3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 청구법인이 특수관계자인 그 대표이사로부터 쟁점상표권과 쟁점특허권을 매입함으로써 청구법인의 자금이 부당하게 유출되었다고 보아 법인세를 과세하고 그 매입대금 전액을 대표이사 상여 처분하여 소득금액변동통지한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액
3. 그 밖의 자산: 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외하며, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가사의 감정은 감정한 가액이 5억원 이하인 경우로 한정한다. 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것
- 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
(4) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금
(5) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.
② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다.
(6) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “발명”이란 특허법ㆍ 실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.
2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.
3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정
2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정
③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다.
(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 국세청에 등록된 대표이사의 총 사업이력 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 대표이사 사업이력 현황 OOO (나) 대표이사와 청구법인의 특허권 및 상표권 출원현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 대표이사와 청구법인의 특허 등 출원현황 OOO (다) 쟁점상표권과 쟁점특허권의 권리 등록내용(출처: 특허정보검색서비스)은 아래와 같다. [쟁점상표권 등록내용] OOO [쟁점특허권 등록내용] OOO (라) 쟁점거래와 관련하여 제시된 감정평가서를 요약하면 아래 <표3>과 같고, 그 감정가액의 적정성 여부에 대해서는 양 측 다툼이 없는 것으로 보인다. <표3> 쟁점상표권 및 쟁점특허권 감정평가 내역 OOO (마) 청구법인과 대표이사는 2016.12.1. 쟁점상표권을 OOO원에 거래하는 내용의 양수도계약을 체결하는 한편, 2018.3.20. 쟁점특허권을 OOO원에 거래하는 내용의 양수도계약을 체결하였다. (바) 처분청이 제시한 청구법인의 대체전표에 의하면, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 2016.12.31. 및 2018.3.25. 대표이사에 대한 가지급금과 거래가액을 상계하는 방식으로 대금의 대부분을 지급한 것으로 나타난다. (사) 청구법인이 제시한 ‘농업경영체 등록 확인서’에 의하면 대표이사는 2018.8.2. 농업경영체 등록을 최초로 한 것으로 나타나며, 그 등록내용에 따르면 OOO 일대의 농지를 임차하여 ‘들깨 및 건고추’를 재배하는 것으로 나타난다. (아) 청구법인은 쟁점특허권 출원 과정에서 특허청으로부터 그 출원이 반려되자 대표이사가 이를 직접 보완하는 등 특허출원 전 과정을 전적으로 수행하였다고 주장하며, 담당 변리사와 주고받은 이메일 자료와 아래와 같은 변리사의 진술서를 제출하였다. [쟁점특허권 관련 변리사 진술서] OOO (자) 청구법인은 2014.4.8. 기업부설연구소를 설치한 것으로 나타나나, 청구법인은 쟁점특허권과 관련하여 해당 연구소에서 연구활동을 수행할 인적‧물적 시설이 없다는 취지로 아래와 같은 그 연구소장(FFF)의 진술서 등을 제출하였다. [청구법인의 기업부설연구소 연구소장 진술서] OOO (차) 청구법인은 해마다 기업부설연구소에 소속된 직원 2~3명에 대한 인건비 등을 장부상 연구개발비(연간 OOO~OOO원 수준)로 계상하고 이에 대한 연구인력개발비 세액공제(연간 OOO~OOO원 수준)를 받아오고 있는 것으로 확인된다. (카) 청구법인이 제시한 ‘유기질비료 구매납품계약서’에 의하면, 2010년 1월 ㈜BBB과 OOO지역본부간에 체결한 것으로, 거래내역상 그 당시 이미 쟁점상표권이 사용되고 있었던 것으로 보인다. (타) 청구법인은 쟁점특허권의 출원과 관련하여 대표이사의 연구노트(제목: 음식물 폐기물을 이용한 사료의 제조방법, 표지 포함 총 5매)를 제출하였다. (파) 청구법인의 연도별 수입금액 등 법인세 신고내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 청구법인의 연도별 법인세 신고 현황 OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점권리가 오로지 대표이사의 노력에 의해 만들어졌고, 그에 따라 청구법인의 상품 인지도 및 기술력이 상승하여 매출 증가로 이어지는 효과도 있었으므로, 청구법인과 대표이사간의 특허권 및 상표권 양수도 거래인 쟁점거래를 특수관계자간 부당한 자금유출 거래로 보는 것은 잘못이라고 주장하나, 쟁점상표권은 2006년부터 청구법인 등이 무상으로 사용해 오면서 이미 오래전부터 청구법인 등의 매출증가에 기여해오던 것으로 보이는데, 그로부터 10년이 지난 2016년 12월에서야 새롭게 청구인의 지적재산권으로 등록하고 이를 OOO원에 거래할 이유가 없어 보이고, 쟁점상표권이 실제 그만한 가치가 있는 것이라면 쟁점상표권을 매입한 청구법인이 이를 사용하고 있는 특수관계회사들로부터 쟁점상표권의 사용료를 받아야 할 것임에도 그러한 사정은 나타나지 아니하는 점, 청구법인은 2014.4.8. 기업부설연구소를 설치하고 그 소속직원 2~3명이 연구활동을 해오면서 연간 OOO~OOO원 수준의 연구개발비를 지출하는 것으로 나타나는바, 쟁점특허권의 내용과 유사한 해당 기업부설연구소의 연구실적이 일부 확인되는 점을 감안하면 쟁점특허권이 오로지 대표이사의 노력에 의한 것이라고 단정하기 어렵고, 설령, 대표이사가 쟁점특허권의 개발에 참여하였다 하더라도 이는 법인에 고용된 대표이사의 지위에 있는 자가 본연의 업무 또는 그 연장선상에서 그 업무를 수행한 것으로 볼 수도 있는 점 등에 비추어, 쟁점권리의 실제 소유자를 대표이사로 보기 어려운 측면이 있고, 설령 그 소유자를 대표이사로 보더라도 쟁점거래는 특수관계자간 거래로서 부당행위계산 부인대상이라고 보이므로, 처분청이 쟁점거래를 부인하고 청구법인에게 법인세를 과세하면서 그 거래금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.