조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점농지의 매매계약서 상 양도금액이 실지거래가액과 다르게 적은 경우에 해당하는 것으로 보아 「조세특례제한법」제129조 제1항에 따라 감면을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-전-5104 선고일 2022.06.20

쟁점토지는 쟁점주택의 주거용건물 정착면적과 분리되어 화단, 출입구 외의 다른 용도로 이용되고 있다고 보기 어려우므로 사회통념상 쟁점주택과 경제적 일체를 이루는 주거생활공간으로 볼 수 있음

[주 문] OOO서장이 2021.10.8. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 1970.8.29., 1973.3.16. 취득한 OOO 전 977㎡, 같은 리 OOO 전 114㎡, 같은 리 OOO 전 27㎡ 등 3필지(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2020.1.23. AAA(이하 “매수인”이라 한다)에게 양도한 후, 2020.3.31. 양도소득세 예정신고 시 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원으로 하고조세특례제한법제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 산출세액 OOO원을 전액 감면 적용하여 신고하였다.
  • 나. 처분청은 2021년 6월 경 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점농지의 매매계약서 상 기재된 매매가액은 OOO원이나 실제 매매대금 수령액은 OOO원으로 청구인이 양도소득세 신고 시 제출한 매매계약서가 실지거래가액과 다르게 적은 경우에 해당하는 것으로 보아 쟁점농지 양도가액을 OOO원으로 경정하고소득세법제91조 제2항 및 조세특례제한법제129조에 따라 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하여 2021.10.8. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.23. 이의신청을 거쳐 2022.4.22. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 쟁점농지를 매수인에게 양도한 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점농지에서 50여년 동안 벼, 마늘 등 농사를 지으며 살아오던 중 청구인 소유의 주택 및 농지 주변이 주택지로 개발되면서 진입로 개설에 필요한 청구인 소유의 OOO(전 1,511㎡ 중 528㎡), 같은 리 OOO(전 239㎡ 중 100㎡)를 주식회사 BBB에 2018.6.27. OOO원에 먼저 매도하였다. (나) 고령자인 청구인은 가족들 간 재산상속 문제를 우려하여 쟁점농지 인근에서 주택사업부지 조성을 하던 매수인에게 청구인이 거주하고 있는 OOO 대 149㎡, 같은 리 OOO 대 816㎡, 같은 리 OOO, OOO 미등기 주택(이하 OOO 대 149㎡, 같은 리 OOO 대 816㎡와 합하여 “쟁점외부동산”이라 한다)과 쟁점농지의 매수를 제안하였다. (다) 당초 매수인은 기존에 진행 중인 주택공사와 관련하여 인근주민의 민원제기 등으로 어려움을 겪고 있어 매수를 거절하였으나, 2018.9.29. 청구인이 토지조성(기존 주택 철거, 토목공사, 신규주택 건축허가)을 완료한 후 쟁점농지와 쟁점외부동산을 합하여 OOO원에 매매하는 조건으로 계약(이하 “쟁점매매계약서”라 한다)을 체결하였다. 청구인은 계약금 OOO원을 청구인의 배우자 CCC 명의계좌로 수령하였으나, 계약 1년이 지나도록 토목공사변경설계와 건설업사업자등록증 발급 등 공사추진이 지연되어 금융기관대출이 진행되지 않았고, 계약조건이 이행되지 않은 상태에서 청구인의 건강이 갑자기 악화되어 대금을 조속히 정산받기 위하여 매수인과 협의하여 쟁점농지와 쟁점외부동산을 담보로 매매대금을 먼저 받기 위하여 완전하게 정산하지 못한 상태에서 어쩔 수 없이 해당 소유권을 먼저 이전해 주었다. (라) 청구인은 매매대금 지급과 소유권이전 절차가 늦어지자 청구인이 유고될 경우 가족들 간 재산 분쟁이 발생할 것을 걱정하여 생전에 재산배분을 명확하게 하기 위해 매수인에게 매매대금 지급 및 소유권이전 절차를 재촉하였고, 매수인도 업무진행이 지연되어 자금사정이 어려운 상태로 쟁점농지와 쟁점외부동산을 담보로 대출이 실행되면 먼저 매매대금을 지급할 터이니 소유권이전을 같이 이행하자고 하여 2019.10.7. 쟁점매매계약서에 대한 추가 특약서를 작성하였다. (마) 쟁점농지와 쟁점외부동산을 담보로 금융기관에서 대출 OOO원이 실행되어 2019.10.31. OOO원은 매수인의 취득세와 등기비용으로 사용하고, OOO 원은 중도금으로 지급받았으며, 그 간 매수인이 공사를 진행하면서 지급한 철거비 등 OOO원을 제외한 잔금 OOO 원을 남겨둔 상태에서 2020.1.23. 해당 소유권을 이전하였다. (바) 매수인은 쟁점농지를 매입하기 전 2018.6.27. 먼저 양도한 토지는 단독주택 사업계획에 의해 토목공사 완성단계에 있었으나, 쟁점농지는 부정형 토지로 단독 개발이 불가능하여 인접한 토지와 연계하여 개발하기 위해 전체 설계를 변경하고, 사업성을 맞추기 위해 단독주택부지에서 공동주택부지로 변경, 코로나19 사태로 건축자재와 인건비 상승 및 주택건설사업자등록 지연, 시공사 선정 지연 등 공사진행이 늦어져 매매잔금 지급이 늦어진 것으로 이 후 시공업체가 선정되어 시공비 금융대출이 진행되어 2021.10.9. 미지급 잔금 OOO원을 최종 지급받았다. (사) 청구인은 당초 쟁점농지와 쟁점외부동산을 같이 매매계약하였으나 쟁점외부동산은 제한이 없었고, 쟁점농지는 매수인이 농지자격취득증명을 발급받는 시간이 소요되어 동시에 소유권이전을 할 수 없으므로 불가피하게 거래가액을 쟁점농지는 OOO원, 쟁점외부동산은 OOO원으로 각 안분하여 계약서를 작성하여 2019.10.31. 쟁점외부동산의 소유권을 먼저 이전하고, 쟁점농지의 소유권은 2020.1.23. 이전하였다.

