처분청이 쟁점계약이 합의서에 따라 해제된 것을 전제로 하여 쟁점계약금 상당액의 인정이자를 익금에 산입하고 지급이자를 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.
처분청이 쟁점계약이 합의서에 따라 해제된 것을 전제로 하여 쟁점계약금 상당액의 인정이자를 익금에 산입하고 지급이자를 손금불산입하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.
[주 문]
1. OOO서장이 2021.11.4. 청구법인에게 한 <별지1> 기재 2016～2020사업연도 법인세 합계 OOO원, 2018년 제2기～2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분 및 OOO청장이 2021.11.8. 청구법인에게 한 <별지1> 기재 2016년～2018년에 대한 소득금액변동통지 합계 OOO원은 청구법인이 2016.4.27. AAA에게 지급한 계약금 OOO원을 업무무관가지급금에서 제외하여 그 과세표준과 세액 및 소득금액변동통지를 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 청구법인은 2016.4.25. 대표이사 AAA가 소유한 <표1> 기재 OOO 대 279㎡ 외 10필지 및 그 지상의 창고건물(이하 <표1> 기재 부동산을 “OOO부동산”이라 하고, OOO부동산 중 농지를 제외한 부분을 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 취득하는 매매계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였다. <표1> 부동산 목록 OOO (가) 쟁점계약의 매매계약서에 의하면 청구법인은 AAA로부터 OOO부동산을 총 OOO원에 매수하되, 계약체결일(2016.4.25.)에 계약금으로 OOO원(이하 “쟁점계약금”이라 한다), 계약체결일로부터 7일 이내에 중도금 OOO원을 각 지급하고, 잔금 OOO원은 대출금 승계 후 등기서류 이전과 동시에 정산하는 것으로 기재되어 있다. (나) 청구법인은 쟁점계약에 따라 2016.4.27. 쟁점계약금 OOO원을 AAA에게 지급하였다.
(2) 청구법인과 AAA는 2016.8.17. 쟁점계약의 진행을 취소하고 향후 AAA의 상황이 회복된 이후에 다시 계약을 체결하기로 하며 기지급된 계약금은 반환하지 않고 그에 대한 이자 등을 지급하지도 않는다는 내용의 합의서를 작성하였다. (가) AAA는 OOO부동산에 대한 매매계약을 체결할 무렵 OOO 이사장으로 재직시 교비 OOO원을 횡령한 혐의 등으로 수사를 받고 있었는데, 2016.9.22. 1심OOO에서 징역 3년이 선고되었고, 2017.4.21. 2심OOO에서 징역 2년으로 확정되었다. (나) AAA는 청구법인으로부터 쟁점계약금을 지급받고 같은 날 이를 OOO에 대한 횡령금을 반환하는데 사용하였고, 2016.4.28. 횡령 등 혐의로 구속되었다.
(3) AAA는 본인이 대표이사이자 최대주주인 BBB과 OOO부동산에 대한 임대차계약을 체결하여 2016년 9월부터 2017년 8월까지 월 OOO원의 임차료를 수취하였다.
(4) 청구법인과 AAA는 2018.7.10. 청구법인이 AAA로부터 OOO부동산 중 <표1> 기재 농지 4필지를 제외한 토지 7필지 및 창고건물(쟁점부동산)을 OOO원에 매수하는 계약(이하 “쟁점2차계약”이라 한다)을 체결하였다.
(1) 청구법인은 2011.10.26. OOO산업단지개발과 OOO 공장용지 39,670㎡(이하 “쟁점OOO공장용지”라 한다)에 대한 분양계약을 체결하고 2013.12.30. 쟁점OOO공장용지에 대한 소유권을 취득하였다.
(2) 청구법인은 2017.5.30. 회사 자금사정 등을 이유로 쟁점OOO공장용지에 대한 투자를 철회하기로 결정하고 2017.6.14. OOO군수(이하 “OOO군수”이라 한다)에게 쟁점OOO공장용지에 대한 처분신청서를 제출한 후 OOO군수가 2017년 6월 및 2019년 2월경 토지매각공고를 실시하여 지정한 매수인인 CCC 및 DDD에 2019.10.10. 쟁점OOO공장용지를 매각하는 계약을 체결하고 2020.2.5. 소유권이전등기를 마쳐주었다.
(1) OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.6.24.부터 2021.9.12.까지 청구법인의 2016～2020사업연도 법인세 통합조사를 실시하여, ① 청구법인이 사주 AAA에게 지급한 쟁점계약금을 업무무관가지급금으로 보아, 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인을 적용하여 2016～2018사업연도 인정이자 OOO원을 익금산입(상여) 및 지급이자 OOO원을 손금불산입(기타 사외유출), ② 쟁점OOO공장용지를 업무무관부동산으로 보아, <표2> 기재와 같이 2018～2020사업연도 지급이자․재산세․종합부동산세 합계 OOO원을 손금불산입하고, 쟁점OOO공장용지를 비사업용토지로 보아 <표3> 기재와 같이 2020년 귀속 토지 등 양도소득에 대한 법인세 합계 OOO원을 경정․고지하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하는 한편, 2021.11.8. 청구법인에게 <별지1> 기재와 같이 소득금액변동통지를 하였다. <표2> 지급이자․재산세․종합부동산세 손금불산입 내역 OOO <표3> 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세내역 OOO
(2) 처분청은 2021.11.4. 청구법인에게 <별지1> 기재와 같이 2016～2020사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2018년 제2기～2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지(이하 소득금액변동통지 및 법인세 부과처분과 합하여 “이 건 처분”이라 한다)하였다.
(1) 쟁점계약금은 쟁점계약에서 쟁점2차계약에 이르는 일련의 부동산 매매과정에서 계약금으로 수수된 것이므로, 이를 대여금으로 보는 과세논리는 객관적 사실관계 및 OOO부동산 매매계약의 법적성격에 배치된다. (가) 쟁점부동산 매매계약의 진행 경과는 다음과 같다.
1. 청구법인은 수도권 소재 거래처들에 대한 납품의 편의성과 영업강화를 위하여 물류창고를 조성하고자 2016.4.19. 이사회 결의를 거쳐 2016.4.25. AAA로부터 OOO부동산을 매매대금을 OOO원으로 하여 매수하는 매매계약을 체결하였다.
2. 쟁점계약에 따라 청구법인은 AAA에게 계약 당일 쟁점계약금을 지급하고, 중도금 OOO원은 계약 후 7일 이내에, 잔금 OOO원은 AAA의 은행 대출금을 승계하고 차액만 정산하기로 하였다.
3. 그런데 AAA가 검찰조사를 받고 2016.4.28. 구속되어 쟁점계약의 즉시 이행이 어려워지자 청구법인은 2016.8.17. 쟁점계약을 잠정적으로 보류하기로 하는 합의서를 작성하는 한편, 추후 매매계약 이행을 담보하기 위해 OOO부동산 중 농지 2,107㎡를 제외한 대지 8,011㎡ 및 건물 2,005.15㎡ 중 일부에 대하여 2016.9.1. 소유권이전청구권가등기를 설정하였다.
4. AAA는 2017년 12월경 석방되었고, 청구법인은 2016.4.25.자 쟁점계약 및 2016.9.1.자 매매예약 가등기에 기한 소유권이전등기절차를 위해 2018.7.10. 쟁점부동산에 대하여 쟁점계약상 매매가액 OOO원에서 농지부분 매매가액 OOO원을 차감한 가액인 OOO원을 매매대금으로 하여 본등기 목적의 매매계약인 쟁점2차계약을 체결하였다.
5. 청구법인은 AAA에게 젱점부동산 매매대금으로 2016.4.27. OOO원(쟁점계약금), 2018.3.27. OOO원, 2018.8.10. OOO원 및 2018.11.19. OOO원 합계 OOO원을 지급하였다. (나) 쟁점부동산에 관한 매매계약 진행경과 및 거래구조를 살펴보면 쟁점계약금이 부동산매매 계약금으로 수수되었다는 점이 명백하다.
