조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 특수관계자인 그 대표이사로부터 쟁점상표권과 쟁점특허권을 매입함으로써 청구법인의 자금이 부당하게 유출되었다고 보아 법인세를 과세하고 그 매입대금 전액을 대표이사 상여 처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-전-6371 선고일 2023.06.21

쟁점상표권을 매입한 청구법인이 이를 사용하고 있는 특수관계회사들로부터 쟁점상표권의 사용료를 받아야 할 것임에도 그러한 사정은 나타나지 아니하는 점, 쟁점특허권의 내용과 유사한 해당 기업부설연구소의 연구실적이 일부 확인되는 점을 감안하면 쟁점특허권이 오로지 대표이사의 노력에 의한 것이라고 단정하기 어렵고, 설령, 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 이는 법인에 고용된 대표이사의 지위에 있는 자가 본연의 업무 또는 그 연장선상에서 그 업무를 수행한 것으로 볼 수도 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점거래를 부인하고 청구법인에게 법인세를 과세하면서 그 거래금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2002.11.13. 설립되어 폐기물 재생처리 및 중간처리업 등을 영위하는 법인으로, 2016년 12월 그 대표이사 AAA(2006년부터 대표이사로 재직 중이며, 이하 “대표이사”라 한다)으로부터 ‘OOO’이라는 상표권(이하 “쟁점상표권”이라 한다)을 OOO원에, 2018년 3월 ‘음식폐기물을 이용한 사료의 제조방법’이라는 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 하고, 쟁점상표권과 합하여 이하 “쟁점권리”라 한다)을 OOO원에 각각 양수(그 양수거래를 이하 “쟁점거래”라 한다)하여 청구법인의 무형자산으로 각각 계상한 후, 2017~2020사업연도 법인세 신고시 그에 대한 감가상각비(2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원, 2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원)를 손금에 산입하였다.
  • 나. 처분청은 쟁점권리가 청구법인의 인적‧물적 자원을 이용한 연구활동의 결과물로서 사실상 청구법인의 소유임에도 대표이사 명의로 쟁점권리를 등록한 후 청구법인이 이를 다시 취득함으로써 청구법인의 자금이 부당하게 유출되었다고 보아, 해당 감가상각비를 손금불산입하여 2022.2.18. 청구법인에게 법인세 2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원, 2019사업연도 OOO원, 2020사업연도 OOO원 합계 OOO원을 경정‧고지하는 한편, 쟁점권리의 취득가액 OOO원을 대표이사에게 상여로 소득처분(2016년 귀속분 OOO원, 2018년 귀속분 OOO원)하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 대표이사가 쟁점상표권을 이용하여 처음 제품을 판매한 시기는 2006년으로서 이는 청구법인이 쟁점상표권을 이용한 2012년보다 6년이나 앞선 시점이었던바, 청구법인은 이미 시장에서 인지도가 형성되어 있던 쟁점상표권을 이용하여 매출증가 등의 효과를 누린 것이다. (가) 대표이사가 개발한 쟁점상표권 ‘OOO’은 ‘햇살 가득한 들녘식물에 꼭 필요한 햇볕처럼 식물 생육에 꼭 필요한 비료’를 연상시키기 위해 개발자가 직접 작명하고 디자인을 고안한 것이다. (나) 처분청은 대표이사가 쟁점상표권을 등록한 2015년에 앞서 2012년부터 청구법인이 제품에 부착하여 사용해 왔다는 점을 처분근거로 들고 있으나, 쟁점상표권은 이미 2006년부터 대표이사와 특수관계에 있는 ㈜BBB, ㈜CCC, DDD에서도 이를 무상으로 사용하면서 제품을 판매해 온 사실이 있는바, 청구법인이 2012년부터 쟁점상표권을 사용해왔다는 점이 청구법인에 의해 쟁점상표권의 개발이 이루어졌다는 근거가 될 수는 없다. (다) 한편, 비료의 특성상 품질이나 다른 비료와의 차별성을 부각하기가 쉽지 않아 소비자는 보통 인지도가 높은 농협 등에서 생산한 제품이나 저렴한 것을 선택하는데, 청구법인이 비료를 판매하기 시작한 2012년에는 청구법인의 제품 브랜드에 대한 인지도가 낮고 경쟁사보다 가격이 높아 판매에 큰 어려움이 있었다. 이러한 어려움을 극복하고 판매량을 늘릴 수 있는 방법을 생각하다가 청구법인의 독자적 브랜드를 새롭게 개발하여 사용하는 것보다는 시장에서 이미 인지도가 있는 쟁점상표권을 사용하는 것이 낫겠다는 판단 하에 대표이사의 허락 하에 쟁점상표권을 무상으로 사용하게 된 것이다. 청구법인의 제품과 유사한 ‘EEE’의 경우 청구법인이 비료를 판매하기 시작한 수년 전부터 이미 시장을 선점하고 있었는데, 청구법인이 판매 초기부터 그 경쟁사보다 1포당(20kg) OOO원 이상 높게 판매할 수 있었던 이유는 쟁점상표권을 이용하여 제품을 판매했기 때문이며, 청구법인이 쟁점상표권을 이용하여 판매를 시작한 때부터 판매량과 판매금액은 아래와 같이 지속적으로 증가하였다. [청구법인과 경쟁사의 제품 단가 비교] OOO [청구법인의 비료판매 현황] OOO 이는 청구법인이 쟁점상표권을 이용하여 판매하기 전부터 대표이사가 개발한 쟁점상표권이 시장에서 인지도 및 경쟁력이 있었음을 의미하는 것이며, 청구법인의 대외 신인도나 영업력에 의해 쟁점상표권의 가치가 증가된 것이 아니라 이미 시장에서 인지도가 있던 쟁점상표권을 이용함으로써 청구법인의 매출이 증가되었다는 것을 증명하는 것이다.

