청구법인이 임직원에게 근로용역제공에 대한 대가로자기주식교부형 주식매수선택권을 부여하고 임직원으로부터 약정된 행사가격을 수취한 후 청구법인의 발행주식을 교부한 것과 관련하여, 자기주식처분실손이 중복으로 손금산입된 것으로 본 처분의 당부

• 가. 청구법인은 가정용 정수기, 공기청정기, 비데 등 가전제품을 생산ㆍ판매하는 법인으로, 임직원의 근로용역제공에 대한 대가로 자기주식교부형 주식매수선택권(이하 “쟁점주식매수선택권”이라 한다)을 부여하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점주식매수선택권의 가득조건이 충족됨에 따라, 임직원이 이를 행사하는 시점에 약정된 행사가액을 수취한 후 쟁점법인의 주식(상장주식으로, 이하 “쟁점주식”이라 한다)을 교부하면서, 쟁점주식매수선택권 행사시점에 주식매수선택권 가액을 손금산입하고, 회계상 인식한 자기주식 처분이익을 익금산입하였다.
• 다. 청구법인은 2018.7.2. 쟁점주식매수선택권 행사차액은 법인세법상 손금에 해당하므로, 쟁점주식매수선택권 행사시점의 시가와 행사가액의 차이를 손금산입하여 달라는 취지의 경정청구(이하 “1차 경정청구”라 한다)를 하였고, 처분청은 2018.9.18. 이를 인용하여 2013∼2017사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하였다.
• 라. 이후 청구법인은 2019.6.26. 쟁점주식매수선택권 행사로 인하여 법인세법상 자기주식 처분손실이 발생하는 것으로 보아 회계상 인식한 자기주식 처분이익과의 차이를 익금불산입하여야 한다는 취지의 경정청구(이하 “2차 경정청구”라 한다)를 하였고, 처분청은 2019.8.16. 이를 인용하여 2014∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하였다.
• 마. 감사원은 OO 지방국세청장의 경정청구 처리실태에 대한 감사를 실시한 결과, 2차 경정청구에 따른 환급은 부당하므로 2022년 3월 OO 지방국세청장에게 과다하게 환급한 법인세를 징수할 것을 요구하였다.
• 바. OO 지방국세청장은 이에 따라 처분청에 OOO원(2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원)이 과다하게 손금산입되어 법인세 경정 등이 필요하다는 처분지시를 하였고, 처분청은 2022.3.15. 및 2022.5.16. 청구법인에게 2016ㆍ2017사업연도 법인세 합계 OOO원(2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원)을 경정ㆍ고지하였다.
• 사. 청구법인은 이에 불복하여 2022.4.7. 및 2022.5.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호는 성과급의 성격인 주식매수선택권 행사차액을 손금산입할 수 있도록 허용하는 규정이므로 자기주식 처분손실을 손금에 반영하는 것과는 무관하고, 법인세법 시행령제11조 및 제19조에 따라 자기주식 양도 시 익금과 손금은 각각 주식매수선택권 행사가액과 자기주식의 장부가액이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 주장에 따르면 결국 자기주식 처분손실과 주식매수선택권 행사차액의 일부가 중복으로 손금에 반영되게 되는데, 감사원 감사결과와 조세심판원 결정(조심 2020중2343, 2021.6.30.)에서도 주식매수선택권 행사차액을 초과하는 부분을 손금산입할 수 없는 것으로 보았고, 순자산증가설에 따라 자기주식 처분손익은 손금에 해당하지 않는 것이므로 이 건 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 임직원에게 자기주식교부형 주식매수선택권을 부여하고 임직원으로부터 약정된 행사가액으로 자기주식을 교부한 것과 관련하여, 행사가액을 양도금액으로 봄에 따라 자기주식 처분손실이 중복하여 손금산입된 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 쟁점주식매수선택권 부여 내역은 아래와 같다. (가) 청구법인은 가득조건이 충족되는 경우 사전에 약정한 가액으로 쟁점주식을 취득할 수 있도록 쟁점주식매수선택권을 부여하였다. (나) 쟁점주식매수선택권 행사 당시 쟁점주식 시가는 약 OOO원(2016사업연도) 및 OOO원(2017사업연도)이고, 쟁점주식매수선택권 행사가액은 쟁점주식의 장부가액보다 낮은데, 그 상세내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점주식 시가, 장부가액 및 주식매수선택권 행사가액 (단위: 원)

