[요지] 쟁점토지 양도에 따른 청구인의 양도소득세를 계산함에 있어 양도가액에서 공제될 필요경비 역시 각 지분 비율로 안분하여 각 양도가액에서 공제함이 타당함에도 자본적 지출이라 주장하는 금액 전체를 자신의 양도가액에서 차감하고 이를 제3자의 양도가액에서 합산한 것은 적법한 양도소득세 계산방식이라 보기 어려움
[요지] 쟁점토지 양도에 따른 청구인의 양도소득세를 계산함에 있어 양도가액에서 공제될 필요경비 역시 각 지분 비율로 안분하여 각 양도가액에서 공제함이 타당함에도 자본적 지출이라 주장하는 금액 전체를 자신의 양도가액에서 차감하고 이를 제3자의 양도가액에서 합산한 것은 적법한 양도소득세 계산방식이라 보기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 청구인들이 수정계약서를 근거로 신고한 쟁점토지의 양도가액은 정당한 매매계약에 따라 주-BBB로부터 수취한 실지거래가액임에도 불구하고 처분청이 최초계약서상 양도가액을 적용하여 청구인들이 양도소득을 과소신고한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 부당하다. 소득세법 제96조 제1항은 “제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실지거래가액에 따른다”고 규정하고 있으며, 같은 항 제4호 가목은 “사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가․허가․면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)”을 규정하고 있다. 또한 양도차익의 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하며(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결, 참조), 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이다(대법원 2016.6.23. 선고 2016두36086 판결, 참조). 또한 토지의 거래와 관련한 공적문서 및 양도인과 양수인 간에 작성한 계약서는 그 성립의 진실성이 인정되는 이상 그 기재내용을 부인할 만한 분명하고도 수긍할 수 있는 반증이 없는 한 공적문서와 그 계약서에 기재되어 있는 문언대로의 의사표시에 존재 및 내용을 인정하여야 하고(대법원 2002.2.26. 선고 2000다48265 판결, 참조), 이와 같은 공․사문서의 기재사실이 객관적이고 구체적인 증거에 의해 번복되는 등의 다른 특별한 사정이 없는 한 그 문서 전체에 관한 진실성을 부인할 수는 없다고 할 것인바(대법원 2008.1.10. 선고 2006다41204 판결 등 다수, 참조), 청구인들은 수정계약서를 근거로 양도대금을 지급받았고 이를 기초로 부동산거래계약 신고와 소유권이전등기를 완료하였으며, 처분청에 양도가액을 실지거래가액과 동일한 금액으로 하여 양도소득세를 신고한 사실이 확인되고 신고한 내용과 동일한 양도가액을 양수인으로부터 수령하였으므로 쟁점토지의 신고양도가액은 정당한 실지거래가액에 해당한다. 쟁점토지는 당초 공동상속토지로서 여러 원인으로 인해 양도당시의 소유형태가 된 토지이며, 건축 공무원으로 퇴직 후 부동산 개발업을 영위한 III의 제안으로 청구인들은 동 토지를 III가 전원주택지로 개발하여 토지의 가치를 높인 뒤 양도하는 것으로 합의하였고, 향후 개발된 토지를 양도하는 경우 III가 토지개발을 위해 투입한 비용과 III의 권리(개발허가 등) 가액을 III에게 지급하거나 일시에 양도하는 경우에는 III가 소유한 토지의 양도가액에 개발관련 비용과 권리가액을 포함하여 주고 나서 토지 소유자별로 양도가액을 안분하는 것으로 합의하였다. 