대표이사로부터의 특허권 취득에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2005.12.21. 화학제품 제조업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로 2020.7.22. 청구법인의 대표이사 AAA(이하 “쟁점대표이사”라 한다)로부터 “점착제를 제조하는 방법”에 관한 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO원에 취득한 후 2020사업연도 법인세 신고 시 결산서 상 쟁점특허권 취득가액을 무형고정자산으로 계상하고 관련 감가상각비를 손금산입하였다.
• 나. AAA청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 조사를 실시한 결과, 쟁점대표이사 명의로 등록되었던 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있었던 것으로 보아 청구법인이 쟁점특허권을 취득한 거래를 부당행위계산부인 대상으로 본 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2021.11.23. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하는 한편 OOO원을 쟁점대표이사에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지(이하 “이 건 부과처분”이라 한다)를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점대표이사는 1984년 6월부터 1999년 11월까지 AAA 주식회사 및 BBB 주식회사의 기업부설연구소에서 근무하며 점착제 개발, 기술영업 등의 업무를 해 왔는바 특히 점착제와 관련하여 6건의 개발 경험이 있었고 이후 1999년 11월 개인사업체인 OOO을 창업하여 점착제를 개발하며 경험과 노하우를 쌓았다. 이후 쟁점대표이사는 2005.12.21. OOO을 법인으로 전환하여 청구법인을 설립한 후 기술영업에 초점을 맞추어 회사를 운영하면서 자체 기업부설연구소와는 상관없이 개인적으로 연구개발을 수행하였다. 기존 아크릴계 점착제 및 용제형 점착제의 경우 점착력, 재박리성에서 장점을 보였지만 환경과 인체에 해로운 유해물질이 배출됨으로 문제가 있음에 따라 쟁점대표이사는 인체에 대한 유해성을 저감시킨 친환경 점착제를 제조하는 방법에 관한 연구를 하여 쟁점특허권을 획득한 것으로 이는 쟁점대표이사 개인의 아이디어와 간편한 실험과정만으로도 발명이 가능한 것이었다. 쟁점대표이사는 청구법인이 사업장을 OOO으로 이전한 후 본격적으로 청구법인의 유휴설비인 OOO를 활용하여 개발을 시작하였고 연구하면서 작성한 연구노트를 이 건 심판청구의 증거자료로 제출하였다. 해당 연구노트에 따르면 쟁점대표이사는 기본적인 점착제의 재료와 개인이 생각한 새로운 재료들을 활용하여 연구를 진행하였음을 알 수 있고 조성비율, 혼합과정 및 숙성시간을 조절하며 특허를 개발하였다. 실험에서 기존 재료의 대체재로써 연어껍질 추출물, 연근 추출액, 옥수수유, 수산화알루미늄 등을 사용하였으며 이러한 재료는 청구법인의 종전 거래처와의 친밀한 관계를 통해 저렴하게 수급하여 사용하였고 극소량의 투입만으로도 실험이 가능하였다. 쟁점대표이사는 청구법인이 종전에 공장으로 사용하였던 OOO의 노후장비를 활용하여 개인적으로 실험을 진행하였으며 OOO에 따른 악취성 평가, 점착류 잔류 여부 평가, 점도 측정을 하였다. 이러한 평가방법을 통해 각 실험마다 개선점을 기록하며 쟁점대표이사 스스로 연구를 진행한 것을 확인할 수 있다. 쟁점특허권 출원 등과 관련된 비용 일체를 쟁점대표이사가 부담하였다는 사실이 관련 영수증 및 이체내역, 자료에 명백히 나타난다. 발명진흥법상 직무발명은 종업원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 사용자 등의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 직무에 속하는 경우를 말하는바 이 건의 경우 쟁점대표이사가 청구법인의 직무수행 중 발명한 것이 아니고 청구법인의 업무와 무관하게 개인적으로 발명한 것이어서 “직무에 관하여” 및 “직무에 속하는” 발명으로 볼 수 없다. 처분청은 쟁점대표이사의 쟁점특허권 출원 행위를 직무수행의 일부로 보아야 한다는 의견이나 직무발명의 직무 해당성 요건은 단순히 종사하던 직무가 도움을 주었다는 정도로는 미흡하고 직무 내용만 보더라도 청구법인의 기여로 완성되었다는 것이 예상될 정도로 직무가 발명내용과 밀접하게 관련이 있어야 한다. 쟁점대표이사 직무는 청구법인의 경영총괄 및 기술영업이며 기업부설연구소의 연구개발 업무와는 관련 사항이 없고 실제로 기업부설연구소의 어떤 업무도 수행한 사실이 없다. 따라서 대표이사의 지위에 있다고 해서 쟁점대표이사의 개인적인 발명행위가 곧바로 청구법인의 직무수행으로 인한 결과라고 추정되는 것이 아니다. 청구법인의 기업부설연구소는 청구법인이 생산하는 제품에 대하여 개선과제 발굴, 제품품질 향상 연구, 하자보수 요구 대응을 하는 부서로서 특허권을 개발하기 위하여 연구활동을 하는 곳이 아니다. 