청구법인이 실제로는 쟁점법인으로부터 물품을 매입하였음에도 쟁점법인의 외형을 부풀릴 목적 등 의도적으로 쟁점매입처들과 16개 유형의 순환거래를 한 것으로 나타나고, 이에 대해 쟁점법인의 대표도 쟁점거래가 외형 부풀리기 목적의 순환거래라는 것을 인정한 점
청구법인이 실제로는 쟁점법인으로부터 물품을 매입하였음에도 쟁점법인의 외형을 부풀릴 목적 등 의도적으로 쟁점매입처들과 16개 유형의 순환거래를 한 것으로 나타나고, 이에 대해 쟁점법인의 대표도 쟁점거래가 외형 부풀리기 목적의 순환거래라는 것을 인정한 점
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점매입세금계산서는 쟁점매입처들로부터 실제 부품을 매입하면서 수취한 정상적인 세금계산서이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다. 조사청은 쟁점법인의 대표이사인 AAA의 진술에만 의존하여 쟁점거래를 실제 거래가 아니라고 보았으나, 조사청이 근거로 삼은 쟁점법인의 직원 BBB의 PC에서 나온 파일 등은 AAA과 BBB이 외형 부풀리기를 통해 쟁점법인을 상장시킬 목적으로 임의로 작성한 파일에 불과하다. 쟁점법인은 DDD(주) 등에 반도체 장비 등을 납품하는 업체로서 청구법인 전체 매출의 90% 이상을 차지하는 등 청구법인이 간과할 수 없는 주요 매출처인데, 청구법인이 쟁점매입처들로부터 반도체 장비 부품을 매입한 것은 쟁점법인이 지정하는 법인에서 원재료를 매입하라는 쟁점법인의 지시가 있었기 때문이다. 청구법인은 실제 쟁점매입처들의 대표이사들과 쟁점매입처들 사무실 등에서 공급계약서를 직접 작성하였고, 물품 매입시 거래명세표 및 물품입고증 등을 수취하여 그 물품의 입고사실을 확인하였으며, 물품반입대장에 이를 누적기록하면서 그 입출고를 관리하였다. 한편, 청구법인은 쟁점거래가 실제 거래임을 입증하기 위해 쟁점매입처들이 작성한 차량운행일지, 청구법인이 작성한 입고관리대장, 원자재 매입 및 매출 증빙서류, 계약서 등 전체 증빙서류, 산업통상부 연구과제내역 및 증빙서류 등을 제출하였다. 위장거래를 하는 목적은 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 부가가치세 매입세액을 공제받아 조세를 포탈하기 위함인데, 청구법인이 향후 매입세액 불공제 등으로 부가가치세를 이중으로 부담하는 위험까지 감수하며 그런 거래를 할 이유가 없었다. 청구법인이 쟁점거래를 한 이유는 쟁점법인의 우월적 지위와 지정업체로부터 부품을 공급받아 완제품 설비를 납품할 경우 매출대금을 바로 결제해주고 더 많은 물량을 주겠다는 조건을 제시하여 이를 거부할 수 없었기 때문이며, 쟁점법인이 어떤 의도를 가지고 그렇게 하는지 청구법인으로서는 전혀 알 수 없었다. 이러한 경우 조사청은 쟁점거래의 정상거래 여부를 실지조사하여 확인하였어야 하나 그러하지 아니하였고, 쟁점법인이 임의로 작성한 내부파일(업체간 순환거래 명세)과 그 대표이사 AAA의 진술만으로 이 건 과세를 한 것이며, 청구법인은 공급자가 사실과 다르다고 생각하면서 쟁점매입세금계산서를 수취한 사실이 없고 조세를 포탈한 사실도 없다.
