쟁점사업은 청구법인이 사우디에 스마트 원자로를 건설하기 전 설계용역과 관련 교육훈련용역을 사우디에너지원에 제공한 용역의 수출로 보이므로 처분청이 이를 공동연구개발사업으로 보아 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 쟁점매입세액을 불공제하는 등 하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
쟁점사업은 청구법인이 사우디에 스마트 원자로를 건설하기 전 설계용역과 관련 교육훈련용역을 사우디에너지원에 제공한 용역의 수출로 보이므로 처분청이 이를 공동연구개발사업으로 보아 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 쟁점매입세액을 불공제하는 등 하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
[주 문] OOO서장이 2021.7.7., 2021.12.6., 2021.12.7. 청구법인에게 <별지>의 기재와 같이 한 2016년 제1기∼2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 각 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) (쟁점① 관련) 쟁점사업은 청구법인이 15년 동안 개발한 OOO의 설계용역 및 관련 교육·훈련을 OOO에 제공한 용역의 수출사업에 해당한다. (가) 쟁점사업은 OOO에 OOO를 건설하기에 앞서 OOO가 건설될 특정 부지의 기후, 지형 등 특수성을 반영한 건설 전 설계용역(PPE)을 제공하고, 예비안정성분석 보고서 등 인·허가 문서를 작성하는 것을 요체로 한다. (나) 청구법인은 2012년 7월 OOO로부터 OOO에 대한 표준설계인가를 획득하여 관련 기술력을 인정받은 바 있다. 다만, 표준설계인가 대상이 되는 표준설계는 OOO이 건설되는 부지의 특성과 관련된 설비 부분을 제외한 나머지 플랜트 설계에 한정되기 때문에 개별 OOO을 건설하기 위해서는 OOO 사업부지의 고유한 특성을 반영하는 추가 설계작업이 필요하고, 청구법인이 수행한 쟁점사업이 바로 그러한 사업이다. 즉 쟁점사업은 종래에 없었던 기술을 새롭게 연구하고 개발하는 연구개발사업이 아니라 이미 기술개발이 전부 완료된 OOO를 건설하기 위해 대상부지에 맞도록 추가 설계작업을 하고 건설허가를 받기 위한 각종 인·허가 서류를 준비하는 용역의 수출사업에 해당한다. (다) 쟁점사업 이후 기술성숙도(TRL)가 향상되었다는 진술은 쟁점사업이 용역의 공급임을 부정하는 근거가 될 수 없다. 기술성숙도는 최종 제품 생산을 위한 실패위험을 측정하는 연구자의 주관적인 판단을 전제로 하는 지표이며, 기존의 기술연구결과를 응용·활용해 용역을 공급하는 과정에서 노하우가 축적되는 것만으로도 기술성숙도는 향상되는 것이다. (라) 쟁점사업의 결과물에 비추어 보더라도 쟁점사업이 용역의 수출사업임을 확인할 수 있다. OOO의 경우 OOO과 관련한 법규 등 규제체계가 설립되어 있지 않아 쟁점사업의 경우 우리나라의OOO안전법을 기준으로 진행되었고, 사업결과 예비안정성분석보고서, 해체계획서, 사고관리계획서 등OOO안전법상 OOO의 건설허가를 신청할 때 제출하는 핵심서류들이 준비되었다. 이와 같이 OOO(이하 “OOO”이라 한다)의 건설허가를 위한 서류들을 생성하는 것을 목적으로 하는 사업을 연구개발사업이라고 볼 수는 없다. (마) OOO의 인력에 대한 교육·훈련은 OOO 수출시 함께 이루어지는 기술이전으로 이를 공동연구개발의 지표로 볼 수는 없다. OOO 및 전투기 등 국가 단위의 전략기술을 수입하는 경우 수입국에서는 교육훈련 등 기술이전을 요구할 수밖에 없고, 요구하는 것이 통상적이다. 우리나라도 오래 전 OOO과 OOO 등 OOO 선진국들로부터 OOO를 수입하면서 교육훈련 등 기술이전을 받았고, 이를 토대로 오랜 연구개발 끝에 전 세계에서 손꼽히는 OOO 기술을 보유하게 된 것이다.
1. OOO 역시 OOO를 수입함에 있어 자국 기술자들에 대한 교육훈련을 수입조건의 하나로 제시하였고, 이에 청구법인은 과거 OOO으로부터 OOO을 수입하면서 받았던 현지 교육과정을 벤치마킹하여 OOO 인력 43명에 대해 OOO공학 기본교육(3개월) 및 OOO 설계 기본교육(3개월), 직무훈련교육(OJT, 12개월), 직무훈련교육 수료 후 OOO 설계과정에 참여하여 설계문서 및 도면을 생산하는 현장직무참여교육(OJP, 12개월) 등 수준 높은 OOO 계통설계의 교육과정을 제공하였다.
2. 조사청은 현장직무참여교육 단계에서 OOO 연구원들이 쟁점사업에 관한 설계문서/도면을 일부 생성하였다는 이유로 청구법인과 OOO 간의 공동연구개발이 있었다는 입장인 것으로 이해되나, 이는 현장직무 참여교육이 OOO을 수출하는 과정에서 통상적으로 이루어지는 교육과정의 일환임을 간과한 것이다. 쟁점사업에서 생산한 약 9,000여건의 설계문서/도면 중 교육과정의 일환으로 OOO 연구원들이 생산에 참여한 서류는 약 200건으로 약 2.2%에 불과하며, 설계문서/도면은 ‘작성 → 검토 → 확인 → 승인’을 거쳐 완성되는데 OOO 연구원들은 극히 일부 서류에 대한 작성만 참여했을 뿐 검토, 확인, 승인의 과정은 청구법인 직원이 수행하였다. 교육과정에서의 제한적인 활동을 두고 공동연구개발을 인정할 수 없는 것이다. (바) 조사청이 문제로 삼는 사정들을 이유로 용역의 공급을 공동연구개발로 볼 수는 없다. 조사청은 쟁점협약 상 양국이 쟁점사업을 공동으로 수행하는 것으로 되어 있고, 계약조건을 보더라도 쟁점사업의 사업비 일부를 청구법인이 분담하고(OOO), 쟁점사업의 결과물(지적재산권)을 청구법인과 OOO이 공동으로 소유하는 점을 근거로 쟁점사업이 공동연구개발이라고 주장하고 있다. 하지만 이는 다음과 같은 점에서 타당하지 않다.
