청구인 등이 신고한 토지·건물의 양도가액의 구분이 불분명하다고 보아 이를 기준시가로 안분하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 1975.12.29. OOO 소재 토지 829.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를, 청구인의 아들 AAA(이하 청구인과 합하여 “청구인 등”이라 한다)은 2007.3.14. 쟁점토지 지상 건물 3,534.1㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 각 취득하였고, 2019.10.17. 이를 주식회사 AAA(이하 “매수인”이라 한다)에게 합계 OOO원(쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원)에 양도한 후, 양도소득세를 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 OOO서장(이하 “조사청”이라 한다)으로부터, AAA에 대한 세무조사 결과, 청구인 등이 신고한 쟁점토지 및 건물의 양도가액은 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하고, 이에 쟁점건물 양도가액을 기준시가로 안분계산한 OOO원으로 경정하여 AAA에게 양도소득세 OOO원을 환급하였다는 과세자료를 통보받고, 이에 맞추어 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로 경정하여, 2021.12.6. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.3.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점토지만을 양도하였을 뿐, 쟁점토지 및 건물을 함께 양도한 것이 아니다. (가) 소득세법제100조 제2항을 적용하기 위해서는 토지와 건물을 함께 취득하거나 양도한 경우이어야 할 것인데, 청구인은 쟁점토지를 1975.12.29. 취득하고 1984.12.29. 그 지상에 지하1층, 지상3층 연면적 475.3㎡ 근린생활시설을 신축해 임대업을 영위하여 오다가, 아들 AAA이 청구인의 허락 아래 2006.4.26. 위 건물을 철거하고 2007.3.14. 쟁점건물을 신축하여 자신의 명의로 등기이전한 것인바, 이처럼 쟁점토지와 쟁점건물의 취득시기 및 소유자가 각각 다르며, 청구인은 매수인과 쟁점토지만을 매매물건으로 하여 매매계약을 체결하였고, 이에 따른 양도대금만을 청구인의 계좌로 수령하였다. (나) 조세심판원은 이 건과 유사한 사안에서 양도자 등이 달라 일괄양도로 보기 어려울 뿐만 아니라 쟁점토지와 쟁점건물을 각각의 매매계약서 상 거래가액도 실지거래가액이 아니라고 단정하기 어려우므로 가액의 구분이 불분한 것으로 보아 양도가액을 기준시가로 안분하여 양도소득세 과세처분은 잘못이라고 결정한 바 있다(조심 2012부45, 2012.5.25.). (2) 쟁점토지 및 건물이 일괄양도된 것으로 보더라도 그 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한다고 본 것은 위법․부당하다. (가) 소득세법제114조 제5항 본문에 따르면, 부동산등기법제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액은 실지거래가액으로 추정할 수 있는 바, 쟁점토지 및 건물의 일괄양도 여부를 떠나 쟁점토지의 실지거래가액은 등기부에 기재된 OOO원으로 추정되고, 등기부 기재가액이 실지거래가액이 아니라는 것은 처분청이 입증하여야 할 것이나, 이 건 처분은 단순히 조사청으로부터 통보받은 과세자료에 근거한 것으로 위법하다. (나) 조사청은 2020.6.17.∼2020.7.6. 기간 동안 청구인의 아들 AAA에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 그 세무조사결과통지서에는 쟁점건물 양도가액에 대해서는 그대로 인정하고, 취득가액 및 필요경비에 대해서만 경정하는 것으로 기재되어 있었다. 이에 청구인은 쟁점토지 양도가액은 당초 신고한 그대로 유지된 것으로 받아들였다. 그러나 조사청은 세무조사결과통지서에 기재된 납부기한(2020.9.30.)까지 아무런 조치를 취하지 않다가 2020.12.31. 납기로 세무조사결과통지와는 전혀 다른 양도소득세 환급결정을 하였는바, 처분청이 청구인에게 과세예고통지도 없이 청구인의 신뢰를 저버리고 한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에도 반한다. (다) 청구인 등은 각자 매수인과 합의하에 쟁점토지 및 건물의 적정한 시가를 반영하여 양도가액을 산정한 것이다. 1) 청구인이 1975.12.29. 