한 사실과 관계없이 영농조합법인에 해당한다면 조세특례제한법 제66조의 법인세 면제 규정을 적용하여야 한다. (나) 조세특례제한법에서 영농조합법인은 농어업경영체법에 따라 농업인 등 5인 이상을 조합원으로 하여 설립된 법인을 의미할 뿐, 농업경영체의 등록은 요구하고 있지 아니하며, 이는 농어업경영체법에 따라 융자나 보조금 등을 지원받으려는 자에 한하여 요구되는 것이다. (다) 조세특례제한법 제66조 제8항에서 제1항․제2항․제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다고 규정하고 있고, 양도소득세의 감면 등을 규정하고 있는 조세특례제한법 시행령 제63조 제10항에서 ‘법 제66조 제8항에 따라 …’라고 하여 위임근거를 밝히고 있는 것과 달리, 법인세의 면제에 관한 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항은 모법의 위임 없이 농업경영체 등록확인서의 제출을 감면요건으로 규정하고 있는바, 조세법률주의에 위배된다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항이 조세법률주의에 위배되지 않는다고 보더라도 ‘농업경영체 등록확인서’의 제출은 강제사항이 아니고 협력의무에 불과한 것이므로 이 건 처분은 위법하다. (가) 농어업경영체법 제16조 제1항에서는 농업인 또는 농업생산자단체는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다고 규정하고 있고, 제4조 제1항에서는 농어업 관련 융자․보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 농어업경영정보를 등록하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 즉 보조금 등을 지원받기 위한 경우에만 농어업경영체의 등록을 하는 것이고, 조세특례제한법 제66조에 따라 법인세가 면제되는 영농조합법인이란 농어업경영체의 등록을 하거나 하지 않은 경우 모두를 포함한다고 보아야 한다.
(1) 조세특례제한법 제66조 제8항에서 영농조합법인의 법인세 면제 신청절차를 대통령령으로 위임하고 있고, 같은 법 시행령 제63조 제7항에서 농어업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있으므로 조세법률주의에 위배되지 아니한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항에서 법인세 면제요건을 규정하고 있고, 농업경영체의 등록을 하였으나 법인세 과세표준 신고기한 내에 그 등록확인서를 제출하지 아니한 경우에는 법인세의 감면을 적용받을 수 있으나, 청구법인은 해당 사업연도에 농업경영체로 등록한 사실이 확인되지 않는바, 이 건 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
① 법률의 위임 없이 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항에서 농업경영체 등록 여부를 법인세의 면제요건으로 규정한 것은 조세법률주의에 위배된다는 청구주장의 당부
② 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항에서 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 한 것은 단순 협력의무에 불과하다는 청구주장의 당부
(1) 조세특례제한법 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대해서는 2021년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 “식량작물재배업소득”이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.
⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.
(2) 조세특례제한법 시행령 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) ⑦ 법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조에 따른 농어업경영체 등록(변경등록) 확인서(이하 “농어업경영체 등록확인서”라 한다)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑩ 법 제66조 제8항에 따라 양도소득세를 감면받거나 이월과세를 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서에 해당 영농조합법인의 농어업경영체 등록확인서와 현물출자계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 영농조합법인과 함께 제출하여야 한다
(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제4조(농어업경영정보의 등록) ① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.
1. 농업경영체: 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다) 제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립신고 등) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 “농업생산자단체”라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다.
(4) 대한민국헌법 제107조 ② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.
(1) 청구법인은 2013.12.31. 농산물 공동출하 및 유통 등을 통하여 조합원의 소득증대를 도모하고자 설립된 법인으로, 2014.1.22. 작물재배업 및 원예재배업을 주업종으로 하여 사업자등록을 하였다.
(2) 처분청은 2021.11.22. 청구법인에 공문(법인세 신고관련 해명자료 제출 안내)을 통하여 농업경영체 등록사실을 확인할 수 있는 자료를 요구하였고, 그에 따라 제출된 자료는 없는 것으로 확인된다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 조세특례제한법 제66조 제1항에서 법인세 면제세액의 범위만을 시행령에 위임하고 있으므로 같은 법 시행령 제63조 제7항에서 신청요건을 규정한 것은 조세법률주의에 반하여 위법하다고 주장하나, 조세특례제한법 제66조 제8항에서 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다고 하여 신청요건을 시행령에 위임하고 있는 점, 대한민국헌법 제107조 제2항은 명령ㆍ규칙이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 이 건 심리일 현재까지 위 시행령 조항에 관하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 확인되지 않으므로 해당 조항은 일단 유효하다고 보아야 하는 점 등에 비추어 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항이 위법․무효라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항에서 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 한 것은 단순 협력의무에 불과하다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항에서 영농조합법인에게 세액면제신청서 및 면제세액계산서를 제출토록 하여 과세관청의 감면세액 결정에 협력할 의무를 부여함과 동시에 농업경영체 등록 여부를 확인할 수 있는 등록확인서까지 제출하도록 요구하고 있는 이유는 농어업경영체법 제4조 제1항에 따른 농업경영정보를 등록하였는지 여부 등을 확인하여 정부 등으로부터 농업경영체 육성 및 지원을 위한 융자ㆍ보조금 지원 요건을 충족하였는지 여부와 영농조합법인에 대한 세액 감면요건의 충족 여부까지 확인하기 위한 것으로 보여, 농업경영체 등록확인서 제출 여부는 조세지원 측면에서도 혜택을 부여하기 위한 전제조건으로 해석되는 점(조심 2019중4455, 2020.11.3., 같은 뜻임), 청구법인은 2016∼2019사업연도 법인세 과세기간에 농어업경영체법 제4조에 따른 농업경영체의 등록을 하지 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 영농조합법인에 대한 법인세 면제의 적용을 배제하고 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.