그런데 III는 쟁점토지를 전원주택지로 개발하는 과정에서 공사비 등을 본인을 채무자로 하여 쟁점토지를 담보로 한 차입금으로 조달하였고, 개발과정에서 타인과의 법정다툼 등으로 토지가 압류되어 강제경매신청 등이 발생하게 되었으며, 개발공사가 종결되지 못한 상태에서 부동산 개발업을 영위하는 주-BBB가 토지의 매수의사를 밝힘에 따라 이 건 양도인들은 동 토지를 매도하는 것으로 합의하였고, 원활한 양도를 위해 압류를 해제하여야 하였기에 주-BBB로부터 OOO원의 계약금을 지급받고 주-BBB가 쟁점토지에 대한 매매예약가등기를 요구하여 가등기를 위한 가계약서(최초계약서)를 작성하여 주었으며, 그 후 주-BBB에게 토지를 양도하기 위해 본 계약서(수정계약서)를 작성하면서 이 건 양도인들 간에 합의하였던 내용과 같이 III가 그동안 토지개발을 위해 지출한 공사비용과 개발허가 등에 따른 권리가액을 요구하여 이를 보전하여 주고자 III의 권리가액 상당액을 III 소유토지의 양도가액에 포함하는 것으로 하여 각 소유자별 토지의 양도가액을 산정하였던 것이다. 이와 같이 이 건 양도인들과 주-BBB는 양도가액을 임의배분하여 III에게 과도하게 이익을 분여하고자 하는 어떠한 목적이나 의도도 없고 그럴 이유도 없는바, III가 쟁점토지를 전원주택지로 개발하는 과정에서 III를 차주로 공사비 등을 차입하여 쟁점토지에 근저당권이 설정되어 있었고 III가 개발허가 과정에서 비용을 부담하였으므로 III의 권리를 인정하여 III 토지의 양도가액으로 반영하여 준 것일 뿐 청구인들이 양도가액을 임의적으로 배분한 것이 아니다. 그럼에도 불구하고 III가 양도소득세를 신고만 하고 세액을 납부하지 아니함에 따라 조사청이 세무조사를 하여 이 건 양도인들이 III에게 토지매매이익을 과다하게 분여하기 위해 양도가액을 임의로 배분한 것으로 보아 청구인들이 각자 신고한 내용을 부인하여 추징하고 III에게는 양도소득세를 감액한 것은 법리에 부합하지 않고 과세요건 사실에도 맞지 않는 것이다. 더욱이 청구인들은 주-BBB에게 쟁점토지를 고가 또는 저가로 양도한 바가 없이 계약서상의 약정내용에 따라 쟁점토지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 기간 중 토지의 가치상승을 원인으로 가장 중요한 전원주택지로의 개발과정에 비용을 지출하거나 직접 참여한 바가 없어 이 건 양도인들과 협의를 통하여 동 토지의 개발과 관련한 III의 권리가액을 양도가액으로 인정하여 준 것일 뿐 세부담을 부당하게 감소하고자 하는 의도나 목적이 전혀 없었고, 동 토지의 개발과정에서 지출된 비용은 모두 III의 명의로 지출된 것이므로 응당 III의 필요경비로 인정될 것이라는 생각으로 합리적이고 정당한 방법으로 인식하였던 것이며, 쟁점토지에 지출된 자본적 지출액을 토지 소유자별로 안분하여 각 소유자의 토지 양도소득 계산 시 필요경비로 추가하는 것이나 실제 부담자인 III를 제외한 나머지 양도인들에게 필요경비를 배분하지 않고 필요경비 상당액을 III의 토지 양도가액에 가산하고 III의 필요경비에 반영하여 신고하는 것이나 국가의 조세수입 또는 납세자의 세부담 측면에서 결과적으로 별 차이가 없다는 점을 고려하면 구태여 그러한 사실관계를 과세관청이 부인하고 실제와 달리 양도인 각자의 수입금액을 조정할 이유가 없다. 조사청의 처분 근거인 소득세법 제100조 제2항은 “토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다”고 규정하고 있는바, 이는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명하거나 정당한 세부담을 회피하기 위해 합리적인 사유없이 취득가액이나 양도가액을 자산별로 달리 배분하는 경우에 적용되는 규정으로서 토지와 건물은 물론 토지와 토지, 건물과 건물 등 수개의 자산을 일괄 거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 경우에 그 가액을 합리적인 산정방법으로 계산할 수 있도록 하는 데에 그 입법취지가 있는 것으로서 전체토지의 일괄 취득가액이나 일괄 양도가액이 확인되는 각각의 토지의 실지거래가액의 구분이 불분명할 경우 동 규정에 따라 전체토지 취득 당시의 기준시가로 안분계산하도록 하는 규정이다. 즉 이와 같은 안분계산 조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 토지와 건물 등을 일괄하여 취득하거나 양도하였으나 그 가액의 구분이 불분명한 경우에만 적용되는 것이며(대법원 2019.1.31. 선고 2018두57452 판결, 참조), 한편 납세의무자가 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적으로 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하는 것이다(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결, 참조). 