청구인이 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서를 보면 쟁점부동산 중 토지가 100억원, 건물이 20억원으로 기재되어 있을 뿐 쟁점영업권에 대한 기재가 없으므로 쟁점영업권을 인정하기 어려우므로 소득세법 제100조 제3항의 적용시 쟁점영업권의 가액을 감안해야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵고, 청구인은 이건심판청구에서 처분청의양도소득세 결정처분을 다투고 있고, 청구인이 쟁점건물등에 관한 부가가치세 신고를 한 것에 대해 처분청이 별도로 불이익한 처분을 한 사실이 없어 불복대상이 되는 처분이 미존재하므로 이에 관한 청구인의 심판청구는 부적법한 청구에 해당함
[주 문] 부가가치세 경정청구에 관한 심판청구는 각하하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
(1) (주위적 청구 관련) 소득세법 제100조 제2항, 같은 법 시행령 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 에 의하면 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산 한다고 규정하고 있고, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 그 취지에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우와 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지로 해석이 되는바, 청구인은 1년여 동안의 협상에 의한 진정한 합의에 의하여 양도가액을 결정한 것이며 동일한 조건의 인접 매매가액에 비교하더라도 임의적 구분이 아님이 명확하게 확인되며 오히려 이를 부인한 가액이 비합리적이며 시세에 현저히 벗어나게 되는 것이다. (가) 청구인은 계약의 협상단계부터 계약당사자가 청구인뿐만 아니라 인접 토지의 지주들이 9명이나 되므로 토지의 평가에 대하여는 크게 차이가 없을 것으로 판단하여 토지와 건물은 협상의 대상이 아니고 주유소에 대한 위험물설치허가권(시설물와 합하여 이하 “쟁점영업권”이라 한다)를 얼마로 결정하는가가 중요한 협상의 대상이었으므로 별도로 약 1년여에 걸쳐 협상을 해왔다. 청구인은 협상 끝에 쟁점영업권 OOO원, 건물 OOO원으로 결정하고 합계 OOO원에 대하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고납부 하였는바, 쟁점영업권 OOO원을 제외한 토지 OOO원과 건물 OOO원 합계 OOO원을 기준시가로 안분계산하여 적용하는 것이 타당하다. 소득세법 제100조 제3항 은 토지와 건물 등을 일괄양도하면서 그 가액을 구분하기는 하였으나 구분한 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 “토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다”라고 규정하고 있는바, 청구인의 경우 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 구분하여 신고하였는데, 총 매매금액 OOO원 중 쟁점영업권 OOO원을 제외하면 거래금액이 OOO원이고, 토지 OOO원 및 건물 OOO원에 대하여 소득세법 제100조 제2항, 제3항에 따라 토지와 건물을 기준시가에 따라 안분하여 계산하면 토지 OOO원, 건물 OOO원으로 청구인이 신고한 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 토지와 건물 각각 100분의 30 이상 차이가 나지 않으므로 소득세법 제100조 제2항, 제3항에 따라 청구인이 신고한 토지와 건물의 가액은 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는다. (나) 이러함에도 당사자들이 긴 시간동안 협상에 의하여 토지와 건물, 쟁점영업권을 평가 결정한 것에 대하여 그 가액이 부당하다는 근거를 제시하지 않은 채 합리적 이유 없이 계약상의 양도가액의 적정성을 부인하여 각 자산의 양도가액을 임의대로 재계산한 것은 위법 부당한 것인바, 여러 자산을 양도하는 경우 각 자산별 양도대금 산정 문제는 사적자치의 영역으로 당사자가 합의를 통하여 자유롭게 정할 수 있는 것이고 청구인의 경우 동일한 조건의 다른 거래가액보다 큰 차이가 없으며, 오히려 토지의 거래가액을 비교하면 인접 동일한 토지에 비하여 더 높게 거래한 것이다. (다) 특히 중요한 토지의 경우 양도가액이 전혀 부당하게 산정된 것이 아닌바, 아래 OOO과 같이 인접 동일한 거래에서 토지의 평당가액은 OOO원으로 거래되었으며 청구인이 신고한 토지의 양도가액은 평당 약 OOO원인데, 처분청에서 재계산한 토지의 거래금액은 평당 OOO원으로서 평당 가액과 무려 OOO원의 차이가 발생하여 오히려 전혀 터무니없는 금액인 것이다. 또한 쟁점영업권도 주변 거래사례를 보더라도 그 양도가액이 현저하게 합리성을 결여하고 있다거나 시가와 현저한 차이가 있는 것이 아니므로 이를 법률상 가장행위에 해당한다고 볼 수 없는바, 거래의 실질을 부인하는 것은 부당한 것이다.