(2) 청구법인이 보유한 특허 4건(쟁점특허권 포함)을 모두 대표이사가 발명하는 등 대표이사는 관련 업계에서 30년 이상 근무하여 쟁점특허권을 발명할 수 있는 전문지식을 충분히 갖추고 있는 자이며, 청구법인이 쟁점특허권 개발과 관련하여 기여한 바는 전혀 없다. (가) 대표이사는 OOO 재료공학과를 졸업한 후 사료 및 비료제조 분야에서 30년 가까이 근무해 온 자로, 처분청도 대표이사가 비료제조 분야에서 오랜 경험과 전문성이 상당하다는 점을 인정하고 있다. 또한, 대표이사는 2006년부터 현재까지 1,300평 정도의 농지(OOO 소재)를 임차하여 직접 경작하면서 농장을 운영하고 있고 농업경영체 등록(등록번호: OOO)도 되어 있는 반면, 청구법인은 농업법인이 아니라서 농지를 경작할 수도 농업경영체로 등록할 수도 없으며, 농업에 필요한 연구 활동을 수행할 만한 인적‧물적 시설을 갖추는 것도 불가능하다. 그렇기에 대표이사는 직접 농업인으로 농업경영체 등록을 하여 유박의 원재료인 들깨와 건고추를 생산하고, 닭이나 오리 등의 가금류를 사육하면서, 현재까지도 사료제조에 필요한 실험을 농지 가설건축물에서 지속적으로 수행해 오고 있다. (나) 대표이사는 사람이 먹고 남은 잔반을 개에게 먹이로 주듯이, 닭이나 오리에게 잔반을 먹여도 된다는 것을 오래전에 깨달았고, 음식물의 수분을 제거한 후 일정량의 숯 또는 황토를 섞어 사료로 만들면 닭이나 오리가 더 잘 먹는다는 것을 알고 이를 상품화하기 위해 쟁점특허권을 출원하였다. 그러나, 쟁점특허권은 그 내용이 이미 출원된 다른 특허와 유사하거나 이미 농장에서 널리 사용되는 방법이기에 출원 당시에는 특허청으로부터 기술의 고유성을 인정받지 못해 수차례 반려된 바 있으며, 특허청에서 요구한 부분을 작성‧제출하기 위해서는 일반사료를 먹인 오리에 비해 시험사료를 먹인 오리가 평균 체중이 증가되었다는 자료가 필요하였고, 이에 대표이사는 수의사로부터 실험 설비를 제공받고, 자문을 받아 매주 시험사료의 주성분인 옥수수, 밀기울, 콩깻묵 등의 양을 정하고 오리의 무게를 측정한 구체적인 실험데이터를 산출하여 변리사에게 전달한 바 있다. [특허출원 과정에서의 연구데이터] OOO (다) 청구법인은 대표이사로부터 취득한 쟁점특허권의 가치를 인정받아 2019.12.13. 산업통상자원부로부터 장관 표창을 받은 바 있는 한편, 산업통상자원부는 자체적으로 마련한 제품별 표준 및 품질인증기준에 따라 GR(Good Recycled product)인증을 부여하고 있는데, 청구법인은 대표이사로부터 쟁점특허권을 취득하면서 그 GR인증을 받을 수 있었으며, 인증을 받은 후 기업이미지 제고 등으로 인해 OOO시청 등에 약 OOO원의 매출 계약을 성사시킬 수 있었다. 따라서, 청구법인의 매출액 및 수익성이 크게 개선된 점은 쟁점특허권의 사업기여도가 높았다는 점과 함께 실질적으로 청구법인의 이익에 현저히 기여했음을 의미하는 것이다. (라) 청구법인은 2014.4.8. 설립한 기업부설연구소가 있기는 하나, 2014년부터 2021년까지 활동내역을 보면OOO 쟁점특허권과 관련한 활동을 청구법인이 수행한 바는 전혀 없었다. [청구법인의 연구개발 활동 내역] OOO (마) 발명진흥법상 직무발명은 종업원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 사용자 등의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 직무에 속하는 발명을 말하는 것인바, 청구법인에서 대표이사의 직무는 회사의 경영 및 전반적인 영업활동을 하는 것이지, 계속하여 특허를 발명하는 것은 대표이사에게 당연히 기대되는 업무라 할 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점특허권의 경우 대표이사가 청구법인의 직무수행 중 발명한 것이 아니고, 근무시간 외에 개인적으로 발명한 것이어서 이를 ‘직무에 속하는’ 발명이라고 볼 수도 없다. 또한, 대표이사는 현재까지 총 6건의 특허를 발명하여 이 중 3건을 청구법인 명의로 출원하였는데, 이는 대부분의 연구활동을 대표이사가 별도로 수행하였지만 청구법인의 연구개발파트의 기여도를 조금이라도 인정하여 그렇게 한 것이다. 하지만, 쟁점특허권만큼은 대표이사가 업무시간 외에 자택 근처 농장에서 본인의 노트 및 실험 자료를 이용하여 개인적으로 연구를 진행하고 연구내용을 데이터화 하여 대표이사의 노력에 의해 개발한 것인바, 청구법인이 그것에 기여한 바는 전혀 없다할 것이다.