그런데 이 건의 경우 계약서상 각 토지의 매매가액이 주-BBB와 합의된 가액으로 구분되어 명시되어 있고, 수정계약서상 이 건 양도인들 각각의 양도가액을 이 건 양도인들 각자가 실지거래가액으로 수령한 사실이 확인되며, 필지별 토지의 양도인이 다를 뿐 아니라 각 토지의 양수인 또한 동일하지 않고, 각 필지별 매매가액은 각 양도인과 각 양수인이 상호 합의하여 결정한 금액이므로 그 가액이 불분명한 경우에 해당하지 않는다. 또한 특정 양도인의 토지 양도가액이 상대적으로 다른 토지에 비해 높은 이유는 실제로 개발비용을 부담한 양도인이 개발과 관련한 지출비용 증빙의 당사자이므로 실제 비용부담자인 특정토지 소유자가 지출한 필요경비 해당액을 당해 토지 소유자로서의 토지 양도가액에 포함하여 당해 토지의 양도와 관련한 필요경비로 반영하는 것이 보다 합리적이라고 판단한 것이고, 결국 토지의 개발과 관련한 III의 권리가액을 III의 토지 양도가액에 포함시켜준 것일 뿐이지 다른 어떠한 의도가 없었던 것이다. 더욱이 쟁점토지의 경우 토지 개발에 따른 자본적 지출액이 III을 제외한 다른 양도인들의 필요경비에 전혀 포함되지 않은 것이므로 이 건 양도인들이 부담하여야 할 양도소득세 실지 세액이나 국가가 수입하여야 할 전체 양도소득세 세수에는 영향이 없는 것이고, 이 건 양도인들이 세부담을 줄이거나 탈루하기 위한 목적이 전혀 없이 토지 개발자에 대한 권리가액을 반영하여 주-BBB와 이 건 양도인들 간에 합리적으로 결정된 가액이다. 처분청은 토지개발행위에 따른 위임 약정서에 토지대금이 OOO원으로 기재되어 있을 뿐 공유자별 금액과 약정내용의 구체적인 이행시점이 기재되어 있지 않다는 의견이나, 동 위임 약정서는 이 건 상속토지 외에도 이 건 상속인들 중 일부가 개별적으로 소유하고 있던 OOO 토지도 함께 포함되어 있었으며, 공유자별 금액과 구체적인 이행시점이 기재되어 있지 않았던 것은 토지의 소유자와 개발자가 모두 형제․자매 및 매형으로서 토지의 개발이 이루어진 후 토지를 양도하게 되면 개발비용을 제외한 나머지 양도대금을 공시지가나 보유 면적별로 나누면 되는 것이기에 구태여 개발도 되지 않은 토지의 소유자별 가액을 구분할 필요가 없었던 것이고 개발과정상 허가 문제나 예상치 못한 문제가 발생할 수 있으므로 개발기간을 특정하지 않았으면 좋겠다는 III의 의견을 수용하여 개발 이행시점을 기재하지 않았던 것이다. 그 후 주-BBB와 이 건 양도인들이 토지대금을 정리하고 소유권을 이전하기 위해 본 계약(수정계약서)을 체결하면서 각 소유자별 토지가액을 소요된 개발비용과 기여도를 고려하여 책정하게 된 것이며, 주-BBB와 상호협의하여 수정계약서를 작성하였으며 수정계약서의 내용과 동일하게 이 건 양도인들 각자가 토지의 양도대금을 수령하게 된 것이다. 또한 처분청은 주-BBB가 쟁점토지 매수대금으로 지급하여야 할 OOO원 중 OOO원(이하 “변제금액”이라 한다)을 이해관계자(채권자)에게 지급하였고 변제금액은 금융기관 대출, 토지 선분양대금 등으로 이 건 양도인들이 무슨 용도로 사용하였는지 실사용처가 불분명한 상태이나 잔급지급일에 이 건 양도인들의 임의요청에 의해 III의 양도가액을 터무니없게 증액하여 작성하였다는 의견이나, 변제금액은 모두 쟁점토지와 관련하여 발생한 비용이나 채무의 상환에 사용된 것이며, III는 쟁점토지를 담보로 자금을 차입하여 토지의 개발비용으로 지출하였고 금융기관 대출금은 III에게 토지의 개발을 위임한 상태에서 청구인들은 추후 위임장에 기재된 토지의 양도대금을 수령하면 족하는 것으로 구태여 III가 차입하여 지출한 개발비용의 세세한 내역이나 증빙을 따지거나 확보할 필요나 이유가 없었던 것이다. 또한 III가 이 건 양도인들의 동의없이 선분양후 받은 토지대금의 경우도 III가 개발비용으로 지출한 것으로서 결국은 이 건 양도인들이 변제하여야 하였기에 쟁점토지의 전체 양도대금에서 변제를 위한 지출이 이루어진 것인바 그 용도와 지출 항목이 명백하므로 동 금액을 이 건 양도인들이 무슨 용도로 사용하였는지 실사용처가 불분명하다는 처분청 의견은 맞지 않는다. 