청구법인이 「조세특례제한법」제12조의4에서 규정하는 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 정보통신기기 및 전자부품 제조판매업을 영위하는 코스닥 상장법인으로, 2021.8.3. 청구법인이 2016.7.20. 취득한 ㈜AAA의 주식 OOO주(전체 주식의 OOO%, 이하 “쟁점주식” 이라 한다)에 대해 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하여 2016 사업연도 법인세 OOO원을 감액할 것을 요구하는 경정청구를 하였다. <표> 2016.7.20. 전․후 ㈜AAA의 주주현황
• 나. 처분청은 청구법인의 경정청구에 대해 검토한 결과, 쟁점세액공제는 피인수법인의 기존 주주가 인수 이후 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 않을 것을 요건으로 하고 있으나, ㈜AAA의 기존 주주 중 대표이사인 aaa이 청구법인의 ㈜AAA 주식 취득 이후에도 주식 일부를 보유하고 대표이사로 계속 재직하여 지배주주등에 해당하는바, 청구법인이 쟁점세액공제의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2021.9.30. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.11.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) ‘지배주주등’의 범위에 관하여는 법인세법 시행령 제43조 제3항 및 제7항을 준용하도록 되어 있는데, 동 규정에 의하면 ‘지배주주등’이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 1% 이상의 주식등을 소유한 주주로서 그와 특수관계가 있는 자(이하 ‘특수관계인’이라 함)와의 소유 주식의 합계가 해당 법인의 주주 중 가장 많은 경우의 해당 주주를 말하고, 여기서의 특수관계인은 해당 주주와 법인세법 시행령 제43조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 피인수법인인 ㈜AAA의 지배주주는 ㈜AAA의 발행주식총수의 1% 이상의 주식을 소유한 주주로서 그 특수관계인과의 소유 주식의 합계가 ㈜AAA의 주주 중 가장 많은 경우의 해당 주주를 말하고, 취득일 이후 ㈜AAA의 주주는 청구법인(OOO%)과 대표이사 aaa(OOO%)이다. 그런데 대표이사 aaa을 기준으로 할 때, 청구법인은 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 각 목의 특수관계인에 해당하지 아니하고, 청구법인을 기준으로 할 때 피인수법인의 대표이사 aaa은 청구법인의 기업집단 소속 계열회사의 임원에 해당하는바 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 의 특수관계인에 해당하므로, 취득일 이후 ㈜AAA의 지배주주는 그 특수관계인인 aaa과 합하여 ㈜AAA의 지분 100%를 소유하고 있는 청구법인이며, 더욱이 ㈜AAA와 청구법인이 세액공제 혜택을 받기 위해서 형식적으로 주식양수도를 한 것도 아닌바, 지배주주 변경요건도 충족되는 것이다. 국세청 유권해석(OOO)에서는, “내국법인이 기술혁신형 중소기업인 피인수법인의 지배주주로부터 주식을 전량 인수한 경우로서 지배주주 중 피인수법인의 대표이사가 해당 주식을 양도한 이후에도 계속 대표이사로 재직하여 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 에 따라 인수법인의 특수관계인에 해당할 경우, 해당 대표이사는 조특법 제12조의4 제1항 제4호 및 동법 시행령 제11조의4 제7항에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니한다”고 회신하고 있다. 쟁점세액공제는 벤처 창업자 등이 투자자금을 원활히 회수할 수 있도록 지원하고 신기술의 확산을 장려하기 위해 도입된 제도인바, 본 건의 경우 청구법인은 새로이 피인수법인 ㈜AAA에 대한 실질적인 지배력을 행사함으로써 ㈜AAA가 보유한 신기술을 이전받을 수 있게 되었으므로 이처럼 쟁점세액공제 제도의 입법취지를 충실히 달성하고 있는 본 건 쟁점주식의 취득에 대하여는 당연히 쟁점세액공제가 적용됨이 마땅하다.

