토지․건물 일괄양도시 구분기재한 건물가액을 부인하고 기준시가 안분액으로 부가가치세를 부과한 처분의 당부

• [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2016.9.6. 개업하여 도소매 식품유통업을 영위하고 있는 법인사업자(2019년 변경 전 상호는 농업회사법인 주식회사 AAA)로서, 2019.6.27. BBB주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 OOO 공장용지 1,669㎡ 등 4필지 및 지상 건물 등(이하 “쟁점부동산”, 공장으로 사용된 건물부분을 “쟁점건물”이라 한다)을 총 OOO원(공급가액)에 일괄양도하고 이 중 건물(3층 철골구조, 연면적 2,910.64㎡)은 OOO원 및 기계장치는 OOO원을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발급하였다.
• 나. OOO청장이 양수법인 관할의 OOO서장에 대하여 실시한 종합감사(2021.8.24.～2021.9.10.) 결과 청구법인이 양수법인에게 토지와 건물 등을 일괄 공급한 사실과 관련하여 부가가치세법 제29조 및 부가가치세법 시행령 제64조 에 의하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우에 해당한다는 의견으로 OOO서장에 처분지시하였고, 처분청은 OOO의 자료통보내용에 따라 기준시가로 안분한 건물가액 OOO원을 공급가액으로 보아 2022.3.8. 청구법인에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청이 청구법인의 건물 구분가액을 부인한 것은 계약자유를 형해화시키고, 소비자부담의 부가가치세 제도의 내재적 원리 및 세법상 실질과세의 원칙에도 위배된다. 쟁점건물은 2013.6.17. 신축가액이 OOO원이었고, 신축 3년 후 2016.10.19. 청구법인의 경매취득가액이 OOO원으로서, 신축 후 6년 이 경과한 2019.6.27. 청구법인이 양수법인과 건물가격을 OOO원으로 결정하여 매도하였는데, 처분청이 재결정한 가액은 신축가격보다 훨씬 높은 OOO원이다. 건물은 감가상각대상자산으로서 시간 경과에 따라 가치가 감소하는 원칙이고, 쟁점건물의 소재지는 농경지역으로서 일부 대도시상업지역처럼 예외적으로 건물가격이 토지가격처럼 상승하는 곳도 아니기 때문에 공장인 쟁점건물의 가치도 신축가격보다 하락한 것으로 보아야 할 것이며, 또한 청구법인과 양수법인 간에는 탈세 담합이 가능할 정도의 아무런 특수관계도 없는 등 사인간의 객관적인 계약금액이 부인되어야 마땅할 아무런 합리적 근거가 없음에도 불구하고, 처분청이 오직 과세목적에서만 건물가격을 일방적으로 너무 높게 재결정한 것은 계약자유 원칙을 형해화하는 것이다. 청구법인과 양수법인은 객관적인 상황에 따라서 매매가격을 결정하고 매매 물건의 가격을 결정하였으나, 처분청은 합리적인 이유도 없이 사인간에 결정된 거래가격을 무력화시키면서 터무니 없이 높은 가격으로 재결정함으로써, 이미 거래를 종료한 청구법인은 해당 부가가치세의 거래징수가 불가능할 뿐만 아니라, 일반소비세인 부가가치세의 전가도 불가능하게 되어 소비세인 부가가치세의 소비자부담원칙과 반대로 오히려 공급자가 부가가치세를 부담해야 하는 부당한 상황이 되었다. 위와 같이 이 건 부가가치세는 부과에 합리적 이유가 없음은 물론이고 부가가치세 납세의무를 성실히 이행해 온 청구법인의 실질적인 추가부담이기 때문에, 세법이 전가를 예상한 부가가치세가 오히려 공급자가 부담해야 하는 법인세처럼 취급되는 부당한 결과를 초래하여 공평과세에도 위배된다. 국세기본법 제14조 제2항에서는 실질과세원칙을 규정하고 있는바, 이는 법적 형식이나 외관이 실질과 다른 경우에는 그 실질에 따라 세법을 해석하고 과세요건 사실을 적용하여 납세의무자의 담세력에 따른 조세부담이 가능하게 함으로써 궁극적으로는 모든 국민의 개별적인 담세력에 따라 공평하게 세부담이 배분되어야 한다는 조세평등주의를 실현하고자 하는 세법상 대원칙으로서, 비록 이러한 실정법 규정이 납세자의 실질위배에 대한 대응책으로 입법되었다고 보여지기는 하나, 오늘날 보편적으로 받아들이고 있는 조세의 채권채무관계설 입장에서 본다면 동일한 관점에서 과세관청에게도 역시 실질위배에 대한 책임을 물어야 공정하고 합리적인 세정이 될 수 있다. 채무자인 납세의무자의 탈세가 비난 대상이듯이 채권자인 과세관청의 부당한 과잉징수 역시 비난대상이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 실지가액구분을 인정하여야 한다고 주장하나, 건물가액이 임의적이고 기준시가 안분가액과 30% 이상 차이가 발생하므로, 기준시가로 안분하여 과세한 처분은 적법하다. 쟁점건물은 주류제조업을 영위하는 특정업체만 사용할 수 있는 건물로서 일반적인 경우와 다른바, 2013년 최초 쟁점건물 신축 당시 생막걸리 제조시설로 당시 소유법인이 OOO로부터 공급대가 OOO원의 세금계산서를 수취하여 시설투자하였고, 이에 비해 토지의 장부가액은 OOO원으로 상대적으로 적은 것으로 확인되며, 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시 감정가액 구성에 있어서도 지가에 비해 건물가액을 훨씬 높게 책정된 사실이 확인된다. 그리고, 청구법인은 쟁점부동산을 OOO원에 취득하여 약 3년만에 OOO원에 양도하여 막대한 차익을 실현하였으나 공시지가 급상승, 형질의 변경 등 지가상승으로 인한 요인이 확인되지 않는다. 쟁점부동산은 OOO에 소재하여 지역특산품인 ‘OOO’ 제조에 특화된 시설로 지가상승요인은 없고 시설의 특수성이나 주류판매업황 등의 요인이 부동산가액에 영향을 더 미칠 것으로 예상된다. 한편, 청구법인이 쟁점부동산을 양도하기 전 청구법인의 재무상태표상에서도 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 건물가액의 비율이 훨씬 높았음이 확인된다. 따라서, 청구법인이 신고한 실지거래가액은 OOO원이나 기준시가로 안분한 건물의 가액은 OOO원으로서, 부가가치세법 제29조 제9항 에서 규정하고 있는 실지거래가액과 기준시가 안분가액이 100분의 30 이상 차이 나는 경우에 해당한다.