1. 처분청들은 쟁점계약금을 두고 청구법인이 특수관계자인 AAA에게 대여한 금원이라는 전제에서, 쟁점계약금이 업무무관가지급금이면서 그에 대한 이자도 지급되지 아니하였다는 관점에 서 있다.
2. 그러나 앞서 설명한 바와 같이 청구법인은 수도권 소재 거래처들에 대한 납품의 편의성과 영업강화를 위하여 물류창고를 조성하려는 경영상 목적에서 AAA로부터 OOO부동산을 매수하려고 하였고, 이에 쟁점계약의 체결에 이르게 된 것이다. 그러나 쟁점계약 체결시 미처 내다보지 못했던 매도인 AAA의 신병문제, OOO부동산 중 건물입주자와 사이에서 촉발된 명도소송 등 분쟁과 같이 외부적․우연적 사유로 인하여 매매계약 당사자들이 예정했었던 일정대로 계약의 원만한 이행을 보장하기 어렵게 되었다.
3. 이에 추후 완결적인 매매계약을 체결․이행하여 OOO부동산을 매매하기로 하는 의사에서 쟁점계약을 매매예약으로 상호 양해하고, 대신 추후 본계약(쟁점2차계약)의 체결을 확정하고 매매예약의 기간동안 제3자에게 매매하는 것을 제한하기 위하여 OOO부동산 중 농지를 제외한 일부 부분에 관하여 가등기까지 설정하게 된 것이다.
4. 나아가 청구법인과 AAA는 실제로 AAA가 석방된 직후 쟁점계약에서 합의된 바와 변동 없이 OOO부동산에 관한 매매계약을 완결하기 위하여 매매목적물과 매매대금을 계약금 지급당시의 계약내용과 유사하게 유지하여 쟁점2차계약에 나아갔다. 따라서 쟁점계약부터 쟁점2차계약에 이르는 일련의 법률행위는 모두 일련의 거래과정으로 보아야 한다.
5. AAA는 2021.9.8. ‘OOO부동산 관련 확인서’를 제출하였는데, ① 청구법인은 대표이사 AAA에게 OOO부동산 매매계약금으로 2016.4.27. 쟁점계약금을 지급하였으나, 동 부동산 매매계약은 유치권 주장하는 임차인 문제로 진행되지 않아 계약이 연기되었으며, 당사의 동의 없이 타인에게 매각하지 않는 조건으로 쟁점계약금은 회수를 유보한 점, ② 미회수한 쟁점계약금은 2018.7.10. AAA와 쟁점부동산 거래를 위1항 계약조건에 따라 정상적으로 계약을 성사시켜 거래대금으로 상계처리하였다는 점 등이 기재되어 있다.
6. ① 청구법인이 OOO부동산 매매를 시도한 목적은 수도권 소재 거래처들에 대한 납품의 편의성과 영업강화를 위한 물류창고를 조성하려는 경영상 이유에 있는데, 쟁점계약이 중단된 이후 위와 같은 목적에 변동이 없어 종국적으로 쟁점2차계약을 재차 추진하게 된 점(거래동기의 동일성), ② 매매계약의 당사자인 청구법인과 AAA 사이에 OOO부동산을 OOO원 또는 쟁점부동산을 OOO원에 매매한다는 계약내용, 즉 매매목적물과 매매대금이라는 계약의 중요사항에 관하여 당사자간의 합의가 변경․파기된 바가 없는 점(매매계약 내용의 유사성), ③ 이에 당사자들은 쟁점계약의 이행이 우연한 사정으로 지장이 초래되었음에도 계약목적의 달성을 위하여 ‘쟁점계약(매매예약)-매매예약을 원인으로 한 가등기 설정-쟁점2차계약 및 소유권이전’이라는 일련의 거래과정을 염두에 두고 실제로 이를 이행한 점(거래과정의 연속성), ④ 이러한 의사합치는 쟁점계약의 이행이 곤란하게 된 시점에 추후 쟁점2차계약의 체결을 담보하기 위한 합의서를 통해서도 분명하게 확인되는 점, ⑤ 실제로 청구법인은 OOO부동산에 관한 소유권을 이전받기 전에도 쟁점계약에 따라 수수된 쟁점계약금을 ‘건설중인 자산’으로 회계처리하였고, 이후 쟁점2차계약에 따라 OOO부동산의 소유권이 이전되자 ‘토지 및 건물’로 회계처리한 점, ⑥ 이상과 같은 거래형식은 당시 상황상 불가피하였고 거래의 경험칙상 이례적이라고 볼 만한 요소가 전혀 없는 점 등에 비추어 보면, 쟁점부동산에 관한 매매는 쟁점계약에서부터 소유권 이전에 이르기까지 일련의 과정에 따라 진행되어 완결되었고, 따라서 쟁점계약에 따라 수수된 쟁점계약금이 쟁점부동산에 관한 매매과정과 별도로 업무관련성을 결여한 어떠한 형태의 대여금이라고 볼 여지는 전혀 없다.
7. 그렇다면 쟁점계약금은 청구법인의 목적사업을 영위하는 과정에서 물류 창고부지의 확보라는 영업상의 목적을 가지고 부동산 매매계약을 체결하고자 매도인에게 지급한 금원이므로 당연히 업무관련성이 있다고 할 것이고, 조세의 부담․경감을 위하여 업무무관가지급금에 해당함에도 계약금의 형식을 취하여 이자를 수취하지 아니한 경우라고 볼 수 없다. 따라서 쟁점계약금을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 이루어진 이 부분 법인세 부과처분은 위법하다. (다) 검찰 수사결과 OOO부동산 매매는 쟁점계약 단계에서부터 거래당사자가 정상적으로 진행한 부동산거래임이 확인되었다.
1. 청구법인은 본래 BBB의 계열사 중 하나였으나, 2004년 BBB이 현재 소유주인 AAA에게 인수되는 과정에서 기존 경영진이 BBB의 계열사였던 청구법인을 위장 매입하였다가 회계감사 중 그러한 사실이 적발되어 소송을 제기하고 BBB이 주권인도소송을 통해 2015년 11월 대법원에서 최종 승소하게 됨으로서 2016년부터 청구법인이 BBB의 관계회사로 원상회복되었으며 현재의 경영진이 운영하게 되었다.
2. 위와 같이 AAA 등 현재 경영진이 청구법인의 경영권을 회복한 직후인 2015년 12월경에 AAA는 청구법인 OOO영업소의 물류창고 부지를 확보하려는 동기에서 EEE로부터 차익이 없는 부동산 매매계약을 체결하여 OOO부동산을 매수하게 된 것인바, 결국 AAA는 OOO부동산을 매수하여 시세차익 등 개인적 경제적 이익을 도모한 것이 아니라 당초부터 청구법인의 경영을 위하여 이른 시일 내에 청구법인에게 재차 양도하기 위한 계획을 가지고 OOO부동산의 매수에 나아가게 된 것이다.
3. 청구법인에 대한 경영권 분쟁에서 패소한 상대방들이 운영하고 있는 OOO은 2018년 AAA에 대하여 “AAA가 소유한 OOO부동산에 관하여 BBB이 이를 허위로 임차하도록 하여 임차료를 지급받는 방식으로 해당 금액을 업무상 횡령하였다”거나 “청구법인이 OOO부동산을 매수할 필요가 없음에도 이를 매수하도록 하여 업무상 배임을 하였다”는 등의 취지로 수사기관에 고발하여 조사받도록 하였다.
4. 그러나 OOO검찰청은 위 고발사실에 대하여 모두 ‘불기소결정(혐의없음)’ 처분을 하였는데, 그 처분이유 중에는 ① AAA가 2016.4.27. 청구법인에 OOO부동산을 매도하고 OOO원을 지급받은 후 2016.8.10. 소유권이전등기(가등기)를 하여 준 점, ② AAA가 청구법인에 대하여 쟁점부동산을 시가보다 현저히 비싸게 매도하였다고 보기도 어려운 점이 적시되었다.