쟁점토지를 취득할 당시 쟁점토지 중 507.22㎡는 옹벽, 계단 등으로 대지로 이용할 수 없는 맹지에 불과하였으나, 청구인의 아들 AAA이 자신의 자금으로 토목공사를 실시하여 맹지를 사용할 수 있도록 하고, 그 지상에 쟁점토지를 건축하였다. 2) 쟁점건물은 신축부터 병원에 임대할 목적으로 지은 건물로, 쟁점건물 양도일 현재 세입자가 한명도 없어 임대수입이 전무하므로 공과금 등을 감당할 수 없어 매물로 내놓았으나 매수자를 찾지 못해 어려움을 겪던 중 다행히 의료업을 하는 매수인이 있어 청구인과 AAA, 매수인이 중개법인사무실에서 양도대금에 대한 합의를 하게 되었다. 3) 청구인이 AAA에게 쟁점토지에 대한 사용승낙 당시(2006.4.1.) 쟁점토지의 단위면적당 공시지가(2005년 공시지가 OOO원)에 비하여 쟁점건물 완공 당시(2007.3.14.) 쟁점토지의 단위면적당 공시지가(2006년 공시지가 OOO원)는 25%가량 상승하였다. 청구인은 단위면적당 공시지가가 상승한데에는 AAA이 맹지를 사용가능하게 하고, 건물을 신축한데에서 기인하였다고 보아, 쟁점건물 완공 당시 공시지가를 기준으로 하여 양도가액을 나누는 것은 부당하다는 AAA의 의견을 받아들여 사용승낙 당시의 공시지가(= OOO원/㎡ × 829.9㎡ = OOO원)와 쟁점건물의 건축비 등 취득가액 OOO원으로 양도가액을 안분하여, 전체 양도가액 중 60%를 쟁점토지 양도가액으로, 나머지 40%를 쟁점건물 양도가액으로 한 것이다. (라) 처분청의 의견대로라면, 쟁점토지 및 건물 전체의 양도가액 중 쟁점건물의 양도가액은 전체 양도가액의 약 20%, OOO원에 불과하고, 쟁점건물 중 주택분 342.80㎡은 단위면적당 OOO원에 이를 양도한 것이 된다. 그러나 이는 쟁점토지가 위치한 OOO의 주택거래실가를 감안할 때 터무니없이 낮은 가격으로 경제적 합리성이 결여된 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 쟁점토지 및 건물을 일괄양도한 경우가 아니라고 주장하나, 이는 아래와 같은 이유로 타당하지 않다. (가) 취득시기와 소유자가 같아야만 일괄양도로 볼 수 있는 것은 아니고(대법원 2009.11.16. 선고 2009두15913 판결, 참고), 부동산 등기부상 매매가액이 매매계약서상 금액과 동일하다고 하여 가액구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는 것도 아니다. (나) 청구인 등은 같은 날(2019.7.19.) 같은 매수인과 매매계약을 하였고, 토지는 건물의 부수토지로써 경제적 일체를 이루고 있어 별도의 구분된 재산이라고 볼 수 없으며, 청구인 등의 매매계약서를 보면 특약사항이 동일하게 기재되어 있는 등 각각 구분하여 양도하였다고 보기 어렵다. 또한 청구인 등은 구분 가액을 뒷받침하는 매매사례가액 또는 감정평가자료 등 객관적인 증빙을 제시하지 아니하여 당사자 간 진정한 합의에 의한 것이라거나 통상의 거래 관행에 따른 합리적인 가액 구분이라고도 보기 어렵다. (다) 청구인이 근거로 제시하는 심판례는 2009년 귀속 양도분에 대한 사례로 이 건 부과처분의 근거법령인 소득세법제100조 제3항 및 같은 법 시행령 제166조 제6항이 적용되지 않는 사안인 바, 위 심판례를 이 건에 원용할 수 없다. (2) 소득세법제100조 제3항은 납세자가 신고한 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 기준시가 등으로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 그 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있고, 소득세법제100조 제2항 및 제3항은 단순한 추정규정이 아닌 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하는 단서를 규정하지 않고 있으므로, 매매계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있더라도, 개별 사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분계산 하여야 하며(대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결, 참고), 쟁점토지 및 건물 전체 양도가액이 기준시가로 안분한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나는 것은 명백하므로 청구주장은 이유 없다. 더욱이 청구인은 쟁점토지 및 건물의 양도가액이 합리적으로 안분되었다고 주장하나, 그 근거는 토지는 개별공시지가로 건물은 실제 건축비용으로 안분한 것으로 안분기준이 일관되지 않고, 양도 당시 가 아닌 건물 신축 당시를 기준으로 양도가액을 안분한다는 것은 타당하지 않다.