(2) 쟁점거래를 청구법인의 부정행위에 의한 것으로 보아 10년의 부과제척기간과 부정과소신고가산세를 적용한 것은 부당하다. 청구법인은 쟁점매입처들과 계약단계에서 물품입고단계까지 서로 확인하고 관리하였기 때문에 청구법인으로서는 실제 공급자가 쟁점법인이라는 조사청의 조사결과를 인정할 수 없다. 또한, 청구법인은 쟁점매입처들로부터 실제로 부품을 공급받으면서 매입대금을 모두 지급하였고, 쟁점매입처들도 정상적으로 이를 모두 신고‧납부하였으므로 쟁점매입세금계산서를 통해 포탈된 부가가치세는 없다고 할 것이어서, 결국 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 수취한 것이 부정행위에 해당한다고 할 수 없다. 청구법인은 2017년 EEE(주)와의 거래내용과 관련하여 OOO세무서로부터 참고인 조사를 받은 적이 있으며, 당시 쟁점법인이 외형 부풀리기 형태로 거래한다는 사실을 인지하고 그 이후부터는 쟁점법인과 일체 거래를 하지 않았다. 조세심판원 결정례(조심 2021중3056, 2021.10.26.)에서 ‘쟁점거래는 쟁점매입처와 쟁점매출처의 공모로 이루어진 것으로 보이고, 청구법인이 거래를 조작하거나 은폐하는 등의 적극적인 행위를 한 사실이 없고, 청구법인이 쟁점거래의 공모를 통해 얻을 수 있는 경제적 유인이 없으며, 처분청이 제시한 자료만으로는 청구법인이 쟁점매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식도 없었으므로 장기부과제척기간 적용은 잘못’이라고 판단한 바 있다. 또한, 대법원(2009.12.24. 선고 2007두16974 판결)에서도 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담했더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 경우에는 장기부과제척기간(10년)을 적용할 수 없다고 판단한 바 있다.
(3) 2017년 제1기 과세기간에 대해서는 2019년 OOO서장으로부터 이미 조사를 받은 바 있기 때문에 이에 대한 조사청의 조사는 중복조사에 해당한다. 청구법인은 EEE(주)에 대한 OOO세무서 세무조사시 참고인 조사를 받은 후, OOO서장으로부터 2017년 제1기 과세기간에 대하여 위장‧가공거래 혐의로 약 4개월(115일)간 세무조사를 받은 바 있다. 만약, 조사청이 같은 세목, 같은 과세기간인 2017년 제1기에 대한 중복조사를 하려면 국세기본법제81조의4 제2항에서 규정하는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’이어야 하는데, 조사청이 그에 대한 근거로 제시한 자료는 자금횡령과 상장투자사기 등으로 현재 고소된 AAA 등의 진술과 쟁점법인이 임의로 작성한 내부자료 뿐이라서 이를 조세탈루 혐의 인정의 ‘명백한 자료’라고 볼 수 없다.
(1) 쟁점매입세금계산서는 쟁점매입처들과 실물 거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서이므로 그 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다. 조사청은 청구법인 및 쟁점법인 등에 대한 동시 세무조사를 착수하여 쟁점법인의 직원 BBB의 업무용PC에서 각 기간별로 ‘자금순환계획안’, ‘자금순환시나리오’, ‘자금계획안’, ‘자금회전계획’, ‘계산서정리안’이라는 제목의 전산파일을 발견하였으며, 이를 근거로 청구법인이 실제로는 쟁점법인과 실물 거래를 했음에도 매입세금계산서는 쟁점매입처들로부터 수취하는 등 각 기간별로 총 16개 유형의 순환거래가 이루어졌다고 보아 쟁점거래를 사실과 다른 위장거래로 판단한 것이다. 또한, 청구법인의 대표이사 CCC과 쟁점법인의 대표 AAA 및 직원 BBB이 주고받은 이메일을 보면, ‘가라(가짜) 세금계산서’, ‘아래의 시나리오로 계산서 정리’, ‘업체별 매입․매출 부분의 밸런스를 맞추고자 함’ 등 실제 거래라면 사용하지 않을 용어들을 사용하고 있는 것으로 볼 때, 쟁점법인이 주도한 순환거래(일명 뺑뺑이 거래)에 대하여 청구법인도 이미 내용을 인지하고 있었음을 알 수 있으며, 쟁점법인의 대표 AAA도 범칙혐의 심문조서 작성시 같은 내용으로 이를 진술한 바 있다. 게다가, 쟁점법인의 대표 AAA이 청구법인에 보낸 이메일을 보면, 세금계산서 금액을 쟁점법인의 필요에 따라 조정하도록 지시하는 등 정상적인 거래라고 볼 수 없는 정황들이 그 이메일을 통해 확인되는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구법인이 쟁점거래가 순환거래에 해당한다는 사실을 알고 있었으므로, 쟁점매입세금계산서가 쟁점매입처들과의 실제 거래를 통해 정상적으로 수취한 세금계산서라는 청구주장은 신빙성이 없다할 것이다.