5. 즉, ① 거래당사자들 사이에서는 쟁점부동산의 매매를 최종적으로 추진할 의사가 변경․파기된 사실이 없고, ② 쟁점계약의 진행이 일시 중단된 것은 청구법인이 농지매입 자격을 취득하지 못한 상황에서 매도인인 AAA가 정상적인 경제활동을 하기 어려운 상황에 놓이게 되어 당사자간 계약의 조정을 진행하기 어려웠기 때문이며, ③ 특히 검찰 역시 청구법인이 쟁점부동산에 관하여 쟁점계약금을 지급하고 가등기를 마친 과정을 전체적으로 보아 쟁점부동산의 매매를 정상적인 거래로 수긍하고 있는 점을 확인할 수 있다. (라) 설령 쟁점계약이 일시적으로 중단되었더라도 거래당사자는 쟁점계약에 기초하여 쟁점2차계약을 유효하게 체결하였으므로 그 하자는 치유되었다고 보아야 한다. 앞서 살펴 본 바와 같이, 거래당사자는 거래의사의 변동 없이 쟁점계약에서부터 동일한 내용으로 쟁점부동산 매매를 추진하여 종국적으로 쟁점2차계약을 체결하고 위 가등기에 기하여 최초 계약의 내용과 금액에 변동 없이 소유권이전을 완료하였으므로, 설령 쟁점계약이 일시적으로 중단된 사정이 어떠한 법률행위의 하자라고 가정하더라도 위와 같은 외부적 사유에 의한 하자는 쟁점계약을 매매예약으로 상호 양해하고 동일한 내용으로 쟁점2차계약을 체결한 당사자의 합의에 의하여 추인․치유되었다. 따라서 쟁점계약 및 쟁점2차계약을 무효로 볼 수 없고, 쟁점계약금 역시 쟁점부동산 매매계약의 일환으로 수수된 금원일 뿐 이를 업무무관가지급금으로 평가할 수 없다. (마) AAA는 가등기를 통해 제3자 매매거래 가능성을 포기함에 따른 기회비용으로 2년간 시세차익을 포기하고 쟁점계약 내용에 따라 쟁점부동산을 청구법인에게 양도하였으므로 청구법인으로서는 계약금만 지급하고 시가상승분 수십억(OOO부동산의 2018년 당시 감정평가가액은 OOO원임)을 고스란히 얻게 된 것이고, 가등기 상태에서 보류시킨 잔금 OOO원을 2년 동안 영업에 활용할 수 있었으므로 AAA를 위해 청구법인이 손해를 감수하고 부동산을 매수하였다는 처분청 의견은 사실과 다르다. (바) AAA는 2018.10.31. 쟁점부동산 양도로 OOO원의 양도차익이 발생하였다는 전제로 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였으나, 2022.8.22. 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원으로 하여 OOO원의 양도차손이 발생하였다는 내용으로 2018년 귀속 양도소득세에 대하여 경정청구를 제기하였다. 따라서 AAA가 쟁점부동산 매매를 통하여 거액의 양도차익을 얻었다는 처분청 의견은 사실과 다르다.
(2) 쟁점OOO공장용지가 청구법인의 업무와 관련이 있다는 점은 명백하고, 이를 업무무관자산으로 볼 수 있는 기간도 인정되지 않는다. (가) 쟁점OOO공장용지에 관한 매수 및 처분 경위는 다음과 같다.
1. 청구법인은 BBB이 지분 100%를 보유한 자회사로 본래 BBB의 계열사 중 하나였으나, 2004년 BBB이 현재 소유주인 AAA에게 인수되는 과정에서 기존 소유주가 계열사였던 청구법인을 위장매입 하였다가 BBB 2015년 11월 주권인도소송에서 최종 승소하게 됨으로서 2016년 BBB의 관계회사로 원상회복되었으며 현재 경영진이 운영하게 되었다.
2. 청구법인은 본사 외에 OOO공장, OOO공장, OOO영업소, OOO영업소를 두고 있는데, 본사 및 OOO공장을 이전하기 위해 2011.10.26. 쟁점OOO공장용지에 대하여 OOO산업단지개발과 사이에 용지분양계약을 체결하고 2013.12.31. 그 소유권을 취득하였고, 이후 공장신축 설계․건축 공사계약 및 착공신고를 마친 후 콘크리트 기초공사 등을 진행하였다.
3. 2015년말 BBB이 주권인도소송에서 승소함으로 인해 청구법인의 소유주 및 경영진이 현재와 같이 새롭게 교체되면서 본사 및 OOO공장 이전과 관련한 기존 투자계획 등의 사업성을 전면적으로 재검토하게 되었다. 서울 및 수도권이 생활권인 본사OOO 직원들 대다수가 지방OOO으로 이전을 원하지 않는 상황에서 대규모의 인력확보도 어려울 뿐만 아니라 경기전망이나 투자효용도 불투명하다는 분석에 따라 새로운 경영진은 기존 투자계획을 철회하는 경영상 판단을 내리게 되었다.
4. 청구법인은 공단입주계약서의 계약해지절차에 따라 2017.6.14. 쟁점OOO공장용지를 매도하기 위한 처분신청서를 OOO군수에게 제출하였다. 그런데 OOO군수는 예산문제로 쟁점OOO공장용지를 직접 매수하는 대신 매도권을 행사하여 매수인을 선정하였고 이에 따라 청구법인은 2019.10.10. 쟁점OOO공장용지 중 OOO은 CCC에게 매매대금 OOO원으로, OOO은 OOO에게 매매대금 OOO원으로 각 매각하는 계약을 체결하였으며, 2020.2.25. 각 매매계약의 이행이 완료되어 쟁점OOO공장용지의 소유권이 모두 이전되었다. (나) 청구법인은 쟁점OOO공장용지에 관한 유예기간 내에 관리기관인 OOO군수에게 처분신청을 하였고, OOO군수의 귀책사유로 소유권 이전이 다소 지연된데 불과하여 업무무관자산으로 보는 기간이 존재하지 않는다.
1. 쟁점OOO공장용지는 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 “산업집적법”이라 한다) 제2조 제14호에 따른 산업단지인 OOO일반산업단지 내 공장용지에 해당하고, 청구법인은 쟁점OOO공장용지를 2013.12.31. 취득한 후 2017.6.14. 관리기관인 OOO군수에게 매수신청(처분신청)을 하여 2020.2.25. 제3자에게 소유권을 이전하였으므로, 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 이 적용되어 청구법인이 위 용지를 업무에 직접 사용하지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간은 ‘업무와 관련 없는 것으로 보는 기간’으로 평가된다. 2) 산업집적법 제39조 제2항 의 위임을 받은 같은 법 시행령 제49조 제3항 및 같은 법 시행규칙 제37조 제4항에 따르면 ‘처분신청서를 받은 관리기관이 이를 매수할 수 없는 때’에는 그 처분신청서를 받은 날부터 30일 내에 양도할 대상자를 선정하여 처분신청자에게 통지하여야 한다. 그런데 청구법인은 취득일인 2013.12.31.로부터 5년의 유예기간이 경과하기 전인 2017.6.14.에 이미 산업집적법 제39조 의 절차에 따라 관리기관인 OOO군수에게 처분신청을 하였다. OOO군수는 직접 이를 매수할 수 없는 상황임에도 위 처분신청일로부터 30일 내에 쟁점OOO공장용지의 양수인을 선정하지 아니하였다. 청구법인으로서는 관계 법령의 절차에 따라 5년의 유예기간이 경과하기 전에 쟁점OOO공장용지에 관한 처분신청을 하였다. 그럼에도 불구하고 산업집적법령에 따라 쟁점OOO공장용지를 매수하거나 매수인을 선정하여야 하는 OOO군수가 법령이 정한 기간 내에 이러한 책무를 이행하지 아니함으로써 청구법인의 의사와는 무관하게 쟁점OOO공장용지의 형식적 소유권 이전시점이 무려 2020.2.25.까지 미루어지게 된 것이다. 사정이 이러하다면, 납세자가 전혀 좌우할 수 없는 외부적 사유에 의하여 이루어진 소유권이전일인 2020.2.25.을 쟁점OOO공장용지의 양도일로 보아, 그로 인하여 5년의 유예기간을 초과하게 된 기간을 업무무관자산으로 보는 것은 위 업무무관자산에 관련된 규정의 입법취지에도 부합하지 아니할 뿐만 아니라 관계 행정청의 자의적인 법집행을 그대로 용인하는 것이 되어 부당하다고 할 것이다. 즉, 납세자가 법령이 정한 절차를 모두 준수하였음에도 불구하고 관계 행정청이 공법상의 의무이행을 게을리 하였다면 이는 납세자가 지배․관여할 수 없는 영역에서 일어난 사유이므로, 해당 부동산의 양도일은 그러한 외부적 사유로 지연된 기간을 제외하고 실질적으로 관리기관에 매수신청을 함으로써 해당 부동산에 관한 권리행사를 일체 포기하였음이 객관화된 시점으로 보아야 한다.