(2) 쟁점주식매수선택권과 관련하여, 청구법인의 회계처리 및 법인세 신고 내역은 아래와 같다. (가) 청구법인은 아래 <표2>와 같이 주식매수선택권 가득기간에 쟁점주식의 공정가치를 토대로 주식보상비용을 인식하였는데, 법인세 신고 시에는 이를 손금불산입(기타)하는 세무조정을 하였다. <표2> 주식매수선택권 가득기간 중 회계처리 내역 (단위: 원) (나) 청구법인은 주식매수선택권 행사 시 아래 <표3>과 같이 회계상으로 기 인식된 주식매수선택권을 제거하고, 주식매수선택권 및 그 행사가액과 쟁점주식의 장부가액과의 차액을 자기주식 처분손익으로 계상하였으며, 법인세 신고 시에는 제거된 주식매수선택권 상당액을 손금산입하고, 회계상 자기주식 처분이익을 익금산입하는 세무조정을 하였다. <표3> 주식매수선택권 행사 시 회계처리 (단위: 원)

(3) 주식매수선택권 행사 당시 자기주식 처분손익은 아래와 같다. (가) 자기주식 처분손익 계산 시 행사가액을 수익금액으로 보아 손금에 산입하여야 할 자기주식 처분손실은 약 OOO원(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원)이다. (나) 자기주식 처분손익을 시가를 기준으로 계산하는 경우 발생하는 자기주식 처분이익은 약 OOO원(2016사업연도 OOO원, 2017사업연도 OOO원)이다. (4) 법인세법 시행령제11조는 2023.2.28. 주식매수선택권 행사에 따라 자기주식을 양도하는 경우 수익금액이 주식매수선택권 행사 당시 시가에 해당하는 것으로 개정(2023.2.28. 이후 주식을 양도하는 분부터 적용, 이하 “쟁점규정”이라 한다)되었는데, 2022 간추린 개정세법(기획재정부)에는 쟁점규정의 개정취지를 ‘양도금액 산정기준 보완을 위한 과세 합리화’로 기재하고 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. 처분청은 청구주장에 따르면 주식매수선택권 행사차액과 자기주식 처분손익이 중복하여 손금에 산입되므로, 순자산증가설에 따라 자기주식 처분손익을 별도로 손금에 반영할 수 없다는 의견이다. 그러나, 자기주식교부형 주식매수선택권의 경우, 그 가득조건이 충족되면 법인은 약정된 주식매수선택권 행사가액을 수취하고 자기주식을 양도하게 되는데, 이러한 주식기준보상거래에서 근로용역에 대한 보상과는 별도로 자기주식의 처분손익이 발생한다고 봄이 타당한 점, 법인세법제52조 제4항 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호에 따라 주식매수선택권 행사로 인한 자기주식 양도에 대해서는 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않고, 법인세법 시행령제20조 제1항 제3호는 성과급의 성격인 주식매수선택권 행사차익을 예외적으로 손금산입할 수 있도록 하는 규정으로, 별도의 제한 규정 없이 성과급과 무관하게 발생하는 자기주식 양도손익의 손금산입을 제한하는 것으로 해석하기는 어려운 점, 쟁점규정은 그 부칙 규정에 비추어 2023.2.28. 이후 주식을 양도하는 분부터 적용되므로 이 건에 적용된다고 보기는 어려운 점, 그렇다면 쟁점규 정 시행 이전에 자기주식교부형 주식매수 선택권 행사에 따라 교부된 쟁점주식과 관련해서는 법인세법 시 행령 제11조 및 제19조에 따라 자기주식의 양도금액과 장부가액은 각각 익금 또는 손금에 해당하고, 주식매수선택권 행사로 인한 자기주식의 교부를 통상적인 자기주식의 양도와 달리 취급할 근거가 없는 점 등에 비추어, 처분청이 성과급(주식매수선택권 행사차액)과 별도로 청구법인의 자기주식 처분손실(쟁점주식의 장부가액에서 쟁점주식매수선택권 행사가액을 차감한 금액)을 손금산입할 수 없는 것으로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 법인세법 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