(2) 사실과 다른 세금계산서를 수취한 청구법인의 행위는 부정행위에 해당하므로 10년의 부과제척기간과 부정과소신고가산세를 적용하는 것은 타당하다. 사실과 다른 세금계산서를 수수함으로써 위장가공거래에 대한 결제 증빙이나 계약서 등을 실제 거래인 것처럼 조작하는 행위는 과세관청의 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위에 해당하는바(OOO고등법원 2014.8.20. 선고 2013누54023 판결, 참조), 쟁점법인 주도하의 순환거래에 청구법인이 가담한 사실 등이 나타나 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 없는 이상, 청구법인의 행위는 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 부정행위라 할 것이므로, 10년의 부과제척기간과 부정과소신고가산세를 적용한 이 건 과세처분은 정당하다.
(3) 조사청이 국세기본법제81조의4 제2항 제7호 등에 따라 청구법인의 2017년 제1기 과세기간에 대하여 재조사한 것은 적법하다. 조사청이 청구법인을 포함한 쟁점법인 외 4개 업체에 대한 동시세무조사 과정에서 쟁점법인의 사무실에서 발견한 대표이사 AAA의 이메일 백업자료 및 직원 BBB의 업무용PC에서 발견한 순환거래 관련 파일, 청구법인의 사무실에서 확보한 직원 DDD, EEE의 이메일 자료들을 확보하였고, 조사청은 그 자료들이 조세범 처벌법제10조에 해당하는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당된다고 판단하여, 2017년 제1기 과세기간에 대한 조사범위확대를 위해 조세범칙조사심의위원회의 심의를 요청하였고 그 결과 조세범칙행위의 혐의가 인정되어 조사범위확대가 승인되는 등, 국세기본법제81조의4 제2항 제7호 및 같은 법 시행령 제63조의2 제4호에 따라 세무조사를 다시 할 수 있는 경우의 요건을 충족하였으므로 2017년 제1기 과세기간에 대한 조사청의 조사가 중복조사라고 할 수는 없다.
① 쟁점거래가 실물을 수반한 실제 거래라는 청구주장의 당부
② 청구법인의 행위를 부정행위로 보아 10년의 부과제척기간 및 부정과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분의 당부
③ 2017년 제1기 과세기간에 대한 조사청의 세무조사는 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. 제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.
1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간[ 국제조세조정에 관한 법률 제2조제1항제1호 에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다)에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년간]. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 법인세법 제67조 에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(국제거래에서 발생한 부정행위로 법인세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받아 법인세법 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세의 경우에는 15년간)으로 한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법 및 종합부동산세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.
1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액
2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.
② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.
1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다. (2) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다. 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제6호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우
2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우
3. 조세범 처벌절차법 제2조 제1호 에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 조세범 처벌절차법 제5조 제1항 제1호 에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. (3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작
6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작
7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위 제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받아야 할 자가 통정하여 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받은 행위
③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.
1. 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위
(4) 조세범 처벌절차법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “조세범칙행위”란 조세범 처벌법 제3조 부터 제16조까지의 죄에 해당하는 위반행위를 말한다.