3. 따라서 청구법인은 쟁점OOO공장용지를 그 취득일인 2013.12.31.로부터 5년이 경과하기 이전인 3년 6개월이 경과한 2017.6.14.에 관리기관인 OOO군수에게 처분신청을 함으로써 실질적으로 양도하였다고 할 것이므로, 당초부터 쟁점OOO공장용지와 관련해서는 ‘업무와 관련 없는 것으로 보는 기간’ 자체가 존재하지 않는다.
4. OOO군수가 매수절차에 관한 법령상 의무를 부담하지 않는다는 취지의 처분청 의견은 법령규정의 문언에 반한다. 가) 산업집적법 제39조 제2항 은 “관리기관이 제1항에 다라 입주기업체의 산업용지 또는 공장등을 매수할 수 없는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관리기관이 매수신청을 받아 선정한 다른 기업체나 유관기관에 양도하여야 한다”고 하여 양수인 선정 및 처분을 관리기관의 법령상 의무로 규정하고 있고, 위 규정의 문언상 이는 기속행위로서 그 의무를 처분신청자에게로 귀속시킬 아무런 근거가 없다.
5. 입주기업체가 관리기관에 처분을 신청하여 부동산 처분절차가 개시된 이상 관리기관의 책임영역에서 소요된 기간은 유예기간에 산입할 수 없으므로, 쟁점OOO공장용지는 유예기간 내에 처분되었다고 보아야 하고, 따라서 업무무관자산으로 평가할 수 있는 기간이 없다. (다) 쟁점OOO공장용지는 법인세법령상 ‘비사업용 토지’로 보지 아니하는 토지에 해당한다.
1. 앞서 본 바와 같이, 쟁점OOO공장용지는 산업집적법 제2조 제14호 에 따른 산업단지인 OOO일반산업단지 내 공장용지로서, 청구법인이 이를 산업집적법 제39조 에 따라 당초 관리기관인 OOO군수에게 처분신청을 하였다가, OOO군수의 사정으로 인하여 제3자에게 이를 양도하게 되었다. 그렇다면 쟁점OOO공장용지는 법인세법 제55조의2 제3항 에서 비사업용토지로 보지 아니하는 토지에 해당하므로, 위 용지를 비사업용토지로 보아 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 부과한 처분은 위법하다. 2) 산업집적법 제39조 에 따라 토지가 양도된 이상, 최종 양수인이 ‘관리기관’이 아니더라도 해당토지는 비사업용 토지로 볼 수 없다. 산업집적법 제39조 에 다라 양도한다는 의미는 그 문언적․체계적 해석상 위 제39조가 정하는 바에 따라 ① 관리기관이 직접 매수하여 소유권을 취득하는 경우(제1항), ② ‘관리기관이 직접 매수할 수 없어 유관기관을 선정하여 양도하는 경우(제2항)’을 모두 포함한다고 보아야 한다. 근본적으로 비사업용 토지에 대한 양도소득세 법인세를 중과하는 것은 법인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 그 양도소득에 대하여 법인세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는데 그 입법목적이 있는바(대법원 2015.8.27. 선고 2015두35543 판결 참조), 입주기업체가 법령의 절차에 따라 대상토지의 사용․수익․처분권을 사실상 관리기관에 이전한 시점 이후에는 비사업용토지로 볼 이유가 없고, 관리기관이 대상 토지를 양수하건 제3자가 양수하건 당초의 소유자인 입주기업체가 대상토지를 ‘재산증식의 수단으로 보유’하지 않게 되었다는 점에서 아무런 차이가 없다. 따라서 청구법인이 쟁점OOO공장용지에 대하여 OOO군수에게 처분을 신청하였고, OOO군수의 선정에 따른 제3자가 이를 최종 매수한 이상 OOO공장용지에 관하여는 비사업용 토지로 판단할 이유가 없는바, 이와 다른 전제에선 처분청 의견은 과세의 형평을 해하는 것으로 수긍하기 어렵다.
(1) 쟁점계약은 계약취소를 위한 합의서에 따라 해지되었으므로 청구법인이 AAA에게 지급한 계약금은 회수하였어야 할 업무무관가지급금에 해당하고, 인정이자 익금산입․지급이자 손금불산입하여야 한다. (가) 청구법인과 AAA는 2016.4.25. 쟁점계약을 체결하였으나 2016.8.17. 계약취소를 위한 합의서를 작성하였으므로 쟁점계약은 해지되었다. 따라서 청구법인이 2016.4.27. AAA에게 지급한 쟁점계약금 OOO원은 회수되었어야 할 업무무관가지급금에 해당한다.
1. 2016.8.17. 작성한 합의서 제1항에 의하면 ‘갑(매도인)과 을(매수인)은 2016.4.27. OOO외 부동산에 대한 매매계약을 체결하였으나, 갑의 갑작스런 상황변동으로 인한 정신적․신체적 및 경제활동에 상당한 제약 및 을의 농지취득 불가사유로 당 계약의 진행을 취소하기로 상호 합의한다’고 명시하고 있어 합의서를 작성한 목적이 쟁점계약의 취소를 위한 것임을 알 수 있다. (나) 청구법인은 스스로 쟁점계약이 2016.8.17. 쌍방합의에 의해 취소되었고, 쟁점부동산에 대한 매매계약은 2018년 7월에 이루어졌다고 소명한바 있다.
1. AAA는 OOO부동산을 2016.2.13. EEE로부터 OOO원에 취득하여 그 중 쟁점부동산을 청구법인에 OOO원에 양도한 후 OOO원의 양도차익이 발생한 것으로 양도소득세를 신고․납부하였다.
2. 이에 조사청은 2016년 2월 AAA가 OOO부동산을 취득한 직후 2개월만인 2016년 4월 특수관계법인인 청구법인에게 OOO원의 양도차익을 남기고 다시 매도한 것으로, 청구법인이 사주인 AAA에게 OOO원의 양도차익을 이익분여한 혐의가 있는 것으로 보아 청구법인에게 소명자료의 제출을 요청하였다.
3. 이에 청구법인은 쟁점계약은 2016.8.17. 쌍방 합의에 의해 취소되었다고 주장하였고, 쟁점부동산에 대한 매매계약은 2018년 7월에 이루어졌으므로 시가로 인정할 수 있는 6개월 이상의 기간이 경과하였다는 내용의 검토의견서를 작성하여 제출하였다.
4. 이에 처분청은 ① 쟁점계약을 취소하는 내용의 합의서가 작성된 점, ② 쟁점계약일과 소유권이전등기일까지의 기간이 2년 이상 경과한 점, ③ 쟁점계약서가 아닌 2차계약서에 의해 소유권이전등기가 이루어진 점, ④ 청구법인이 제출한 의견서 내용 등에 비추어 쟁점계약은 합의서 작성 무렵 해지되었다고 판단하였고, 다만 청구법인은 계약진행을 연기하거나 취소할 사유가 없었음에도 AAA의 귀책사유에 의하여 계약이 취소되었으므로, 회수하지 않은 계약금은 업무무관가지급금에 해당하는 것으로 보아 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하는 세무조정을 하였다.