청구법인의 연구인력개발비 명세를 보면 기업부설연구소의 연구원으로 등재된 연구원의 인건비 지출액 등이 전부임을 확인할 수 있고 실제로 연구원들의 근무기록표를 보아도 연구원들이 OOO으로 출근한 사실 이외에 OOO로 출근한 기록도 없으며 기업부설연구소가 쟁점특허권을 출원하기 위한 활동, 실험, 연구, 변리사와 의사소통하였다는 등 어떠한 내용도 확인할 수 없다. 또한 청구법인은 일반적인 개발 및 생산활동 외에 쟁점특허권 개발과 관련한 원재료를 매입한 사실이 일절 없는바 이는 청구법인의 연구개발비 계정별원장에서 확인할 수 있다. 청구법인은 쟁점특허권이 청구법인의 향후 수익향상에 많이 기여할 것으로 예상되어 적법한 평가와 정당한 내부 의사 결정과정을 거쳐 매입하였고 이러한 사실은 청구법인의 이사회 회의록과 쟁점특허권에 대한 감정평가서에서 확인할 수 있다. 그러므로 이러한 결정에 아무런 부당성이 없음에도 단지 특수관계인과의 거래라는 사정만으로 이러한 행위를 부당행위계산 부인의 대상으로 할 수는 없다. 따라서 처분청이 쟁점특허권의 실질적인 소유권이 청구법인에게 있었다는 객관적인 근거도 없이 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 국세기본법 상 근거과세의 원칙을 위반한 것으로서 위법ㆍ부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 보호용 점착제, 양면용 점착제, 방염 점착제 등을 생산하는 법인이며, 2010년 기업부설연구소를 설립하고 2011사업연도～2020사업연도 기간 동안 일반연구 및 인력개발비 명목으로 총 OOO원의 연구개발비를 지출한 것으로 하여 법인세를 신고하였는데 법인세 신고서 상 재무제표와 특허정보검색서비스 (www.kipris.go.kr)에서 청구법인 명의로 등록한 특허권은 전혀 나타나지 않는다. 청구법인은 쟁점대표이사가 쟁점특허권을 사적으로 개발ㆍ소유한 것이라고 주장하나 쟁점대표이사가 쟁점특허권을 개발하기 위해서는 관련 기술의 실현가능성, 효율성 등의 검증 및 시제품 제작 등 다양한 실험이 필요하고 거기에 상당한 설비 및 비용, 시간 등이 소요됨에도 증빙으로 제출한 연구노트 외에 연구단계에서 재료비 구입 관련 비용, 시설 관련 비용, 시제품 제작비용 등 실험에 사용한 객관적인 자료 등이 전혀 없다. 통상적으로 법인의 대표이사는 연구에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고 이러한 활동을 하였다 하더라도 법인에 고용된 지위에 있는 대표이사 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있으며 청구법인의 물적시설을 이용한 특허권의 소유권은 청구법인에게 있는 것으로 봄이 타당하다. 청구법인은 쟁점대표이사가 실험에 필요한 재료의 1회 투입량이 소량이라고만 주장하고 실험재료를 수급하는 방식이 청구법인의 거래처와 친밀한 관계를 통해 저렴하게 사용하였다고 할 뿐 거래처로부터 수취한 거래 증빙이나 재료구입 증빙 등은 제시하지 아니하였다. 유ㆍ무형자산의 취득 등 통상적으로 법인이 고액의 자금을 투자하는 경우 매출 영향력 파악, 기대효과, 유지여부 등을 판단하기 위해 주주, 임원 총회 등을 거치면서 장기간의 의사결정과정을 거치는 것이 통상적이라 할 것이다. 청구법인이 쟁점특허권 양수도에 대한 적법한 이사회 의사결정을 하였다고 주장하면서 제출한 임시주주총회 의사록에는 2020.7.10. 임시주주총회 후 단기간인 2020.7.21. 쟁점특허권 양수도 거래가 이루어졌고, 또한 쟁점특허권 취득에 대한 의사결정을 다른 가족 주주들 참석없이 쟁점대표이사와 쟁점대표이사의 동생인 BBB 등 2명이 참석하여 의결하였다고 하였으나 BBB는 명의신탁 등 실명전환 사유로 청구법인의 발행주식 8,000주를 쟁점대표이사에게 이전하여 2018년말에는 자신의 지분이 없었다. 이러한 사항으로 보아 쟁점대표이사는 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있어 쟁점특허권 취득에 대한 의사결정을 단독으로 한 것이다. 따라서 쟁점대표이사 명의로 등록되었던 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있었던 것으로 보아 청구법인에게 이 건 부과처분을 한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점대표이사 명의로 등록되었던 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있었던 것으로 보아 법인세 등을 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (3) 법인세법 시행령 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. (단서 생략)

• 나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

(4) 특허법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다. 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

