청구법인의 매입세액을 과세사업과 관련 없다고 하여 부가가치세 환급을 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 지방자치법 제3조 에 따라 설립된 지방자치단체로서, 직접 또는 위탁 운영하는 OOO 수산물센터 외 7개 시설의 신축․유지․보수와 관련하여 수취한 2016년 제1기 및 제2기분 매입세금계산서(2016년 제1기 OOO원, 2016년 제2기분 OOO원 합계 OOO원)와 2017년 제1기∼2020년 제1기분 매입세금계산서(2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원 합계 OOO원)에 대하여 해당 매입세액을 공제하지 아니하는 것으로 신고하였다가 부가가치세 과세사업과 관련한 것이므로 매입세액으로 공제하여야 한다는 취지로 경정청구를 아래 <표1>과 같이 2021.7.23. 및 2021.11.25. 각 제기하였다. <표1> 청구법인의 경정청구 내역 OOO
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 각 경정청구에 대하여 과세사업과 관련없는 매입세액 등을 제외하고 환급할 것을 통보하였고, 이에 처분청은 2021.11.16. 및 2022.3.11. 합계 OOO원(2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원, 2018년 제2기분 OOO원, 2019년 제1기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원)을 청구법인에게 환급하고 나머지는 거부처분하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 위 <표1>과 같이 2021.12.20. 이의신청을 거쳐 2022.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 매입세액 환급 거부처분을 받은 시설을 운영하고 있으나, 부가가치세 과세사업 해당여부를 판단함에 있어 다음과 같은 기준을 적용하여 판단하는 것이 타당하다. <표2> 매입세액환급 거부처분 시설현황 OOO (가) 대법원은 지방자치단체가 자신의 명의와 계산으로 용역을 공급하여 제3자에게 시설을 사용․수익하게 하고 이에 대한 대가를 받는 경우 부동산 임대용역을 공급하는 것으로 보아야 하고, 제3자에게 공급하는 용역이 공익적 성격을 갖더라도 달리 볼 것이 아니라고 판시하였다(대법원 2017.7.11. 선고 2015두48754 판결). (나) 하급심 판례에서도 “판결에 나타난 사실관계 및 결정의 취지에 따르면 지방자치단체가 자신의 책임과 계산으로 불특정 다수에게 시설을 사용하게 하면서 이에 대한 사용료 등을 징수하는 경우, 당해 시설의 운용을 관내 지방공기업 등에게 수탁하고 있다고 하더라도 시설사용자에게 제공되는 용역이 부동산임대업, 기타스포츠시설운영업 등 부가가치세 과세사업에 해당된다면 당해시설의 취득 및 유지 관련 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다”(인천지방법원 2015.6.26. 선고 2014구합33209 판결)고 판시하였다. (다) (조세행정의 일관성과 공평성) 공영차고지를 건설하여 운수회사 등에 유상으로 사용하게 하거나 도로에 대한 점용 및 사용허가로 사용료를 징수하는 경우 등의 행정행위의 공익적 성격에도 불구하고 부가가치세 과세대상으로 보고 있고, 지방자치단체가 공익목적 달성을 위하여 소유한 공유재산을 불특정 다수의 제3자에게 사용하고 하고 관련 법령에 따라 사용료를 징수하는 것에 대하여 발생한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 일반화된 조세행정의 원칙이라고 할 것이며, 이에 반하는 이 건 처분은 부당하다. (라) (근거과세원칙) 공익적 성격의 부동산임대가 지방자치단체의 고유업무에 해당하여 부동산임대업이라고 볼 수 없다는 처분청의 의견에는 법적근거가 없고, 사용료 징수액이 쟁점시설물의 유지관리비용에 부족하다는 사실만으로 부동산임대업으로 볼 수 없다는 판례나 선결정례는 없으며, 과세사업으로 분류하지 않기 위해서는 이에 대한 명확한 법적근거가 있어야 한다.

(2) 청구법인은 쟁점①∼③시설물을 다수의 제3자에게 사용․수익하게 하고, 이들에게 관련 조례에 따라 사용료를 징수하고 있으며, 쟁점④∼⑧시설물은 소유자로서 자신의 책임과 계산으로 공익목적의 부동산임대 및 기타스포츠시설운영 용역을 제공하는 과세사업을 영위하고 있는바, 위와 같은 판례에 나타나는 판단기준과 조세행정의 일관성과 공정성, 근거과세원칙에 따라 쟁점시설물의 사용․수익에 대하여 부가가치세 과세사업으로 보아 매입세액을 공제하는 것이 타당하다.