③ 제1항에 따른 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】 다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다. 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 제20조【성과급 등의 범위】① 법 제20조 제1호 단서에서 “대통령령으로 정하는 성과급”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에게 지급하는 다음 각 목의 금액

• 가. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액
• 나. 주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액
• 다. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. (3) 법인세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 개정된 것) 제11조【수익의 범위】법 제15조 제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액. 이 경우 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분 본문에 따른 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권 행사 당시의 시가로 계산한 금액으로 한다. 부칙(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 개정된 것) 제3조【자기주식 양도금액의 산정에 관한 적용례】제11조 제2호의2 후단의 개정규정은 이 영 시행 이후 주식을 양도하는 경우부터 적용한다. (4) 법인세법 시행규칙 제10조의3【주식매수선택권등의 범위】영 제20조 제1항 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권등”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 중소기업창업 지원법에 따른 창업자, 기술신용보증기금법에 따른 신기술사업자 및 주권상장법인이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 상법제340조의2에 따라 부여한 경우만 해당한다)

2. 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)

3. 부품ㆍ소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법 제2조 제2호에 따른 부품ㆍ소재전문기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권등(주식매수선택권은 같은 법 제15조에 따라 부여한 경우만 해당한다)

(5) 소득세법 제20조【근로소득】① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득 (6) 소득세법 시행령 제38조【근로소득의 범위】① 법 제20조에 따른 근로소득에는 다음 각 호의 소득이 포함되는 것으로 한다.

17. 법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법 시행령제87조의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(이하 이 호에서 “당해 법인등”이라 한다)으로부터 부여받은 주식매수선택권을 당해 법인등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다)

(7) 상법 제340조의2【주식매수선택권】① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 “주식매수선택권의 행사가액”이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 “주식매수선택권”이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.

④ 제1항의 주식매수선택권의 행사가액은 다음 각 호의 가액 이상이어야 한다.

1. 신주를 발행하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액과 주식의 권면액(券面額) 중 높은 금액. 다만, 무액면주식을 발행한 경우에는 자본으로 계상되는 금액 중 1주에 해당하는 금액을 권면액으로 본다.

2. 자기의 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 한 주식의 실질가액 제340조의4【주식매수선택권의 행사】① 제340조의2 제1항의 주식매수선택권은 제340조의3 제2항 각 호의 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사할 수 있다. 제341조【자기주식의 취득】① 회사는 다음의 방법에 따라 자기의 명의와 계산으로 자기의 주식을 취득할 수 있다. 다만, 그 취득가액의 총액은 직전 결산기의 대차대조표상의 순자산액에서 제462조 제1항 각 호의 금액을 뺀 금액을 초과하지 못한다.

1. 거래소에서 시세(時勢)가 있는 주식의 경우에는 거래소에서 취득하는 방법

2. 제345조 제1항의 주식의 상환에 관한 종류주식의 경우 외에 각 주주가 가진 주식 수에 따라 균등한 조건으로 취득하는 것으로서 대통령령으로 정하는 방법 제542조의3【주식매수선택권】① 상장회사는 제340조의2 제1항 본문에 규정된 자 외에도 대통령령으로 정하는 관계 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자에게 주식매수선택권을 부여할 수 있다. 다만, 제542조의8 제2항 제5호의 최대주주 등 대통령령으로 정하는 자에게는 주식매수선택권을 부여할 수 없다.

④ 상장회사의 주식매수선택권을 부여받은 자는 제340조의4 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 주식매수선택권을 부여하기로 한 주주총회 또는 이사회의 결의일부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 주식매수선택권을 행사할 수 있다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 상장회사의 주식매수선택권 부여, 취소, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.