쟁점주택 양도소득은 1세대1주택 비과세 양도소득에 해당한다는 청구주장의 당부

• [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2018.10.2. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하고, 2020.11.23. 쟁점주택을 양도하였으며, 쟁점주택 양도소득이 1세대 1주택 비과세 양도소득에 해당하는 것으로 보아 2020.12.11. 납부할 세액이 없는 것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인 세대가 쟁점주택 계약일(2016.7.20.) 현재 조세특례제한법제99조의2 제1항의 적용을 받는 OOO(이하 “쟁점외주택①”이라 한다)를 소유하고 있으므로, (1) 쟁점주택이소득세법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된 것 이하 “개정 소득세법 시행령”이라 한다) 부칙 제2조 제2항 제2호(이하 “쟁점부칙조항”이라 한다)의 “ 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)” 에 해당하지 아니하고, (2) 쟁점주택 양도소득의 1세대 1주택 비과세요건 충족여부는 개정 소득세법 시행령 제154조 에 따라 판단하여야 하는데, 개정 소득세법 시행령 제154조 는 취득당시 조정대상지역 내에 위치한 주택에 대해서 종전 규정과 달리 거주요건이 신설되어, 쟁점주택에서 거주한 적이 없는 청구인의 쟁점주택 양도소득은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2021.12.10. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 조세특례제한법 제99조의2 제1항 을 적용받는 주택(이하 “특례주택”이라 한다)은 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때, 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 바(조세특례제한법제99조의2 제2항), 쟁점부칙조항의 무주택 세대 여부 판정시 특례주택은 주택 수에서 제외하여야 한다. (가) 소득세법 제89조 제1항 제3호 는 1세대가 1주택을 보유하는 경우에 주택 양도소득을 비과세 양도소득으로 규정하면서, 그 세부적인 요건을 대통령령에 위임하고 있어, 같은 법 시행령 제154조에서 1세대 1주택의 범위를 세부적으로 규정하고 있는바, 소득세법 제89조 제1항 제3호 가 모법(母法)으로 1세대 1주택 비과세 양도소득을 총괄하는 조항이다. (나) 이러한 1세대 1주택 비과세 양도소득에 대한 모법(母法)으로 총괄하는 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때, 특례주택을 주택 수에서 제외하도록 조세특례제한법제99조의2 제2항에서 명확히 규정하고 있으므로, 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 위임을 받아 세부적인 요건을 규정하고 있는 소득세법 시행령제154조를 적용할 때나, 소득세법 시행령제154조의 개정에 따른 적용례를 규정한 쟁점부칙조항을 해석할 때도 특례주택은 주택 수에서 제외하는 것이 법령체계에 부합하는 해석이다. (다) 더욱이 조세특례제한법은 “조세(租稅)의 감면 또는 중과(重課) 등 조세특례와 제한에 관한 규정”을 목적으로 제정된 것으로 소득세법에 대해 특별법적 지위를 갖고 있다고 할 것이므로 조세특례제한법제99조의2 제2항을 소득세법제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 및 쟁점부칙조항보다 1세대 1주택 비과세 요건 판단시 소유주택 수 산정에 있어 우선적으로 적용하여야 할 것이다. (라) 아울러 법문대로 해석하면 조세특례제한법 제99조의2 제2항 은 “ 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다”라고 규정되어 있는데 반해, 소득세법 제89조 제1항 및 같은 법 시행령 제154조에는 특례주택을 소유주택으로 보아야 한다는 규정이 없다. (2) 청구인은 공문형식으로 국민신문고를 통해 국세청에 2차례 질의한바, 특례주택은 1세대 1주택 비과세 요건 판단시 주택 수에서 제외된다는 것을 확인하고, 이를 신뢰하여 쟁점주택을 양도하였는데, 처분청이 기존 국세청의 답변내용과 배치되는 이 건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙에 반하는 것이다. 국세기본법 시행령 제10조 제1항 에 따라 국세청장은 세법해석 질의에 대하여 회신하여야 하고, 위와 같은 답변 내용이 납세자에게 받아들여진 후에 그 답변내용은 정당한 것으로 보고 있는바(국세기본법 제18조 제3항), 기존답변내용에 따라 쟁점주택 양도소득을 1세대 1주택 비과세 양도소득으로 보아야 한다. (3) 쟁점주택 양도소득의 1세대 1주택 비과세 요건은 쟁점주택 매수계약체결일(2016.7.20.) 현재의 소득세법령을 기준으로 판단하여야 한다. (가) 쟁점주택 매수계약체결(2016.7.20.) 및 OOO(쟁점주택 소재지)의 조정대상지역 지정(2016.11.3.)