1. OOO는 청구법인과 어떠한 공동연구개발을 수행할 역량자체를 가지고 있지 않다.청구법인은 OOO를 1997년부터 개발하여 2012년 7월 세계 최초로 중소형 일체형 OOO에 대한 표준설계인가를 받는 등 세계적으로 손꼽히는 고도의 기술을 보유하고 있는 반면, OOO는 국가 전체를 통틀어 OOO을 단 1기도 보유하고 있지 않고, 관련 인·허가 제도조차 제대로 도입하지 못한 OOO의 불모지이다. 그렇기 때문에 OOO의 인력에 대한 교육·훈련도 OOO의 수입조건으로 요구한 것이다. 이와 같이 공동연구개발을 할 수 있는 기술자체를 OOO이 보유하지 못한 이상 청구법인과 OOO이 공동연구개발을 하였다는 조사청의 주장은 타당하지 않다.
2. OOO 측이 공동연구개발을 진행할 역량이 없었다는 점은 OOO 인력들의 학력에서도 드러난다. 쟁점사업을 수행한 청구법인의 연구인력은 80% 가량이 관련 전공 박사학위 취득자인 것과 달리, OOO 교육인력은 대부분이 학부 졸업생들이다. 청구법인은 쟁점사업의 수행 과정에서 ‘OOO 공학’에 대한 이론교육부터 ‘설계도면 작성 방법’까지 2년에 걸친 기초교육을 진행한 뒤 교육내용의 실습차원에서 설계도면 작성에 참여하도록 하였다. 이는 청구법인이 1986년 OOO으로부터 받은 교육훈련을 벤치마킹한 것으로, 교육훈련의 일환으로 진행된 설계도면 작성이 청구법인과의 공동연구개발이라고 볼 수는 없다.
3. 쟁점협약 상 사업비의 일부를 한국이 분담한 것은 외교적인 고려 때문이다. 쟁점협약 상 청구법인과 OOO이 쟁점사업을 함께 수행하도록 되어 있고, 더 나아가 청구법인도 쟁점사업과 관련한 비용의 일부를 분담하는 형태로 쟁점협약이 체결된 것은 OOO의 외교적인 요구사항에 따른 조치이다. OOO는 한국과 OOO 양국이 형식적으로나마 대등한 위치에서 함께 OOO사업을 추진하고자 하는 목적이 있었고, 한국의 경우 그와 같은 형식과 무관하게 소형OOO의 경쟁이 점차 치열해지는 상황에서 표준설계인가를 앞서 획득한 OOO를 성공적으로 수출·건설함으로써 관련 시장을 선점하고자 하는 목적이 있었다. 이와 같은 양국의 이해관계에 따라 한국은 형식적인 부분에서는 OOO의 요구를 수용하되, 실질적으로는 OOO를 수출하는 형태로 쟁점협약을 구성한 것이다.
4. OOO 측에 대한 외교적 예우의 차원에서 형식과 실질에 차이가 존재하였다는 점은 2019.12.31.자로 개소한 한국-OOO 간 ‘공동연구센터’라는 명칭에서도 알 수 있다. ‘공동연구센터’를 위해 한국에 방문한 OOO 측 연구인력 11명은 모두 쟁점사업 과정에서 청구법인으로부터 기초교육훈련을 이수한 인원들이다. 그중 2명은 OOO 대학원에 진학하기 위한 목적으로 방한하여 2021년 8월 비로소 OOO공학 석사학위를 취득하였다. 이와 같이 한국-OOO 간 ‘공동연구센터’는 그 본질이 OOO 측 연구인력들의 교육·훈련 과정의 연장선이다.
5. 이외에도 처분청이 제시하는 증거들 가운데 상당수는 작성된 맥락을 고려하지 않고 파편적으로 제시된 것으로 오해의 소지가 있다. 예컨대, 처분청은 청구법인이 “SMART 고도화 공동개발사업”이라는 문언을 사용한 것을 두고 청구법인이 쟁점사업을 연구개발사업으로 인식했다고 주장하나, 이는 연구자들이 정부 출연금 지출 계획에 대한 정부 보고 시에 관행적으로 ‘고도화’라는 용어를 활용해왔기 때문이다. 쟁점사업의 대표 사업명은 “SMART 건설 전 설계사업”이며, 청구법인이 쟁점사업을 ‘연구개발’로 인식하였다고 볼 수 없다.
6. 또한국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 거래는 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 판단해야 한다. 따라서 쟁점사업의 실질이 OOO가 건설될 OOO 사업장의 특수성을 반영하여 설계용역을 진행하고, 관련 인·허가 서류를 준비하며, OOO 2개 호기를 설치하기에 앞서 OOO 인력을 교육·훈련하는 등 용역의 공급인 이상 일부 형식적인 측면만을 근거로 하여 이를부가가치세법상 비과세사업으로 볼 수는 없다.
(2) (쟁점② 관련) 쟁점사업을 연구개발사업으로 보더라도 청구법인이 단독으로 쟁점사업을 수행하였으므로 쟁점매입세액 중 OOO의 분담비율(약 77%) 상당액은 공제되어야 한다. (가) 사업자들(A, B) 간 연구개발비용을 공동으로 부담하고 그 결과물(기술)을 공동으로 소유하더라도, 연구개발을 양측이 공동으로 한 것이 아니라 한쪽 당사자(A)만이 수행하고, 그에 따라 상대방 당사자(B)가 개발비용만 부담하고 개발결과물에 대한 권리를 취득하는 경우 상대방 당사자가 지출한 개발비용에 대해서는 용역의 공급에 대한 대가에 해당한다(서면3팀-2134, 2005.11.25., 부가46015-105, 2001.1.15., 부가46015-2400, 1996.11.13.). (나) 처분청은 OOO 연구원들이 쟁점사업에 관한 일부 설계문서 생성에 참여하였다는 이유로 연구개발을 양측이 공동으로 한 것이라고 주장하나, 이는 앞서 주장한 바와 같이 청구법인이 과거 OOO에서 받은 교육과정을 벤치마킹하여 교육을 제공한 것에 불과하다. (다) 따라서 쟁점사업이 설령 연구개발의 성격을 가지더라도, OOO 측은 연구개발에참여하지 아니하고, 단지 연구개발비용(사업비)만 부담하고 그 결과물에 관한 권리만을 취득하기 때문에 OOO 측이 부담하고 청구법인이 수취한 금액은 용역의 공급에 해당하고, OOO이 부담하는 분담비율(약 77%)만큼은 용역사업으로 인정하여 매입세액 공제를 허용하여야 한다. 그럼에도 불구하고 처분청은 쟁점사업 전체가 공동연구개발이 되어 청구법인이 지출한 비용 전체가 불공제되어야 한다는 입장인바, 이는 쟁점사업의 실질을 도외시하는 부당한 처분이다.
