청구인은 국세기본법 제13조 제1항 제1호에 정하고 있는 “주무관청의 허가또는인가를 받아 설립되거나 법령에 의해 주무관청에 등록한 사단‧재단‧그밖의단체에 미해당하는 점, 쟁점토지는 2019.10.29. 양도되었으나 청구인은 2021.12.2. 같은 조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 점, 소득세법 제2조 제3항에서 법인 아닌 단체는 1거주자 또는 1비거주자로 보아 같은 법을 적용하도록 규정되어 있는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점토지를 양도함에 있어 처분청이 청구인을 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(3) 처분청은 쟁점토지의 소유자를 1거주자로 보아 이 건 양도소득세를 부과하였음에도 2021.8.5. 송달받은 납세고지서를 살펴보면 납세자의 성명은 교회명으로, 주민등록번호는 331-54-00***로 기재되어 있어 납세고지서 상 중요사항의 흠결이 있어 무효인 부과처분에 해당한다.
(1) 청구인은 2002.10.21. 최초 사업자등록 신청 당시 개인으로 보는 단체 고유번호(301-89-*)를 부여받은 사실 외에 ‘법인으로 보는 단체’로 신청한 내역은 없었고, 이 건 부과처분에 대한 이의신청 기각 후 2021.12.2. 처분청에 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 신청을 하여 승인을 받았다. 비록 청구인이 OOO으로부터 부동산 등기용 등록번호를 부여 받았고, 처분청에 사업자등록신청을 하여 개인으로 납세자 번호를 부여받은 점은 인정되나, 이러한 사실만으로는 관할 세무서장으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다고 볼 수는 없다 할 것이므로 처분청이 청구인을소득세법상의 납세의무자인 1거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다(광주고등법원 2016.10.13. 선고 2016누3788 판결, 서울행정법원 2017.9.21. 선고 2017구합53804 판결, 참조).
(2) 또한 청구인이 제출한 증빙자료 중 2017년부터 2020년까지 일부 연도의 총재정 결산보고서를 통해서는 최초 손익발생일의 기점이 확인되지 않고, 설사 청구인은 법인으로 본다 하더라도 법인세법 시행령제4조 제1항에서 ‘법인으로 보는 단체’의 최초 사업연도 개시일을 승인일로 규정하고 있는바, 2021.12.2.을 청구인의 최초 사업연도 개시일로 보았을 때, 해당 양도소득은 최초 사업연도 종료일로부터 소급하여 1년을 초과하는 기간의 범위 내에 있으므로 법인세법 제6조 및 같은 법 시행령 제4조 제2항에 위배 되어 법인세로 부과될 수 없다.
(3) 또한 청구인은 OOO로부터 설립 허가된 재단법인에 소속되어 있다는 증빙 서류를 제출하였으나, 청구인이 제출한 재무상태표만으로는 손익의 귀속이 불분명하여 소속된 재단법인과 경제적, 실질적인 일체를 이루었다고 보기 힘들뿐더러, 청구인은 국세기본법 제13조 제1항 규정에 의한 주무관청에 등록된 사단 재단·기타 단체가 아니어서 법인에 해당하지 않고, 국세기본법제13조 및 같은 법 시행령 제8조의 규정에 따라 재단법인인 종교단체와 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 주무관청 허가를 받아 세법 적용상 재단이 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것인바, 청구인을 개인으로 보고 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다(조심 2010서739, 2010.7.21., 참조).
(4) 쟁점토지는 특정 개인의 소유가 아니라 교회의 소유재산으로서 동 교회에서 사용하였으므로 청구인에게 부과한 양도소득세를 취소해야 한다는 주장 역시 쟁점토지의 최초 취득 당시 성도들이 모금한 헌금 내역 또는 동 교회의 회계장부 내역 등 구체적인 자금 출처가 확인되지 않는바, 쟁점토지가 교회 소유의 재산인지 불분명하다.
청구인은 사실상 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 보아야 하고, 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용한 후 양도하였으므로 양도차익을 비과세하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 쟁점토지에 대한 양도소득세 기한후 신고 및 결정 내역은 다음<표1>과 같다. <표1> 쟁점토지에 대한 양도소득세 기한후 신고 및 결정내역 ㅇㅇㅇ
(2) 쟁점토지의 부동산 등기사항전부증명서상의 소유주 변경 내역은 위 <그림2>와 같다.
(3) 청구인은 2002.10.21. 처분청에 상호를 OOO로, 개업일을 1999.9.6.로 하여 사업자등록 신청하여 고유번호증(301-89-*)을 발급받은 사실이 확인된다.
(4) 국세청 통합전산망 자료에 따르면 쟁점토지 양도일(2019.10.29.) 현재 청구인은국세기본법제13조 제1항 제1호에 정하고 있는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나, 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체에 해당하지 아니하고, 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 법인으로 보는 단체로 관할세무서장에게 신청하여 승인을 받은 사실은 없었으나, 이 건 부과처분과 관련한 이의신청이 기각된 이후인 2021.12.2. 처분청에 ‘법인으로 보는 단체’ 승인 신청을 하여 고유번호증(102-82-*)을 받은 사실이 확인된다.