(2) 처분청은 조사과정에서 청구인이 아닌 청구인의 배우자에게 불분명한 진술을 받았음에도 이에 대해 추가 조사를 하지 않고, 금융계좌 입금액과 양도소득세 신고 시 제출한 계약서 매매금액이 다르다는 이유와 청구인의 배우자 CCC의 확인서를 근거로 쟁점매매계약서를 허위계약서로 판단한 것은 부당하다. (가) 처분청은 조사과정에서 처분청 조사공무원이 작성하고 CCC가 날인한 확인서를 보면 양도가액이 OOO원이라는 진술을 분명하게 진술하고 있음에도 확인서 후미에 “수령한 OOO원이 양도가액”이라는 애매한 문구를 넣어 진의를 알 수 없는 표현으로 기재하여 날인을 요구한 후 확인서를 수령하였다. (나) 청구인의 배우자 CCC는 초등학교도 가지 못한 무 학력자로 평생 집안 살림과 농사일만 하여 공공기관에 일을 처리한 경험이 없어 확인서 작성의 취지도 모르는 상황에서 공무원이 작성한 확인서에 날인을 요구하여 이에 응한 것으로 세무대리인이 확인서를 다시 보여주며 경위를 물은 바, CCC는 조사일 현재까지 수령한 양도대금이 OOO원이라는 의미로 알고 날인하였다고 진술하는 것으로 보아 확인자의 의사가 제대로 반영된 확인서라고 볼 수 없다. (다) 청구인의 배우자로부터 진술을 받으면서 그 진술의 내용이 불분명함에도 매수인에게 당초 부동산매매계약과 관련된 사실을 확인하는 등의 필요한 보완조사를 하지 않고 이를 과세근거로 삼은 것은 실지 내용이 제대로 반영된 처분이라 할 수 없다. (라) 국가가 우월한 지위에서 과세권의 행사를 함에 있어 납세자의 재산권이 부당하게 침해할 우려가 있어국세기본법에서 실질과세와 근거과세규정을 국세부과의 최우선 원칙으로 정하고,국세기본법제81조의3 납세자의 성실성 추정규정과 같은 법 제81조의2 규정에서 ‘구체적인 조세탈루 혐의가 없는 한 성실하다고 추정된다’고 재차 강조하는 취지도 일선에서 공무원들이 과세권행사를 함에 있어 납세자의 권리가 부당하게 침해되지 않고 납세자의 권리를 보호하면서 명확한 증거를 근거로 과세권을 엄격하게 적용하기 위함인 것이다. (마) 청구인은 쟁점농지의 소유권이전 등기 후 잔금 OOO원을 수령하여 쟁점농지 및 쟁점외부동산의 총 양도대금 OOO원의 지급이 완료되었고, 당초 계약의 변형 없이 잔금지급 전에 양도·양수인 간의 사정으로 협의에 의하여 소유권이전 등기가 선행되었을 뿐, 법 규정을 위반하거나 거짓 없이 성실하게 신고하였음에도 사실내용이 명확하지 않은 부적절한 증거를 근거로 한 부과처분은 취소되어야 한다.