  • 나. 처분청 의견

1. 대표이사가 쟁점권리를 직접 제작 또는 개발하였다는 것을 확인할 수 있는 구체적인 증빙자료가 제출되지 아니하였다. (가) 쟁점상표권은 2006년경 이미 제작되어 청구법인이 이를 무상사용해 왔으며, 청구법인은 그 무상사용에 따른 자산수증이익 등을 재무제표상 어디에도 반영하지 아니하였다. 또한, 쟁점특허권과 관련하여 대표이사가 작성하였다고 하며 제출한 연구노트를 보면, 연구기간이 2015.9.3.∼2016.10.20.으로 1년 정도에 지나지 않고, 그 내용이 너무 정형화되고 현실성이 떨어지는 것으로 보이며, 연구를 진행한 날의 구체적인 수치나 시행착오 사항 및 실험 기록사항 등 구체적인 연구내용이 전혀 반영되어 있지 않아 그 연구활동의 신빙성이 떨어진다 할 것이다. (나) 또한, 청구법인은 쟁점특허권 취득 이후 해당 기술을 이용한 사료생산 라인 설치와 관련한 입증자료를 제출하지 못하였으며, 아래와 같이 청구법인은 사료제조와 관련된 쟁점특허권을 취득한 2018년 이후 오히려 사료 관련 매출이 현격하게 감소하고 있다. [청구법인의 연도별 매출 현황] OOO

