3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상 여부
- 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재소득세법제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 (농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다. (4) 소득세법 시행령 제168조의7 (토지지목의 판정) 법 제104조의3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 사실관계는 다음과 같다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면, 청구인은 OOO. 쟁점토지의 분할 전 토지인 OOO를 AAA과 함께 매매로 취득(각 1/2 지분)하였고, OOO.자 공유물 분할을 원인으로 OOO. 쟁점토지가 분할전 토지로부터 변경등기 되었으며, 청구인은 OOO 매매를 원인으로 거래가액 OOO원에 HHH에게 소유권을 이전한 것으로 나타난다. (나) 국세통합전산망 조회자료 상 청구인의 주민등록주소 이전현황과 주소지별 쟁점토지까지 직선거리 현황은 아래 <표1>과 같고, 같은 기간 청구인의 사업이력은 확인되지 아니한다. <표1> 청구인의 주민등록주소 이전현황 및 직선거리 현황 ㅇㅇㅇ (다) OOO시 OOO과에서 2022.6.29. 시행한 공문(OOO)에 의하면, 아래 <표2>와 같이 청구인이 쟁점토지와 관련하여 2005년〜2006년 기간 중 쌀소득등보전직접지불금을 수령한 것으로 나타난다. <표2> 청구인의 쟁점토지 관련 쌀소득등보전직접지불금을 수령내역 ㅇㅇㅇ (라) 처분청은 쟁점토지가 주변농지와 확연히 구분되어 방치되어 왔다고 하면서 그 증빙으로 국세통합전산망(NTIS) 및 구글어스에서 조회되는 2011년〜2020년 촬영 항공(위성)사진을 제출하였는바, 2014년부터 쟁점토지에 수풀이 우거진 것으로 나타나고, 인근 토지와 달리 경작의 흔적은 명확히 나타나지 아니한다. (마) 처분청은 청구인 명의의 농업경영체가 등록농지(쟁점토지)의 미경작으로 인한 농업경영체 등록기준 미달을 사유로 2017.5.26. 등록이 말소된 사실이 있다고 하면서 그 증빙으로 농림축산식품부장관이 2022.6.21. 회신한 농업경영체 등록정보제공 요청에 따른 회신 공문의 첨부자료인 농업경영체 등록말소확인서를 제출하였는바, 청구인이 경영주인 농업경영체의 등록일자는 2009.12.15.이고, 말소일자는 2017.5.26.인 것으로 나타난다. (바) OOO OOO센터에서 처분 청에 제공한 쟁점토지의 농지원부 사본 등에 의하면, 쟁점토지 의 농지원부는 최초 1991.8.30. 작성되었고, OOO 전출시까지 자경된 것으로 나타나며, 주재배 작물은 벼인 것으로 나타난다. (사) 처분청 조사담당자가 2021년 9월 쟁점토지에 현장출장한 후 작성한 현장확인종결보고서에 의하면, 쟁점토지의 분할 전 토지의 공동소유자인 III의 아들인 JJJ이 전화통화에서 분할 전 토지의 공동소유자들이 경작하지 않았고, 인근 마을주민이 경작한 것으로 알고 있다고 진술한 내용이 기술되어 있고, 이 건 양도소득세 조사 시 DDD이 작성(2022.4.14.)한 확인서에는 EEE이 20년 경작을 하였으며, 자신인은 3년 후인 2014년부터 경작하였다고 기술한 것으로 나타난다.
(2) 청구인은 자신이 쟁점토지를 8년 이상 자경하였다고 주장하며 현재 쟁점토지를 경작 중인 DDD과 마을주민 FFF이 2022.5.4. 작성한 확인서를 제출하였는바, 여기에는 청구인이 쟁점토지에서 10여년간 영농에 임해온 사실을 확인한다고 기재되어 있다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 자신이 8년 이상 쟁점토지를 자경하였고, 쟁점토지의 양도 당시 현황이 농지이므로 처분청이 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제한 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 장기간 쟁점토지를 경작하였다면 경작에 필요한 비료나 농약, 농자재 구입 관련 영수증이나 지출 관련 증빙 등이 있어야 함에도 이를 제시하지 못하는 점, 청구인이 제시한 인근주민의 확인서는 이 건 양도소득세 조사당시 동일인이 확인하였던 내용(타인의 대리경작)을 번복한 것으로 신빙성이 있다고 보기 어려운 점, 항공사진 상 농작물 경작현황이 나타나지 아니하는 2014년경부터 양도 당시까지 농작물이 재배된 사실이 없이 방치된 것으로 나타나므로 양도 당시 쟁점토지의 사실상 현황이 농지였다고 보기 어려운 점 등에서 처분청이 쟁점토지의 양도에 대하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 이 건 양도소득세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.