(3) 처분청은 쟁점매매계약서는 신뢰할 수 없다는 의견이나, 청구인이 매수인의 통화내역을 확인한 바, 2021.6.16. 오전 10시 27분 조사공무원으로부터 전화가 걸려와 전화를 받은 것으로 확인되고 담당세무사가 쟁점농지에 대한 양도소득세 신고를 하면서 청구인의 청력저하로 통화에 어려움이 있어 신고서 상 매수인의 전화번호를 기재하였고 조사공무원은 신고서에 기재된 전화번호로 연락을 한 것이다. (가) 처분청은 쟁점매매계약서가 불복과정에서 제출된 서류라고 하나, 세무조사 기간 동안 매수인은 처분청에게 매매와 관련한 자료를 필요하면 제출하겠다는 취지로 2차례(2021.6.18. 9시 17분 및 2021.6.23. 9시 24분) 통화하였으나 처분청은 거래 내용에 대한 확인 및 자료요청을 하지 아니하였다. 청구인 등이 쟁점농지 매매상황을 자세히 설명하였으므로 부동산 중개인이 개입될 상황이 아님을 충분히 알 수 있고 당시에 발급된 인감증명서를 첨부하여 제출하였음에도 처분청이 증거도 없이 ‘공인중개사 없는 것으로 보아 조작 가능성이 있다’라고 하는 것은 납세자 권리를 침해하는 적절치 않는 의견이다. (나) 처분청은 잔금 OOO원은 공사비용으로 지불할 금액으로 매도자인 청구인에게 귀속되지 않을 대금으로 양도가액에 포함된다고 보기 어렵다는 의견이나, 쟁점매매계약서 및 특약 내용과 같이 공사와 관련한 민원과 철거, 토목공사, 건축허가와 관련한 비용을 거래가액에 포함하기로 한 계약내용의 이행과정에서 공사추진과 은행대출이 늦어져 대금지급 편의상 순서가 바뀌었을 뿐, 당초 계약내용이 달라진 것은 아니다. (다) 처분청은 쟁점매매계약서와 지급내역이 일치하지 않고, 청구인은 공사를 수행할 수 없는 고령으로 매수인이 취득가액을 높이고, 공사비를 이중 계상할 의도로 보여진다는 의견이나, 쟁점매매계약서를 작성할 당시 공사가 진행 중이었으나 일정이 확정된 상황이 아니었고, 대금처리는 협의하기로 하여 은행대출이 실행되는 대로 지급하기로 하였기 때문이다. 고령의 청구인이 공사를 직접 한다는 의미가 아니고 개발비를 양도가액에 포함하는 조건으로 매매계약을 한다는 의미이며, 청구인이 청력이 약해져 듣는데 불편함이 있을 뿐 소통과 거동에는 지장이 없었으므로 처분청이 명백한 증거 제시도 없이 악의적 의도로 추정하는 것은 불합리하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 처분청은 쟁점농지 위에 건물이 존재하여 조세특례제한법 상 8년 자경감면 적정여부를 확인하기 위해 2021년 6월 경 세무조사를 실시하였다. (가) 쟁점농지의 부동산매매계약서상 양도인의 연락처로 연락하였으나 매수인이 전화를 받았고, 청구인이 고령으로 본인(매수인 일처리를 도왔다며 양도경위에 대한 설명과 소명자료 제출과정에 협조하겠다고 하였다. (나) 매수인은『청구인 소유 주택 및 농지 소유권 변동 현황』과 예금주가 정보연인 거래내역 확인증을 제출하였으나, 대금증빙의 지급자 이름이 매매계약서상 매수인과 다를 뿐만 아니라 지급금액이 OOO원에 불과하여 처분청 조사담당자가 차액 OOO원에 대하여 질의하였으나 정확한 답변을 듣지 못하였다. (다) 처분청은 청구인에게 상황을 설명하고 청구인의 배우자의 도움을 받아 양도경위를 확인하였는데, 매매대금은 2018.9.29. OOO원과 2019.10.31. OOO원 외 다른 입금내역이 없음을 확인하였다. (라) 청구인은 조사당시 당초 계약서는 분실하였지만 쟁점외부동산과 쟁점농지를 일괄하여 OOO원에 양도하기로 계약하였으며 OOO원에 양도하기 위해서는 평탄화작업과 토목공사 등이 완료되었어야 한다는 계약 조건이 있다는 사실을 들었으나 이미 매수인에게 소유권이전 하였기 때문에 해당 계약은 종결되었다고 설명하였다.