결국 III가 쟁점토지를 전원주택지로 개발하기 위해 쟁점토지를 담보로 III의 명의로 자금을 차입하거나 지출하였던 금전인 개발비용을 쟁점토지 양도 시 III의 양도가액에 반영하여 양도자별 양도가액을 산정한 것이지, 이 건 양도자들의 임의요청에 따라 III의 양도가액을 터무니없게 증액하여 작성한 것이 아닌 것이며, 처분청은 이러한 사정을 간과한 채 단순 정황만으로 과세요건을 임의적으로 판단하였다. 또한 처분청은 OOO이 2015.10.14. 발송한 문서에는 이 건 상속인들(6명)이 건축주로 기재되어 있는 사실로 보아 III가 혼자서 구체적인 개발행위를 한 근거자료가 없다는 의견이나 토지 개발을 위한 허가를 받기 위해서는 특별한 경우(토지 매매계약을 한 매수인이 소유권을 이전하기 전에 매매계약한 토지를 개발하기 위해 매도인으로부터 토지사용허가를 받아 사용허가서와 함께 관할관청에 토지개발허가를 신청하는 경우 등)를 제외하고는 적법한 토지 소유자들 명의로 허가를 받는 것은 너무나도 당연한 것이고 이 건에 있어서도 개발허가를 위한 모든 비용의 지출과 제반 절차를 전적으로 III가 하였다고 하더라도 허가신청과 허가는 토지소유자들인 이 건 상속인들 명의로 이루어지는 것은 당연하다고 할 것이다. 쟁점토지의 등기부등본상 채무 설정내역을 보면 쟁점토지에 대한 개발 위임 약정서 작성일인 2012년 12월 이후부터 쟁점토지를 담보로 한 OOO과 OOO의 대출금 채무자는 모두 III인 사실이 확인되고 있으며 당시는 III와 청구인 AAA는 부부관계를 유지하고 있던 상태로서 쟁점토지를 담보로 한 III의 채무는 OOO원에 이르고 있다. 당시 III는 쟁점토지의 소유자가 아닌 상태에서 이 건 상속인들이 쟁점토지를 제3자 담보로 제공하면서 III가 금융기관으로부터 자금을 차입하게 한 것은 모두 토지개발 비용 조달의 목적에 의해 이 건 상속인들이 동의하여 이루어진 것이며, 동 비용이 토지 개발과 공사비용으로 지출된 것임을 청구인들로서는 신뢰할 수밖에 없는 것이고 실제로도 당해 차입금으로 쟁점토지 개발비용이 조달되어 지출된 것인바, 청구인들이 III가 지출한 쟁점토지의 구체적인 공사비나 개발비 지출내용을 소명할 수는 없는 것이고 증빙도 없으므로 이는 쟁점토지의 개발을 수임한 III가 소명하여야 할 사안이다. 다만 이 건 상속인들이 쟁점토지를 상속받아 토지개발 위임 약정서를 작성할 당시의 토지현황과 쟁점토지를 주-BBB에 양도할 당시의 토지 현황을 비교해 보면 상속당시의 단순 임야가 양도 당시에는 건축이 사실상 가능한 대지로 변경된 사실에 비추어 보아도 III가 개발행위를 한 근거로 충분하다고 할 것이다. 또한 처분청은 변제금액을 III가 토지개발에 사용하였다고 하더라도 개발권자인 III가 토지조성비용으로 이 건 양도인들에게 청구하여야 할 금액이지 변제금액을 III가 토지개발에 사용한 채무로 간주하고 양도가액을 조정할 대상은 아니라는 의견이나, 처분청 의견과 같이 III가 자금을 차입하여 개발비용으로 지출하는 경우 토지의 가치가 증가되는 것이고 당해 토지를 양도하는 경우 가치가 증가된 토지의 자본적 지출에 해당하여 필요경비로 인정받을 수 있으므로 토지 소유자들이 양도대금을 수령하여 개발비를 지출한 III에게 개발비 상당액을 지출하는 것이 세무상이나 회계상의 일반적인 원칙이라 할 것이다. 그러나 쟁점토지의 소유자들과 III는 상당기간 특수관계에 있었던 자들로서 세무나 회계상의 지식이 많지 않고 사회통념이나 사리에 합당한 계산이나 사고만으로 당사자끼리 상호합의하여 합리에 어긋나지 않는다고 판단하는 행위를 한 선량한 납세자일 뿐이다. 따라서 청구인들은 단지 III가 지출한 개발비를 어떤 형태로든 보전해주고 자신들이 수령한 양도대금에 대한 정당한 세금을 납부하면 전혀 문제가 될 것이 없는 것으로 판단하였던 것이며, 그에 따라 III가 지출한 개발비용 상당액을 III의 토지 양도가액에 포함하여 주고 III가 지출한 비용이나 증빙은 결국 III의 명의로 이루어진 것이므로 III의 필요경비에 반영하면 되는 것으로 판단하였던 것일 뿐이며 특수관계인 간에 복잡하게 채권․채무관계를 새로이 만들 필요가 없었던 것이다. 