(5) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권을 가진다. (단서 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 특허청이 2020.3.12. 공고한 등록특허공보 자료에 의하면 2020.3.6. 등록된 쟁점특허권의 특허권자 및 발명자는 쟁점대표이사로 등재되어 있고 발명의 명칭은 “점착제를 제조하는 방법”이며 특허등록을 대리한 자는 특허법인 해안으로서 그 요지는 “본 발명은 점착제를 제조하는 방법에 관한 것으로서 본 발명에 따르면 점착력 및 재박리성이 우수하고 극소량의 휘발성 유기 화합물 및 잔류 모노머만 포함함으로써 인체에 대한 유해성을 저감시킨 친환경 점착제를 간단한 공정으로 제조할 수 있다”로 기재되어 있다. (나) 청구법인은 2005.12.21. 화학제품 제조업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인으로 2020.7.10. 임시주주총회를 개최하여 쟁점특허권을 취득하기로 의결한 후 2020.7.22. 쟁점대표이사로부터 쟁점특허권을 OOO원에 취득하였고 2020사업연도 법인세 신고 시 결산서 상 쟁점특허권 취득가액을 무형고정자산으로 계상하고 관련 감가상각비 OOO원을 손금산입하였다. (다) 청구법인이 쟁점특허권을 취득하기 위하여 주식회사 CCC에 의뢰하여 받은 감정평가서 기재내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (라) 청구법인의 2020.7.10. 임시주주총회 의사록 기재 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (마) 청구법인의 위 임시주주총회 의사록에 첨부된 주주명부는 아래와 같다. (바) 쟁점특허권을 취득할 시기를 전후한 청구법인의 주식변동내역은 아래 <표1>, <표2>와 같다. <표1> 청구법인의 2018사업연도 주식변동내역 ㅇㅇㅇ <표2> 청구법인의 2020사업연도 주식변동내역 ㅇㅇㅇ (사) 특허법인 해안 대표자 CCC는 “2019.2.15. 쟁점대표이사와 개인적 특허출원 관련 미팅을 진행하였고 2019.6.28. 특허출원에 관한 위임계약을 체결하였으며 청구법인과는 특허출원사무에 대한 어떠한 수임사항이나 업무가 없었음을 확인함”이라는 내용의 확인서를 제출하였다. (아) 쟁점특허권 등록과 관련하여 특허청이 발급한 납부확인서(납부자용) 기재내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (자) 쟁점특허권 비용과 관련하여 국세청이 발급한 현금영수증(고객용) 기재 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (차) 쟁점특허권 등록과 관련된 OOO의 입출금 거래내역은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (카) 그 밖에 청구법인은 청구주장과 관련하여 쟁점대표이사의 약력ㆍ개인연구노트, 개인연구노트에 따른 1회 실험당 재료 사용량 자료 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점대표이사가 자신의 노력과 연구활동으로 등록한 쟁점특허권이 원래부터 쟁점대표이사의 소유이었음에도 불구하고 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있었던 것으로 보아 이 건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점특허권의 내용은 “점착제를 제조하는 방법”에 관한 것으로 청구법인이 영위하는 “화학제품 제조업 등” 사업영역인 내에 포함되는 것으로 보이고, 쟁점대표이사는 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있는 상황에서 개인자격으로 쟁점특허권을 등록하였다 하더라도 동 직위는 회사 경영에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있으며 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자가 본연의 업무를 수행한 것으로 볼 수 있어 이를 가지고 통상실시권이 발생되지 않는 업무발명에 해당한다고 보기 어렵고, 청구법인이 쟁점특허권을 취득하면서 감정평가 외에 쟁점특허권에 대한 사업가능성, 수익성 등에 대하여 검토한 과정이 있었음을 찾아보기 어려우며, 더욱이 청구법인이 쟁점특허권의 취득과정을 입증하기 위하여 제출한 임시주주총회 의사록의 기재내용을 보면 2018년 청구법인의 발행주식 8,000주를 쟁점대표이사에게 이전하여 2020년 당시에는 청구법인 주주의 자격이 없는 BBB가 주주의 자격으로 회의에 참석하여 쟁점특허권 취득을 의결한 것으로 기재되어 있는 것으로 보아 청구법인이 제출한 관련 서류를 신뢰하기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점특허권의 실질적 소유권이 청구법인에게 있었던 것으로 보아 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.