(2) 청구인이 제출한 쟁점매매계약서는 과세전적부심사청구 시 제출된 자료로 공증이나 부동산중개인이 없는바, 이는 쌍방이 합의하면 언제든지 새로 작성하거나 유리한대로 수정할 수 있어 신뢰할 수 없다. (가) 청구인은 2021년 8월경 과세전적부심사청구 당시 2018.9.29. 최초 OOO원에 매매하기로 한 쟁점매매계약서를 제시하며 조성공사의 책임과 비용을 청구인이 부담한다는 특약을 근거로 소유권을 이전한 것일 뿐 공사가 아직 끝나지 않아 과세전적부심사청구까지도 매매가 진행 중이라고 주장하다가 불채택되었고 이의신청시에는 2021.10.12. 잔금을 지급받았으니 정상계약이라고 주장하였다. (나) 쟁점매매계약서(OOO원의 매매계약서)는 매수인이 과세전적부심사청구시 제출한 자료이고 등기이전 및 양도소득세 신고시 청구인은 쟁점농지 OOO원 및 쟁점외부동산 OOO원의 매매계약서를 각각 제출하였다. 설령, 쟁점매매계약서가 주장하는 시기에 작성된 게 사실이라 하더라도 계약서와 대금지급내역이 일치하지 않으며 청구인이 공사에 대한 책임과 비용에 관여하여야 한다고 되어 있으나 거동조차 불편한 고령의 청구인이 공사를 전혀 수행할 수 없어 애초부터 불가능한 상황이였다. (다) 청구인이 제출한 쟁점매매계약서의 작성일은 2018.9.29.이고, 2019.10.7. 작성한 추가특약에는 매매대금 OOO원을 미리 지급한 후, 공사진행시 수시로 발생하는 공사비용에 대하여 매수인이 먼저 청구인 통장에 입금한 후 청구인이 공사비용을 지급한다는 내용이 기재되어 있는바, 이는 OOO원에 매도한 후 매수인이 공사경비를 지출하고 매수인이 추후 양도시 취득가액에 포함하는 것이 상식적인 것이다.

(3) 청구인은 양도가액을 각각 OOO원으로 신고한 것은 사정이 있다고 주장하면서 쟁점매매계약서가 유효하다고 주장하는 것은 논리적 모순인 것이다. (가) 청구인은 쟁점매매계약서가 유효함을 전제로 모든 주장을 전개하고 있는데, 쟁점매매계약서와 특약의 내용을 사실로 주장하고 싶다면 임의로 양도가액을 안분한 후 과세기간을 달리하여 신고하고 세액은 전부 감면받을 것이 아니라 최초 계약서인 쟁점매매계약서대로 전체 OOO원에 신고하는 것이 타당한 것이다. (나) 쟁점농지와 쟁점외부동산의 등기사항전부증명서를 살펴보면, 근저당설정계약일이 2019.10.29. 동일한바, 굳이 한 쪽을 먼저 소유권 이전할 것이 아니라, 농지취득자격증명서를 발급받은 후 전체 토지의 소유권을 같이 이전했어도 상관없는 것이다. (다) 청구인은 쟁점농지와 쟁점외부동산의 양도가액이 OOO원이 아닌 OOO원이라고 주장하나, 그동안 매수인이 지출한 공사비용을 제외하고 잔금 OOO원만 지급한 것을 보면 알 수 있듯이, 매수인이 공사를 지속했다면 계속 공사비로 지출했을 비용일 뿐 청구인에게 지급될 대금이 아니고, 뒤늦게 청구인에게 대금을 지급했지만 매도·매수인 간 특약 제3조 제2항 ‘매수인이 먼저 매도인 통장에 입금하여 주고, 매도인이 공사비용을 지급한다’는 규정에 따라 결국 공사비로 지불해야 하는 금액이므로 청구인에게 귀속되지 않을 대금이 양도가액에 포함된다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점농지의 매매계약서 상 양도금액이 실지거래가액과 다르게 적은 경우에 해당하는 것으로 보아 조세특례제한법제129조 제1항에 따라 감면을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 등 (1) 국세기본법 제16조(근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. (2) 소득세법 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. 양도란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다.