• 가. 쟁점 토지․건물의 일괄양도시 구분기재한 건물가액을 부인하고 기준시가 안분액으로 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지>에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2016.9.6. 개업하여 도소매 식품유통업을 영위하고 있는 법인사업자로서, 2019.6.27. 양수법인에게 쟁점부동산(막걸리 공장 부지, 건물 및 기계장치)을 총 OOO원(공급가액)에 일괄양도하는 계약을 체결하고, 건물 및 기계장치의 공급에 대하여 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발급한바, 심리자료상으로 매매계약서상 자산별 가액구성, 청구법인의 장부가액(2019사업연도) 및 기준시가는 아래 <표1>과 같다. <표1> 매매계약서상 자산별 가액 구성 (단위: 백만원) OOO

(2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청 구법인은 2016.10.19. 쟁점부동산을 경매를 통해 OOO원에 취득한바, 경매 당시 감정가액 및 전 소유자인 농업회사법인 주식회사 CCC의 2015사업연도말 재무상태표상 자산구성은 아래 <표2>와 같다. <표2> 취득 당시 자산별 평가액 구성 (단위: 백만원) OOO

(3) 청구법인은 쟁점건물에 대하여 2013.6.17. 사용승인을 받을 때 신축가격이 OOO원이고, 건물이 감가상각대상임을 고려할 때 이보다 낮은 양도가액 OOO원은 합리적인 구분이라고 주장하면서, 신축가액의 증빙으로 시공사인 DDD㈜가 건축주인 농업회사법인 ㈜EEE를 피고로 공사대금을 청구한 사건의 조정조서(OOO, 2015.10.26.자)를 제출하였고, 한편, 청구법인의 계정별 원장에 의하면, 청구법인은 2016.10.19. 경매로 취득시 쟁점건물의 가액을 OOO원, 기계장치의 가액을 OOO원(합계 OOO원)으로 계상한 것으로 나타난다.

(4) 청구법인은 쟁점부동산이 농경지역에 소재하여 건물의 가치가 상승하기 어려운 지역이라고 주장하는바, 토지이용계획확인서상으로 해당 소재지는 계획관리지역으로 나타나고, 공시지가 변동내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 공시지가 변동 내역 OOO (5) 쟁점건물은 2013년 생막걸리(OOO) 제조시설로 신축되었고 신축 이후 현재까지 주류제조업을 영위하는 법인이 소유하였고, 청구법인과 양수법인 사이에 특수관계가 있다는 사정은 제시되지 아니한다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 건물이 감가상각자산이고 건물가치가 상승할 입지도 아니며 특수관계 없는 당사자간 거래이므로 처분청이 당사자간 구분가액을 부인하고 안분가액을 적용한 것은 잘못이라고 주장하나, 거래 당시 시행 중이던 ｢부가가치세법｣ (2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인이 구분한 토지와 쟁점건물의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 기준시가에 의하여 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 해당 조항의 2018.12.31. 개정이유가 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로서 달리 예외를 두고 있지는 아니한 점 등에 비추어 청구인이 일괄 양도한 쟁점부동산의 가액구분에 대해 처분청이 이를 부인하고 기준시가에 의하여 안분 계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법(2021.12.8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것) 제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. 제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (2) 부가가치세법 시행령 (2022.2.15. 대통령령 제32419호로 일부개정되기 전의 것) 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액