(1) 청구법인이 제출한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점매출세금계산서가 실제 거래에 의한 것이라고 주장하며, 출고 품목의 사진과 쟁점매출처들과 체결한 물품공급계약서, 각 일자별 거래명세표, 전자세금계산서, 금융거래내역 등을 제출하였는데, 각 서류별 거래일자와 거래금액 등이 세금계산서의 내용과 일치하는 것으로 보인다. (나) 청구법인은 2015년 제2기부터 2017년 제2기까지 수취한 쟁점매입세금계산서가 실제 거래에 의한 것이라고 주장하며, 입고 품목(Ar Port, 수냉관 및 단관, 공압 시스템 등)의 사진과 쟁점매출처들과 체결한 물품공급계약서, 각 일자별 거래명세표, 전자세금계산서, 금융거래내역, 쟁점매입법인들이 작성한 차량운행일지(업무일지 포함), 입고관리대장, 물품인수증 등을 제출하였는데, 각 서류별 거래일자와 거래금액 등이 세금계산서의 내용과 대부분 일치하는 것으로 보인다. (다) EEE(주)는 이 건 순환거래와 관련하여 쟁점법인과 그 대표 AAA을 고소하였는데, 그 고소장에는 이 건 심리와 관련하여 아래와 같은 내용이 나타난다. ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 2017년 제1기에 대한 부가가치세 조사가 2019년에 이미 이루어져 조사청의 조사가 중복조사에 해당한다고 주장하며, 당시 조사 과정에서 청구법인 대표이사의 진술에 근거하여 작성된 심문조서를 제출하였는데, 그 심문조서상 이 건 심리와 관련하여 아래와 같은 내용이 나타난다. ㅇㅇㅇ (마) ‘거래기본계약서’에 의하면, 청구법인은 2016.1.4. 등에 쟁점법인과 매월 일정량의 ‘반도체용 실리콘 단결정 잉곳’ 등을 공급하는 내용으로 거래계약을 체결한 것으로 확인된다.
(2) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청은 청구법인에 대한 부가가치세 조사 과정에서 2021.11.23. 청구법인의 대표 CCC의 진술을 근거로 아래와 같은 심문조서를 작성하였다. ㅇㅇㅇ (나) 조사청은 청구법인에 대한 부가가치세 조사 과정에서 2021.11.22. 쟁점법인의 대표 AAA의 진술을 근거로 아래와 같은 심문조서를 작성하였다. ㅇㅇㅇ (다) 조사청이 제시한 자료에 의하면, 쟁점법인에 대한 청구법인의 매출액은 아래 <표3>과 같이 확인되며, 조사청은 이 건 조사시 쟁점법인에 대한 매출은 모두 정상거래로 확정하였다. <표3> 쟁점법인에 대한 청구법인의 매출액 ㅇㅇㅇ (라) 조사청이 쟁점법인 등에 대한 조사과정에서 확보한 쟁점거래의 순환거래 혐의 관련 이메일 송수신 내용은 아래와 같다. [2015.9.1. CCC → AAA, BBB] ㅇㅇㅇ [2015.10.30. CCC → AAA, BBB] ㅇㅇㅇ [2015.10.30. AAA → CCC, BBB] ㅇㅇㅇ [청구법인의 직원간 이메일(DDD → EEE)] ㅇㅇㅇ (마) 조사청은 2021.10.21. OOO지방국세청 조세범칙조사심의위원회의 심의[결정사유: 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 발견(동시조사 중 순환거래 관련 파일 발견)]를 거쳐 아래 <표4>와 같이 조사범위를 확대한 것으로 확인된다. <표4> 조사청의 조사범위 확대 내용 ㅇㅇㅇ
(3) 청구법인은 쟁점거래가 실물 거래를 수반한 실제 거래라는 취지로 아래와 같이 항변하였다. (가) 쟁점거래를 가공거래로 보아 부인하려면 청구법인이 제출한 일체의 증빙자료(업체별 작업내역, 증빙서류, 장부 등)가 조작되었음을 조사청이 증거자료를 제시하면서 입증하여야 한다. (나) 청구법인이 제출한 쟁점매입처들의 차량운행일지, 입고관리대장, 원자재 매입 및 매출증빙자료, 2015～2017년 계약서 등 전체 증빙서류, 산업통상자원부 연구과제내역 및 증빙자료 등은 쟁점거래가 실지거래임을 입증하는 자료이다. (다) 조사청이 부인한 쟁점거래 중에는 청구법인이 산업통상자원부 연구과제를 수행하는 과정에서 매입한 원재료 매입거래도 포함되어 있는데, 청구법인이 국가기관과의 연구과제용역 서류를 조작하여 허위로 과제용역을 수행하고, 소속직원에게 구매하지도 않을 부품소재를 구매기안서에 품목과 작업도면을 작성하여 허위로 결재 받게 할 이유가 전혀 없다. (라) 따라서, 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있는 것이고, 과세관청으로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 