(3) (쟁점③ 관련) 쟁점사업을 연구개발사업으로 보더라도 쟁점매입세액 중 청구법인의 분담비율에 대한 매입세액은 조세심판원 선결정례에 따라 당연히 공제되어야 한다. (가) 조세심판원은 2014.1.28. 청구법인이 표준설계인가를 취득하기 전 OOO의 개발사업과 관련하여 지출한 매입세액이 향후 수취할 수익(과세사업)에 관한 것으로서 매입세액 공제대상이라는 청구이유로 경정거부처분에 불복한 사례에서 ① 청구법인이 OOO 사업으로 향후 수취할 기술료 수익은 부가가치세 과세사업에 해당하고, ② 부가가치세 매입세액은 반드시 같은 과세기간 내에 매출세액이 발생하여야만 공제되는 것이 아니므로 매입세액이 공제되어야 한다고 판단하였다(OOO). 마찬가지로 쟁점사업을 연구개발사업으로 보더라도 쟁점매입세액 중 한국의 분담비율 부분은 향후 청구법인이 수취할 수익(과세사업)에 관한 것으로서 매입세액 공제대상이 되어야 한다. (나) 처분청은 사실관계가 달라져서 조세심판원 선결정례가 변경되어야 한다는 의견이나, 그에 대한 구체적인 이유를 제시하지 못하고 있다. 쟁점사업의 기술이 완성 상태에 이르지 못하였고 수출가능한 상황이 아니라는 주장은 과거의 것과 동일한 것이고, 청구법인의 기술발전단계 및 표준설계인가의 의미를 잘못 해석한 것이다. 실제로 최근 청구법인의 경쟁사인 OOO은 우리나라의 표준설계인증에 해당하는 설계인증만을 받고 OOO를 건설한 경험이 없는 상태임에도 OOO 수출에 성공하고 있다. 또한 최근 OOO에서 개발이 완료된 소형OOO을 도입하기 위해 청구법인이 개발 완료한 OOO에 적극적인 관심을 표명하여 주지사가 8월말에 방한하여 과학기술정보통신부 및 청구법인과 OOO 도입에 대한 협력방안을 논의하였고, 10월에는 청구법인의 직원들이 OOO를 방문하여 OOO 수출을 설명한 바 있다.
(4) (쟁점④ 관련) 경정청구 인용 후 과세관청이 재추징하는 경우 가산세 부과를 면제할 정당한 사유가 인정되어야 한다. (가) 세법상 가산세는 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과하는 행정상의 제재이므로 납세의무자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 그리고 대법원과 조세심판원, 국세청 모두 경정청구가 인용되어 세액이 환급되었다가 추후 다시 추징되는 경우 가산세 부과는 위법하다는 입장이다. 청구법인은 쟁점사업이 부가가치세 과세사업(외화획득용역)이라는 이유로 경정청구를 진행하여 과세관청의 인용결정을 받아 관련 비용에 대한 매입세액을 공제하였으므로 부가가치세 미신고·납부에 대한 귀책사유를 지우기 어려운 정당한 사유가 있는 것이다. (나) 처분청은 청구법인이 쟁점사업의 계약서를 고의적으로 미제출하여 과세관청이 영세율 매출로 오인했을 가능성이 높고, 처분청에 납부불성실가산세의 귀책사유를 전가시키려는 의도가 있다는 의견이나, 청구법인은 비밀유지의무를 이유로 계약서만 제출하지 않았을 뿐, 처분청이 이 사건 처분을 함에 있어 과세의 근거로 삼고 있는 주요 자료들을 경정청구 당시에 전부 제출하였다.
(1) (쟁점① 관련) 쟁점사업은 한국(정부 및 민간)과 OOO가 공동투자하여 진행된 공동연구개발사업으로 부가가치세 비과세사업에 해당되고, 청구법인이 OOO에 용역을 공급한 것으로 볼 수 없으므로 매입세액 불공제대상이다. (가) 쟁점사업은 용역의 수출사업이 아닌 OOO의 고도화를 위한 공동개발사업이고, 청구법인이 OOO으로부터 약정에 따라 수령한 공동개발 분담금은 공동출자금으로 용역의 공급으로 받은 대가에 해당하지 않는다.
1. 청구법인은 쟁점사업이 OOO의 설계용역 및 관련 교육·훈련을 제공한 수출사업으로 종래에 없던 기술을 새롭게 연구하고 개발하는 연구개발사업이 아니라 이미 기술개발이 전부 완료된 OOO를 건설하기 위해 대상부지에 맞도록 추가 설계작업을 하고, 건설허가를 받기 위한 각종 인·허가 서류를 준비하는 용역의 수출사업에 해당하며, OOO의 인력에 대한 교육·훈련은 OOO 수출시 함께 이루어지는 기술이전이므로 이를 공동연구개발의 지표로 볼 수 없다고 주장하고 있다. 하지만 쟁점사업은 양국 상호간의 장기적인 다단계 협력의 사전프로젝트로 청구법인은 쟁점사업의 공식계약 내용을 부인하고 있는 것이다.
2. 청구법인이 제시한 쟁점사업과 관련한 OOO의 핵증기공급계통 노심설계 상호협력프로그램에서는 OOO 단계를 다음과 같이 정의하고 있다.
1. 청구법인이 2015.12.23. 작성한 ‘2016년도 사업계획 및 예산(안)’ 최종본의 OOO고도화 공동개발사업의 신규협약 예정과제에 따른 자금조달 부분을 보면, 정부수탁사업이 OOO원(정부투자 50% → 65.7%, 민간투자 50% → 33.3% 향후 조정됨)을 부담하고, 민간수탁사업(OOO 측)이 OOO원을 부담하는 것으로 하여 과제로 선정되었는바, 이는 분담금액만큼 공동으로 투자하여 쟁점사업을 진행한 사실이 확인되는 것이다.
2. 청구법인이 제출한 쟁점사업의 협약서 및 양해각서(MOU)에 따르면 청구법인 주장처럼 용역의 공급대가로 표시하지 않았고, 분담금(각 당사자가 이 협약에 따라 PPE단계에서 분담할 의무가 있는 금액을 의미)과 출연금액(PPE단계 동안에 각 당사자에게 의무적으로 부과된 출연금액), 총투자금액으로 정의를 하고 있다.
