청구법인이 출자전환으로 취득한 주식의 시가를 낮게 평가하여 대손세액공제를 과도하게 받았다고 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2021.12.10. 청구법인에게 한 2016년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 과소신고가산세 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015년 12월 부터 2016년 3월까지 AAA주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 공급대가 합계 OOO원의 판재류(후판)를 공급하고, 그 중 OOO원을 어음부도로 회수하지 못하다가, 2016.11.11. 쟁점법인에 대한 회생계획인가결정에 따라 2016.11.17. 위 미회수채권 중 92%OOO가 출자전환되어 쟁점법인 주식 OOO를 취득하였다. 이에 청구법인은 BBB에게 평가기준일(2016.11.17.) 현재 쟁점법인 주식에 대한 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)에 따른 평가를 의뢰하고 그 결과에 따라 1주당 주식가치를 OOO원으로 보아, 2017.3.31. 처분청에게 2016년 제2기 부가가치세 대손세액공제 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하고, 2017.5.10. 위 금액을 전액 환급받았다.
• 나. 한편, CCC은 쟁점법인으로부터 평가기준일(2016.11.17.) 현재 쟁점법인 주식에 대한 상증법에 따른 평가를 의뢰받아, 1주당 주식가치를 OOO원으로 평가하였다. 이후, 처분청은 평가기준일 현재 쟁점법인 주식의 1주당 시가는 CCC이 평가한 OOO원이 적정하므로, 청구법인이 대손세액공제를 과다하게 받은 것으로 보아, 2021.12.10. 청구법인에게 2016년 제2기 부가가치세 OOO을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.4. 심판청구를 제기하였다

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 평가기준일 현재 쟁점법인 주식의 1주당 가치는 OOO원으로 보는 것이 타당하다. (가) 기존의 선결정례 등은 평가기준일의 재무상태표가 준비되지 않는 경우, 평가기준일 이전의 재무제표에 가감할 금액을 반영하여 순자산가치를 산정하는 방법을 인정하고 있고OOO, 오히려 처분청의 주장처럼 평가기준일 이후 최근 결산일의 재무제표를 기준으로 평가하는 방법은 근거가 없다. (나) BBB과 CCC의 주식가치평가가 다른 주된 이유는

① AAA 대여금 평가가액 차이OOO및 ② 재무제표기준일 차이OOO로, 아래와 같은 이유로 평가기준일 현재 청구법인이 제시한 BBB의 주식가치 평가액이 보다 합리적인 평가액에 해당한다. 1) AAA는 평가기준일 현재 완전 자본잠식상태였고, 결과적으로도 쟁점법인이 대금을 전혀 회수하지 못하였으므로, CCC과 같이 평가기준일 현재 회수 불가능한 것으로 보아 자산에서 제외하도록 평가하는 것이 보다 합리적이다. 2) 쟁점법인의 재무상태를 고려할 때 3개월간 순자산변동이OOO원이나 발생한 것은 비합리적인 것으로, 이는 다양한 변화를 수반하는 출자전환의 영향이 큰 바, 출자전환으로 인한 효과를 배제한 CCC의 평가가 보다 합리적이다. (2) 청구법인은 처분청이 청구법인의 경정청구를 받아들여 전액 환급한 이후 재차 증액경정을 할 것을 예상할 수 없었던 바, 과소신고 및 과소납부에 대한 정당한 사유가 있다고 보아야 한다OOO. 특히, 쟁점법인이 대손세액공제 관련 설명자료를 홈페이지에 게시한 시점은 2017.5.31.로 청구법인이 경정청구로 부가가치세를 이미 환급받은 이후인바, 청구법인이 이러한 사실관계를 인지하기는 어려웠다.

• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점법인은 2016.11.17. 법원의 회생계획인가 결정을 받았고, 평가기준일(2016년 11월 17일) 현재 가결산 재무제표가 없으므로 최근 결산일인 2016.12.31. 재무제표를 근거로 평가한 1주당 시가를 OOO원으로 보는 것이 보다 합리적인바, 청구법인이 당초 제출한 CCC의 주식평가보고서를 적용하여 대손세액을 계산하는 것은 타당하지 않다. (2) 쟁점법인이 2017.5.31. 홈페이지에 게시한 ‘회생채권 출자전환 대손세액 공제 설명자료’에 의하면 당시 쟁점법인 주식에 대한 평가가 완료되지 않은 것을 확인할 수 있는 점, 쟁점법인 결산확정일 전에 청구법인 스스로 청구법인에게 유리한 주식평가를 한 점 등을 감안하면 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 인정하기 어렵다.