만약 III가 지출한 개발비용을 청구인들의 필요경비로 신고하는 경우 청구인들 명의의 증빙이 아니어서 필요경비 인정여부에 대한 다툼의 개연성이 크므로 전체적인 세금을 탈루하지 않고 다툼의 여지를 줄이기 위해 당사자 간에 합의하여 III의 토지 양도가액에 지출된 개발비용 상당액을 반영하는 것으로 합의한 것이고 주-BBB 역시 이에 동의하여 수정계약서가 작성된 것이다. 그렇다면 이 건 양도인들 각자에게 필요경비를 배분하여 양도소득을 계산하는 것이나 III의 양도가액에 포함하여 양도소득을 계산하는 것이나 청구인들이 부담할 세액에서 별 차이가 없는 것이고, III 역시 부담할 세액은 동일할 것으로 판단할 것일 뿐 청구인들이 양도가액을 임의조작하거나 배분하여 양도소득세를 탈루하고자 하는 의도는 전혀 없었던 것인바, 이와 같은 세수나 세부담의 차이가 없는 경우 납세자들이 제반 사정을 고려한 선택은 존중되어야 할 것이다. 또한 처분청은 III에게 양도가액을 과다하게 배분한 것은 다른 양도인들의 양도차익을 축소하려는 목적 외에는 달리 생각할 수 없으므로 이 건 양도인들이 신고한 양도가액이 합리적이지 않다는 의견이나 청구인들은 처분청의 구체적인 세무조사 내용을 알 수 없을 뿐만 아니라 III가 양도소득세 신고를 어떤 내용으로 하였는지도 알지 못한다. 즉 청구인들은 III가 제시한 개발비용에 상당하는 금액을 III의 토지 양도가액에 포함하여 쟁점토지의 소유자별 양도가액을 결정하였고, III를 제외한 양도인들은 수정계약서의 내용에 따라 각자가 수령한 양도가액을 실지거래가액으로 하고 상속 당시의 가액을 취득가액으로 하여 별도의 필요경비없이 양도소득금액을 산출하여 양도소득세를 신고하였으며, III의 경우에는 자신이 지출한 개발관련 경비내역과 증빙을 모두 알고 있었을 것이므로 III가 이를 반영하여 알아서 신고할 것으로 생각했을 뿐이지 구체적인 신고내용 등에 대해서는 청구인들이 알 필요도 없었고 알 수도 없었다. 또한 처분청은 주-BBB가 지급한 변제금액은 양도일 이전 오랜 기간 동안 발생된 채무로서 현금, 수표 등으로 인출되어 상당금액 실귀속자를 확인할 수 없고 이 건 양도인들에게 OOO원이 귀속되었을 개연성이 높으며 처분청이 결정한 양도가액과 이 건 양도인들이 주-BBB로부터 수령한 금원과의 발생 차이는 과세관청이 금융거래 확인을 통하여 밝혀낼 수 없는 오랜 기간 동안 발생하였던 이 건 양도인들 상호간의 금전대차가 원인으로 III에게 토지개발 관련 권리가액을 인정하여 공유지분이 비슷한 양도인들보다 2배 이상의 매매가액을 정하였다는 청구인들의 주장은 이치에 맞지 않는다는 의견이나, 이 건 양도인들은 주-BBB로부터 쟁점토지 전체 양도가액을 수령한 후 수령한 양도대금으로 개발비 등으로 지출된 대출금 채무 등을 상환한 것이 아니라 토지의 주-BBB가 직접 쟁점토지와 관련한 근저당 채무 등을 당해 금융기관에 송금하여 상환하고 정산된 금액에 대해 각 양도인들에게 양도대금을 송금한 것일 뿐 이 건 양도인들은 수정계약서의 매매계약 내용에 따라 당해 양도가액을 수취한 것이다. 또한 처분청은 주-BBB가 최초계약서를 근거로 양도가액 OOO원을 지급하였음에도 주-BBB는 이 건 양도인들의 요구에 따라 수정계약서를 작성하였음을 인정하고 있다는 의견이나 주-BBB는 최초계약서에서 쟁점토지 전체의 양도가액으로 정한 OOO원을 최종적으로 지출한 것이고 최초계약서와 수정계약서의 양도가액은 쟁점토지 전체의 양도가액에서 차이가 없다. 즉 최초계약서와 수정계약서의 전체 양도가액은 OOO원으로 동일하다. 다만 최초계약서는 주-BBB의 대출과 매매예약가등기를 위한 편의상 구체적인 개별 양도가액이 결정되기 전에 전체 양도가액을 필지별 공시지가로 안분하여 작성한 것일 뿐이며 주-BBB는 수정계약서에서 결정된 양도가액을 이 건 양도인들 각자에게 지급한 것이다. 또한 주-BBB가 처분청에 이 건 양도인들의 요구에 따라 계약서를 수정하였다고 답변한 것은 당연한 것이다. 즉 이 건 양도인들은 잔금청산이 이루어지기 전에 III의 토지 양도가액에 III가 부담한 개발비 등을 포함하여 양도가액을 정하는 것으로 최종 합의하여 주-BBB가 이에 동의하였으므로 수정계약서를 작성한 것이다. 따라서 청구인들이 신고한 쟁점토지의 양도가액은 정당한 실지거래가액이므로 양도가액을 과소신고한 것으로 보아 청구인들에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분을 취소하여야 한다.