(2) (예비적 청구 관련) 쟁점부동산은 매수인이 토지만을 취득하여 부동산매매업을 할 목적으로 취득한 것으로 지상물은 계약당시에 철거가 예정되어 있었으며 실제 모두 매수인이 철거하였는바, 쟁점건물은 재산가치가 없으므로 부가가치세법 및 관련 예규에 따라 부가가치세 과세표준은 “ 0”이 되고, 건물분에 대하여 부가가치세를 납부할 의무가 없었음에도 청구인은 건물에 쟁점영업권이 포함되어 있어 이를 분명히 하기 위하여 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고ㆍ납부한 것이므로 처분청에서 쟁점영업권을 별도로 인정하지 않는다면 청구인은 부가가치세를 납부할 이유가 없는 것으로서 청구인이 납부한 부가가치세는 환급되어야 하는 것이다.
(1) (주위적 청구 관련) 청구인은 계약조건 약정서상 기재된 쟁점영업권을 인정하여야 한다고 주장하나, 양도소득세 신고 시 제출된 매매계약서상 쟁점부동산의 표시에 토지 및 건물로 기재되어 있고, 매매대금 또한 토지 OOO원, 건물 등 OOO 원으로 기재되어 있는바, 최종 매매계약서상 기재되지 아니한 쟁점영업권 OOO원은 감정평가 등 해당금액 산정에 대한 객관적 근거가 뒷받침되지 않은 임의적 구분에 해당할 뿐이며, 청구인이 주유소를 영업할 당시인 1996년부터 2019년까지 종합소득세를 신고·납부하면서 쟁점영업권을 계상한 사실이 없는 점 등을 보면 쟁점영업권을 인정할만한 근거가 없다.
(2) (예비적 청구 관련) 청구인은 매수인이 부동산매매업을 영위하는 업체로 새로운 건물을 신축할 목적으로 쟁점부동산을 매입한 것으로 매수인에게 쟁점건물은 전혀 불필요한 것이었으므로 청구인이 세금계산서를 교부하고 양도소득세 신고한 쟁점건물의 거래가액 OOO원은 실질적으로 쟁점영업권에 대한 가액이었을 뿐이며, 쟁점건물은 양도 당시 철거가 예정되어 있었으므로 실질적인 재산가치가 없는 거래로 보아 처분청이 쟁점영업권을 인정하지 않는다면 쟁점부동산 거래가액은 전부 토지에 대한 공급가액이므로 쟁점건물에 대한 부가가치세 전부를 환급해야 한다고 주장하나 아래와 같은 내용을 고려하면 당초 처분은 정당하다. (가) 쟁점부동산 매매계약서에 의하면 청구인과 매수인은 토지와 건물 모두 매매 목적물로 삼아 거래가액을 구분하여 기재하였고, 잔금지급일 이전에 건물을 철거하고 청구인 책임 하에 쟁점건물을 멸실하여 매매대상인 쟁점건물이 존재하지 않게 되었다는 등의 명시적인 약관이 없으며, 매수인은 쟁점건물의 소유자로서 취득(2019.12.5.)한 지 1년 8개월 만인 2021.7.13.에 쟁점건물을 철거하였고, 비록 매수인이 쟁점부동산 양수 후 쟁점건물을 철거하고 건물을 신축할 계획을 가지고 있었다 할지라도 이는 매수인에게 공급된 후의 부가적인 사정에 불과하다. (나) 쟁점부동산 매매계약서상 명백히 쟁점건물이 목적물로 기재되어 있으며, 토지와 함께 양도된 후 소유권이전등기가 경료되었고 그 등기명의자는 적법한 등기원인에 의하여 소유권을 취득한 것으로 추정하므로 매매의 목적물로서 매수인에게 매도된 것인바, 부가가치세의 과세대상인 재화(쟁점건물)의 공급이 있었고, 총 매매대금 OOO 원에 쟁점건물의 공급대가가 포함되었다고 봄이 타당하므로 쟁점부동산의 양도는 그 인도 또는 양도를 통해 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하는 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로 볼 수 있다(대법원 1996.6.11. 선고 96누3371 판결 참조). (다) 청구인은 매수인에게 쟁점토지와 쟁점건물을 일괄 양도하여 소유권을 이전하였으므로 실질적으로 매수인이 그에 따른 이익을 얻었는지 여부와 상관없이 쟁점건물의 양도는 부가가치세의 부과 대상인 재화의 공급에 해당한다고 봄이 타당하다.
