중소기업 졸업 후 중소기업으로 복귀한 기업이 다시 졸업하는 경우 중소기업 유예기간을 재차 적용받을 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1995.4.7. 설립되어 의료기관의 설치 운영업 등을 영위하는 법인으로 2011〜2014사업연도에 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 따른 중소기업 유예기간을 적용받았고, 2014사업연도에 유예기간이 종료한 후 중소기업기본법 개정으로 새롭게 중소기업에 해당하게 되었으나 규모기준 초과로 2017사업연도부터 다시 중소기업에 해당하지 않게 되자, 2017～2020사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법 시행령 제2조 에서 규정하는 중소기업 유예기간 적용대상으로 하여 조세특례제한법에 따른 조세특례를 적용하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2017～2020사업연도에 중소기업 유예대상자가 아니라고 보아, 2022.2.16. 2017사업연도 법인세 OOO원을, 2022.2.17. 2018사업연도 법인세 OOO원, 2019사업연도 법인세 OOO원 및 2020사업연도 법인세 OOO원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.5.2. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전 조세특례제한법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고 동기간(이하 이 조에서는 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.(단서 생략)’라고 규정하고 있었으나, 2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 “개정된 조세특례제한법 시행령”이라 한다) 제2조 제2항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 이외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.’고 변경되었다. 한편, 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 ‘제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목, 나목 및 별표1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.’고 규정하고 있다. 청구법인은 2011〜2014사업연도에 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 따른 중소기업 유예기간을 적용받았고, 2014사업연도에 유예기간이 종료한 후 중소기업기본법 개정으로 새롭게 중소기업에 해당하게 되었으나 규모기준 초과로 2017사업연도부터 다시 중소기업에 해당하지 않게 되자, 2017～2020사업연도 법인세 신고 시 중소기업 유예기간 적용대상으로 하여 신고한 것이다. 개정전 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에서 최초 1회에 한하여 중소기업 졸업유예기간을 적용한다고 규정하고 있었던데 비해, 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제2항은 중소기업 졸업유예기간 적용횟수 제한을 폐지하였고, 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 ‘ 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 가목, 나목 및 별표1의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.’고 규정하고 있으므로, 중소기업 졸업 후 중소기업으로 복귀한 기업이 다시 졸업하는 경우 졸업유예를 적용받을 수 있는 것이다. 따라서 청구법인이 2017～2020사업연도에 중소기업 유예대상자가 아니라고 보아, 이 건 법인세를 과세한 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 이외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.’고 규정하고 있다. 이는 최초 중소기업 졸업시부터 유예기간까지 4년 동안에는 유예기간 적용횟수 제한을 폐지한다는 것으로, 최초로 중소기업을 졸업하였다가 유예기간 내에 중소기업으로 복귀하였으나 유예기간 내에 다시 일반기업이 된 경우 잔존 유예기간동안 졸업유예를 적용한다는 의미이다. 즉, 중소기업 졸업 후 중소기업으로 복귀한 기업이 다시 졸업하는 경우 졸업유예를 적용받지 못하게 되는 문제를 해소하기 위하여 개정된 것이다. 청구법인은 2011〜2014사업연도에 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 따른 중소기업 유예기간을 적용받았으므로, 2014사업연도에 유예기간이 종료한 후 중소기업기본법 개정으로 새롭게 중소기업에 해당하게 되었다 하더라도 재차 중소기업이 아니게 된 2017～2020사업연도 법인세 신고 시 최초로 중소기업에 해당하지 않는 것으로 보아 중소기업 유예기간 적용대상으로 하여 조세특례제한법에 따른 조세특례를 적용할 수 없다. 따라서 청구법인이 2017～2020사업연도에 중소기업 유예대상자가 아니라고 보아, 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 중소기업 졸업 후 중소기업으로 복귀한 기업이 다시 졸업하는 경우 중소기업 유예기간을 재차 적용받을 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2011〜2014사업연도에 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 따른 중소기업 유예기간을 적용받았고, 2014사업연도에 유예기간이 종료한 후 중소기업기본법 개정으로 새롭게 중소기업에 해당하게 되었으나 규모기준 초과로 2017사업연도부터 다시 중소기업에 해당하지 않게 되자, 2017～2020사업연도 법인세 신고 시 중소기업 유예기간 적용대상으로 하여 조세특례제한법에 따른 조세특례를 적용하였다.