① 청구법인이 출자전환으로 취득한 주식의 시가를 낮게 평가하여 대손세액공제를 과도하게 받았다고 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단 (1) 평가기준일(2016.11.17.) 현재 CCC과 BBB의 평가를 비교하면 OOO과 같다. (2) 위 CCC과 BBB의 주식평가액의 차이는 OOO와 같이 상증법상 대여금 평가가액의 차이에서 기인하는데, 그 이유를 살펴보면, CCC은 단기대여금 및 장기대여금에 대해 대손충당금이 설정된 가액은 회수불가능한 것으로 보아 자산의 차감항목으로 인정한 반면, BBB은 대여금에 대한 대손충당금 및 유보금액에 대해 재무제표 기준일 현재 비용으로 확정되지 않았다고 보아 이를 자산의 차감항목으로 인정하지 않았기 때문이고, 이와 관련된 대여금은 AAA에 대한 대여금으로 나타난다. (3) 대여금과 관련한 주요내용은 다음과 같다. (가) 쟁점법인 감사보고서 공시내역 등에 따르면, OOO과 같이 쟁점법인은 2014년 이후 AAA로부터 대여금을 회수한 적이 없고, 2016년 말 기준 AAA에 대한 대여금은 OOO원으로 나타난다. (나) AAA는 OOO와 같이 2013년 이후 계속해서 자본잠식상태였고, 2018년 말 청산중으로, 2018년부터 쟁점법인의 연결재무제표 작성대상에서 제외되었다. (4) 한편, CCC과 BBB이 사용한 재무상태표의 기준일이 다름에 따라, 발생하는 상증법상 순자산가액의 차이를 비교하면 OOO와 같다. (5) 쟁점법인은 2017.5.15. 자사 홈페이지에 OOO과 같이 DDD의 주식평가금액을 이용하지 말 것을 요청하는 내용의 게시물을 등록한 후, 2017.5.31. BBB의 주식평가를 기반으로 ‘회생채권 출자전환 대손세액 공제 설명자료’를 게시하였다. (6) 쟁점법인은 2016.11.11. OOO법원으로부터 회생계획인가결정OOO을 받았고, 회생계획인가결정서의 관련내용은 OOO과 같다. (가) 쟁점법인은 2016.11.11. 법원으로부터 인가받은 회생계획안에 따라 1차 감자(효력발생일: OOO.), 출자전환(효력발생일: OOO.) 및 2차 감자(효력발생일: OOO.)를 연속적으로 실시하였다. (나) 위 회생계획인가결정에 따라 청구법인의 미회수채권 8%OOO 는 현금으로 변제받기로 하였고, 92%OOO는 2차 감자를 거쳐 쟁점법인 주식 OOO로 출자전환되었다. (7) 청구법인의 경정청구 및 이 건 처분내역은 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점법인 주식에 대한 CCC의 평가가 감자 전 주식 수를 기준으로 산정된 것이나, OOO과 같이 감자 후 주식수인 OOO주에 CCC의 1주당 평가액을 곱하여 경정청구를 하였다. (나) 처분청은 이 건 처분시에 OOO와 같이 대손세액공제액을 산정하고, 과소신고(초과환급신고) 가산세 OOO원 및 납부(환급)불성실 가산세 OOO원 합계 OOO원의 가산세를 부과하였다. (8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 평가기준일 현재 쟁점법인 주식 1주당 시가를 OOO원으로 보아야 한다고 주장하나, 부가가치세법제45조 및 법인세법 시행령제19조의2 제1항 제5호에는채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생계획인가의 결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권의 경우, 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다고 규정하고 있다. 또한 부가가치세법 시행령제52조에서 사업자가 특수관계에 있는 자 외의 자와 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 시가로 보도록 규정하고 있으며, 이러한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 법인세법 시행령제89조 제2항의 규정에 의한 가격으로 평가하도록 규정하고 있으므로 출자전환된 주식의 시가로 볼 수 있는 인수가액 등이 있다면 이를 적용하고, 해당 가격이 없거나 시가가 불분명하다면 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액을 시가로 보아 대손세액공제를 적용하는 것이 타당하다 할 것인바OOO, 쟁점법인 주식의 경우 시가로 볼 수 있는 인수가액이 확인되지 아니하는 점, BBB의 주식가치평가 보고서는 평가기준일 현재의 가결산 재무제표가 없어 2016.12.31. 재무상태표를 기준으로 평가되었으나, 평가기준일로부터 가장 근접한 일자의 감사받은 결산자료를 이용한 것으로 보이고, 출자전환으로 인한 채무조정이익과 재병합에 따른 감자차익 등이 반영되었는바, 출자전환으로 취득한 주식의 시가는 회생계획안에 의한 재무구조의 개선 내지 채권의 변제계획 등의 사정을 반영하여 평가하여야 한다고 봄이 타당해 보이는 점OOO 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인에게 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다는 의견이나, 청구법인은 2017.3.31. 쟁점법인의 2016.9.30.자 재무제표를 기준으로 CCC이 평가한 쟁점법인 주식 1주당 가액을 근거로 대손세액공제에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 받아들여 2017.5.10. 당초 부가가치세를 환급하였던 점, 비록쟁점법인이 2017.5.31. 홈페이지에 주식평가보고서를 게시하였으나, 쟁점법인이 청구법인에게 주식평가와 관련한 정보를 통보한 사실은 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구법인에게는 대손세액공제에 대한 부가가치세 신고의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 과소신고가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 보이나, 납부불성실가산세의 경우, 법정납부기한과 납부일과의 사이 기간에 대한 지연이자의 성격이 있고, 적시에 세금을 납부한 납세자들과의 형평의 문제도 있으므로, 처분청이 청구법인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (다) 따라서, 처분청이 청구법인에게 한 이 건 부가가치세 부과처분은 과소신고가산세OOO를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 국세기본법(2016.12.20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 [과소신고·초과환급신고가산세 ] ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 및 농어촌특별세법 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다(단서 생략). 제47조의4 [납부불성실·환급불성실가산세] ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부(중간예납·예정신고납부·중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다(단서 생략).