(2) 청구인들에게 부과된 과소신고가산세에 대하여는 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 취소하여야 한다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법률에서 규정하는 신고․납부의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니거나 그 의무의 이행을 납세자에게 기대하는 것이 사실상 무리라고 인정할만한 사정이 있는 때 등 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다. 이 건의 경우 청구인들은 조사청의 세무조사 결과와 같이 실지양도가액으로 수령하지도 않은 가액을 각자의 지분별 기준시가로 안분하여 신고하여야 한다는 사실을 알지도 못하였을 뿐만 아니라 이에 대해 세법에서 명확하게 규정하고 있지 않으며 국세청 예규 등 행정해석이나 기존 행정심판 결정 및 법원의 판례를 통틀어 살펴보아도 이 건과 동일한 사례를 찾기 어렵다. 그렇다면 이 건처럼 공유토지를 공유자별로 다른 양도가액을 적용하여 양도하였을 경우 이 건 양도인들이 조사청의 판단과 같이 전체 양도가액에서 공유자별 면적에 따라 기준시가로 안분된 가액에 해당하는 금액을 각자 양도가액으로 신고하지 않고 각 양도자가 계약하고 실제 수령한 가액을 각 양도가액으로 신고한 경우 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 실지양도가액에 대한 납세자와 과세관청의 입장에 현격한 차이가 있어서 과세관청이 적용할 양도가액을 납세자가 예상하기 어렵다 할 것이어서 이 건과 같은 사안에서는 과소신고가산세를 부과하지 않는 것이 타당하다.
(1) 청구인들은 쟁점토지의 양도가액을 III에게 과다 책정하는 등 임의로 배분하였으므로 처분청이 최초계약서상의 양도가액을 실지거래가액으로 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다. III의 개발비용과 권리가액을 확인할 수 있는 구체적인 근거자료가 제출되거나 확인되지 않은 상태이며 쟁점토지는 GGG로부터 2008.12.29. 이 건 상속인들이 공동으로 상속받았고 이 건 상속인들은 2012년 12월 CCC 주식회사(대표이사 III) 및 주식회사 DDD(대표이사 JJJ)와 쟁점토지 등에 대하여 토지개발 행위에 따른 위임 약정서를 작성하였다. 위 약정서에는 토지대금이 OOO원으로 기재되어 있을 뿐 공유자별 금액과 약정내용의 구체적인 이행시점이 기재되어 있지 않고 대금의 지급이 이행되지 않았으며 약정 이후 소유권 변동이 있어 해지된 계약으로 보여진다. 주-BBB는 쟁점토지 매수대금으로 지급하여야 할 OOO원 중 OOO원(변제금액)을 이해관계자(채권자)에게 지급하였고, 변제금액은 금융기관 대출, 토지 선분양대금 등으로 이 건 양도인들이 무슨 용도로 사용하였는지 실사용처가 불분명한 상태이나 잔금지급일에 이 건 양도인들이 임의 요청하여 III의 양도가액을 터무니없게 증액하여 작성하였을 뿐이다. OOO이 2015.10.14. 발송한 문서에는 이 건 상속인들(6명)이 건축주로 기재되어 있는 상태로 III가 구체적인 개발행위를 한 근거자료가 없으며 설령 변제금액을 III가 토지개발에 사용하였다고 하더라도 변제금액은 개발권자가 이 건 양도인들에게 청구하여야 할 금액이지 동 금액을 III가 토지개발에 사용한 채무로 간주하고 양도가액을 조정할 대상은 아니다. 이 건 양도인들이 신고한 양도가액은 아래 ＜표2＞와 같이 양도 당시 개별공시지가로 안분한 가액보다 특별한 사유없이 하루도 채 보유하지 않은 III에게 OOO원이 과다 배분되었다. ＜표2＞ 양도가액 신고금액과 개별공시지가 안분가액 차이 ㅇㅇㅇ 청구인들의 주장대로 합리적인 배분이라면 III는 양도소득세 신고 시 자본적 지출을 계상하여 신고서를 작성하여야 함이 당연하겠지만 그러하지 않았고 III에게 양도가액을 과다하게 배분한 것은 다른 공유자들의 양도차익을 축소하고 공유자들의 양도차익을 III에게 전가하여 양도소득세를 회피하려는 목적 외에는 달리 생각할 수 없다. 따라서 주-BBB에서 지급한 변제금액은 양도일 이전 오랜 기간 동안 발생된 채무로서 현금, 수표 등으로 인출되어 상당 금액 실귀속자를 확인할 수 없고 이 건 양도인들에게 OOO원이 귀속될 개연성이 높다. 조사청이 결정한 양도가액과 청구인들이 주-BBB로부터 수령한 금원과의 차이는 과세관청이 금융거래 확인을 통하여 밝혀 낼 수 없는 이 건 양도인들 사이에 오랜 기간 형성된 금전소비대차 거래가 원인이다. 