은 1세대 1주택 비과세 요건에 조정대상지역 내에 취득한 주택의 거주의무를 추가한 개정 소득세법 시행령의 개정일(2017.9.19.) 이전에 발생한 사건이다. (나) 청구인은 개정 소득세법 시행령 개정일(2017.9.19.) 전에 쟁점주택에 대한 중도금(총 6회)을 4회차까지 납부하여, 계약불이행시 계약금 및 중도금 포기, 계약상대자에 대한 손해배상 등의 문제로 사실상 개정일 현재 쟁점주택에 대한 의사결정을 변경할 수도 없었다. 청구인은 쟁점주택 계약 당시 시행되던 소득세법 시행령을 신뢰하고, 추후 쟁점주택 양도시 보유요건만 충족하면 1세대 1주택 비과세 혜택을 누릴 수 있다고 보아 쟁점주택을 매수하였는데, 쟁점주택 매수를 포기할 수도 없는 시점에 이르러 소득세법 시행령을 개정하고, 청구인에게 종전규정이 적용되지 않는다고 보아 이 건 처분을 한 것은 청구인에게 너무 가혹하며, 종전규정에 대한 청구인의 신뢰에 반하는 처분이다. (다) 아무리 훌륭한 법이라도 소급적용을 인정하게 되면, 행동을 할 때는 적법했던 행위가 이후에는 법을 어긴 행위가 되는 수가 자주 발생할 수 있어 국민들의 법률생활에 혼란을 야기한다. 우리 법체계는 원칙적으로 법령의 소급적용을 금지하고 있고, 이는 세법도 마찬가지인바, 쟁점주택 양도소득이 1세대 1주택 비과세 양도소득에 해당하는지 여부는 쟁점주택 매수계약체결일(2016.7.20.) 당시의 법령을 기준으로 하여야 한다(헌법 제13조 제2항, 국세기본법 제18조 제2항 참조). (4) 2013년 하우스푸어가 사회적 문제로 대두되고, 주택시장 부진심화로 거시경제 전반에 부담이 증가하자 정부는 2013.4.1. ‘서민주거안정을 위한 주택시장 정상화대책’의 일환으로 특례주택에 대해서는 소득세법 제89조 제1항 제3호 적용시 주택 수에서 제외하도록 하였다. 그런데 기획재정부의 법령해 석(기획재정부 재산세제과-941, 2018.11.1.) 을 근거로 특례주택 을 1세대 1주택 비과세요건 판단시 주택 수에 포함하는 것은 정부 정책을 신뢰한 국민과의 약속을 위반하는 것으로 신의에 반하는 행위이다. (가) 아울러 2013.4.1. ‘서민주거안정을 위한 주택시장 정상화대책’의 일환으로 규정된조세특례제한법제99조의2 제2항 입법취지가 특례주택을 소유한 것으로 인해 쟁점주택에 대한 양도소득세 비과세 혜택을 받지 못하는 것을 방지하려는 것인데 기획재정부 법령해석은 쟁점주택에 대한 비과세 혜택을 규제하는 것으로 2013.4.1. 정부대책에 반하는 행위이다. (나) 또한 기획재정부 법령해석은 특례주택을 주택 수에 포함하여 1세대 1주택 비과세 요건을 판단하여야 한다는 것으로 소득세법 시행령의 부칙조항에 대한 해석으로 소득세법도 아닌 조세특례제한법까지 제한하는 것이다. 조세특례제한법에 규정된 사항을 규율하려면 국회에서 법률개정을 통해 이루어져야 효력이 있다 할 것이므로 기획재정부 법령해석을 근거로 특례주택을 주택 수에 포함하여 1세대 1주택 비과세 요건을 판단하는 것은 타당하지 않다. (5) 처분청이 이 건 처분과 관련된 선결정례로 제시한 조세심판원 결정례(조심 2021중2090, 2021.5.17.)는 2017년 8월 2일에 일반적인 주택을 보유하고 있었던 사례로 청구인의 경우와 같이 특례주택을 보유하고 있던 경우는 아니므로 이 건에 원용하기에는 적절하지 않다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점주택 양도일 현재 청구인 세대가 보유한 쟁점외주택① 및 OOO(이하 “쟁점외주택②”라 하고, 쟁점외주택①과 합하여 “쟁점외주택들”이라 한다)는 특례주택이므로 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 주택 수에서 제외된다는 점에서는 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (2) 청구인은 2018.10.2. 쟁점주택을 취득하였고, 쟁점주택의 소재지는 2016.11.3. 조정대상지역으로 지정되었으므로 청구인은 조정대상지역 내에 주택을 취득한 것이다. 개정 소득세법 시행령 제154조 에 따르면 취득당시 조정대상지역에 위치한 주택을 양도하는 경우 보유 및 거주기간이 2년 이상이어야 하고, 부칙 제2조에 따라 2017.8.2. 이전 매매계약을 체결한 경우, 계약일 당시 무주택 세대에 해당하는 경우에만 종전 규정을 적용하게 된다. (3) 청구인 세대의 경우, 쟁점주택의 계약일은 2016.7.20.이나, 쟁점외주택①을 2016.2.18. 취득하였고, 기획재정부와 국세청은 계약일 당시 특례주택을 보유하고 있는 경우 쟁점부칙조항의 무주택 세대에 해당하지 않는다고 해석하고 있는바(기획재정부 재산세제과-941, 2018.11.1., 서면 2018-법령해석재산-240, 2018.5.3., 참조), 청구인 세대는 쟁점주택 계약일 현재 무주택 세대에 해당하지 않으므로 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 요건으로 거주의무가 있는 주택에 해당한다. 따라서 청구인은 쟁점주택 보유기간 내 2년 이상 거주한 사실이 없으므로, 처분청이 쟁점주택 양도소득에 대해 1세대 1주택 비과세를 부인하고 과세한 이 건 처분은 정당하다.

