3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였으므로 쟁점농지의 양도는 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다는 청구주장의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.
- 가. 5개 과세기간의 제70조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
- 나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
② 제71조에 따라 감면받을 증여세액의 5년간 합계가 1억원(이하 이 항에서 “증여세감면한도액”이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 증여세감면한도액은 그 감면받을 증여세액과 그 증여일 전 5년간 감면받은 증여세액을 합친 금액으로 계산한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
② 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 법인"이란 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 에 따른 영농조합법인 및 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다. (중략)
④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
- 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
- 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
- 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다) (중략)
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. (중략)
⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다.
⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다.
⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간
⑫ 제11항에도 불구하고 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하지 아니하더라도 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하거나 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 경우로서 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 지정(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말한다)되는 경우(상속받은 날 전에 지정된 경우를 포함한다)에는 제11항제1호 및 제2호의 경작기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다.
1. 택지개발촉진법 제3조 에 따라 지정된 택지개발지구
2. 산업입지 및 개발에 관한 법률 제6조 ㆍ제7조ㆍ제7조의2 또는 제8조에 따라 지정된 산업단지
3. 제1호 및 제2호 외의 지역으로서 기획재정부령으로 정하는 지역
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것
⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.
1. 소득세법 제19조 제2항 에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 “사업소득금액”이라 한다)과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
2. 소득세법 제24조 제1항 에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조 제5항 제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우
- 나. 사실관계 조사 (1) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청 심리자료는 아래와 같다. (가) 처분청이 제출한 8년 이상 자경농지 감면 검토조서에 따르면, 처분청은 청구인의 쟁점농지 보유기간 동안 OOO직원으로 근로소득이 지속적으로 발생한 것으로 확인되므로, 현지확인을 하여 처리하기로 한 것으로 나타난다. (나) 처분청이 제출한 세액결의서에 따르면, 처분청은 청구인이 8년 자경 감면을 신청하였으나, 청구인이 쟁점농지의 보유기간 동안 OOO직원으로 재직한 것으로 확인되는바, 자경 감면을 부인하고 이 건 양도소득세를 부과하였다. (다) 처분청이 제출한 청구인의 일자별 양도소득세 신고내용은 아래 <표1>과 같다. <표1> 청구인의 쟁점농지를 포함한 토지 양도에 따른 양도소득세 신고내역 ◯◯◯ (라) 처분청이 제출한 쟁점농지 보유기간 중 청구인의 근로소득 발생내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 근로소득 발생내역 ◯◯◯ (마) 처분청이 제출한 OOO의 청구인에 대한 매출상세내역의 요약자료는 아래 <표3>과 같다. <표3> OOO의 청구인에 대한 농자재 매출상세내역 ◯◯◯ (바) 청구인이 제출한 주민등록초본을 살펴보면, 청구인은 1984.4.1.부터 2012.2.5.까지 OOO에 주소지를, 2012.2.6.부터 현재까지 OOO에 주소지를 둔 것으로 나타난다. (사) 청구인이 제출한 농지원부에 따르면, 청구인은 농업인, 청구인의 배우자 aaa은 세대원(업무집행사원)이고, OOO에서의 주요 재배작물은 두류, 과수이고, 해당 토지는 자경농지로 기재되어 있다. (아) 청구인이 제출한 OOO의 거래자별매출상세내역을 보면, 청구인은 2005.4.18.부터 2019.4.25.까지 매년 4월부터 11월까지 비료, 시설원예자재, 농약 등을 구입한 것으로 나타난다. (자) 청구인이 제출한 자경확인서를 살펴보면, bbb 외 2인은 청구인이 1989.6.14.부터 2019.4.23.까지 OOO 토지(전) 1,556㎡에서 콩, 옥수수 등을 경작하였다는 취지의 자경확인서를 작성․제출하였다. (차) 청구인이 제출한 확인서에 따르면 ccc(OOO)은 청구인으로부터 다년간(2005년부터 2021년까지) 매년 3∼4가마(1가마 50kg)의 들깨를 착유하였다는 취지의 확인서를 2022.3.28. 작성․제출하였다. (카) OOO원장은 2022.3.28. 청구인이 공부상 5필지 토지 14,250㎡를 보유하면서 이 가운데 11,793㎡를 경작하고 나머지 농지는 휴경(250㎡)이나 폐경상태(198㎡)인 것으로 기재된 농업경영체등록확인서를 발급하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 은 ‘법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다’고 명확하게 규정하고 있으므로 위 규정을 문리대로 해석하여 그에 해당하는지 여부를 판단하여야 하고, 양도한 토지를 위 규정에 따라 직접 경작하였다는 사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 입증하여야 할 것이다(대법원 2013.12.12. 선고 2013두16531 판결, 같은 뜻임). 청구인은 쟁점농지 소재지 인근에서 계속 거주하였고 쟁점농지를 30년 이상 보유하였으며, OOO에 근무하면서 배우자와 함께 쟁점농지를 8년 이상 경작하였다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 이 2006.2.9. 신설된 이후에는 농업에 상시 종사하는 것이 아니라 다른 직업에 종사하는 사람은 전체 농작업 중 가족 등을 제외한 자기의 노동력이 농작업의 2분의 1 이상 투입된 경우에 한하여 직접 경작한 것으로 인정하고 있는바, 청구인은 1989년부터 OOO의 직원으로 2019년까지 근무하면서 근로소득이 지속적으로 발생하고 있고, 생계를 같이 하는 배우자 등 가족의 노동력은 직접 경작에 해당하지 아니하는 점, 청구인의 양도소득세 신고내역 및 경기도 가평읍장이 2020.5.25. 발급한 농지원부에 의하면, 청구인은 쟁점농지를 포함한 약 6,400여평에 이르는 농지를 소유하고 있고, 쟁점농지를 포함한 소유농지를 평일 근무시간 전·후, 주말 등을 이용하여 직접 경작하였다고 주장하나 청구주장을 입증할 객관적인 증빙이 제시되지 아니한 점, 청구인은 쟁점농지 등에서 도라지, 과수, 콩, 들깨 등의 농사를 경작하였고 병·해충 등으로 작황이 좋지 아니하여 수확물이 많지 아니하였다고 주장하면서 자경 증빙으로 비료, 농약 및 농자재 구입내역, 이웃주민의 자경확인서 등을 제출하였으나 다른 직업에 종사하는 청구인이 쟁점농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자신의 노동력으로 경작하였다는 사실을 객관적으로 입증하기에는 부족하다고 보이는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작한 것으로 인정하기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.