(2) 청구법인은 2019.7.22. aaa로부터 피인수법인인 ㈜AAA 주식의 잔여 지분을 모두 인수하였고, 2019.12.26. aaa은 ㈜AAA의 대표이사에서 퇴직하였다. 따라서 설령 aaa과 청구법인의 특수관계를 이유로 조특법 제12조의4에 따른 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제를 적용할 수 없다고 볼지라도, aaa이 ㈜AAA의 대표이사에서 퇴임하는 2019.12.26. 이후로는 aaa과 피인수법인인 ㈜AAA 상호 간의 경제적 연관관계 내지 경영지배관계, 즉 서로에게 영향을 줄 수 있는 특수관계는 더 이상 존재하지 아니하는바, 적어도 모든 특수관계가 소멸되는 2019 사업연도에는 쟁점주식 취득에 대하여 세액공제를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점세액공제를 규정한 조특법 제12조의4 및 같은법 시행령 제11조의4 제7항에서는 ‘지배주주등’의 범위에 관하여 법인세법 시행령 제43조 제3항 및 제7항을 준용한다고 규정하고 있으며, 해당 시행령에서는 ‘지배주주등’에 ‘특수관계에 있는 자를 포함한다’고 명확히 규정하고 있는바, 피인수법인의 대표이사 aaa은 청구법인의 주식 인수 이후에도 일부 주식을 계속 보유하면서 대표이사 직을 계속 유지하였으므로 청구법인의 기업집단 소속 계열회사 임원에 해당하여 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 에 의해 청구법인의 특수관계인에 해당하고 따라서 aaa은 피인수법인의 지배주주가 된 청구법인과 함께 조특법 제12조의2 제1항 제4호에 규정된 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 것이 명백하다. 청구법인이 주장의 근거로 제시한 국세청 유권해석(OOO)은 청구법인과 달리 피인수법인의 지배주주로부터 인수법인이 주식을 전량 인수한 경우로 피인수법인의 주주는 인수이후에는 더 이상 주주가 아니므로 지배주주등에 해당하지 않는 것이 당연하며, 국세청의 최근 유권해석(OOO) 및 기재부 질의회신(OOO)에서도 청구법인과 동일한 조건인 피인수법인의 대표이사가 계속 대표이사로 재직하여 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 에 따라 인수법인의 특수관계인에 해당하고 피인수법인의 주식 또한 소유하고 있는 경우에는 법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따라 지배주주등에 해당하는 것으로 일관되게 보고 있으므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(2) 청구법인은 적어도 aaa이 ㈜AAA의 대표이사직을 퇴임한 2019년도에는 쟁점세액공제 적용을 받아야 한다고 주장하나, 조세법률주의 원칙상 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 것으로(OOO 판결 외 다수), 조특법 제12조의4 제1항에는 쟁점세액공제를 받기 위해서는 같은 법 제1항 각호의 요건을 모두 갖추어야 한다고 규정하고 있고, 그 중 제4호에서 “피인수법인의 주주 등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 및 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것”이라고 규정하고 있는바, 청구법인은 상기 요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점세액공제 대상에 해당하지 않는다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 조세특례제한법 제12조의4 에서 규정하는 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 청구법인이 조세특례제한법 제12조의4 에서 규정하는 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제12조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2018년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(피인수법인이 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인에 해당하며, 인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

• 가. 취득일 현재 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130
• 나. 취득일에 취득한 주식등이 취득일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "지분비율"이라 한다)

4. 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 주식등을 매각하고 받은 대가의 총합계액 중 주식 또는 출자지분의 가액이 100분의 20 미만인 경우로서 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것 (2) 조세특례제한법 시행령 제11조의4(기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제) ⑥ 법 제12조의4 제1항 제4호 및 같은 조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등"이란 각각 피인수법인의 법인세법 시행령 제43조 제3항 및 제7항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자를 말한다.

1. 법인세법 시행령 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌 이상의 혈족 및 인척

2. 취득일 현재 피인수법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자

⑦ 법 제12조의4 제1항 제4호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등의 범위에 관하여는 법인세법 시행령 제43조 제3항 및 제7항을 준용한다. (3) 법인세법 시행령 제43조(상여금 등의 손금불산입) ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 사용인에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서 "특수관계에 있는 자"란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제87조 제1항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자 제87조(특수관계인의 범위) ① 법 제52조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

7. 당해 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

(4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. "기업집단"이라 함은 동일인이 다음 각목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.

• 가. 동일인이 회사인 경우 그 동일인과 그 동일인이 지배하는 하나이상의 회사의 집단
• 나. 동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2이상의 회사의 집단 (5) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제3조(기업집단의 범위) 법 제2조 제2호 각 목 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.

1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "동일인관련자"라 한다)와 합하여 해당 회사의 발행주식(상법 제344조의3 제1항 에 따른 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의2, 제17조의5, 제17조의8 및 제18조에서 같다) 총수의 100분의 30이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사

• 다. 사실관계 및 판단 (1) “ 피인수법인의 주주등이 그 주식 또는 출자지분을 배정받지 아니하고 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것” 요건 이외의 쟁점세액공제와 관련된 다른 요건을 충족한 사실에 관하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인을 기준으로 할 때 피인수법인의 대표이사 aaa은 청구법인의 기업집단 소속 계열회사의 임원에 해당하는바 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 의 특수관계인에 해당한다는 점에 대해서는 청구법인도 인정하고 있는 점, 법인세법 시행령 제43조 제3항 및 제7항에 따르면 ‘지배주주등’은 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등이고, 그와 특수관계에 있는 자까지 지배주주등에 포함되는바, 청구법인의 쟁점주식 취득 이후 피인수법인인 ㈜AAA의 출자지분의 합계가 가장 많은 주주는 청구법인이고, 청구법인과 같은 계열회사(㈜AAA)의 임원인 aaa은 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 에 따라 청구법인의 특수관계인으로서 지배주주등에 포함되며, 2019.12.26. aaa이 ㈜AAA의 대표이사에서 퇴임하였다 하더라도, 조특법 제12조의4 제1항 제4호는 취득일부터 취득일이 속하는 사업연도의 종료일(2016.12.31.)까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것을 요건으로 하고 있는바, 청구법인이 이러한 요건을 갖춘 것으로 보기 어려운 점, 청구법인이 제시한 국세청 유권해석(OOO)은 피인수법인의 지배주주로부터 인수법인이 주식을 전량 인수한 경우로, 이 건 처분과 사실관계에서 차이가 있고, 국세청의 최근 유권해석(OOO) 및 기획재정부 질의회신(OOO)에서는 피인수법인의 대표이사가 계속 대표이사로 재직하여 법인세법 시행령 제87조 제1항 제7호 에 따라 인수법인의 특수관계인에 해당하고 피인수법인의 주식 또한 소유하고 있는 경우에는 법인세법 시행령 제43조 제7항 에 따라 지배주주등에 해당하는 것으로 판단하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.