3. 쟁점사업은 청구법인, 민간투자기업, OOO이 공동으로 분담금을 출자하여 연구개발하는 사업으로 부가가치세 과세대상인 용역거래로 볼 수 없다. 즉 두 개 이상의 법인이 공동으로 연구개발을 함에 있어 소요비용을 공동부담하고 개발결과물을 공동소유하는 계약을 체결하는 경우 양 법인 간에는 부가가치세 과세대상인 재화·용역의 공급이 발생하지 않는 것이다. 기획재정부의 예규(부가가치세과-402, 2014.6.2.)상 약정을 체결하여, 비용을 분담하고, 개발결과물을 공동으로 소유하는 경우에 해당하는 경우에는 공동기술개발에 해당한다고 한 바, 청구법인과 OOO이 체결한 쟁점사업의 협약은 세가지 요건에 해당하므로 공동기술개발이라 할 수 있다.
4. 사업자가 자기의 과세사업(예컨대, 제품의 생산·판매)을 위하여 연구개발을 하는 경우 내부활동에 불과한 연구개발에 대해서는 부가가치세를 과세하지 않으며, 전체적인 내부활동이 완료되어 최종적으로 창출한 부가가치세 총체로서 재화 등이 외부 판매되는 때에 비로소 과세하는 것으로 두 법인이 공동으로 연구개발을 수행하기로 약정하여 행하는 공동연구개발의 경우 각 법인의 입장에서는 스스로 자기 사업을 위하여 행하는 내부적인 부가가치 창출과정에 불과할 뿐, 창출된 부가가치를 외부에 판매하는 용역의 공급에 해당되지 않는다. 법인간의 공동행위는 반드시 고용관계에 있는 인력 또는 유형자산의 투입 없이도 충분히 가능한 것이고, 이러한 관점에서 두 법인이 공동기술개발을 하는 경우 어느 한 법인이 인력·시설 등 내부비용을 전액 또는 비용분담비율을 초과하여 선부담하고 정산하는 경우 용역의 공급에 해당하지 아니하는 것이며, 조세심판원의 선결정례(국심 2005부3918, 2006.8.10.)에서도 공동조직의 업무를 수행하는 직원의 소속이 어느 한 법인에 있는 경우라도 두 법인 간에 부가가치세 과세대상인 용역거래가 없는 것으로 판단하고 있다.
5. 청구법인이 제공하고 있는 일반적인 민간수탁용역의 경우에는 아래 <표1>과 같이 쟁점사업과는 달리 실시결과물의 소유권이 용역제공을 의뢰한 민간기업에 귀속되고 있다. 일반적인 민간수탁용역계약은 수임인이 계약의 목적을 달성하지 못할 경우 위임인이 그 대가를 회수하거나 지급하지 않는데 쟁점협약에는 OOO의 귀책사유가 아닌 경우에도 OOO이 이미 부담한 분담금을 회수할 수 있는 규정이 확인되지 않는다. 이처럼 분담금을 두 기업이 나누어 부담하고 부담한 분담금이 회수방법이 존재하지 않는 등 통상적인 용역계약과는 그 형태가 매우 다르다. <표1> 청구법인의 다른 민간수탁용역 계약서 ◯◯◯ 청구법인의 주장대로 용역의 수출에 해당하기 위해서는 해당용역의 결과물을 OOO이 단독 소유하여야 하나 청구법인과 공동소유하 고 있는 점을 보더라도 쟁점사업이 용역의 수출에 해당한다고 보기 어렵다.
6. 청구인은 1990년대 중반부터 OOO를 개발하여 왔으나 해당 OOO는 현재까지 1기도 건설된 적이 없어 실증단계를 거치지 못하였고(OOO 건설을 위해서는 실증단계가 필수적임), 세계시장에서도 중소형 OOO의 개발에 박차를 가하여 중소형 OOO 시장을 선점하기 위한 노력들이 활발히 진행되고 있는 상황이다. OOO 기술을 도입하고자 하는 OOO와 OOO를 실제 건설함으로서 OOO기술의 실증을 필요로 하는 청구법인의 이해관계가 맞아떨어진 것으로서 결론적으로 공동연구개발의 일환으로 수행된 쟁점사업은 청구법인이나 OOO의 입장에서는 각자 자기 사업을 위한 내부적인 부가가치 창출과정에 불과하므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하며 이에 따라 쟁점사업의 매입세액은 불공제하는 것이다.
7. 청구법인이 발행한 ‘2016년도 사업계획 및 예산(안)’ 86페이지 하단에 민간수탁연구 수행현장 계획을 살펴보면 신규과제명은 ‘스마트 고도화를 위한 공동개발사업’으로 표시가 되어 있고, 사업비는 114,000백만원(연구기간 2016.1.1.∼2018.12.31. 추후 2019.2.28.까지 연장)으로 기재되어 있는 것에서 보듯이 청구법인도 쟁점사업을 공동개발사업으로 인식한 것이다.
8. 청구법인은 OOO가 청구법인과 공동연구개발을 수행할 역량이 없다고 주장하나, OOO에서는 발탁된 엔지니어 연구인력(석·박사) 40여명과 금전을 출자하였고 청구법인은 기존 보유하고 있던 OOO 기술 및 연구 인력을 출자하여 쟁점사업의 설계 및 도면, 예비분석보고서 작성 등의 공동연구개발을 3년간 수행하였다. 또한 파트너십 구축 및 교육훈련을 위한 OOO 핵증기공급계통의 노심설계 상호협력 프로그램 조항의 자금조달 및 지불 방법에서는 PPE단계의 연구개발 비용으로 기재되어 있고, 연구개발비라고 명시가 되어 있다. 또한 청구법인이 제출한 OOO의 기술 지적재산권 및 품질보증 협약을 보면 청구법인의 기여는 금전적 기여(OOO)와 기술 리더십, 프로그램 관리, 기술직원 등을 기여할 것으로 예상한다고 기재되어 있고, OOO의 기여는 기술직원 및 금전적 기여(OOO)를 할 것으로 예상된다고 기재되어 있다. 청구법인과 OOO 간 지적재산권 협약 제2조에서도 PPE의 연구비용이라고 기재되어 있다. 이처럼 쟁점사업의 협약서에서도 연구개발 또는 연구비용이라고 기재되어 있는 부분이 다수 나타나는 등 쟁점사업은 청구법인과 OOO 등이 공동으로 수행한 공동연구개발에 해당하는 것으로 청구법인이 용역을 공급한 것으로 볼 수 없다.