5. 청구법인은 검찰 수사결과 쟁점부동산 매매는 쟁점계약 단계에서부터 거래당사자가 정상적으로 진행한 부동산거래임이 확인되었다고 주장하나, 검찰은 횡령․배임여부와 관련하여 ‘증거불충분 결정’을 한 것으로 쟁점계약금이 업무무관가지급금인지 여부에 대하여 판단하지 아니하였다.
6. 청구법인은 2차 항변과정에서 ‘OOO부동산 확인서’ 및 ‘AAA 별도계약서’ 등을 제출하였으나, 해당 서류는 조사과정에서 제출되지 아니하였던 것으로 신뢰하기 어렵다.
1. 청구법인은 매도인 AAA의 신병뿐만 아니라 OOO부동산 입주자의 명도소송 등 분쟁과 같이 외부적․우연적 사유로 인하여 계약의 원만한 이행을 보장하기 어렵게 되었다는 취지로 주장하나 이는 사실과 다르다.
2. 쟁점계약시 청구법인과 AAA간에 체결한 ‘추가약정서’에 의하면 ‘OOO부동산 매도자 AAA는 매매계약 물건에 있는 현 입주자의 명도를 책임지기로 한다’고 약정한 사실을 확인할 수 있다. 즉, 2016.4.25. 당시 임차인 명도분쟁의 해결 역시 AAA가 이행하여야 하는 항목으로 하여 약정한 사실이 확인된다.
3. 쟁점계약 체결시 AAA는 이미 횡령 혐의로 검찰의 수사를 받고 있었고 횡령금액이 OOO원에 이르러 구속될 것을 충분히 예상할 수 있는 상황이었다.
4. 청구법인은 쟁점계약을 취소해야 할 이유가 전혀 없었음에도 AAA의 사정변경에 따라 쟁점계약을 취소하였고, 쟁점계약을 취소한 후 2년 뒤 재계약을 통해 소유권을 넘겨받음으로써 경제적 손실을 입었다.
5. 한편, 청구법인은 쟁점OOO공장용지와 관련하여 2017년 회사 자금사정 등의 사유로 공장용지에 대한 투자를 철회하고 OOO군수에게 처분신청서를 제출하였을 정도로 자금사정이 악화된 상태였는데, 그럼에도 불구하고 AAA에 대한 쟁점계약금 OOO원은 2년여 동안 회수하지 않았다.
6. 더욱이 청구법인은 AAA로부터 쟁점부동산을 취득한 이후 현재까지도 업무에 사용하지 않고 방치하고 있는 것으로 확인된다.
7. 따라서 매매계약 취소 합의서 및 이를 근거로 이루어진 일련의 거래행위는 특수관계 없는 제3자간에는 성립하기 어려운 어느 일방의 편익만을 위한 부당행위로서 업무무관가지급금에 대한 인정이자 과세취지에 정확하게 부합하는바, 이 건 처분은 정당하다. (2) 청구법인은 매수자를 구하려는 노력을 하지 않고 쟁점OOO공장용지를 업무와 무관하게 계속 보유한 것이므로, 취득일부터 유예기간 5년이 경과한 2018.12.30.부터 양도일까지는 지급이자 등 손금불산입 대상이 되는 업무무관기간에 해당하고, 쟁점OOO공장용지는 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상이 되는 비사업용토지에 해당하며, 법인세법 시행령 제92조의11 제3항 제5호 에 따라 비사업용토지에서 제외되는 토지에 해당하지 않는다. (가) 쟁점OOO공장용지는 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에서 규정하는 “유예기간 중 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산”에 해당하므로, 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간을 업무와 관련 없는 기간으로 보아야 한다. 1) 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 는 “토지를 취득하여 업무에 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우”를 업무에 직접 사용한 것으로 보는 경우로 규정하면서, 그 단서에서 “다만, 천재지변․민원의 발생 기타 정당한 사유 없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다”고 규정하고 있다.
2. 청구법인은 2013년 12월 쟁점OOO공장용지를 취득한 후 공사에 착수하지 않고 있다가, 착공하지 않으면 토지 취득관련 보조금으로 수령한 OOO원을 회수당할 것을 우려하여 2014년 6월 착공신고를 한 후 현장사무실 설치, 바닥 레벨작업, 터파기 공사만 진행하고 2016년경 공사를 중단하였다.
3. 청구법인이 공사 중단사유로 들고 있는 것은 회사 자금사정 악화, 본사를 지방으로 이전할 경우 직원확보의 어려움, 불투명한 경기전망 등으로 천재지변․민원의 발생 기타 정당한 사유 없이 건설을 중단한 것으로 볼 수 없으므로 공사가 중단되었음에도 불구하고 쟁점OOO공장용지를 청구법인의 업무에 사용한 것으로 볼 수 없다.
4. 따라서 쟁점OOO공장용지는 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에서 규정하는 “유예기간 중 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산”에 해당하므로, 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간을 업무와 관련 없는 기간으로 보아야 한다. (나) 청구법인은 매수자를 구하려는 노력을 하지 않고 쟁점OOO공장용지를 업무와 무관하게 계속 보유한 것이므로, 취득일부터 유예기간 5년이 경과한 2018.12.30.부터 양도일까지는 지급이자 등 손금불산입 대상이 되는 업무무관기간에 해당한다. 1) 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호 에서는 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에 해당하는 부동산에 대하여 “ 산업집적법 제2조 제14호 에 따른 산업단지 안의 토지를 같은 법 제39조에 따라 양도하는 경우”에는 유예기간(5년)을 업무와 관련이 없는 기간에서 제외하고 있다. 청구법인은 산업단지 안의 토지인 쟁점OOO공장용지를 산업집적법 제39조 에 따라 처분신청서를 제출하여 관리기간(OOO군수)을 통해 양도하였으므로 취득일부터 유예기간 5년이 경과한 2018.12.30.부터 양도일까지가 지급이자 등 손금불산입 대상이 되는 업무무관 기간에 해당한다.
2. 산업집적법에서 유예기간 5년을 부여한 것은 부득이한 사유를 인정하여 산업집적법상 공장용 부지에 혜택을 부여한 것이고, 유예기간은 처분신청서를 제출하는 기간이 아닌 양도할 때까지 기간을 의미하는 것이다. 그럼에도 청구법인은 유예기간 내에 쟁점OOO공장용지를 처분하기 위해 최선의 노력을 기울였다는 점에 대하여 아무런 증거를 제시하지 못하고 있다.
3. 한편, 쟁점OOO공장용지에 관한 유예기간 내에 관리기관인 OOO군수에게 처분신청을 하였으나 OOO군수의 귀책사유로 인하여 소유권이전이 지연된 것이라는 청구주장은 사실과 다르다. 가) 산업집적법 제39조 는 입주기업체가 산업용지를 처분하는 경우 관리기관인 OOO군수에게 양도하도록 규정하고 있고(제1항), 관리기관이 입주기업체의 산업용지를 매수할 수 없는 때에는 공고절차를 거쳐 관리기관이 매수신청을 받아 선정한 다른 기업체나 유관기관에 양도하여야 한다(제2항)고 규정하고 있다.
4. 청구법인은 쟁점OOO공장용지의 매수자를 자체적으로 구해야한다는 점에 대해 처분신청 전부터 이미 알고 있었다.
5. 청구법인이 2017.6.14. 관리기관인 OOO군수에게 처분신청을 함으로써 쟁점OOO공장용지에 대한 일체의 재산권 행사를 이전․포기한 것이라는 청구주장은 사실과 다르다.
2. 청구법인은 쟁점OOO공장용지를 2013년 분양받아 취득한 후 2016년까지 재산세를 100% 감면받았다가 2017년 5월 기감면받은 재산세가 전부 추징(종합합산)되었고, 이후 양도시까지 종합합산 과세되었으므로 법인세법 시행령 제92조의3 에서 규정하는 비사업용토지의 기간기준을 모두 충족하여 비사업용토지에 해당한다.