청구인 등이 신고한 토지․건물의 양도가액 구분이 불분명하다고 보아 전체 양도가액을 기준시가로 안분하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부

(1) 국세기본법 제15조 [신의ㆍ성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제81조의12 [세무조사의 결과 통지] ① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 (2) 소득세법(2019.12.31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제100조 [양도차익의 산정] ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액·감정가액·환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조 [양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지] ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

⑧ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제7항까지의 규정에 따라 거주자의 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하였을 때에는 이를 그 거주자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 서면으로 알려야 한다. (3) 소득세법 시행령 제166조 [양도차익의 산정 등] ⑥법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (4) 부가가치세법 시행령(2022.1.21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것) 제64조 [토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산] 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점토지 및 건물 매매계약과 관련하여 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인 등은 2019.7.19. 매수인과 쟁점토지 및 건물에 대한 매매계약을 각 체결하였는데, 위 매매계약서들은 제2조(매매목적물), 제3조(매매대금과 지급조건), 제17조(특약사항)를 제외하고는 모두 동일한 내용으로 작성되었고, 제17조 제2항에는 청구인 등이 아래 OOO의 근저당권을 잔금과 동시에 말소할 것이 그 내용으로 되어 있다. (나) 청구인이 제출한 계좌거래내역에 따르면, 청구인이 매수인으로부터 수령한 쟁점토지 양도가액은 아래 OOO와 같다. (2) 이 건 처분 내역은 다음과 같다. (가) 쟁점토지 및 건물의 양도가액을 양도 당시의 기준시가로 안분한 가액과 비교하면 아래 OOO과 같다. (나) 청구인은 처분청이 이 건 처분에 대한 과세예고통지를 하지 않았다고 주장하나, 처분청이 제출한 우편물발송내역 상세조회에 따르면, 2021.10.1. 청구인에게 과세예고통지를 한 것으로 나타난다. (다) 청구인 등에 대한 양도소득세 경정내역은 아래 OOO와 같다. (3) 조사청이 2020.6.17.∼2020.7.6. 기간 동안 청구인의 아들 AAA에 대해 실시한 양도소득세 세무조사의 주요내용은 다음과 같다. (가) 조사청의 2020.7.21.자 세무조사결과통지서를 보면, 그 내용은 취득가액 및 필요경비를 경정하는 것이고, 예정고지일은 2020.9.1.로, 예정 납부기한은 2020.9.30.으로 나타나며, 예상 총고지세액은 OOO원인 바, 수입금액, 과세표준 및 세액의 산출내역은 아래 OOO와 같다. (나) 한편, 조사청의 조사종결보고서에 따르면, 위 세무조사결과통지와 달리 ① 쟁점토지 및 건물의 양도가액을 기준시가로 안분한 금액과 비교한 결과, 건물분에 대한 양도가액과의 차이가 30%를 초과하므로 AAA이 신고한 양도가액을 부인하고, 기준시가로 안분한 OOO원을 쟁점건물 양도가액으로 결정하였으며, ② 당초 신고한 쟁점건물의 취득가액은 환산취득가액 OOO원이었으나, 기준시가 안분에 따른 건물분의 취득가액은 감가상각비 OOO원을 반영한 OOO원으로 결정한 것으로 나타난다. (다) 이후 조사청은 2020.12.3. AAA에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급결정한 것으로 나타난다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 및 건물을 일괄양도하였다고 볼 수 없고, 가사 이를 일괄양도한 것이라고 하더라도 그 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 않는다고 주장하나, 토지 및 건물 등의 양도자가 동일한 경우에만 소득세법제100조 제2항이 적용되는 것이라고 해석할 수 없는데, 청구인 등은 같은 날, 동일인과 쟁점토지 및 건물에 대한 매매계약을 체결하였고, 각 계약의 특약사항에 청구인 등이 각자 쟁점토지 및 건물을 공동담보로 하여 설정한 근저당권들을 전부 말소할 것을 함께 명시하고 있으며, 특히 쟁점토지는 쟁점건물의 부수토지로서 그 사용용도가 한정되어 있는 특성을 고려할 때, 특별한 사정이 없는 한 쟁점토지 및 건물은 매수인에게 일괄하여 양도된 것으로 보이는 점, 소득세법 제100조 는 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하려는 것이 그 입법취지로, 제3항에서 납세자가 토지․건물 등을 함께 양도하는 경우 양도소득 계산을 위하여 자산별로 구분기장한 가액이 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우는 “토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다”고 하여 단순한 추정규정이 아니라 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하지 않고 있는데(대법원 2020.11.5. 선고 2020두42798 판결, 같은 뜻임), 쟁점토지 및 건물의 경우, 청구인 등이 신고한 양도가액과 기준시가에 따라 안분계산한 가액이 100분의 30 이상 차이가 나고 있으므로 여기서 말하는 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때에 해당한다고 볼 수 밖에 없는 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려우므로 쟁점토지 및 건물이 일괄양도 되었음을 전제로 그 양도가액의 구분이 불분명하다고 보아 처분청이 전체 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.