(5) 쟁점토지의 항공사진과 로드뷰는 다음 <그림4>, <그림5>와 같고, 이에 따르면 쟁점토지는 주차장으로 이용된 것으로 보여진다. <그림4> 쟁점토지의 항공사진(OOO) ㅇㅇㅇ <그림5> 쟁점토지의 로드뷰(OOO, 2018년 5월) ㅇㅇㅇ
(6) 청구인은 청구인이 국세기본법 제13조 에 따른 법인으로 보는 단체에 해당한다며 부동산등기용등록번호 부여신청서 사본, 취득세 및 재산세 과세내역, OOO 운영 정관, 총회소속증명서, 법인설립허가증, 제직회의 결의서, 연도별 총재정 결산보고서 및 대출금 상환내역서를 제출하였다. (가) 부동산등기용 등록번호 신청으로 ‘33154-00***’ 번호를 부여받았고, 해당번호로 쟁점토지의 소유권을 이전하였으며, 양도소득세 고지서도 등기용 등록번호로 고지되었다. <그림6> 부동산등기용 등록번호 부여신청서 ㅇㅇㅇ <그림7> 부동산등기용 등록번호 등록증명서 ㅇㅇㅇ (나) 청구인이 제출한 취득세 영수증 및 2006년 ～ 2016년도 토지 정기과세내역서는 위 <그림3>과 같고, 재산세 내역은 ‘OOO원’으로 표기되어 있는 것으로 확인된다. (다) 청구인은 OOO를 아래 정관에 따라 운영하였다고 하면서 2002년 및 2009년에 작성된 ‘OOO 운영 정관’을 제출하였고, 그 운영과 관련한 주요 내용(제1장, 제2장, 제9장 발췌)은 다음 <그림8>과 같다. <그림8> OOO 운영 정관의 주요 내용 ㅇㅇㅇ (라) 청구인이 제출한 총회 소속 증명서는 위 <그림1>과 같고, 법인설립허가증은 다음 <그림9>와 같다. <그림9> 법인설립허가증 ㅇㅇㅇ (마) 청구인은 OOO의 주요 결정은 모두 제직회의를 거쳐 진행한다고 주장하면서 다음 <그림10>같이 제직회의 결의서를 제출하였다. <그림10> 제직회의 결의서 ㅇㅇㅇ (바) 청구인은 교회와 관련한 대금은 항상 결산보고를 하였다며 2017년부터 2021년도의 월별 총재정 결산보고서를 제출하였다. <그림11> 총재정 결산보고서(2017년, 예시) ㅇㅇㅇ (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 사실상 법인으로 보는 단체에 해당하는 것으로 보아야 하고, 쟁점토지를 3년 이상 고유목적사업에 사용한 후 양도하였으므로 양도차익을 비과세하여야 한다고 주장하나, 청구인은 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에 정하고 있는 “주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나, 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체”에 해당하지 아니하는 점, 쟁점토지는 2019.10.29. 양도되었으나, 청구인은 2021.12.2.국세기본법제13조 제2항에 따라 법인으로 보는 단체로 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 점, 소득세법제2조 제3항에서 법인 아닌 단체는 1거주자 내지 1비거주자로 보아 소득세법을 적용하도록 규정되어 있는 점 등에 비추어 청구인이 쟁점토지를 양도함에 있어 처분청이 청구인을 1거주자로 보아 2019년 귀속 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법 제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인(법인세법 제2조 제1호 에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것
2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것
② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.
1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것
2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것
3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것
③ 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체는 그 신청에 대하여 관할 세무서장의 승인을 받은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간이 끝난 날부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 소득세법에 따른 거주자 또는 비거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다. (2) 국세기본법 시행령 제8조(법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등) ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인(법인세법 제2조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 “법인 아닌 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.)
3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소
6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정
② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.
③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제12조 제2항 에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 법인세법 제111조 에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체가 법 제13조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 되었을 때에는 관할 세무서장은 지체 없이 그 승인을 취소하여야 한다. (3) 소득세법 제2조(납세의무) ③ 국세기본법 제13조 제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 1거주자로, 그 밖의 경우에는 1비거주자로 보아 이 법을 적용한다.
(4) 법인세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “내국법인”이란 본점, 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소가 국내에 있는 법인을 말한다.
2. “비영리내국법인”이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득
③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 제6조(사업연도) ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.
② 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 내국법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조제1항에 따른 법인 설립신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장(제12조에 따른 세무서장을 말한다. 이하 같다)에게 사업연도를 신고하여야 한다.
③ 제94조에 따른 국내사업장(이하 “국내사업장”이라 한다)이 있는 외국법인으로서 법령이나 정관 등에 사업연도에 관한 규정이 없는 법인은 따로 사업연도를 정하여 제109조제2항에 따른 국내사업장 설치신고 또는 제111조에 따른 사업자등록과 함께 납세지 관할 세무서장에게 사업연도를 신고하여야 한다.
④ 국내사업장이 없는 외국법인으로서 제93조제3호 또는 제7호에 따른 소득이 있는 법인은 따로 사업연도를 정하여 그 소득이 최초로 발생하게 된 날부터 1개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 사업연도를 신고하여야 한다.
⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 신고를 하여야 할 법인이 그 신고를 하지 아니하는 경우에는 매년 1월 1일부터 12월 31일까지를 그 법인의 사업연도로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 법인의 최초 사업연도의 개시일 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (5) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ② 법 제4조 제3항 제5호 단서에서 “대통령령으로 정하는 수입”이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(국가균형발전 특별법 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. 제4조(사업연도의 개시일) ①법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.
1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제2조제2호다목에 따른 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 경우에는 다음 각 목의 날로 한다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.
(6) 지방세법(2006.12.30., 법률 제8147호로 개정된 것) 107조(용도구분에 의한 비과세)다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 (7) 지방세법 시행령(2005.12.31., 대통령령 제19259호로 개정된 것) 79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다.
1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체
(8) 민법 제275조(물건의 총유) ① 법인이 아닌 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 한다.
② 총유에 관하여는 사단의 정관 기타 계약에 의하는 외에 다음 2조의 규정에 의한다. 제276조(총유물의 관리, 처분과 사용, 수익) ① 총유물의 관리 및 처분은 사원총회의 결의에 의한다.
② 각 사원은 정관 기타의 규약에 좇아 총유물을 사용, 수익할 수 있다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.