2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율

⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의2 제2항 또는 제47조의3 제2항에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제48조 [가산세 감면 등] ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2) 부가가치세법 제45조 [대손세액의 공제특례] ① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 "대손금액"이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10 (3) 부가가치세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제62조 [시가의 기준] 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격 제87조 [대손세액 공제의 범위] ① 법 제45조 제1항 본문에서 "파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 사유를 말한다. (4) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제19조의2 [대손금의 손금불산입] ① 법 제19조의2 제1항에서 "채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

5. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권 제89조 [시가의 범위 등] ② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

2. 상증법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상증법 제63조제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상증법 제63조 제2항 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. (5) 상속세 및 증여세법(2016.12.20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것) 제63조 [유가증권 등의 평가] ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

• 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

2. 제1호 외에 국채(國債)ㆍ공채(公債) 등 그 밖의 유가증권의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (6) 상속세 및 증여세법 시행령(2017.2.7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것) 제54조 [비상장주식의 평가] ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

3. 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식등 제55조 [순자산가액의 계산방법] ① 제54조 제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

③ 제1항을 적용할 때 제59조 제2항에 따른 영업권평가액은 해당 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제54조 제4항 제1호ㆍ제3호 또는 제4호에 해당하는 경우 제58조 [국채ㆍ공채 등 그 밖의 유가증권의 평가] ② 대부금ㆍ외상매출금 및 받을 어음등의 채권가액과 입회금ㆍ보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간ㆍ약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다. (7) 상속세 및 증여세법 시행규칙(2019.3.20. 기획재정부령 제719호로 개정되기 전의 것) 제17조의2 [순자산가액의 계산방법] 영 제55조 제2항의 규정에 의한 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가에 있어서 당해 법인의 자산 또는 부채에 차감하거나 가산하는 방법은 다음 각호의 구분에 의한다.

1. 평가기준일 현재 지급받을 권리가 확정된 가액은 이를 자산에 가산하여 계산할 것

2. 선급비용(평가기준일 현재 비용으로 확정된 것에 한한다)과 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목의 규정에 의한 무형고정자산의 가액은 이를 자산에서 차감하여 계산할 것

3. 다음 각목의 가액은 이를 각각 부채에 가산하여 계산할 것

• 가. 평가기준일까지 발생된 소득에 대한 법인세액, 법인세액의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 지방소득세액
• 나. 평가기준일 현재 이익의 처분으로 확정된 배당금ㆍ상여금 및 기타 지급의무가 확정된 금액
• 다. 평가기준일 현재 재직하는 임원 또는 사용인 전원이 퇴직할 경우에 퇴직급여로 지급되어야 할 금액의 추계액

조세특례제한법 및 기타 법률에 의한 제준비금은 이를 각각 부채에서 차감하여 계산할 것. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것은 그러하지 아니하다.

• 가. 충당금중 평가기준일 현재 비용으로 확정된 것