2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) (주위적 청구) 처분청은 청구인이 이 건 현물출자를 하면서 쟁점주식을 시가보다 저가에 양도하여 특수관계자인 주-BBB에게 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산 부인하였으나 이는 아래와 같은 사유로 위법하므로 처분청이 청구인에게 한 양도소득세 부과처분을 취소하여야 한다. 이 건 현물출자는 주-BBB가 한국거래소 코스닥 상장 심사과정에서 2019.6.30.까지 AAA-주를 종속회사로 편입하기로 확약한 결과에 따른 것이어서 특수한 상황에서 이루어진 것이고, 더구나 상장법인인 주-BBB는 이 건 현물출자 관련 증자(신주발행)에 대하여 상법과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자본시장법”이라 한다)에 의하여 엄격한 통제와 규제를 받아야 하는 등 당시의 제반 사정을 고려할 때 거래당사자가 임의로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래를 할 수 있는 상황이 아니었으며, 또한 청구인은 쟁점주식 발행법인인 AAA-주의 주주인 동시에 증자법인인 주-BBB의 주주이기도 했으므로 청구인이 주-BBB에게 이익을 분여하여야 할 특별한 이유도 없었다. 현물출자는 무가치한 재산이 출자되거나 출자재산이 과다 평가되어 자본충실을 해할 염려가 있기 때문에 상법 제422조 는 현물출자의 공정성과 평가의 공정성을 확보하기 위하여 엄격한 조사절차를 두고 규제하고 있는 점 등을 감안하면 이 건 현물출자는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것이라 할 수 없다. 또한 이 건 현물출자에 의하여 발행되는 신주는 증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 제2-2조에 의해 1년간 전량 보호예수 대상이고, 신주발행가액은 같은 규정 제5-18조 제2항에 의해 “이사회결의일 전일을 기산일로 하여(최근 1개월간의 가중산술평균주가 + 최근 1주일간의 가중산술평균주가 + 최근일 가중산술평균주가)/3”과 최근 가중산술평균주가 중 낮은 가액을 기준주가로 하며, 1년간 보호예수기간을 고려하여 같은 규정 제5-18조 제1항에서 허용된 기준주가의 100분의 10의 할인율을 적용하는 등 이 건 현물출자는 관계법령 및 규정 등의 규율 하에 적법하게 이루어진 것이므로 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 합리성이 없는 비정상적인 것이라고 볼 수 없다. 쟁점주식의 양도가액은 양도당시 이 건 현물출자의 대가로 청구인이 교부받은 주-BBB의 발행주식 365,004주를 거래소 최종시가가액(1주당 OOO원)으로 평가한 OOO원으로 하는 것이 원칙이므로 단순히 이 건 감정평가서상의 자산ㆍ부채 평가액이 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)상 순자산가액보다 높거나 낮다고 하여 바로 부당행위계산 부인할 수 없다. 한편 처분청은 이 건 감정평가서를 기준으로 이 건 이연법인세와 이 건 재고자산충당금을 순자산가액에 가산하여 쟁점주식의 양도가액을 OOO원으로 산정하였는데 이는 상증법상에서 허용한 평가방법과 거리가 있으므로 이를 쟁점주식의 양도가액으로 인정할 수 없다. 이 건 감정평가서는 현물출자 관련 주식교환비율을 산정하기 위한 비상장주식의 평가방법에 따라 평가한 것으로 상증법상의 비상장주식 평가와는 그 평가방법, 근거법령, 평가기준이 다르다. 즉 현물출자 관련 주식교환비율을 산정하기 위한 감정가액은 상법 및 자본시장법을 적용하여 산정하고 양도소득의 부당행위 계산을 위한 주식의 평가는 상증법을 적용하여 산정하여야 함에도 처분청은 현물출자 관련 주식교환비율을 산정하기 위한 감정가액 산정 시에도 상증법상 평가규정을 적용하여 산정하는 것으로 잘못 이해하고 있다.