① (주위적 청구) 쟁점영업권을 인정할 경우에는 청구인이 쟁점토지 및 쟁점건물을 일괄양도하고 신고한 가액이 소득세법 제100조 제3항 의 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구) 쟁점영업권을 인정하지 않는다면 쟁점건물은 매매계약 당시 철거가 예상된 상태이어서 재산가치가 없으므로 이와 관련하여 청구인이 신고납부한 부가가치세는 환급되어야 한다는 청구주장의 당부
(1) 소득세법 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.
④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제166조(양도차익의 산정 등) ⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.
(3) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 (4) 부가가치세법 시행령 제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. (단서 생략)
(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청 답변서 등 이 건 심리자료상 나타난 주요 내용은 아래와 같다. (가) 이 건 관련 사실관계를 일자별로 정리하면 아래 OOO와 같다. (나) 청구인과 매수인 간에 2019.6.18. 체결된 쟁점부동산 매매계약서의 내용은 아래 OOO과 같다. (다) 청구인은 쟁점영업권을 인정하여야 한다는 증빙으로 계약조건 약정서를 제출한바, 동 약정서의 내용은 아래 OOO와 같다. (라) 처분청의 당초 조사종결보고서상의 내용은 아래 OOO와 같다. (마) 청구인은 상기 처분청의 조사내용과 달리 쟁점영업권을 인정하여 아래 OOO과 같이 쟁점토지 OOO원과 쟁점건물 OOO원을 기준으로 기준시가에 의해 안분할 경우, 구분 기장한 가액이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나지 아니하여 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다고 주장한다. (바) 처분청의 재조사종결보고서상의 내용은 아래 OOO과 같다. (사) 청구인과 2019.6.10. 계약조건 약정서를 체결한 ㈜BBB의 법인등기사항전부증명서와 2019.6.18. 쟁점부동산 매매계약서를 체결한 매수인의 법인등기사항전부증명서의 내용은 각각 아래 OOO와 같고, 매수인의 2019사업연도 주주현황은 OOO과 같다. (아) 청구인은 당사자 간의 오랜 협상 끝에 쟁점부동산의 양도가액을 결정하게 되었다는 증빙으로 각각 아래 OOO과 같은 매입의향서, 매도확약서, 사실관계확인서를 제출하였다. (자) 청구인이 쟁점건물과 관련하여 매수인에게 발급한 세금계산서를 보면, 작성일은 2019.12.5.이고, 총 공급가액은 OOO원으로서 건물 OOO원, 쟁점영업권 OOO원(시설물 OOO원, 위험물설치권 OOO원)인 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점영업권을 인정하여 쟁점토지 OOO원과 쟁점건물 OOO원을 기준으로 기준시가에 의해 안분할 경우 구분 기장한 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나지 아니하여 토지와 건물 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니한다고 주장하나, 청구인이 2019.6.18. 매수인과 체결하여 양도소득세 신고 시 제출한 쟁점부동산 매매계약서를 보면 쟁점부동산의 표시에 토지 및 건물로 기재되어 있고, 매매대금 또한 토지 OOO원, 건물 등 OOO 원으로 기재되어 있을 뿐 쟁점영업권에 대해서는 명시적으로 기재되어 있지 아니하여 쟁점영업권을 인정하기 어려우므로 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물을 구분하여 신고한 가액이 기준시가로 안분하여 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나는 것으로 보아 당초 청구인이 신고한 가액을 부인하고 기준시가로 안분하여 계산한 가액을 기준으로 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구인은 쟁점건물은 매매계약 당시 철거가 예상된 상태이어서 재산가치가 없으므로 이와 관련하여 청구인이 신고납부한 부가가치세는 환급되어야 한다고 주장하나, 청구인은 이 건 심판청구에서 처분청의 양도소득세 경정처분을 다투고 있는 것으로서 청구인이 쟁점건물 등과 관련하여 부가가치세를 신고한 것에 대해 처분청이 별도로 불이익한 처분을 한 사실은 없어 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로 이와 관련한 청구인의 심판청구는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나, 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.