(3) 청구법인은 처분청의 답변에 대하여 다음과 같이 항변하였다. (가) 처분청은 청구법인이 제시한 부가가치세 과세기준에 대한 명확한 답변을 제시하지 않고 있고, 지방자치단체 소유 공유재산 사용료 등이 유지관리비용에 현저하게 부족함에도 불구하고 이를 매입세액에서 공제하는 사례(도로점용료, 공영차고지, 체육시설, 캠핑장 등)가 존재하는 것에 대한 답변도 불충분하다. (나) 처분청은 쟁점④시설물이 한국표준산업분류표상 ‘기타 수상오락 서비스업’에 해당된다는 의견이나, 부가가치세 과세사업여부를 판단함에 있어 용역공급의 실질에 따라야 하는바, 청구법인은 쟁점④시설물을 숙박시설의 제공 등 부동산임대용역으로 공급하고 있으므로 부가가치세 과세사업으로 보아야 한다. (다) 쟁점⑤∼⑧시설물의 사용료는 수탁자가 아닌 청구법인에게 모두 귀속되고 있고, 수탁자가 부가가치세 신고를 하고 있는 것은 수정신고 사항이며, 청구법인은 수탁자에게 쟁점⑤∼⑧시설물의 관리를 무상으로 위탁한 것일 뿐이다. (라) 공익목적이 있다고 하여 쟁점시설물의 매입세액 공제를 배제할 근거는 없고, 청구법인이 쟁점시설물을 통한 용역을 제공함에 있어 연속성과 사업성이 없다는 근거도 없다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점①∼③시설물은 수산물판장 및 생선 횟집 등 시설을 보유한 수산물센터로서 조례에 의해 허가를 득한 자가 사용료를 납부하면서 수산물 판매 및 음식점을 운영하고 있고, 청구법인의 수산물센터 조성은 지역 어업인들의 조업활동 활성화 및 어촌소득 증대 도모를 위한 공익 목적(지방자치단체의 고유사무)이 있으므로 부가가치세법 시행령 제46조 제3호 에 따른 부동산 임대업으로 볼 수 없으며, 부가가치세는 사업자가 모든 거래단계에서 창출된 부가가치에 대하여 과세하는 조세이나, 쟁점시설물을 지역 어업인들에게 사용하게 하고 받는 사용료는 당해 시설의 유지·관리비용에 현저히 미치지 못하고 있어 부가가치를 창출한다고 볼 수 없다.

(2) 쟁점①∼③시설물의 2016년부터 2020년 제1기까지의 사용료 및 유지관리비용은 아래 <표3>와 같이 청구법인이 사용자에게 받는 사용료가 당해 시설에서 발생하는 유지·관리 비용보다 현저히 부족하여 당해 시설은 부동산임대업을 영위하는 것으로 볼 수 없다. <표3> 쟁점①∼③시설물의 사용료 및 유지관리비용 내역 OOO

(3) 쟁점④시설물은 총 65,982㎡(육지 24,322㎡, 해상 41,660㎡) 규모의 마리나 시설로서 총 200척의 레저용 선박을 계류할 수 있고, OOO국제보트쇼, OOO컵 세계요트대회 등 각종 국제행사를 개최한 곳으로, 한국표준산업분류표상 ‘기타 수상오락 서비스업’에 해당되므로 부가가치세법 시행령 제46조 제3호 에 따른 부동산임대업에 해당된다고 볼 수 없다.

(4) 쟁점⑤∼⑧시설물은 청구법인과의 위․수탁 협약서에 따라 OOO 등에 위탁하여 수탁자들 자신의 계산과 책임으로 수익사업(체육시설 사용료 및 아트홀 대관료 징수 등)을 운영하고 있고, 수탁자들은 부가가치세를 신고하고 있는바, 지방자치단체로부터 그 시설의 관리 및 운영에 관하여 위탁을 받은 수탁자가 수탁자의 책임과 계산으로 용역을 공급하는 경우 수탁자가 납세의무자가 된다고 할 것이므로(서면인터넷방문상담3팀-596, 2008.3.21. 외) 청구법인은 쟁점시설물에 대한 납세의무자에 해당되지 않고, 청구법인이 세금계산서를 발행한 내역을 확인할 수 없으며, 청구법인의 부가가치세 신고서 상 경정청구 관련 매입과 직접 대응되는 매출 또한 확인할 수 없으며, 청구법인이 직접 과세사업을 영위하였다고도 볼 수 없으므로 쟁점시설물을 위해 지출한 비용은 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당되어 부가가치세 매입세액 불공제 대상이라고 할 것이다.