이와 같이 취득과 동시에 매도한 III에게 토지개발 관련 권리가액을 인정하여 공유지분이 비슷한 이 건 양도인들보다 2배 이상의 매매가액을 정하였다는 청구주장은 이치에 맞지 않는다. 또한 주-BBB은 2019.4.15. 작성한 최초계약서를 근거로 양도금액 OOO원을 지급하였고, 주-BBB은 청구인들의 요구에 따라 최초계약서를 변경하여 수정계약서를 작성하였다는 취지의 확인서를 2021.12.14. 조사청에 제출하였다. 그리고 청구인들은 소득세법 제100조 규정에 따라 양도가액을 기준시가로 안분하여 부과한 처분은 부당하다고 주장하나 처분청은 토지지분 가치에 맞게 작성한 최초계약서상 양도가액을 기준으로 양도소득세를 부과한 것이고, 설령 최초계약서가 확인되지 않았다고 하더라도 양도가액 구분이 불분명한 경우 기준시가로 안분한 가액으로 양도소득을 재계산하도록 하는 소득세법 제100조 제3항의 규정은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 것이 입법 취지임을 감안할 때 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하므로 총 양도가액을 기준시가로 안분하여 청구인들이 양도가액을 배분하여야 할 것이다.
(2) 청구인들이 공모하여 잔금지급일에 양도가액을 조정한 것이 명확하고 III의 양도가액을 과다하게 할 이유가 전혀 없음에도 청구인들이 통정하여 III의 양도가액을 과다하게 정하는 수정계약서를 새로 작성함으로써 재산이 없는 III는 양도소득세를 납부하지 않고 청구인들은 양도소득세를 의도적으로 축소․신고하였으므로 청구인들에게 과소신고가산세를 부과한 처분은 정당하다. 청구인들은 2개의 매매계약서를 인지하고 있었음에도 신고 시 양도가액이 낮은 매매계약서를 제출하였으므로 이는 단순 실수로 보기 어렵다. 납세자가 신고한 가액에 의하여 과세표준이 결정되는 조세에 있어서 납세자가 신고가액을 과소신고하면서 허위 신고가액에 신빙성을 부여하고 실제 거래가액을 은닉하기 위하여 매도가격을 기재한 허위의 이중계약서를 작성하여 함께 제출하는 것은 적극적인 기망행위로서 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 만드는 ‘사기․기타 부정한 행위’에 해당한다 할 것인데, 청구인들은 2개의 매매계약서를 작성하여 보관하였고 양도소득세 신고는 낮은 매매가액이 기재된 매매계약서를 제출하였으므로 양도소득세를 부당하게 과소신고한 적극적인 부정행위를 한 것이라고 할 것이나 처분청은 청구인들에 대한 이의신청 결정에 따라 부당과소신고가산세를 일반과소신고가산세로 경정하였다. 따라서 처분청이 청구인들에게 과소신고가산세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 청구인들이 쟁점토지의 양도가액을 임의배분한 것으로 보아 최초계약서상의 양도가액을 적용하여 과세한 처분의 당부
② 청구인들에게 과소신고가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 국세기본법 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
(2) 소득세법 제92조(양도소득과세표준의 계산) ② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다. 제93조(양도소득세액 계산의 순서) 양도소득세는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 양도소득 산출세액을 계산한다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
1. 토지(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
(3) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용(재해ㆍ노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)