쟁점주택 양도소득은 1세대 1주택 비과세 양도소득에 해당한다는 청구주장의 당부

(1) 헌법 제13조 ② 모든 국민은 소급입법에 의하여 참정권의 제한을 받거나 재산권을 박탈당하지 아니한다. (2) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (3) 국세기본법 시행령 제10조 [세법 해석에 관한 질의회신의 절차와 방법] ① 기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석하여 회신하여야 한다

② 국세청장은 제1항에 따라 회신한 문서의 사본을 해당 문서의 시행일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 기획재정부장관에게 송부하여야 한다. (4) 소득세법(2021.12.8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것) 제89조 [비과세 양도소득] ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (5) 소득세법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된 것) 제154조 [1세대1주택의 범위] ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 제2항에 따른 조정지역에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니하며 제4호 및 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

5. 거주자가 제2항 단서에 따른 지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우

② 조정지역은 다음 표에 해당하는 지역으로 한다. 다만, 법률 제14866호 주택법 일부개정법률 제63조의2에 따라 국토교통부장관이 같은 조 제1항 제1호의 조정대상지역을 지정ㆍ공고한 경우에는 그 지역을 말한다.

⑤ 1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. 부칙 <대통령령 제28293호, 2017.9.19.> 제2조 [1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등] ① 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조 제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택

2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)

3. 2017년 8월 3일 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택 (6) 소득세법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정되기 전의 것) 제154조 [1세대1주택의 범위] ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것을 말한다(단서 생략). (7) 조세특례제한법 제99조의2 [신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례] ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택법 제54조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다.