(2) 대표이사는 청구법인의 46% 지분을 보유한 최대주주이자 대표이사로서, 사실상 청구법인이 수행한 연구개발 또는 본연의 업무수행 과정에서 발생한 성과물을 본인 명의로 출원한 후 이를 청구법인이 양수하는 방식으로 청구법인의 자금을 부당하게 유출한 것이다. (가) 재료공학을 전공한 대표이사는 대학 졸업 후 사료 및 비료 제조 분야의 폭넓은 경험을 토대로 청구법인을 설립하였던바, 청구법인 본연의 업무를 수행하는 과정에서 그 성과물로서 쟁점권리가 발생한 것일 뿐이다. (나) 또한, 쟁점상표권은 기존부터 청구법인이 사용해오면서 수익 창출에 기여해왔고, 쟁점특허권은 청구법인이 이미 보유하고 있는 ‘음식물류폐기물을 이용한 밭작물용 퇴비의 제조방법’이라는 특허권과 별다른 차이가 없어 보이는 등 청구법인이 대표이사가 아닌 제3자로부터 쟁점권리를 취득한다고 하였을 때 과연 OOO원을 지급하고 구입할 것인지 의문이다. (다) 한편, 청구법인은 쟁점권리에 대한 대금지급을 대표이사의 가지급금 및 대여금과 상계하는 방식으로 처리하였는데, 이는 청구법인이 대표이사를 위해 자금을 부당하게 유출하기 위한 방법의 일환으로 보인다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구법인이 특수관계자인 그 대표이사로부터 쟁점상표권과 쟁점특허권을 매입함으로써 청구법인의 자금이 부당하게 유출되었다고 보아 법인세를 과세하고 그 매입대금 전액을 대표이사 상여 처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것

  • 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(4) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금

(5) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.

(6) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 특허법실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정

