쟁점청구인지분의 양도가액은 처분청에서 본 실지거래가액이 아니라 실지가액을 확인할 수 없는 경우에 적용하는 기준시가로 보아야 한다는 청구주장의 당부

OOO서장이 2022.1.6. 청구인에게 한 2012년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 대 2,761.3㎡ 지분 1/2에 대하여 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 제4호 의 기준시가에 따른 양도가액을 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 AAA(청구인의 형)과 공동으로 1988.8.27. 부친 BBB으로부터 OOO 대 2,761.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 지분 각 2분의 1(이하 청구인 소유지분을 “쟁점청구인지분”, AAA 소유지분을 “쟁점AAA지분”이라 한다)을 증여받아 1989.1.1. 쟁점토지를 사업장 소재지로 하여 부동산임대업(이하 “쟁점임대사업장”이라 한다)을 영위하였다.
• 나. 청구인은 CCC 주식회사(이하 “CCC”이라 한다)와 함께 쟁점토지에 오피스텔을 신축ㆍ분양하기 위하여 2011.11.2. 오피스텔에 관한 건축허가를 신청하는 등의 과정을 거쳐 2012.12.3. 공동사업계약서를 작성하고 쟁점임대사업장의 공동사업자를 AAA에서 CCC으로 변경한 후, 2014.12.8. 쟁점토지에 오피스텔을 신축(사용승인)하였는데, 쟁점청구인지분을 CCC과의 공동사업에 현물출자한 데 대하여 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 다. 처분청은 2019.6.10.∼2019.6.29. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인과 CCC이 공동사업계약을 체결한 날인 2012.12.3. 오피스텔의 신축ㆍ분양사업에 관한 조합(이하 “쟁점조합”이라 한다)이 성립되었으므로 쟁점청구인지분이 2012.12.3. 쟁점조합에 현물출자된 것이고, AAA이 2012.11.30. CCC에게 쟁점AAA지분을 OOO원에 양도하였음을 근거로 쟁점청구인지분의 양도가액이 OOO원이라고 보아 2019.10.8. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정ㆍ고지하자, 청구인은 이에 불복하여 2019.12.13. 이의신청을 거쳐 2020.6.9. 심판청구를 제기하였다.
• 라. 우리 원은 쟁점조합의 성립 및 쟁점청구인지분의 쟁점조합에 대한 현물출자는 청구인과 CCC이 쟁점공동사업계약을 체결한 2012.12.3. 이루어졌다고 보아 부과제척기간이 도과되었다는 주장은 기각하였으나, 쟁점AAA지분의 실제 매매계약체결일을 재조사하고, 그 결과 및 소득세법 시행령제176조의2 제3항에 따라 쟁점청구인지분의 양도가액을 재산정하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라고 결정(조심 2020중2173, 2021.11.9.)하였다.
• 마. 처분청은 2021.12.10.∼2021.12.29. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 재조사를 실시한 결과, 쟁점임대사업장에서 작성한 쟁점청구인지분의 장부가액이 처분청이 결정한 양도가액과 동일(OOO원)하여 당초의 처분이 정당하다고 하는 세무조사 결과를 2022.1.6. 청구인에게 통지하였다.
• 바. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.22. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점청구인지분의 양도는 현물출자로 양도가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 매매사례가액, 감정가액, 기준시가의 순서로 추계가액을 결정하여야 하는데, 쟁점토지의 동일 또는 유사한 자산의 매매사례가액이나 2이상의 감정평가법인이 평가한 감정가액 등이 없으므로 기준시가에 의하여 양도차익 및 과세표준을 계산하는 것이 타당하다. 쟁점임대사업장이 청구인에게 지급한 현물출자에 대한 대가를 임의로 회계처리한 장부가액을 쟁점청구인지분의 양도가액으로 보는 것은 위법하므로 처분청은 쟁점토지의 기준시가(OOO원)에 따라 양도소득세를 경정하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 실지취득가액이 매매계약서 등 취득관련 서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우, 그 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것이 타당하다. 쟁점임대사업장은 쟁점청구인지분 장부가액을 OOO원으로 계상(취득시부터 양도시까지 복식부기의 방법으로 장부 및 재무제표, 분양원가계산서를 기록・제출 및 취득원가로 비용 계상)하였고, 쟁점청구인지분 양도일 현재의 감정가액이 OOO원으로 추정되는 점 등에 비추어 쟁점청구인지분 장부가액이 시세에 부합하지 않는 것으로 보기 어려우며, 장부가액도 실지와 부합하는 것이 확인되는 경우 실지거래가액으로 인정되는 점 등에 비추어 쟁점청구인지분 양도가액을 장부에 기장한 가액(OOO원)으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점청구인지분의 양도가액은 실지가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 기준시가를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2013.1.1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제88조(양도의 정의) ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(負擔附贈與)(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자(受贈者)가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

③ 제1항과 제2항 각 호를 적용할 때 거주자가 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

1. 법인세법 제52조 에 따른 특수관계인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 “특수관계인”이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

2. 특수관계인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 상속세 및 증여세법제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조에 따른 가액에 따라야 한다.

⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 “감정평가법인”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에 한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 아니한다.

1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3월이내에 당해 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 2이상의 감정평가법인이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

⑤ 국세청장은 주소지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 양도소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 필요하다고 인정하는 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 부동산의 감정ㆍ평가에 관한 학식과 경험이 풍부한 자에게 자문하여 그 결정 또는 경정에 공정성을 기하게 할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서(2021년 12월)의 주요 내용은 다음과 같다. OOO

(2) 처분청은 다음과 같은 증빙자료를 제출하였다 (가) 처분청은 공동사업장에서 2012.11.29. 쟁점토지와 오피스텔 신축에 대하여 담보목적으로 감정평가한 사실을 확인하고, OOO감정평가법인에 2021.12.22. 감정평가서 서류 제출을 요청하였으며, 그 내용은 다음과 같다. OOO (나) 처분청은 건물과 토지를 일괄평가한 위 감정평가서를 토대로 쟁점토지와 오피스텔의 평가금액에 대하여 2012.11.22. 당시 토지 및 건물 기준시가로 안분계산하면 쟁점토지의 평가가액은 아래 <표>와 같이 OOO원이고, 쟁점청구인지분(쟁점토지의 1/2)의 평가액을 OOO원으로 추정할 수 있다는 의견이다. <표> 토지 및 건물로 안분계산한 감정평가가액 OOO

(3) 청구인이 제출한 증빙자료는 다음과 같다. (가) 청구인이 제출한 쟁점AAA지분에 대한 매도인 AAA과 매수인 CCC과의 매매계약서(2012.1.27.)는 다음과 같다. OOO (나) AAA이 작성한 확인서(2021.7.19.)에 따르면, AAA은 쟁점AAA지분에 대하여 2011.9.30. CCC의 대표인 청구인으로부터 계약금 OOO원을 받았고, 잔금을 2012.3.30.로 특정하는 계약서를 작성하였으나, 잔금을 지급받지 못하던 중 잔금 지급을 최고하는 내용증명을 CCC으로 발송하였으며, 2012.11.30. 잔금을 지급받고 CCC에 쟁점AAA지분에 대한 소유권을 이전하였다고 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인에 대한 종전 재조사결정(조심 2020중2173, 2021.11.9.) 주문에 따르면, 쟁점AAA지분의 매매계약 체결일을 재조사하고 그 결과 및 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 에 따라 쟁점청구인지분의 양도가액을 재산정하라고 결정하였고, 처분청은 쟁점AAA지분의 매매계약 체결일을 재조사하여 매매계약 체결일이 2012.1.27.이라고 판단하였음에도, 쟁점청구인지분의 양도가액은 소득세법 제114조 제7항 에 따라 장부가액 등에 의하여 실지거래가액이 확인되는 경우라고 하여 양도가액을 장부가액과 동일한 OOO원으로 보았다. 그러나 처분청은 우리 원 재조사결정의 취지에 따라 재조사한 후 그 내용을 보완하는 후속처분만을 할 수 있음(대법원 2017.5.11. 선고 2015두37549 판결 참조)에도 불구하고, 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 (같은 법 제114조 제7항의 위임을 받아 양도가액 등을 실지거래가액이 아니라 매매사례가액, 기준시가 등으로 추계결정한다는 것)이 아닌 같은 법 제96조 제1항(양도가액을 실지거래가액으로 한다는 것)을 근거로 쟁점임대사업장이 계상한 장부가액을 쟁점청구인지분 양도의 실지거래가액으로 하여 세무조사결과를 통지한바, 이는 재조사결정 주문의 범위를 벗어나 위법하므로 해당 장부가액을 쟁점청구인지분 양도가액의 근거로 보기는 어렵다고 하겠다. (나) 소득세법 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제3항에 따르면, 해당 자신의 양도 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액 또는 기준시가(2이상의 것)를 순차로 적용하여야 하고, 제시된 심리자료에 의하면, 위 규정에 부합하여 적용할 수 있는 매매사례가액, 감정가액은 나타나지 아니한 점 등에 비추어 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 제4호 에 따른 기준시가에 의하여 쟁점청구인지분의 양도가액을 산정하는 것이 합리적이라고 할 것이므로 처분청이 쟁점임대사업장에서 작성한 장부가액 등을 근거로 쟁점청구인지분의 양도가액을 OOO원이라고 하여 청구인에 대하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.