5. 실지거래가액이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 제91조(양도소득세 비과세 또는 감면의 배제) ② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따른 양도소득세의 비과세 또는 감면에 관한 규정을 적용할 때 비과세 또는 감면받았거나 받을 세액에서 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 뺀다.

2. 이 법 또는 이 법 외의 법률에 따라 양도소득세의 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우: 감면에 관한 규정을 적용받았거나 받을 경우의 해당 감면세액과 매매계약서의 거래가액과 실지거래가액과의 차액 중 적은 금액 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (3) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.

1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 (4) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상〔중괄호 생략〕직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서생략) 제129조(양도소득세 감면 배제) ① 소득세법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산을 매매하는 거래당사자가 매매계약서의 거래가액을 실지거래가액과 다르게 적은 경우에는 해당 자산에 대하여 소득세법 제91조 제2항 에 따라 이 법에 따른 양도소득세의 비과세 및 감면을 제한한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점농지를 1970.8.29., 1973.3.16. 취득하여 보유하던 중 2020.1.15. 양도하고 2020.3.31. 아래 <표1> 및 <표2>와 같이 양도소득세 예정신고를 하였으며 청구인이 쟁점농지를 자경한 사실에 대해서는 처분청도 이견이 없다. <표1> 청구인의 양도소득세 신고서 상 쟁점농지 양도차익 내역 OOO <표2> 청구인의 양도소득세 신고내역 OOO

(2) 처분청은 청구인이 쟁점농지의 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서 상 양도금액이 실지거래가액과 다르게 적은 경우에 해당하는 것으로 보고 양도가액을 OOO원으로 보아 아래 <표3>과 같이 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하여 2021.10.8. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정․고지 하였다. <표3> 쟁점농지 양도소득세 경정내역 OOO (3) 청구인이 주장하는 쟁점농지와 관련된 거래 흐름은 아래 <표4> 와 같다. <표4> 쟁점농지와 관련된 거래 흐름 OOO

(4) 청구인은 2018.9.29. 최초 쟁점농지 및 쟁점외부동산을 총 OOO원에 양도한다는 매매계약서(쟁점매매계약서)를 작성하였다고 주장하고 있는바, 청구인이 제출한 쟁점매매계약서 상 특약사항 기재내역은 아래와 같다. OOO

(5) 청구인과 매수인이 추가로 2019.10.7. 체결한 특약 내용은 아래와 같은바, 청구인과 매수인은 각각 인감증명서(발급일자 2019.10.7.)를 첨부한 것으로 확인된다. OOO

(6) 청구인은 쟁점농지 및 쟁점외부동산의 매매대금을 총 OOO원을 지급받았다고 주장하며 아래 <표5>와 같은 내역을 제출한바, 쟁점농지 소유권이전 후 2021.10.9., 2021.10.12. OOO원을 청구인의 금융계좌로 수령한 것으로 확인된다. <표5> 청구인이 제출한 쟁점농지 및 쟁점외부동산의 매매대금 OOO

(7) 청구인은 사정상 쟁점외부동산을 먼저 소유권이전(2019.10.31.)하고 쟁점농지의 소유권은 2020.1.23. 이전하여 양도소득세를 신고하기 위하여 세무사로부터 공시지가로 안분하는 것이 합리적이라는 자문을 받아 공시지가를 산정(쟁점농지 OOO원, 쟁점외부동산 OOO원)하였으나, 쟁점외부동산은 무허가 주택과 농자재 헛간 등이 혼재하여 철거비용이 더 소요될 것을 감안하여 쟁점농지와 쟁점외부동산의 양도가액을 각각 OOO원으로 하여 부동산매매계약서를 작성하였다고 주장한바, 청구인이 쟁점농지의 양도소득세 신고시 제출한 부동산매매계약서 및 등기사항전부증명서 상 거래가액은 OOO원으로 기재되어 있다.