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점주택 양도소득에 대한 청구인의 신고 및 이 건 처분은 아래 OOO과 같다. (2) 쟁점주택 양도일 현재 청구인 세대의 보유주택은 아래 OOO와 같고, 주민등록등본상 청구인은 쟁점주택에 거주한 적이 없는 것으로 나타나며, OOO의 조정대상지역 지정일은 쟁점주택 매매계약일 이후인 2017.11.10.(국토교통부 공고 제2017-1305호, 2017.9.6.)으로 나타난다. (3) 처분청이 제시한 기획재정부 및 국세청 법령해석사례는 아래 OOO․OOO와 같다. (4) 청구인이 제시한 법령해석사례 아래 OOO와 같다. (5) 청구인이 제출한 질의회신내용에 따르면, 청구인은 국세청장을 수신자로 하여 2018.9.10., 2019.2.8. 2차례 질의하였고, 각각 OOO세무서 재산세2과 담당자, 국세상담센터로부터 답변을 받은 것으로 나타난다. (가) OOO세무서는 조세특례제한법제99조의2에 규정된 미분양 주택 이외에 다른 1주택을 양도하는 경우 미분양주택은 주택 수에서 제외하여 비과세 해당여부를 판단한다고 답변한 것으로 나타난다. (나) 국세상담센터는 조세특례제한법제99조의2에 따른 ①․② 주택과 이에 해당하지 않는 ③주택을 보유하고 있는 경우, ①주택에 대한 과세특례 신청을 하고, ②주택에 대한 과세특례 신청을 하지 않은 경우에는 2년 이상 보유한 ②주택을 ③주택을 취득한 날부터 3년 이내[조정대상지역 공고일 이전에 분양권을 취득한 경우에 한함, 조정대상지역 공고일인 2017.8.3.이후에 분양권을 취득한 경우에는 2년 이내]에 양도하는 경우 조세특례제한법 제99조의2 에 해당하는 주택 외 일시적 2주택 비과세를 적용 받을 수 있다고 답변한 것으로 나타난다. (6) 조세특례제한법제99조의2 제2항은 2013.4.1. 관계부처 합동으로 발표한 ‘서민 주거안정을 위한 주택시장 정상화 종합대책’에 따라 도입된 것으로 나타난다. (7) 개정 소득세법 시행령의 개정이유는 아래 OOO과 같다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구인은 특례주택은 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때, 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 바(조세특례제한법제99조의2 제2항), 쟁점부칙조항의 무주택 세대 여부 판정시 특례주택은 주택 수에서 제외하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법 제99조의2 제2항 은 특례주택과 다른 일반주택을 소유하고 있는 경우, 일반주택에 대한 양도소득세 비과세의 기준이 되는 “1세대 1주택”에 해당하는지 여부를 판단할 때 특례주택을 주택 수에서 제외해 주려는 취지이므로 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 “1세대 1주택” 부분에만 적용되는 것이고, “대통령령으로 정하는 요건” 부분에는 적용되지 않는다고 할 것이므로 쟁점부칙조항의 무주택 세대에 특례주택을 보유한 세대는 포함되지 않는 바, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. (나) 청구인은 또한 쟁점주택 매수계약체결일 당시의 소득세법령을 기준으로 1세대 1주택 비과세 요건을 판단하여야 한다고 주장하나, 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 적용법령의 기준시점은 양도시기를 기준으로 판단하여야 하는 바, 쟁점주택 매수계약체결일 이후 양도시점에 개정된 법령을 적용하여 과세하였더라도 소급과세 금지원칙에 반한다고 보기 어려운 점, 종전의 규정에 따라 거주기간의 제한을 받지 않을 것이라는 청구인의 기대는 단순한 기대에 불과한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다. (다) 청구인은 이 건 처분은 거주요건을 갖추지 않아도 쟁점주택 양도소득이 비과세 양도소득에 해당한다는 과세관청의 질의회신과 반대되어 신뢰보호원칙에 반한다고도 주장하나, 청구인이 제시한 회신사례는 국세기본법 시행령제10조의 세법해석에 대한 기획재정부장관 및 국세청장의 회신이 아닌 단순한 민원회신으로 일반론적인 답변에 불과한 바, 특례주택을 보유하고 있는 경우에도 쟁점부칙조항 괄호안의 무주택 세대에 해당하는지가 문제되는 이 건에 대한 공적견해표명으로 보기는 어려우므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라) 따라서, 처분청이 청구인의 쟁점주택 양도소득은 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.