9. 청구법인은 쟁점사업이 끝난 이후 연결되는 후속사업으로 2018.12.27. OOO과 공동으로 쟁점사업의 결과를 활용하여 국내 인허가기관으로부터 OOO 표준 설계인가를 받기 위한 사업(이하 “OOO”이라 한다)을 추진하기로 하는 공동추진협약을 체결하였는데 주요 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 공동추진협약서의 주요 내용 ◯◯◯
10. 청구법인은 국세청에 쟁점사업의 후속사업인 OOO과 관련하여 OOO으로부터 분담금을 받는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부를 사전질의하였고, 국세청은 2019.8.28. 청구법인이 받은 분담금은 용역의 공급으로 받은 대가에 해당되지 아니하여 부가가치세 과세대상이 아니라고 회신한 사실이 있다.
11. 쟁점사업 역시 공동추진협약으로 체결되었고, 해당사업에 소요되는 비용을 공동부담 하였으며(OOO), 개발결과물을 공동으로 소유하였다(OOO는 OOO에 지분비율 50:50으로 등록). 따라서 쟁점사업과 관련하여 청구법인이 OOO으로부터 수령한 분담금은 용역의 공급으로 받은 대가에 해당하지 않는 것이다.
12. 청구법인은 일반적인 용역계약을 체결할 시 내부 인력을 경력에 따라 기술사, 특급기술자, 고급기술자 등으로 구분하여 엔지니어링 기술자 노임단가를 측정한다. 측정한 노임단가를 기준으로 직접인건비를 산정하고 여기에 직접인건비의 110%∼120%를 가산하여 제 경비를 산정한 후 직접인건비와 제경비의 합에 20%∼35%를 가산하여 기술료를 산정하는데 산정한 기술료가 청구법인의 이익으로 계상되는 구조이다. 하지만 쟁점사업과 관련하여 청구법인이 조사청에 제출한 감사보고서에는 분담한 출자금을 사용한 내역만 있고 이윤(마진)은 나타나지 않는다.
13. 현재 OOO의 수출은 성사여부가 불투명하다. 청구법인이 쟁점사업과 관련하여 실제 수익인 로열티 수익은 OOO에 OOO의 OOO을 건설할 경우 수익을 얻을 수 있다. 한국정부는 2020년 1월 OOO에 OOO건설을 추진하기 위한 현지법인을 설립한다고 밝혔지만 이후 1년이 지나도록 합작법인 설립조차 못하고 있는 상태이다. 2019년 2월 쟁점사업이 종결되었지만 2021년 7월 현재까지도 사업방향에 대해 불투명한 상황이다. 이처럼 OOO의 건설여부가 불투명한 상태이고, 쟁점사업 단독으로는 사업비 사용명세서의 내역과 같이 이윤을 낼 수 없는 구조이다.
(2) (쟁점② 관련) 청구법인은 쟁점매입세액 중 OOO의 분담비율에 대한 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 영세율매출 거래대금이 아닌 공동투자금액 중 OOO의 분담금이므로 매입세액공제대상이 아니다. 청구법인은 쟁점사업 전체를 부가가치세 과세대상으로 볼 수 없다고 하더라도 쟁점사업비 중 OOO 측이 부담한 금액비율(OOO)만큼은 청구법인이 OOO에 영세율로 수출한 것(용역의 공급)이므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하나, 쟁점사업 전체가 OOO의 고도화를 위해 청구법인과 OOO 측이 공동연구개발사업을 한 것으로 청구법인이 연구개발을 단독으로 수행한 것이 아니고, 청구법인이 주관기관으로서의 공동투자업무를 수행한 것이므로 OOO 측 분담금은 영세율 매출거래 대금이 아닌 공동투자금액 중 OOO의 분담금이므로 청구법인의 주장은 동의할 수 없다.
(3) (쟁점③ 관련) 쟁점매입세액 중 청구법인의 분담비율에 대한 매입세액은 불공제 대상이다. (가) 쟁점사업이 청구법인과 OOO 간 쟁점협약에 따라 부가가치세가 과세되지 아니하는 OOO의 고도화를 위한 공동연구개발사업으로 청구법인이 부담한 사업비라 하여 이를 부가가치세 과세대상 사업으로 보아 관련 매입세액을 공제해야 한다는 청구법인의 주장에 동의할 수 없다. (나) 청구법인이 제시한 조세심판원 선결정례(조심 2013전0556, 2014.1.28.)는 세무조사가 아닌 서면으로 판단한 경정청구 거부통지로 인해 조세심판 결정당시 상황과 청구법인의 쟁점사업 소속 연구원과 오랜 인터뷰와 세무조사 기간 동안 청구법인의 사업계획 예산안, 내부전표 등 증거자료를 확보한 결과 세무조사를 마친 현재의 상황과 비교하여 사실관계가 많이 달라져 있고, 조세심판원 선결정례가 재해석될 필요성이 있다고 판단된다. (다) 쟁점사업의 기술료 수익은 OOO가 OOO수주를 해야만 가능한 것이고, 쟁점사업은 실증도 거치지 않았으며, 상용화도 안 된 상태의 연구개발단계로 OOO수주는 쟁점사업이 끝나고 3년이 지났음(심판결정일로부터 8년이 지남)에도 OOO수주가 매우 불투명하고, 기약이 없는 상황이다. OOO은 성능과 안전성을 인정받아도 실제 건설 모델이 없으면 사실상 수출이 불가능하다. 청구법인도 국내에 OOO에 대한 실증로(SMART-P)를 건설하고자 하였지만 결국 건설하지 못하였다. (라) OOO 수출에서 가장 중요한 부분은 해당 OOO이 실제 완공되어 검증되었느냐 여부이다. 청구법인이 개발한 OOO은 어디에도 실증로 조차 건설된 적이 없고, 가동된 적도 없어 실제 운영시 안전성이 입증된 모델이 아니다. OOO 도입과 관련하여 실제 건설된 적도 없고, 안전성을 입증하지 못한 OOO을 OOO에 건설한다는 것은 어불성설이다. 입증이 되지 않은 OOO은 청구법인의 주장처럼 언제라도 수출 가능한 상황이 아니다. (마) OOO은 앞서 언급하였듯이 상용화 단계에 이르지 못하고 경제성과 안전성 등을 고도화하면서 계속적으로 개발단계에 있으며, OOO을 수출하기 위해서는 내수 모델을 건설하고 운영한 뒤 안전성 및 경제성 등이 입증되면 수출 모델이 건설되는 것이 일반적이다. OOO 시장에서 중요한 문제인 안전성을 확인하기 위해서는 건설된 OOO이 제대로 가동하는 지를 확인해야하기 때문이다. (바) 청구법인이 제시한 선결정례의 핵심쟁점은 기술료 수익에 대한 과·면세여부를 판단한 사항으로 조세심판원의 선결정례(조심 2013전0556, 2014.1.28.)는 단순히 기존의 학술연구나 기술연구결과를 응용 또는 이용하는 용역으로 보았을 때 적용 가능한 것이지만, 쟁점사업은 OOO를 고도화하기 위한 공동개발사업으로 단순히 기존의 학술연구나 기술연구결과를 응용 또는 이용하는 용역으로 보는 것은 적절치 않으며, 현재의 상황대로 OOO수주 추진이 지지부진하면 기술료 창출은 실현 불가능한 일로 보이고, 현재의 시점에서 청구사건에 동일하게 적용될 수 있는 사안은 아니라고 판단되며, 쟁점사업은 현재까지도 표준설계인가를 획득하지도 못하였다.