(5) 청구법인이 제출한 대법원 판결(대법원 2017.7.11. 선고 2015두48754 판결)은 원고가 의료재단에 노인복지시설을 사용․수익하게 한 규모와 기간 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는 점 등에 비추어 이는 부동산임대사업의 일환으로 이루어졌다고 보아 부가가치세 과세거래에 해당한다고 본 것임에 반하여, 청구법인의 쟁점①∼③시설물은 공익목적으로 운영되고, 시설물 사용료가 유지․관리비용보다 부족하여 부가가치를 창출하지 못하므로 근거로 보기에 부족하다. 또한 인천지방법원 2015.6.26. 선고 2014구합33209 판결의 요지는 이 사건 운영장이 구 부가가치세법 제12조 제1항 제18호 및 같은 법 시행령 제38조 제3호의 ‘기타스포츠시설운영업’에 해당하여 과세대상이라는 것으로 이 건과 관련없고, 청구법인은 쟁점⑤∼⑧시설물을 무상으로 위탁하고 있으므로 이를 임대사업 등으로 사용하였다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 청구법인의 매입세액을 과세사업과 관련이 없다고 보아 부가가치세 환급을 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2014.12.23. 법률 제12851호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “용역”이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. 제3조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2015.2.3. 대통령령 제26071호로 개정된 것) 제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

1. 우정사업 운영에 관한 특례법에 따른 우정사업조직이 우편법 제15조 제1항 에 따른 선택적 우편역무 중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역

2. 철도건설법에 따른 고속철도에 의한 여객운송용역

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 국방부 또는 국군조직법에 따른 국군이 군인사법 제2조 에 따른 군인, 군무원인사법 제2조 에 따른 군무원, 그 밖에 이들의 직계존속ㆍ비속 등 기획재정부령으로 정하는 사람에게 제공하는 재화 또는 용역
• 나. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 의료보건 용역

• 가. 제35조 제1호 단서에 따른 진료용역
• 나. 제35조 제5호에 해당하지 아니하는 동물의 진료용역

(3) 지방자치법(2014.1.21. 법률 제12280호로 개정된 것) 제9조(지방자치단체의 사무범위) ① 지방자치단체는 관할 구역의 자치사무와 법령에 따라 지방자치단체에 속하는 사무를 처리한다.

② 제1항에 따른 지방자치단체의 사무를 예시하면 다음 각 호와 같다. 다만, 법률에 이와 다른 규정이 있으면 그러하지 아니하다.

3. 농림ㆍ상공업 등 산업 진흥에 관한 사무

• 나. 농산물ㆍ임산물ㆍ축산물ㆍ수산물의 생산 및 유통지원

4. 지역개발과 주민의 생활환경시설의 설치ㆍ관리에 관한 사무

• 거. 지역경제의 육성 및 지원

(4) 어촌․어항법(2014.10.15. 법률 제12827호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. “어항시설”이란 어항구역 안에 있는 다음 각 목의 시설과 어항구역 밖에 있는 다음 가목 및 나목의 시설로서 해양수산부장관, 광역시장ㆍ도지사ㆍ특별자치도지사(이하 “시ㆍ도지사”라 한다) 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)이 제17조에 따라 지정ㆍ고시한 것을 말한다.

• 다. 어항편익시설

5. 지역특산품 판매장, 생선횟집 등 관광객 이용시설 제16조(어항의 지정권자) 해양수산부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장(이하 이 장에서 “지정권자”라 한다)은 다음 각 호의 구분에 따라 어항을 지정한다.

1. 국가어항: 해양수산부장관

2. 지방어항: 시ㆍ도지사

3. 어촌정주어항 및 마을공동어항: 시장ㆍ군수ㆍ구청장 제19조(어항개발계획의 수립 등) ① 지정권자는 어항의 개발을 촉진하고 그 운영의 효율성을 높이기 위하여 미리 해당 어항의 시설 및 이용 현황, 어항시설의 안전상태 등을 조사ㆍ점검하여 그 결과를 기초로 대통령령으로 정하는 바에 따라 어항개발계획을 수립하여야 한다. 다만, 해양수산부장관은 수산업의 진흥과 어촌개발을 촉진하기 위하여 필요한 경우에는 관계 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 협의하여 둘 이상의 지방어항ㆍ어촌정주어항 또는 마을공동어항을 포함한 어항개발계획을 수립할 수 있다. 제38조(어항시설의 사용허가 등) ① 어항시설을 사용하거나 점용하려는 자는 어항관리청의 허가를 받아야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 어항관리청에 신고하여야 하고, 이 경우 어항시설을 사용 또는 점용할 수 있는 기간은 광역시ㆍ특별자치도 또는 시ㆍ군ㆍ구의 조례로 정한다.