③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 국세청에 등록된 대표이사의 총 사업이력 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 대표이사 사업이력 현황 OOO (나) 대표이사와 청구법인의 특허권 및 상표권 출원현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 대표이사와 청구법인의 특허 등 출원현황 OOO (다) 쟁점상표권과 쟁점특허권의 권리 등록내용(출처: 특허정보검색서비스)은 아래와 같다. [쟁점상표권 등록내용] OOO [쟁점특허권 등록내용] OOO (라) 쟁점거래와 관련하여 제시된 감정평가서를 요약하면 아래 <표3>과 같고, 그 감정가액의 적정성 여부에 대해서는 양 측 다툼이 없는 것으로 보인다. <표3> 쟁점상표권 및 쟁점특허권 감정평가 내역 OOO (마) 청구법인과 대표이사는 2016.12.1. 쟁점상표권을 OOO원에 거래하는 내용의 양수도계약을 체결하는 한편, 2018.3.20. 쟁점특허권을 OOO원에 거래하는 내용의 양수도계약을 체결하였다. (바) 처분청이 제시한 청구법인의 대체전표에 의하면, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 2016.12.31. 및 2018.3.25. 대표이사에 대한 가지급금과 거래가액을 상계하는 방식으로 대금의 대부분을 지급한 것으로 나타난다. (사) 청구법인이 제시한 ‘농업경영체 등록 확인서’에 의하면 대표이사는 2018.8.2. 농업경영체 등록을 최초로 한 것으로 나타나며, 그 등록내용에 따르면 OOO 일대의 농지를 임차하여 ‘들깨 및 건고추’를 재배하는 것으로 나타난다. (아) 청구법인은 쟁점특허권 출원 과정에서 특허청으로부터 그 출원이 반려되자 대표이사가 이를 직접 보완하는 등 특허출원 전 과정을 전적으로 수행하였다고 주장하며, 담당 변리사와 주고받은 이메일 자료와 아래와 같은 변리사의 진술서를 제출하였다. [쟁점특허권 관련 변리사 진술서] OOO (자) 청구법인은 2014.4.8. 기업부설연구소를 설치한 것으로 나타나나, 청구법인은 쟁점특허권과 관련하여 해당 연구소에서 연구활동을 수행할 인적‧물적 시설이 없다는 취지로 아래와 같은 그 연구소장(FFF)의 진술서 등을 제출하였다. [청구법인의 기업부설연구소 연구소장 진술서] OOO (차) 청구법인은 해마다 기업부설연구소에 소속된 직원 2~3명에 대한 인건비 등을 장부상 연구개발비(연간 OOO~OOO원 수준)로 계상하고 이에 대한 연구인력개발비 세액공제(연간 OOO~OOO원 수준)를 받아오고 있는 것으로 확인된다. (카) 청구법인이 제시한 ‘유기질비료 구매납품계약서’에 의하면, 2010년 1월 ㈜BBB과 OOO지역본부간에 체결한 것으로, 거래내역상 그 당시 이미 쟁점상표권이 사용되고 있었던 것으로 보인다. (타) 청구법인은 쟁점특허권의 출원과 관련하여 대표이사의 연구노트(제목: 음식물 폐기물을 이용한 사료의 제조방법, 표지 포함 총 5매)를 제출하였다. (파) 청구법인의 연도별 수입금액 등 법인세 신고내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구법인의 연도별 법인세 신고 현황 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점권리가 오로지 대표이사의 노력에 의해 만들어졌고, 그에 따라 청구법인의 상품 인지도 및 기술력이 상승하여 매출 증가로 이어지는 효과도 있었으므로, 청구법인과 대표이사간의 특허권 및 상표권 양수도 거래인 쟁점거래를 특수관계자간 부당한 자금유출 거래로 보는 것은 잘못이라고 주장하나, 쟁점상표권은 2006년부터 청구법인 등이 무상으로 사용해 오면서 이미 오래전부터 청구법인 등의 매출증가에 기여해오던 것으로 보이는데, 그로부터 10년이 지난 2016년 12월에서야 새롭게 청구인의 지적재산권으로 등록하고 이를 OOO원에 거래할 이유가 없어 보이고, 쟁점상표권이 실제 그만한 가치가 있는 것이라면 쟁점상표권을 매입한 청구법인이 이를 사용하고 있는 특수관계회사들로부터 쟁점상표권의 사용료를 받아야 할 것임에도 그러한 사정은 나타나지 아니하는 점, 청구법인은 2014.4.8. 기업부설연구소를 설치하고 그 소속직원 2~3명이 연구활동을 해오면서 연간 OOO~OOO원 수준의 연구개발비를 지출하는 것으로 나타나는바, 쟁점특허권의 내용과 유사한 해당 기업부설연구소의 연구실적이 일부 확인되는 점을 감안하면 쟁점특허권이 오로지 대표이사의 노력에 의한 것이라고 단정하기 어렵고, 설령, 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 이는 법인에 고용된 대표이사의 지위에 있는 자가 본연의 업무 또는 그 연장선상에서 그 업무를 수행한 것으로 볼 수도 있는 점 등에 비추어, 쟁점권리의 실제 소유자를 대표이사로 보기 어려운 측면이 있고, 설령 그 소유자를 대표이사로 보더라도 쟁점거래는 특수관계자간 거래로서 부당행위계산 부인대상이라고 보이므로, 처분청이 쟁점거래를 부인하고 청구법인에게 법인세를 과세하면서 그 거래금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)