(4) (쟁점④ 관련) 경정청구 시 고의로 쟁점사업의 협약서를 제출하지 않고 영세율 매출로 오인하게 하는 등 납세자에게 귀책사유가 있으므로 가산세를 면제할 정당한 사유가 없다. (가) 경정청구를 인용하였다가 추징하는 경우 납세자에게 무조건 정당한 사유가 있는 것은 아니며, 귀책에 따라 사실판단 할 사항으로 경정청구를 신뢰하여 환급받았다가 가산세를 면제할 정당한 사유가 없는 경우 가산세가 추징된 판례(서울고등법원 2014.12.19. 선고 2014누46357 판결 등)들도 있다. (나) 경정청구 시 환급받을 목적으로 비밀유지 조항과 국가 간 계약인 이유를 들어 향후 OOO 수출에 차질을 줄 수 있다는 이유로 영세율 매출여부에 대한 판단의 핵심계약서인 쟁점사업의 협약서를 의도적으로 제출하지 않아 영세율 거래로 오인하게 하는 등 청구법인에게는 정당한 사유가 없다. (다) 청구법인은 2018.1.8. 2012년 1기 예정∼2016년 2기 확정 부가가치세 과세기간에 대해 총 OOO원을 경정청구 하였는데 청구법인은 담당공무원에게 관련 자료를 제출하는 과정에서 쟁점사업과 관련한 매입세액에 대하여 경정청구를 하면서도 비밀유지 조항을 근거로 제대로 된 쟁점사업의 협약서를 고의적으로 제출하지 않았다. 1) 조사청이 세무조사 시 쟁점사업의 협약서 제출을 요구하자 OOO의 승인을 받아야만 협약서를 제출할 수 있다고 하며 협약서를 제출하지 않다가 조사기간이 끝날 즈음 원본(영문)을 제출(OOO에 승인을 받지 않고 제출한 것으로 판단되어 변명에 불과한 것으로 보임)한 점 등으로 보았을 때 성실하게 자료제출을 하지 않았으며, 환급을 받을 목적으로 고의로 자료제출을 하지 않은 것으로 판단된다. 2) 쟁점사업은 고도의 OOO 전문 기술에 대한 이해가 선행되어야 하고, OOO의 특성상 고도의 보안이 유지되는 점으로 인해 정보의 접근가능성이 떨어지고 쟁점사업을 이해하지 못하면 신고나 경정청구 검토를 통해 짧은 시간 동안 문제점을 밝히는 것은 쉽지 않은 관계로 쟁점사업의 협약서에 대한 충분한 검토와 연구원들과의 오랜 인터뷰가 있지 않다면 경정청구 및 신고서 등 서면검토 시 청구법인이 제출한 자료만으로는 영세율 매출로 오인할 가능성이 클 수밖에 없었을 것이다. (라) 2017년 1기∼2기 부가가치세 신고 시 계약서를 제출하지 않아도 환급이 되는지 살펴본 후, 2018년 경정청구를 통해 2016년 1기∼2기의 부가가치세를 환급받은 사실이 확인되고, 납부불성실가산세의 귀책사유를 처분청에 전가시키려는 의도가 있는 등 납부불성실가산세 부과는 정당하다. 1) 청구법인은 쟁점사업과 관련한 경정청구 인용결정일인 2018.3.7. 이전, 2017년 1기 예정∼2017년 2기 확정 과세기간의 부가가치세를 신고함에 있어 매입세액의 공제가능 여부를 자체적으로 판단하고 관련 매입세액을 공제받을 매입세액으로 신고하였다. 2) 관할세무서 담당공무원이 작성한 2017년 2기 예정 환급검토조사서를 보면 청구법인이 쟁점사업과 관련한 매입세액을 공제받을 매입세액으로 신고하여 환급세액이 발생하였고, 쟁점사업에 대한 증빙으로는 협약서 5조 대금결제에 관한 부분과(영문으로 제출) OOO으로부터 수취한 외화입금증만을 제출하였다.
3. 이 처럼 쟁점사업의 협약서를 제출하지 않고도 환급결정이 되자 청구법인은 이후 2018.1.8. 경정청구를 실시하게 된 것으로 판단된다. 청구법인은 경정청구 인용결정일 이전에 이 사건 부가가치세 상당을 매입세액으로 공제하여 2017년 1기 예정∼2017년 2기 확정 과세기간의 부가가치세를 신고한 사실이 있고, 이는 쟁점사업과 관련한 거래를 부가가치세 매입세액 공제대상으로 잘못 판단한데 기인한 것으로서 법령의 부지나 오해가 있었던 것에 불과할 뿐, 청구법인에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수는 없다(대법원 2013.
5.
23. 선고 2013두1829 판결 등 참조).
① 쟁점사업이 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는 연구개발사업인지 아니면 과세대상인 OOO에 대한 용역의 공급인지 여부
② 쟁점사업을 연구개발사업으로 보더라도 청구법인이 단독으로 쟁점사업을 수행하였으므로 쟁점매입세액 중 OOO의 분담비율 상당액은 공제되어야 한다는 청구주장의 당부
③ 쟁점사업을 연구개발사업으로 보더라도 쟁점사업으로 인하여 청구법인이 향후 수취할 수익이 부가가치세 과세사업으로 인한 것이므로 쟁점매입세액은 청구주장의 당부
④ 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.