3. 청구법인은 2013년 12월 쟁점OOO공장용지를 취득하였는데, 2014년 6월 착공신고 후 2016년 공사가 중단될 때까지 바닥 레벨작업, 터파기 공사밖에 진행되지 않은 것으로 확인되므로, 공장을 신축할 의지가 있었다고 볼 수 없다. 가) 법인세법 시행령 제92조의11 제3항 제5호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제3항 제11호에 의하면 “ 산업집적법 제39조 에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 기업체가 산업용지를 같은 법 제2조에 따른 관리기관(같은 법 제39조 제2항 각 호의 유관기관을 포함한다)에 양도하는 토지”는 비사업용토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다.
① 쟁점계약금을 업무무관가지급금으로 보아 인정이자를 이금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세하고 소득금액변동통지(상여)한 처분의 당부
② 쟁점OOO공장용지를 업무무관부동산 및 비사업용토지로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부
(1) 청구법인과 AAA 사이에 체결된 쟁점부동산 매매계약과 관련하여 제출된 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) AAA는 2014.12.12. EEE로부터 OOO부동산을 매수하였다.
1. EEE는 2014.10.13. OOO지방법원 OOO지원 2013타경OOO호로 진행된 OOO부동산에 관한 부동산임의경매 절차의 매각기일에서 OOO원의 매수신고를 하여 최고가매수신고인이 되었고, 그 매각결정기일인 2014.10.20. 위 법원으로부터 매각허가결정을 받았다.
2. 이후 EEE는 FFF 등의 유치권 신고를 이유로 위 법원에 매각허가결정의 취소신청을 하였고 위 법원은 이를 받아들여 2014.11.7. 매각허가결정 취소결정 및 2015.1.29. 위 취소결정에 대한 인가결정을 하였는데, 채권자가 항고하자 2015.7.14. 위 1심 결정을 취소하는 결정을 하였고 EEE는 이에 불복하여 2015.7.24. 재항고하였다가 2015.12.10. 이를 취하하였다.
3. OOO부동산에 대한 경매절차가 진행 중이던 2015년 12월초 AAA와 EEE는 OOO부동산과 관련하여 “청구법인 주식 십사만주를 OOO원으로(약 OOO원) 매수하여 EEE 소유로 인정하고, 차액에서 각종비용을 공제하고 OOO원을 EEE 또는 대리인에게 분할지불하기로 한다”는 내용의 계약서를 작성하였고, 그 직후인 2015.12.10. EEE는 재항고를 취하하였다.
4. AAA는 2018.10.31. 쟁점부동산 양도로 OOO원의 양도차익이 발생하였다는 전제로 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2022.8.22. 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원으로 하여 OOO원의 양도차손이 발생하였다는 내용으로 2018년 귀속 양도소득세에 대하여 경정청구를 제기하였고 OOO서장은 이를 수용한 것으로 확인된다.
5. 조사청은 2016년 2월 AAA가 OOO부동산을 취득한 직후 2개월만인 2016년 4월 특수관계법인인 청구법인에게 OOO원의 양도차익을 남기고 다시 매도한 것으로, 청구법인이 사주인 AAA에게 OOO원의 양도차익을 이익분여한 혐의가 있는 것으로 보아 청구법인에게 소명자료의 제출을 요청하였다.
6. 이에 청구법인은 쟁점계약은 2016.8.17. 쌍방 합의에 의해 취소되었다고 주장하였고, 쟁점부동산에 대한 매매계약은 2018년 7월에 이루어졌으므로 시가로 인정할 수 있는 6개월 이상의 기간이 경과하였다는 내용의 검토의견서를 작성하여 제출하였다.
7. 이에 처분청은 ① 쟁점계약을 취소하는 내용의 합의서가 작성된 점, ② 쟁점계약일과 소유권이전등기일까지의 기간이 2년 이상 경과한 점, ③ 쟁점계약서가 아닌 2차계약서에 의해 소유권이전등기가 이루어진 점, ④ 청구법인이 제출한 의견서 내용 등에 비추어 쟁점계약은 합의서 작성 무렵 해지되었다고 판단하였고, 다만 청구법인은 계약진행을 연기하거나 취소할 사유가 없었음에도 AAA의 귀책사유에 의하여 계약이 취소되었으므로, 회수하지 않은 계약금은 업무무관가지급금에 해당하는 것으로 보아 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하는 세무조정을 하였다.
8. 청구법인은 AAA의 OOO부동산 취득과 관련하여 별도 계약서가 존재한다고 주장하며 관련 계약서를 제출하였다. 위 계약서에는 계약자로 AAA만 서명하고 있고, EEE의 서명․날인은 확인되지 않는다. (나) AAA는 2016.4.25. 청구법인에게 OOO부동산을 OOO원에 양도하는 내용의 쟁점계약을 체결하였다.
1. 쟁점계약의 매매계약서(2016.4.25.)에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
2. 추가약정서(2016.4.25.)에 의하면 “본건 매도자 AAA는 매매계약 물건에 있는 현 입주자의 명도를 책임지기로 한다. 단, 매수자의 협조를 전제로 하되, 기입주자의 명도가 이루어지지 않는 한 중도금 지급은 할 수 없으며, 그로 인한 책임 또한 매도자 책임임을 명시한다.”는 내용이 기재되어 있다. (다) 쟁점계약금 지급 내역은 다음과 같다.
1. AAA는 OOO부동산에 대한 매매계약을 체결할 무렵 OOO 이사장으로 재직시 교비 OOO원을 횡령한 혐의 등으로 수사를 받고 있었는데, 2016.9.22. 1심(OOO지방법원 2016.11.14. 선고 2016고합OOO 판결)에서 징역 3년이 선고되었고, 2017.4.21. 2심(OOO법원 2017.4.21. 선고 2016노OOO 판결)에서 징역 2년으로 확정되었다.
2. AAA는 청구법인으로부터 쟁점계약금을 지급받고 같은 날 이를 OOO에 대한 횡령금을 반환하는데 사용하였고, 2016.4.28. 횡령 등 혐의로 구속되었다. (라) 합의서(2016.8.17.)의 내용은 다음과 같다. OOO (마) 청구법인은 2016.9.1. AAA가 소유한 OOO부동산 중 OOO 대 113㎡, 같은 동 101-1 대 3,276㎡, 같은 동 105-6 대 136㎡ 등에 매매예약의 가등기를 하였다가 2018.7.10. 위 위 매매예약에 의한 본등기를 원인으로 청구법인 앞으로 소유권이전등기를 마친 것으로 나타난다. (바) 쟁점2차계약서(2018.7.10.)의 내용은 다음과 같다.
1. 청구법인은 2018.7.10. AAA로부터 쟁점부동산을 OOO원(토지 OOO원 및 그 지상건물 OOO원)에 매수하는 계약을 체결하였다. 쟁점2차계약서에 의하면 계약금은 2018.7.10. 1,9OOO원(토지 OOO원 및 지상건물 OOO원), 중도금 2018.7.25. 2,1OOO원(토지 및 지상건물 OOO원), 잔금 2018.8.10. OOO원(토지 OOO원 및 지상건물 OOO원)을 각 지급하는 것으로 기재되어 있다.
2. 청구법인은 AAA에게 쟁점부동산 매매대금으로 2016.4.27. OOO원(쟁점계약금), 2018.3.27. OOO원, 2018.8.10. OOO원 및 2018.11.19. OOO원 합계 OOO원을 지급하였다.
3. 쟁점2차계약서 특약사항으로 “① 현재 쟁점부동산에 대하여 매도인이 OOO은행으로부터 부담하고 있는 담보대출금(OOO원)은 매수인이 승계하고 승계한 대출금을 잔대금으로 대체한다. ② 계약 당사자간에 일방이 해약을 요청할 시에는 계약일로부터 해약일까지의 기간이자를 상대방에게 위약금으로 지급한다. 이때 적용이자율은 연 5%로 한다.”라고 정하고 있다.