상황을 토대로 세금계산서의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래가 실물 거래를 수반한 실제 거래라고 주장하나, 조사청은 쟁점거래에 대한 내부분석을 토대로 쟁점법인과 그 거래처들에 대한 예치조사를 실시하였는데, 그 당시 쟁점법인의 내부PC에서 쟁점거래가 순환거래임을 확인할 수 있는 전산파일을 확보하였던바, 그 전산파일에 의하면 청구법인이 실제로는 쟁점법인으로부터 물품을 매입하였음에도 쟁점법인의 외형을 부풀릴 목적 등 의도적으로 쟁점매입처들과 16개 유형의 순환거래를 한 것으로 나타나고, 이에 대해 쟁점법인의 대표 AAA도 쟁점거래가 외형 부풀리기 목적의 순환거래라는 것을 인정한 점, 쟁점법인의 내부 전산파일과 그 진위에 대한 쟁점법인 대표의 진술 등이 확보되어 쟁점거래가 순환거래임을 합리적으로 의심해 볼 수 있는 상황이 되었음에도 청구법인은 여전히 기존에 작성된 일련의 거래증빙만을 제시하며 쟁점거래가 실제 거래라고 주장하고 있는바, 청구법인이 제출한 세금계산서, 거래명세표, 금융거래내역 등의 입증자료는 순환거래의 특성상 당연히 일련의 거래증빙으로 일치되도록 한 것이므로 그것만으로 쟁점거래를 실제 거래로 보기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점매입처들과 순환거래를 해야만 하는 필요성 등이 충분히 설명되었다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점거래가 실제 거래라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(5) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래를 통해 결과적으로 탈루된 조세가 없으므로 이를 부정행위로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인과 쟁점법인의 대표가 주고받은 이메일 등을 보면 청구법인은 이미 쟁점거래가 실물의 이동과 세금계산서의 흐름이 다른 비정상적인 거래라는 것을 인지했던 것으로 보이는바, 청구법인은 이러한 거래로 인해 국가의 조세수입이 감소될 가능성이 있다는 사전적 인식이 있는 상태에서 그 거래의 작출에 적극적으로 가담한 것으로 보이는 점, 나아가, 국세기본법제26조의2 제1항 제1호에서 부정행위로 국세를 환급‧공제받은 경우에는 10년의 부과제척기간을 적용하도록 규정하고 있는데, 납세자가 매입세금계산서를 수취하여 이를 신고하면 당연히 매입세액 공제로 귀결된다는 점을 감안하면, 순환거래의 특성상 설령 청구법인이 이를 통해 직접적으로 조세 탈루의 결과를 초래한 것은 아니라 할지라도, 부정행위를 통해 매입세금계산서를 수취하고 관련 매입세액을 공제받은 이상 장기 부과제척기간을 적용하는 것이 세금계산서 거래질서 유지를 위한 취지에서 타당해 보이는 점 등에 비추어 쟁점거래에 대하여 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(6) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 2017년 제1기 과세기간에 대한 조사청의 세무조사가 중복조사라고 주장하나, 2019년에 이루어진 OOO서장의 부가가치세 조사 당시에는 쟁점거래를 순환거래로 확정할 만한 내부자료나 관련인들의 진술 등이 없었고, 이는 2021년 조사청의 예치조사 당시에서야 확보되었으며, 조사청은 그 확보된 자료를 토대로 2017년 제1기 과세기간까지 조사범위를 확대하는 내용을 조세범칙심의위원회에 회부하여 그 의결을 거쳤던바, 조사청이 예치한 자료는 2019년 OOO서장의 조사 당시에는 없었던 새로운 자료로서 거래의 왜곡 등 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료에 해당하는 것으로 보이고, 이는 국세기본법제81조의4 제2항 제6호 등에서 정하는 세무조사를 다시 할 수 있는 경우에 해당하는 것으로 보이는 점 등에 비추어 2021년에 실시한 조사청의 세무조사가 위법한 중복조사에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(7) 결국, 처분청이 쟁점매출세금계산서 및 쟁점매입세금계산서를 모두 사실과 다른 세금계산서라고 보아 10년의 부과제척기간과 부정과소신고가산세를 적용하여 청구법인에게 법인세 및 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.