1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.
2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
15. 저술가·작곡가나 그 밖의 자가 직업상 제공하는 인적(人的) 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액
7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 (2) 부가가치세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26983호로 개정된 것) 제42조(저술가 등이 직업상 제공하는 인적 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조 제1항 제15호에 따른 인적(人的) 용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다.
2. 개인, 법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적 용역
(4) 국세기본법(2015.12.15. 법률 제13552호로 개정된 것) 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 2015년 3월 OOO와 OOO은 OOO협력프로그램(OOO 및 공동OOO OOO) 양해각서(MOU)를 맺었고, 주요내용 및 세부내용은 아래 <표3>·<표4>와 같다. <표3> 양해각서의 주요내용 ◯◯◯ <표4> 양해각서의 세부내용 ◯◯◯
2. 양해각서의 1단계로 2015.9.2. 청구법인과 OOO은 OOO 내 OOO 첫 호기 건설을 위한 건설 전 설계 협약인 쟁점협약을 체결하였고, 주요내용은 <표5>와 같다. <표5> 쟁점협약의 주요내용 ◯◯◯ (나) 쟁점사업과 관련한 지적재산권(IP, Intellectual Property rights)에 관한 쟁점협약의 주요내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 쟁점사업과 관련한 지적재산권에 관한 주요내용 ◯◯◯ (다) 쟁점사업과 관련한 자금조달 및 지불방법에 관한 쟁점협약의 주요내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점사업과 관련한 자금조달 및 지불방법에 관한 주요내용 ◯◯◯ (라) 청구법인의 전표처리내역은 아래 <표8>과 같다. <표8> 청구법인의 전표처리 내역 ◯◯◯ (마) 쟁점사업 중단 시 단계별 OOO의 소유권 배분비율 내역은 아래 <표9>와 같다. <표9> OOO의 소유권 배분비율 내역 ◯◯◯ (바) 표준설계인가를 받은 OOO을 건설하기 위한 인·허가 절차는 아래 <표10>과 같다. <표10> 표준설계 OOO의 인·허가 절차 ◯◯◯ (사) 청구법인이 쟁점사업의 결과물로 생산한 건설 인·허가 문서는 아래 <표11>의 붉은색 박스와 같다. <표11>OOO안전법 시행규칙제4조 제1항 별지 제1호 ◯◯◯ (아) 청구법인이 제출한 ‘OOO수출 특성과 경쟁력 제고방안’이라는 제목의 보고서(OOO연구원이 2019년 1월 작성) 내용 일부와 OOO수출의 해외사례는 아래 <표12>·<표13>과 같다. <표12> ‘OOO수출 특성과 경쟁력 제고방안’ 보고서 내용 일부 ◯◯◯ <표13> OOO 수출관련 해외사례 ◯◯◯ (자) 아래 <표14>·<표15>의 쟁점사업의 총괄 책임연구원인 강부장의 문답서(2021.4.28.) 등을 보면 청구법인의 기술성숙도(TRL) 수치가 쟁점사업 이후 5∼6단계에서 7단계로 기술향상이 있었다는 취지로 진술한 것으로 나타난다. <표14> 총괄 책임연구원인 강 부장의 문답서 내용 일부 ◯◯◯ <표15> OOO 책임연구원 인터뷰 내용 일부 ◯◯◯ (차) 청구법인이 2015.12.23. 작성한 2016년도 사업계획 및 예산(안)과 우리나라 민간업체가 부담하는 투자(출자금) 내역은 아래 <표16>·<표17>과 같다. <표16> 2016년도 사업계획 및 예산(안) 내용 일부 ◯◯◯ <표17> 우리나라 민간업체가 부담하는 투자(출자금) 내역 ◯◯◯ (카) 아래 <표18>의 쟁점사업의 총괄 사업계획서를 보면 과제명으로 OOO 건설 전 설계사업이라고 기재되어 있다. <표18> 쟁점사업의 총괄 사업계획서 ◯◯◯ (타) 쟁점사업의 사업비 사용명세서는 아래 <표19>와 같고, 아래 <표20>의 사업보고서에 따르면 집행잔액이 OOO원이 남아있는 것으로 나타난다. <표19> 쟁점사업의 사업비 사용명세서 ◯◯◯ <표20> 쟁점사업의 사업보고서 ◯◯◯
(2) 쟁점②와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인의 연구인력과 OOO의 교육인력에 대한 학력을 비교하면 아래 <표21>과 같고, OOO 인력의 교육과정은 아래 <표22>와 같다. <표21> 청구법인 연구인력과 OOO 교육인력의 학력 비교◯◯◯ <표22> OOO 인력의 교육과정 ◯◯◯ (나) 처분청은 OOO의 인력이 3년간 한국에 상주하며 OOO와 관련한 계통설계 교육훈련을 수행한 후, 설계문서 및 도면생산 등에 공동 참여하였다며 아래 <표23>의 OOO 소속 엔지니어가 예비안정성 분석보고서 작성에 참여한 문서를 제출하였다. <표23> OOO 소속 엔지니어 참여 문서 ◯◯◯ (다) 아래 <표24>의 기사와 같이 청구법인과 OOO는 2019.9.18. OOO 공동연구센터를 설립하였는데, 공동연구센터의 OOO 측 연구인력은 총 11명이고, 이 중 2명은 OOO대학원에 진학하여 2021년 8월 OOO공학 석사학위를 취득한 것으로 나타난다. <표24> OOO 공동연구센터 설립 기사 ◯◯◯