(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청은 이 건 양도인들이 쟁점토지 등을 주-BBB에게 양도하면서 무재산자인 III에게 양도가액을 과다하게 배분하여 신고한 후 체납․결손케 함으로써 청구인들이 양도소득을 과소신고한 혐의가 있고 III는 특수관계인인 AAA-주로부터 쟁점토지 중 자신의 지분을 OOO원에 취득하고 같은 날 OOO원에 양도하여 고저가 거래 혐의가 있는 것으로 보아 세무조사를 하게 되었다. (나) 청구인들, HHH 및 AAA-주는 공유지분 형태로 소유하고 있는 쟁점공유토지 및 각자가 소유하고 있는 쟁점개별토지를 주-BBB에게 양도하기로 하는 최초계약서를 2019.4.15. 작성한 후 양도당일인 2019.9.27. 수정계약서를 작성하였는데 최초계약서와 수정계약서상 매매대금 비교내역은 아래 ＜표3＞과 같다. ＜표3＞ 최초계약서 및 수정계약서 매매대금 비교내역 ㅇㅇㅇ (다) 쟁점토지의 양수인인 주-BBB가 2021.12.14. 조사청에 제출한 확인서 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (라) 이 건 상속인들과 CCC 주식회사 및 주식회사 DDD가 2012년 12월 작성한 토지개발 행위에 따른 위임 약정서 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 처분청은 최초계약서상 III의 지분에 대한 양도가액 OOO원에 청구인들 및 HHH가 III의 역할을 고려하여 III에게 추가 배분한 OOO원을 가산한 OOO원을 III의 지분에 대한 양도가액으로 결정하였고, 나머지 청구인들 및 HHH의 지분에 대한 양도가액은 최초계약서상의 양도가액으로 결정하여 아래 ＜표4＞와 같이 양도소득세를 부과고지하였다. ＜표4＞ 양도소득세 부과고지 내역 ㅇㅇㅇ
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인들은 수정계약서상의 양도가액과 청구인들이 주-BBB로부터 실제로 받은 양도가액이 일치하고 이 건 양도인들 및 주-BBB가 합의하여 수정계약서를 작성하였으므로 사적계약자유의 원칙을 존중하여 수정계약서상의 양도가액을 쟁점토지의 실지양도가액으로 보아야 한다는 취지로 주장하나, 소득세법에서 거주자의 양도소득세액은 원칙적으로 양도가액에서 자본적 지출액 등 필요경비를 공제하여 계산한 양도차익에 장기보유특별공제 등을 적용하여 계산하도록 규정하고 있는바, 쟁점토지의 양도에 따른 청구인들 각자의 지분에 대한 양도소득세액을 계산함에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비(자본적 지출액)는 이 건 양도인들 각자의 지분 비율로 안분하여 산출하고 이를 각자의 양도가액에서 각각 공제하는 것이 적법한 양도소득세액 계산방식이라 할 것임에도 청구인들은 자본적 지출액이라고 주장하는 금액 전체를 자신들 지분에 대한 양도가액에서 차감하는 대신 III 지분의 양도가액에 합산하는 것을 내용으로 하는 수정계약서를 작성하여 이를 근거로 양도소득세액을 계산하고 신고하였는데 이러한 방식은 소득세법에서 규정한 적법한 양도소득세액 계산방식이라고 볼 수 없고, 설령 사적계약자치의 원칙을 존중하여 수정계약서상의 양도가액을 인정할 수 있다고 하더라도 동 양도가액이 정당한 것으로 인정받으려면 양도가액 조정의 원인이 된 자본적 지출액에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구인들이 부담하는 것이 공평의 원칙에 부합할 것인데 청구인들은 그 입증책임을 III에게로 미룰 뿐 이에 대한 입증책임을 다하지 못하고 있으며, 이에 더하여 주-BBB는 2019.9.27. 잔금지급 시 이 건 양도인들의 요구에 의해 총 금액 범위 내에서 계약변경(수정계약서 작성)을 하였다고 진술하고 있고 III는 자신의 양도소득에 대하여 신고만 하고 납부를 하지 않고 있는 상황으로 보아 수정계약서상의 양도가액을 신뢰하기 어려운 측면이 있다 할 것이다. 이에 반해 최초계약서상 양도가액은 이 건 양도인들의 지분 내지 소유면적에 비례하고 있는 것으로 보아 동 계약서상 양도가액을 청구인들 지분에 대한 양도가액으로 삼는 것이 합리적으로 보이고 처분청도 이와 같이 최초계약서상 양도가액을 적용하여 이 건 부과처분을 하였다. 따라서 청구인들이 쟁점토지의 양도가액을 임의로 배분한 것으로 보아 처분청이 최초계약서상의 양도가액을 기준으로 청구인들에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 이 건 과소신고가산세에 대하여 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 이를 취소하여야 한다고 주장하나, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구인들은 정당한 계약서라고 볼 수 있는 최초계약서대로 양도소득세를 신고․납부할 의무가 있음에도 불구하고 수정계약서를 근거로 양도소득세를 과소신고한 사실이 나타나므로 청구인들에게 과소신고가산세를 면제할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 처분청이 청구인들에게 과소신고가산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.