(2) (예비적 청구) 이 건 현물출자가 양도소득의 부당행위계산 부인 대상이라고 하더라도 양도차익의 계산은 쟁점계약일이 아닌 쟁점양도일을 기준으로 판단하여야 한다. 부당행위계산에 해당하는지 여부를 결정하는 기준시기는 거래 당시(즉 매매계약일)이고 거래 당시(매매계약일)를 기준시기로 하여 부당행위계산에 해당한다고 판단한 경우에도 양도차익 계산을 하기 위한 양도가액은 양도시기를 기준으로 계산하여야 한다는 것이 대법원(대법원 2001.6.15. 선고 99두1731 판결, 참조)과 조세심판원(조심 2015서1956, 2015.7.27., 같은 뜻임)의 확립된 견해이다. 따라서 처분청이 쟁점계약일을 쟁점주식 양도차익 계산의 기준시기로 보아 순자산가액을 계산하여 이 건 부과처분을 한 것은 잘못이므로 쟁점양도일 현재의 단기차입금 OOO원(2019.7.31. 발생, 2020.7.30. 만기)과 원재료비 OOO원(이 건 재고자산충당금 OOO원에서 조정금액 OOO원 차감한 금액) 등을 고려한 동일자 순자산가액으로 산정한 양도가액(OOO원=1주당 OOO원×1,100주)을 통해 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다.
(1) (주위적 청구에 대한 의견) 청구인은 이 건 현물출자가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래가 아니므로 처분청이 양도소득의 부당행위계산 부인을 적용하여 과세한 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 양도소득의 부당행위계산 부인 시 적용하는 시가는 상증법의 재산평가에 관한 규정을 준용하여 평가한 가액을 말하는 것으로 청구인이 주-BBB에 쟁점주식을 현물출자할 당시 쟁점주식은 거래가 없어 시가가 없는 경우에 해당하여 상증법상 규정된 보충적 평가방법으로 쟁점주식을 평가하여야 하고 상증법 시행령 제49조에서 비상장법인 주식의 감정가액은 시가로 인정하지 않음에도 이를 시가로 신고하였으며, 상증법은 자의적인 비상장법인의 주식평가를 방지하기 위해 부채 중 지급의무가 확정되지 아니한 부채는 인정하지 않고 있음에도 청구인은 임의평가를 하면서 지급의무가 확정되지 아니한 이 건 이연법인세와 이 건 재고자산충당금을 자산에서 차감하였고 이로 인해 청구인은 특수관계인인 주-BBB에게 쟁점주식을 시가보다 저가로 양도하였으므로 이 건 현물출자는 소득세법 제101조 및 같은 법 시행령 제167조의 양도소득의 부당행위계산 부인의 요건에 해당하므로 이를 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.
(2) (예비적 청구에 대한 의견) 청구인은 쟁점양도일을 기준으로 쟁점주식의 양도차익을 계산하여야 한다고 주장하나, 양도소득의 부당행위계산에 관하여 규정하고 있는 소득세법 제101조 제1항 은 특수관계인과의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다고 규정하고 있는바, 이는 양도소득의 계산에 있어 부당행위계산의 부인은 일정한 특수관계인 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 이를 부인하고 법령이 정하는 방법으로 정부가 소득금액을 계산하는 제도이므로 토지 등의 취득ㆍ양도가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정짓는 거래당시를 기준으로 판단하여야 할 것이고(국심 2004중3536, 2004.12.24., 같은 뜻임), 부당행위계산에 해당하는지 여부를 결정하는 기준시기를 거래 당시(매매계약일)로 본 것은 부당행위계산 제도의 취지를 고려한 결과이며(대법원 2001.6.15. 선고 99두1731 판결, 참조), 이 건의 경우에 있어서 조세의 부담을 부당하게 감소시켰는지 여부와 관련된 판단시점인 거래시점이란 당사자 간에 쟁점주식을 현물출자하기로 합의한 시점이라고 할 수 있는 쟁점계약일로 보아야 한다. 만약 청구인이 주장하는 대로 순자산평가를 쟁점양도일 현재 순자산가액으로 한다면 거래당사자는 계약시점에 해당 비상장주식에 대한 미래의 시가를 현재의 시점에서 예측해서 거래를 하여야 하는 불합리한 결론이 초래된다(국심 2004중3536, 2004.12.24., 같은 뜻임). 따라서 양도소득의 부당행위계산 부인규정을 적용함에 있어서 쟁점주식에 대한 거래가격 합의시점인 쟁점계약일 당시의 시가를 기준으로 쟁점주식의 시가를 산정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.