(3) 쟁점③과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 제시하는 조세심판원 선결정례(조심 2013전556, 2014.1.28.)의 내용 일부는 아래 <표25>와 같다. <표25> 조세심판원 선결정례의 내용 일부 ◯◯◯ (나) 처분청은 OOO은 설계인증을 받아도 실제 건설 모델이 없으면 사실상 수출이 불가능하고 쟁점사업이 끝나고 3년이 지났음(심판결정일로부터 8년이 지남)에도 OOO수주가 매우 불투명하고 기약이 없는 상황이라면서 아래 <표26>과 같은 기사를 제출하였다. <표26> 처분청이 제출한 언론기사 ◯◯◯ (다) 청구법인은 표준설계인증을 받는 경우 실제 건설모델이 없더라도 수출이 얼마든지 가능하고, OOO의 OOO 사업자인 OOO도 설계인증만을 받은 상태로 OOO, OOO, OOO에 대한 기술 수출을 이룬 바 있으며, 청구법인도 현재 OOO에 대한 OOO의 수출 협상을 진행 중이라면서 아래 <표27>·<표28>과 같은 자료를 제출하였다. <표27> 청구법인이 제출한 언론기사 ◯◯◯ <표28> 청구법인이 제출한 보도자료 ◯◯◯
(4) 쟁점④와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2016년 제1기∼제2기 부가가치세를 신고·납부하였다가 쟁점사업이 부가가치세 과세사업(외화획득용역)에 해당한다는 이유로 2018.1.8. 쟁점사업의 협약서 등을 제출함이 없이 위 과세기간에 대한 부가가치세 매입세액 공제를 구하는 경정청구를 하였고, 이후 처분청으로부터 경정청구 인용 결정을 받아 관련 부가가치세를 환급받은 것으로 나타난다. (나) 청구법인이 아래 <표29>의 쟁점협약서 상 비밀유지 조항으로 인해 경정청구 시 쟁점사업의 협약서 등을 처분청에 제출하지 않은 것으로 나타나고, 청구법인은 같은 조항을 근거로 국회의원실의 자료요청을 거부하였다며 아래 <표30>의 답변내용을 제출하였다. <표29> 쟁점사업 협약서 제7조(기밀사항) ◯◯◯ <표30> 국회의원실 자료요청 답변(2016년 6월) ◯◯◯ (다) 청구법인이 경정청구 시 제출하였다는 정부 보도자료는 아래 <표31>과 같다. <표31> 청구법인이 경정청구 시 제출하였다는 정부 보도자료 ◯◯◯ (라) 청구법인에 대한 부가가치세 부과처분과 관련하여 2016년 제1기∼2019년 제1기 과세기간의 가산세 세부내역은 아래 <표32>와 같다. <표32> 부가가치세 가산세 세부내역 ◯◯◯
(5) 청구법인은 조세심판관회의에서 쟁점사업의 업무분장(공정표) 및 쟁점사업관련 비용 집행내역, 쟁점매입세액의 주요 구성내역을 아래 <표33>·<표34>·<표35>와 같이 제출하였다. <표33> 쟁점사업의 업무분장(공정표) ◯◯◯ <표34> 쟁점사업관련 비용 집행내역 ◯◯◯ <표35> 쟁점매입세액의 주요 구성내역 ◯◯◯
(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점사업이 부가가치세 비과세사업인 공동연구개발사업이고, 용역의 공급으로 보더라도부가가치세법제26조 제1항 및 같은 법 시행령 제42조 제2호 나목의 학술·기술연구용역에 해당하는 면세용역이라는 의견이나, 쟁점사업의 기초가 되는 양해각서(MOU) 및 쟁점협약의 내용에는 쟁점사업이 OOO의 건설 및 상용화의 사전단계로 청구법인과 OOO이 공동으로 투자하고 공동으로 과업을 수행하며 개발결과물 및 그에 대한 지적재산권을 공동소유하는 것으로 기재되어 있으나, 실제 쟁점사업의 업무분장(공정표)에는 단계별 업무수행자에 OOO은 없고, 청구법인과 OOO기술 및 OOO 등의 OOO 관련 기관들만 기재되어 있으며, 청구법인의 담당공정에 OOO에 대한 인력양성 교육훈련이 있는 점, 청구법인의 연구인력과 OOO의 교육인력의 학력을 비교하면, 박사급이 청구법인이 191명 중 152명(79.6%)인데 반해, OOO은 44명 중 1명(2.3%)으로 OOO의 교육인력 대부분은 OOO공학 분야에 대한 전문지식이 없는 것으로 보이는 점, 쟁점사업에서 생산한 약 9,000여건의 설계문서/도면 중 OOO의 연구원들이 생산에 참여한 서류는 약 200건(2.2%)에 불과하고, 2019.12.31.자로 개소한 한국-OOO 간 ‘공동연구센터’ 또한 청구법인이 쟁점사업 과정에서 직접 교육을 했던 연구인력을 위한 교육훈련의 연장선에 불과한 것으로 보이는 등 양측 간 공동연구개발 자체가 성립될 수 없어 보이는 점, 청구법인은 이미 2012년 7월에 OOO로부터 OOO에 대한 표준설계인가를 획득하였고, 쟁점사업과 관련한 비용집행 내역과 쟁점매입세액의 주요 구성내역을 보면 사업비용 대부분이 청구법인의 인건비와 OOO 및 OOO 등 OOO 전문기업들에 대한 설계용역비로 지출된 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 ‘OOO수출 특성과 경쟁력 제고방안’이라는 제목의 보고서와 OOO 수출관련 해외사례 등을 볼 때, 청구법인이 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등의 연구용역을 제공하였다기 보다는 청구법인이 이미 개발한 기술을 OOO에 이전하여 주고 그 대가를 받은 것에 불과해 보이므로 쟁점사업을 부가가치세법 시행령제42조 제2호 나목 및 같은 법 시행규칙 제32조에 따른 부가가치세 면제대상이라고 보기는 어렵고, 쟁점협약 상 청구법인과 OOO이 공동으로 사업을 진행하도록 하고, 사업비 일부를 한국에서 분담한 것 등은 OOO시장의 관행과 외교적인 고려 때문이었다는 청구주장이 일리가 있어 보이는 점, 용역의 공급에 대한 대가를 반드시 그 수혜자가 부담하여야 하는 것은 아니고 제3자가 이를 부담하는 경우에도 그 대가관계를 얼마든지 인정할 수 있는 점(OOO), 청구법인이 쟁점사업 협약서의 비밀유지 조항으로 국회의원실의 자료요청 답변도 거부하는 등 고의로 쟁점사업의 협약서 등을 처분청에 제출하지 않았다고 볼 수 없고, 청구법인이 경정청구 당시 제출한 내용은 세무조사 시 파악한 사실관계와 달라 보이지 않는 점 등에 비추어, 쟁점사업은 청구법인이 OOO에 OOO를 건설하기 전 설계용역과 관련 교육훈련용역을 OOO에 제공한 용역의 수출로 보이므로 처분청이 이를 공동연구개발사업으로 보아 부가가치세 과세대상이 아닌 것으로 쟁점매입세액을 불공제하는 등 하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②·③·④는 쟁점①이 인용됨에 따라 별도로 심리할 실익이 없으므로 생략한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 청구법인에 대한 경정·고지내역 ◯◯◯
결정 내용은 붙임과 같습니다.