4. 청구법인은 확인서(2021.9.8.)를 통해 “① 당사는 대표이사 AAA에게 OOO부동산 매매계약금으로 2016.4.27. 금 OOO원을 지급하였으나, 동 부동산 매매계약은 유치권을 주장하는 임차인 문제로 진행되지 않아 계약이 연기되었으며, 당사 동의 없이 타인에게 매각하지 않는 조건으로 계약금 OOO원은 회수를 유보한 사실이 있습니다. ② 미회수한 계약금은 2018.7.10. AAA와 본 건 부동산 거래를 위해 위1항 계약조건에 따라 정상적으로 계약을 성사시켜 거래대금으로 상계처리 하였습니다(OOO원 보증금 약정은 계약성립으로 약속 이행함)”라고 확인하여 주고 있다. (아) AAA는 본인이 대표이사이자 최대주주인 BBB과 OOO부동산에 대한 임대차계약을 체결하여 2016년 9월부터 2017년 8월까지 월 OOO원의 임차료를 수취한 것으로 확인된다. (자) AAA의 업무상횡령 등 혐의에 대한 검찰수사 내역은 다음과 같다.
1. 청구법인은 본래 BBB의 계열사 중 하나였으나, 2004년 BBB이 현재 소유주인 AAA에게 인수되는 과정에서 기존 경영진이 BBB의 계열사였던 청구법인을 위장 매입하였다가 회계감사 중 그러한 사실이 적발되어 BBB이 주권인도소송에서 2015년 11월 대법원에서 최종 승소하게 됨으로서 2016년부터 청구법인이 BBB의 관계회사로 원상회복되었으며 현재의 경영진(AAA 등)이 운영하게 되었다.
2. 위와 같이 AAA 등 현재 경영진이 청구법인의 경영권을 회복한 직후인 2015년 12월경에 AAA는 청구법인 OOO영업소의 물류창고 부지를 확보하려는 동기에서 EEE로부터 OOO부동산을 매수하게 되었다.
3. 청구법인에 대한 경영권 분쟁에서 패소한 상대방들이 운영하고 있는 OOO은 2018년 AAA에 대하여 “AAA가 소유한 OOO부동산에 관하여 BBB이 이를 허위로 임차하도록 하여 임차료를 지급받는 방식으로 해당 금액을 업무상 횡령하였다”거나 “청구법인이 OOO부동산을 매수할 필요가 없음에도 이를 매수하도록 하여 업무상 배임을 하였다”는 등의 취지로 수사기관에 고발하여 조사받도록 하였다.
4. OOO검찰청은 위 고발사실에 대하여 2019.11.21. 등 2019년 형제OOO호 등으로 ‘불기소결정(혐의없음)’한 것으로 확인된다. (자) 청구법인은 OOO부동산에 관한 소유권을 이전받기 전 쟁점계약에 따라 수수된 쟁점계약금을 ‘건설중인 자산’으로 회계처리하였고, 이후 쟁점2차계약에 따라 OOO부동산의 소유권이 이전되자 ‘토지 및 건물’로 회계처리한 것으로 나타난다. (차) AAA와 GGG 사이에 진행된 사해행위취소 사건의 준비서면에 의하면 AAA는 “OOO부동산을 경락받은 EEE는 경락대금을 마련하지 못하여 부동산 취득을 포기한 상태였고, 법원에 납부한 매수신청보증금(경락대금 OOO원의 10%)을 몰취당할 위기에 처한 상황이어서 기납부한 매수신청보증금을 보전해주는 조건으로 매각대금에 등기취득 비용 등만을 더한 금액으로 OOO부동산을 취득하게 되었다”고 진술한 것으로 나타난다. (카) AAA는 EEE가 제기한 약정금 소송(OOO법원 2021.6.3. 선고 2019가합OOO 판결)에서 “당초 EEE가 관련 형사사건의 수사절차에서 AAA에게 유리한 진술을 하는 것을 전제로 EEE와 위 계약서 제3조에 규정된 청구법인 주식 인도약정을 하였으나, EEE는 위 형사사건의 검찰수사과정에서 오히려 AAA에게 불리한 진술을 하였고 이로 인하여 AAA가 실형을 선고받았으므로, 위 주식인도약정은 정지조건 불성취로 효력이 발생하지 아니하였거나 해제조건 성취로 효력을 상실하였다”고 주장하였던 것으로 확인된다. (타) 청구법인은 OOO부동산 매매를 시도한 목적이 수도권 소재 거래처들에 대한 납품의 편의성과 영업강화를 위한 물류창고를 조성하려는 경영상 이유에 있고, 쟁점계약이 중단된 이후 위와 같은 목적에 변동이 없어 종국적으로 쟁점2차계약을 재차 추진하였다고 주장하나, 처분청이 제출한 쟁점부동산 현장사진에 의하면 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 업무에 사용하지 않고 있는 것으로 보인다. (파) OOO법원 2021.6.3. 선고 2019가합OOO 판결문 10p.에 의하면 OOO부동산 경매 당시 위 부동산의 감정평가금액은 OOO원을 초과하였고, OOO부동산 중 건물을 제외한 나머지 부분의 공시지가 합계액이 2016년도 OOO원, 2018년도 OOO원이고, OOO은행 의뢰로 OOO감정평가법인이 작성한 감정평가서에 기재된 OOO부동산 평가금액 합계액은 2015년 12월경 기준으로 OOO원으로 확인된다.
(3) 쟁점OOO공장용지와 관련하여 제출된 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2011.10.26. OOO산업단지개발과 쟁점OOO공장용지에 대한 분양계약을 체결하고 2013.12.30. 쟁점OOO공장용지에 대한 소유권을 취득하였다.
1. ‘쟁점OOO공장용지 분양계약서’에 의하면 “청구법인이 목적용지를 처분하고자 하는 경우에는 관리기관인 OOO군수와 협의하여야 한다”는 분양계약 조건이 기재되어 있고, ‘OOO산업단지 입주계약서’에도 “청구법인이 산업용지 및 공장 등을 처분하고자 할 때에는 OOO군수에게 양도하거나 OOO군수가 지정한 자에게 양도하여야 한다”고 기재되어 있는 것으로 확인된다.
2. 청구법인은 2014년 6월 쟁점OOO공장용지에 건축물 신축공사 착공신고를 한 후 현장사무실 설치, 바닥 레벨작업, 터파기 공사만 진행하고 2016년경 공사를 중단하였다. (나) 청구법인은 2017.5.30. 회사 자금사정 등을 이유로 쟁점OOO공장용지에 대한 투자를 철회하기로 결정하고 2017.6.14. OOO군수에게 쟁점OOO공장용지에 대한 처분신청서를 제출하였다.
1. 청구법인이 2017년 6월 토지처분신청서를 OOO군수에게 제출하기 전인 2016년 10월 작성한 ‘OOO일반산업단지 현황보고’ 자료 중 ‘(2) 토지매각 방안’에 의하면 지방자치단체에 재정이 없어서 자체 인수는 불가능하다는 점과 원매수자를 구해서 매각을 하여야 한다고 기재하고 있다.
2. 또한 2017.5.30. 작성한 ‘OOO일반산업단지 본사이전계획 철회 및 토지처분신청서’ 중 ‘7. 추진사항’란에서도 자체적인 원매수자 확보노력을 위한 진행이 필요하다고 작성되어 있다.
3. 2016년 10월 작성한 ‘OOO일반산업단지 현황보고’ 자료 중 ‘OOO산업단지 당사 이전부지 투자 취소시 문제점’ 중 ‘3. 현상태 계속 보유시 penalty’에 따르면 5년 이상 토지만 보유시 비업무용토지로 취급된다는 점에 대하여 기재하고 있다.
4. 청구법인은 쟁점OOO공장용지를 2013년 분양받아 취득한 후 2016년까지 재산세를 100% 감면받았다가, 2017년 5월 감면받은 재산세가 전부 추징(종합합산과세)되었으며 이후 양도시까지 재산세가 종합합산하여 과세되었고, 지방투자촉진보조금 회수에 따른 이자도 부담하였다.
