법인세법은 비영리법인의 사업을 고유목적사업과 수익사업으로 나누고 이 중 수익사업에서 생긴 소득을 과세대상으로 삼고 있는 점, 쟁점사업은 국가보훈처장으로부터 위탁받은 사업으로서 청구법인의 고유목적사업에 해당하는 점, 청구법인은 쟁점사업 외에 보훈재활체육, 보훈연수원 운영, 주거복지사업 등을 국가보훈처 수탁사업으로 수행하고 있으며 모두 비수익사업으로 구분경리하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨
법인세법은 비영리법인의 사업을 고유목적사업과 수익사업으로 나누고 이 중 수익사업에서 생긴 소득을 과세대상으로 삼고 있는 점, 쟁점사업은 국가보훈처장으로부터 위탁받은 사업으로서 청구법인의 고유목적사업에 해당하는 점, 청구법인은 쟁점사업 외에 보훈재활체육, 보훈연수원 운영, 주거복지사업 등을 국가보훈처 수탁사업으로 수행하고 있으며 모두 비수익사업으로 구분경리하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점사업 중 위탁병원 진료사업은 그 성격이 제3자의 매출을 대신해서 정산지급하는 것에 불과하므로 수익사업은 물론 비수익사업에도 해당하지 않는다. 처분청의 과세논리대로 이를 자기계산으로 하는 사업이라고 가정한다면 의료업에 해당하므로 수익사업으로 보아야 하고, 사업목적에 따라 비수익사업으로 본다면 OOO병원도 비수익사업으로 분류해야 한다는 모순이 발생한다.
(2) 한편, 처분청의 과세논리에 따르는 경우 위탁병원에게 지급하는 진료비, 위탁병원관리단의 인건비 등 쟁점사업으로 인하여 발생하는 공통관리비는 2016~2020사업연도에 평균 OOO원에 이르게 되는데, 이는 청구법인의 전체 인원대비 0.49%에 불과한 쟁점사업 부문에서 전체 공통경비의 31.6%를 사용했다는 것이므로 공통경비 안분계산 취지에도 맞지 않는다.
(3) 위탁병원 관리사업은 위탁병원의 진료 및 서비스 적정 여부를 수시로 감독하는 것이므로 비수익사업으로 볼 수 있지만, 위탁병원 진료사업은 수익사업과 비수익사업 어디에도 해당하지 않으므로 본사 공통손금 배부비율 계산시 제외되어야 한다.
(1) 쟁점사업은 OOO 수탁사업으로서 청구법인의 고유목적사업이므로 비수익사업으로 구분함이 타당하다. (가) 쟁점사업은 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률에 의하여 국가유공자에게 의료지원을 목적으로 OOO이 지정 위탁한 의료기관에 대한 진료비 심사･지급･관리를 하는 사업이다. (나) 청구법인은 법인 정관 제50조(운영재원) 규정에 따라 국가가 부담하는 보상금을 자기책임 하에 관리하고, 손실 발생액은 수익사업에서 전입하고 있다.
(2) 청구법인은 공익법인 회계기준을 적용받고 있으며, 이에 의하면 수익을 총액으로 표시하도록 되어 있으므로, 매출 자체를 부인하는 것은 공익법인 설립·운영에 관한 법률에도 위배된다.
(3) OOO 수탁사업으로는 쟁점사업 외에도 OOO재활체육센터, OOO연수원운영, 주거복지사업 등이 있는데, 이에 대한 운영경비는 모두 세출예산과 복권기금으로 집행되고 있으며, 모두 비수익사업으로 구분하고 있다.
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제3조 (수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.
1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)ㆍ조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업
2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) 2의2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 교육시설에서 해당 법률에 따른 교육과정에 따라 제공하는 교육서비스업
4. 보건업 및 사회복지 서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업
5. 연금 및 공제업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
6. 사회보장보험업 중 국민건강보험법에 의한 의료보험사업과 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역중 부가가치세법 제26조 제1항 제18호 에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 금융 및 보험 관련서비스업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업
9. 대한적십자사 조직법에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업
10. 한국주택금융공사법에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)
11. 국민기초생활 보장법제2조에 따른 수급권자ㆍ차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업
12. 비영리법인(사립학교의 신축ㆍ증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업
13. 국민체육진흥법 제33조 에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및 태권도 진흥 및 태권도공원조성에 관한 법률에 따른 국기원의 승단ㆍ승급ㆍ승품 심사사업
14. 수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률에 따른 수도권매립지관리공사가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업
15. 한국장학재단 설립 등에 관한 법률에 따른 한국장학재단이 같은 법 제24조의2에 따른 학자금대출계정을 통하여 운영하는 학자금 대출사업
16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제15호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업 (3) 법인세법 시행규칙 제76조 (비영리법인의 구분경리) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금 외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간・사용시간・사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
(1) 청구법인은 OOO 산하의 비영리법인으로서, 본사 외에 OOO병원(전국 6개소), 위탁병원관리단, OOO, OOO요양원, OOO휴양원 등을 운영하고 있다.
(2) 청구법인은 의료사업 등에서 발생한 수익을 위 <표1>과 같이 수익사업과 비수익사업으로 구분경리하고 있으며, 본사의 공통손금은 본사 임직원의 인건비가 그 대부분을 구성한다.
(3) OOO은 국가유공자 등 예우 및 지원에 관한 법률규정에 따라 국가가 환자 부담금 전액을 부담하는 조건으로 민간의료기관에게 국가유공자 등의 진료를 위탁하고, 청구법인으로 하여금 위탁병원에 대한 진료비 심사･지급･관리 등의 업무를 수행하도록 위탁하고 있으며, 이에 따라 청구법인은 OOO로부터 쟁점사업 예산을 지급받아 집행하고 있으며 별도의 손익은 발생하지 않는다.
(4) 법인 정관에 의하면 OOO이 위탁하는 사업은 청구법인의 고유목적사업으로 되어 있으며, OOO 수탁사업에는 쟁점사업 외에도 OOO재활체육, OOO연수원 운영, 주거복지사업 등이 있다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점사업 중 위탁병원 진료사업은 OOO를 대신해서 단순히 위탁병원 진료비의 정산지급만을 대행하는 것으로서 수익사업과 비수익사업에 해당하지 않으므로 본사 공통손금 배부비율 계산시 제외되어야 한다고 주장하나, 법인세법은 비영리법인의 사업을 고유목적사업과 수익사업으로 나누고 이 중 수익사업에서 생긴 소득을 과세대상으로 삼고 있는 점, 쟁점사업은 OOO으로부터 위탁받은 사업으로서 청구법인의 고유목적사업에 해당하는 점, 청구법인은 위탁병원진료비 등 사업예산을 OOO로부터 지급받아 집행하고 있으며 청구법인에게 손익이 귀속되지 않는 점, 청구법인은 쟁점사업 외에 OOO재활체육, OOO연수원 운영, 주거복지사업 등을 OOO 수탁사업으로 수행하고 있으며 모두 비수익사업으로 구분경리하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.