1. 선박이 안벽ㆍ물양장ㆍ돌제ㆍ잔교ㆍ호안 등 기본시설에 접안(接岸)하거나 계류하려는 경우

2. 선박이 방파제 등 외곽시설의 내항 부분(접안장소는 제외한다)에 묘박(錨泊)하거나 정박하려는 경우

3. 기본시설이나 야적이 가능한 어항구역 안의 부지에 화물 등을 쌓아두거나 임시 구조물을 일시적으로 설치하려는 경우

4. 제26조 제4항에 따라 비지정권자가 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 토지 또는 시설을 무상으로 사용하거나 수익하는 경우 제42조(사용료 등의 징수) ① 어항관리청은 제38조에 따라 어항시설을 사용하거나 점용하는 자로부터 조례로 정하는 바에 따라 사용료 또는 점용료를 징수할 수 있다. 다만, 국가, 지방자치단체 등 대통령령으로 정하는 자에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용료 또는 점용료를 감면(減免)할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2006.7.26. 어촌․어항법제36조 규정에 따라 OOO가 관리청이 되는 어항의 관리 및 어항시설 ․사용료 등의 징수에 관하여 세부사항을 규정하기 위한 다음과 같은 ‘OOO 어항관리 조례’를 제정하였다. <OOO 어항관리 조례 주요내용> OOO (나) 청구법인이 쟁점시설물에 대하여 경정청구를 제기한 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점시설물에 대한 경정청구 내역 OOO (다) 청구법인은 쟁점①∼③시설물의 건축물대장, 사용허가현황 등을 제출하였고, 쟁점④시설물의 건축물대장, 운영실적 및 사용료 현황, 쟁점⑤∼⑧시설물의 건축물대장. 위․수탁 관리 및 운영협약서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점시설물을 부가가치세 과세사업으로 보아 매입세액을 공제하는 것이 타당하다고 주장하나, 부가가치세법상 과세대상인 사업을 영위하여 그와 관련된 매입세액이 공제되는지 여부는 그러한 거래활동이 수익을 목적으로 하고 있는지와 그 규모, 횟수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 판단하여야 하는바(대법원 2001.4.24. 선고 99두5412 판결 참조), 청구법인은 지방자치법제9조 제2항 제3호 및 제4호 규정의 지방자치단체의 사무범위에 해당하는 ‘수산물의 생산 및 유통지원’ 및 ‘지역경제의 육성 및 지원’을 위해 쟁점시설물을 설치․임대하였다고 볼 수 있고, 어업인의 소득 증대라는 공익적 목적하에 쟁점시설물을 설치․임대하였음이 청구법인의 조례 및 쟁점시설물 설치 관련 공문을 통해 확인되는 점, 쟁점①∼③시설물의 경우 제3자에게 임대하고 수취한 사용료가 유지․관리비용에 미치지 못한 것으로 나타나 쟁점시설물의 임대용역에 대하여 사업성이 있다고 보기는 어려우므로, 이를 부가가치세법 시행령제46조 제3호에 따라 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역 중 부가가치세가 과세되는 부동산 임대업의 사업활동의 일환으로 보기 어려운 점, 쟁점④시설물은 한국표준산업분류표상 ‘기타 수산 오락 서비스업’인 마리나업에 이용되어 부가가치세가 과세되는 부동산 임대업에 해당된다고 보기 어려운 점, 쟁점⑤∼⑧시설물은 청구법인이 수탁자에게 시설물의 관리를 위탁한 것으로 수탁자들은 자신들의 계산과 책임으로 용역을 공급하고 부가가치세 신고를 하고 있으며, 청구법인은 쟁점⑤∼⑧시설물을 무상으로 임대하고 있으므로 직접 과세사업을 영위하고 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 쟁점시설물 설치 및 유지보수 등과 관련된 비용을 매입세액 불공제대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021소5001, 2022.6.20. 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.