5. OOO군수는 2013년 12월 지방투자촉진보조금 지급시 쟁점OOO공장용지에 대해 근저당권을 설정(채권최고액 OOO원)하였다가 2018년 12월 이를 해지하였고, 청구법인은 2018년 12얼 다시 OOO은행으로부터 대출을 받으면서 쟁점OOO공장용지에 근저당권을 설정하였다가(채권최고액 OOO원) 2020년 2월 이를 양도하면서 근저당권을 말소한 것으로 확인되는바, 청구법인은 OOO군수에 대한 처분신청 이후에도 쟁점OOO공장용지에 대한 재산권을 계속하여 행사한 것으로 나타난다. (다) OOO군수는 2017년 6월 및 2019년 2월 2회의 토지매각공고를 통해 2019.10.10. 쟁점OOO공장용지 중 OOO은 CCC에게 매매대금 OOO원으로, OOO은 OOO에게 매매대금 OOO원으로 각 매각하는 계약을 체결하였으며, 2020.2.25. 각 매매계약의 이행이 완료되어 쟁점OOO공장용지의 소유권이 모두 이전되었다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점계약이 2016.8.17.자 합의서에 따라 취소 또는 해지되었으므로 청구법인이 AAA에게 지급한 계약금은 회수하였어야 할 업무무관가지급금에 해당하고 따라서 계약금상당액의 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. 그러나 청구법인과 AAA 사이에 2016.8.17. 작성된 합의서 제1항에 “AAA와 청구법인은 2016.4.27.자 OOO부동산에 대한 매매계약을 체결하였으나, AAA의 갑작스런 상황 변동으로 인한 정신적․신체적 및 경제활동에 상당한 제약 및 청구법인의 농지취득 불가 사유로 당 계약의 진행을 취소하기로 합의한다.”고 기재되어 있고, 제2항에 “청구법인이 매매계약의 계약금을 이미 AAA에게 지급한 상태임을 고려하여 AAA의 상황이 회복된 이후에 동 계약을 다시 체결(진행)하기로 한다”고 기재되어 있는 것으로 나타나는바, 위 합의서는 쟁점계약 체결 이후 계약당사자인 AAA가 구속되어 계약의 이행이 어렵게 되자 당초 체결한 매매계약의 진행을 연기하고 향후 AAA의 상황이 회복되면 다시 계약을 진행하기 위하여 작성된 것으로 보이는 점, 위 합의서 작성 직후인 2016.9.1. OOO부동산 중 농지를 제외한 나머지에 대하여 매매예약의 가등기가 설정되었고 이후 위 매매예약의 가등기를 원인으로 본등기가 마쳐진 것으로 확인되는 점, 쟁점계약은 OOO부동산 전체를 OOO원에 매수하기로 하는 계약이었던 것에 비해, 쟁점2차계약은 당초 매매목적물이었던 OOO부동산에서 농지를 제외한 쟁점부동산을 OOO원에서 농지가격을 제외한 OOO원에 매수하기로 하는 계약으로 양 계약에 그 매매목적물 및 매매대금 등 주요사항의 유사성 및 거래과정의 연속성이 인정되는 점, AAA는 2018.10.31. 쟁점부동산 양도로 OOO원의 양도차익이 발생하였다는 것을 전제로 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였으나, 2022.8.22. 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원, 양도가액을 OOO원으로 하여 OOO원의 양도차손이 발생하였다는 내용으로 기신고납부한 2018년 귀속 양도소득세에 대한 경정청구를 제기하였고 OOO서장은 AAA의 경정청구를 인정한 것으로 나타나는바, AAA는 쟁점부동산 양도로 인한 양도차익을 얻지 못하고 청구법인에게 양도한 것으로 확인되는 점 등에 비추어, 청구법인과 AAA가 2016.8.17. 작성된 합의서에 따라 쟁점계약을 해제한 것으로 보기 어렵고, 오히려 쟁점계약부터 쟁점2차계약에 이르는 일련의 행위가 전체적으로 하나의 거래과정을 이루고 있는 것으로 보이므로 쟁점계약에 따라 수수된 쟁점계약금은 업무무관가지급금에 해당하지 않는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점계약이 2016.8.17.자 합의서에 따라 해제된 것을 전제로 하여 쟁점계약금 상당액의 인정이자를 익금에 산입하고 지급이자를 손금불산입하여 청구법인에 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점OOO공장용지가 청구법인의 업무와 관련이 있고 이를 업무무관자산으로 볼 수 있는 기간도 인정되지 않는다거나, 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장한다. 1) 법인세법 제27조 제1호 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호에서 “법인의 업무에 직접 사용하지 않는 부동산을 취득․관리함으로써 생기는 비용 등은 손금에 산입하지 아니한다”고 정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제26조 제3항 제1호는 “토지를 취득하여 업무에 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우”를 업무에 직접 사용한 것으로 보는 경우로 규정하면서, 그 단서에서 “다만, 천재지변․민원의 발생 기타 정당한 사유 없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다”고 규정하고 있는데, 청구법인은 2013년 12월 쟁점OOO공장용지를 취득한 후 공사에 착수하지 않고 있다가, 2014년 6월 착공신고를 한 후 현장사무실 설치, 바닥 레벨작업, 터파기 공사만 진행하고 2016년경 공사를 중단한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 공사 중단사유로 들고 있는 것은 회사 자금사정 악화, 본사를 지방으로 이전할 경우 직원확보의 어려움, 불투명한 경기전망 등으로 이러한 경우까지 천재지변․민원의 발생 기타 정당한 사유로 건설을 중단한 것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 쟁점OOO공장용지는 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목에서 규정하는 “당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”에 해당하는 것으로 보인다. 한편, 법인세법 시행규칙 제26조 제10항 제2호 에서는 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목에 해당하는 부동산에 대하여 “ 산업집적법 제2조 제14호 에 따른 산업단지 안의 토지를 같은 법 제39조에 따라 양도하는 경우”에는 취득일로부터 5년의 유예기간을 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간에서 제외하도록 정하고 있고, 청구법인은 산업단지 안의 토지인 쟁점OOO공장용지를 산업집적법 제39조 에 따라 처분신청서를 제출하여 관리기관(OOO군수)을 통해 양도하였으므로 쟁점OOO공장용지는 취득일부터 유예기간 5년이 경과한 2018.12.30.부터 양도일까지가 해당 토지의 업무무관 기간에 해당한다. 따라서 처분청이 쟁점OOO공장용지를 업무무관자산으로 보아 법인세법 제27조 등에 따라 그 취득비용 등을 손금불산입한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 2) 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 는 내국법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 납부하도록 정하고 있고, 제2항 제4호는 농지․임야 및 목장용지 외의 토지는 대통령령으로 정하는 기간 동안 지방세법에 따라 재산세가 종합합산 과세되는 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상이 되는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 정하고 있다. 또한 같은 법 시행령 제92조의3은 “대통령령으로 정하는 기간”을 정하고 있는데, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두 비사업용에 해당하는 기간인 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 과세대상이 되는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 정하고 있다. 청구법인은 쟁점OOO공장용지를 2013년 분양받아 취득한 후 2016년까지 재산세를 100% 감면받았다가 2017년 5월 기감면받은 재산세가 전부 추징되었고, 이후 양도시까지 종합합산과세 되었으므로 법인세법 시행령 제92조의3 에서 정하는 기간 기준을 충족하여 비사업용토지에 해당한다. 한편 법인세법 제55조의2, 같은 법 시행령 제92조의11 제3항 제5호 및 같은 법 시행규칙 제46조의2 제3항 제11호는 “ 산업집적법 제39조 에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 입주기업체가 산업용지를 같은 법 제2조에 따른 관리기관(같은 법 제39조 제2항 각 호의 유관기관을 포함한다)에 양도하는 토지”는 비사업용토지로 보지 않는다고 정하고 있다. 청구법인은 쟁점OOO공장용지를 산업집적법 제39조 에 따라 관리기관인 OOO군청에 처분신청을 하여 제3자에 양도하였으므로 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제3항 제11호 는 산업용지를 관리기관이나 유관기관에 양도할 경우 비사업용 토지에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 청구법인의 경우와 같이 다른 기업체에 양도하는 경우까지 비사업용토지에서 제외하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세 납부를 면제하여 줄 수는 없는 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점OOO공장용지가 비사업용토지에 해당하는 것으로 보고 토지 등 양도소득세 대한 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.