(8) 처분청의 세무조사시 청구인의 배우자 CCC가 작성한(대리 작성) 확인서 내용은 아래와 같은바, 확인서 상 총 수령한 양도대금은 OOO원이라고 기재되어 있는데 청구인은 CCC가 처분청의 조사당시까지 수령한 금액을 진술한 것 일 뿐 쟁점농지와 쟁점외부동산 전체의 총 양도대금은 아니라는 주장(2021.12.15. 작성된 2차 확인서 제출)이고 확인서 내용은 CCC님의 부탁으로 세무공무원(처분청)이 대필하였다고 기재되어 있으며 확인자 성명에 CCC의 이름이 직접 날인되어 있는 것으로 확인된다. OOO

(9) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인이 제출한 쟁점농지의 매매계약서 상 양도금액은 실지거래가액과 다른 것으로조세특례제한법제129조 제1항에 따라 같은 법 제69조의 자경농지에 대한 양도소득세의 감면을 배제하는 것은 타당하다는 의견이다. 그러나, 특별한 사정이 없는 한 사적자치원칙에 따라 당사자 간에 체결된 매매계약서상의 거래가액을 양도가액으로 추정함은 합리적인바(조심 2021중5583, 2022.3.8. 같은 뜻임), 쟁점매매계약서 상 쟁점농지 및 쟁점외부동산의 총 매매대금은 OOO원으로 기재되어 있고 청구인 및 그 배우자 계좌로 2018.9.29. OOO원, 2019.10.31. OOO원을 수령한 후 소유권 이전 등기 후 2021.10.9., 2021.10.12. 2차례에 걸쳐 OOO원을 수령한 것으로 확인되며 쟁점농지의 등기사항전부증명서 상 거래가액이 OOO원으로 기재되어 있는 점, 처분청의 세무조사시 작성된 청구인의 배우자 CCC의 확인서는 세무공무원이 대필한 것으로 CCC는 쟁점농지 및 쟁점외부동산에 대하여 토목공사를 해서 주면 총 OOO원을 주기로 하였다고 진술하여 총 수령한 양도대금은 OOO원이라는 진술은 조사시까지 수령한 금액이라는 의미로 보이는 점, 쟁점매매계약서 상 특약사항 기재내역을 살펴보면 매매잔금 지급일정 등을 협의하도록 하며 지역 주민들의 잦은 민원이 발생하고 있는 점을 감안하여 매매부동산에 투입되는 조성공사는 매도인이 관여(책임, 비용부담)하기로 한다고 기재되어 있고 매수인과 2019.10.7. 추가로 체결한 특약 내용에서 매매대금 OOO원을 우선 지급 후 잔여금액은 조성공사를 매도인이 관여하며 공사 진행 시 수시로 발생하는 공사비용은 청구인이 우선 지급 후 매수인에게 청구(매수인은 청구인에게 매매대금으로 입금)하거나, 매수인이 우선 지급 후 매도인에게 청구하는 등 공사비용은 매수인이 청구인의 통장에 입금하는 매매대금(OOO원)에 포함된다고 기재되어 있어 사실상 청구인과 매수인은 공사비용 등을 감안하여 총 매매대금을 OOO원으로 하여 쟁점매매계약서를 작성한 것으로 보이는 점, 처분청은 쟁점농지와 쟁점외부동산의 총 양도대금을 OOO원으로 보아 쟁점농지와 쟁점외부동산을 동일하게 안분하여 양도가액을 OOO원으로 경정하였는바, 쟁점매매계약서 상 양도금액이 실지거래가액으로 보이는 이상 당초 쟁점농지의 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서 상 양도금액도 실지거래가액과 다르다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 양도소득세 감면을 배제하여 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)