(2) 처분청은 청구법인이 2017～2020사업연도에 중소기업 유예대상자가 아니라고 보아, 2022.2.16. 등에 2017～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다. (가) 이와 관련된 국세청 예규는 다음과 같다. OOO (나) 개정세법 해설(2010)에 의하면 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 에 대하여 다음과 같이 설명하고 있다. OOO

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 개정전 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고 동기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.’고 규정하고 있었으나, 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제2항은 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 이외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다.’고 변경되었다. 청구법인은 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제2항에서 중소기업 졸업유예기간 적용횟수 제한을 폐지하였고, 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 은 ‘ 중소기업기본법 시행령등의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.’고 규정하고 있으므로, 중소기업 졸업 후 중소기업으로 복귀한 기업이 다시 졸업하는 경우 졸업유예를 적용받을 수 있는 것이라고 주장한다. 그러나 중소기업 유예기간을 규정한 취지는 중소기업이 지속적인 성장으로 기업규모가 일정범위 기준을 초과하는 경우 그 동안 중소기업으로서 부여받은 정부지원과 혜택이 일시에 중단됨에 따라 겪을 수 있는 부담을 완화하기 위하여 일정기간 중소기업으로 간주해 주는 것인 점, 국세청 예규 및 개정세법 해설(2010) 등 관련 자료에 의하면, 개정된 조세특례제한법 시행령제2조 제2항은 중소기업 졸업 후 유예기간 내에 중소기업으로 복귀한 기업이 다시 졸업하는 경우 졸업유예를 적용받지 못하게 되는 문제를 해소하기 위하여 개정된 것으로, 최초로 중소기업을 졸업하였다가 유예기간 내에 중소기업으로 복귀하였으나 유예기간 내에 다시 일반기업이 된 경우 잔존 유예기간동안 졸업유예를 적용하겠다는 취지이므로, 최초 중소기업 졸업시부터 유예기간까지 4년 동안에는 유예기간 적용횟수 제한을 폐지한다는 의미로 해석되어야 하는 점, 청구법인과 같이 중소기업기본법 시행령의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되었다가 기업규모가 일정범위 기준을 초과하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우는 조세특례제한법 시행령 제2조 제5항 의 적용대상에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어, 이미 2011〜2014사업연도에 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 에 따른 중소기업 유예기간을 적용받은 청구법인은 2014사업연도에 유예기간이 종료한 후 중소기업기본법 개정으로 새롭게 중소기업에 해당하게 되었다 하더라도 그 이후 사업연도에 중소기업 유예기간을 재차 적용받을 수 없는 것으로 판단된다. 따라서 청구법인이 2017～2020사업연도에 중소기업 유예대상자가 아니라고 보아, 이 건 법인세를 경정․고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조(중소기업의 범위) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.12.30. 대통령령 제22583호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 같은 항 제1호 또는 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 규정으로 한정한다)의 요건을 갖추지 못하게 되어 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 해당 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 해당 사유가 발생한 날(제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업이 중소기업과 합병하는 경우에는 합병일로 한다)이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1. 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2. 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3. 제1항 제3호(중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목의 규정은 제외한다)의 요건을 갖추지 못하게 되는 경우

4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다.

④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (3) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "창업일"이란 다음 각 목의 구분에 따른 날을 말한다.

• 가. 법인인 기업: 법인설립등기일
• 나. 소득세법 제168조 나 부가가치세법 제8조 에 따라 사업자등록을 한 사업자인 기업(법인이 아닌 사업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다): 사업자등록을 한 날

2. "합병일 또는 분할일"이란 다음 각 목의 구분에 따른 날을 말한다.

• 가. 법인인 기업: 합병 또는 분할로 설립된 법인의 설립등기일이나 합병 또는 분할 후 존속하는 법인의 변경등기일
• 나. 소득세법 제168조 나 부가가치세법 제8조 에 따라 사업자등록을 한 사업자인 기업: 공동 사업장에 대한 사업자등록을 한 날이나 공동 사업장을 분리하여 사업자등록을 한 날

3. “관계기업”이란 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업.(후단 생략)
• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 제3조의3(중소기업 여부의 판단 및 적용기간) ① 제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전 사업연도의 상시근로자수등을 기준으로 하되, 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다. [별표 1] 중소기업의 업종별 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모기준(제3조 제1항 제1호 관련) 해당 업종 분류기호 규모 기준 제조업 C 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하

② 제1항에 따른 중소기업 여부의 판단 등에 관한 세부적인 사항은 중소기업청장이 따로 정한다. (4) 중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정된 것) 제3조(중소기업의 범위) ① 중소기업기본법(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

• 가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
• 나. 자산총액이 5천억원 이상인 기업
• 다. 자기자본이 1천억원 이상인 기업
• 라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

• 가. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제14조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사
• 나. 제1항 제1호 나목에 따른 법인(외국법인을 포함하되, 제3조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. (후단 생략)
• 다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 “상시근로자수등”이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업 [별표1] 주된 업종별 평균매출액등의 규모 기준(제3조 제1항 제1호 가목 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준

7. 농업, 임업 및 어업 A 평균매출액등 1,000억원 이하

B

C10

C12

11. 섬유제품 제조업(의복 제조업은 제외한다) C13

12. 목재 및 나무제품 제조업(가구 제조업은 제외한다) C16

13. 코크스, 연탄 및 석유정제품 제조업 C19

14. 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품 제조업은 제외한다) C20

15. 고무제품 및 플라스틱제품 제조업 C22

16. 금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제조업은 제외한다) C25

17. 전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업 C26

18. 그 밖의 기계 및 장비 제조업 C29

C30

C31

21. 전기, 가스, 증기 및 수도사업 D

F

G