동일 지번의 토지를 동일 매수자에게 연도를 달리하여 지분 매매한 거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2012년 및 2016년경 OO광역시 O구 OO동 XX-X 과수원 3,777㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)의 지분 2분의 1씩을 취득하여 보유하다가, OOOOOO개발주식회사(이하 “양수법인”이라 한다)에게 2020.12.31. 쟁점①토지의 지분 2분의 1을 양도가액 924백만원에 양도하였고, 이후 2021.6.15. OO광역시 O구 OO동 XX-X 임야 1,463㎡(이하 “쟁점②ㅌ초지”라 하고 쟁점①토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)와 쟁점①토지의 지분 2분의 1을 양도가액 1,409백만원에 양도한 후 2012년경 취득한 쟁점①토지의 지분 2분의 1이 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 보아 2020년 및 2021년 귀속 양도소득세 신고시 자경농지에 대한 감면과 관련하여 각각 1억원씩, 총 2억원의 감면세액을 적용하여 각 신고･납부하였다.
• 나. 처분청은 2021.9.29.부터 2021.10.18. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점①토지의 지분 양도가 ｢조세특례제한법｣(이하 “조특법”이라 함)의 8년 이상 자경농지에 대한 과세기간별 양도소득세 감면한도인 1억원을 부당하게 회피하고자 형식적으로 대금을 별도로 수령하여 서로 다른 거래인 것처럼 양도소득세를 과소신고하였으므로 쟁점①토지의 지분 양도를 하나의 거래로 보아, 감면세액을 총 1억원으로 적용하여 2021.12.8. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 170,770,680원을 경정･고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점토지가 공공사업에 꼭 필요한 토지이므로 유리한 위치에서 양수법인과의 보상가 협상을 진행하고자 2차례에 걸쳐 쟁점토지의 매매가액에 대한 협의를 진행하였고, 이에 따라 쟁점①토지의 지분 2분의 1을 양도한 이후 양수법인과 다시 협의를 거쳐 쟁점①토지의 나머지 지분 2분의 1과 쟁점②토지의 양도가액을 전년 대비 25% 이상 증액하여 이를 양수법인에게 양도하였으며, 이후 2021년 중 양수법인으로부터 쟁점토지의 양도가액 전액을 수령한 것이다.

(2) 처분청의 의견과 같이 쟁점토지의 양도거래를 하나의 거래로 보기 위해서는 2021년 쟁점①토지의 나머지 지분 2분의 1을 양도할 당시 양도가액을 2020년 쟁점①토지 지분 2분의 1의 양도가액과 동일하게 하여 양도하였어야 하나, 2020년과 2021년 쟁점①토지의 각 지분의 양도가액을 달리하여 각각의 계약에 따라 이를 양수법인에게 양도한 것을 고려할 때, 조특법상 세액감면을 과다하게 받을 의도로 쟁점①토지의 각 지분에 대하여 과세기간을 달리 양도한 것이 아님이 입증된다고 볼 수 있다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지를 양수법인에게 2020년 및 2021년 2차례에 걸쳐 각각 양도하였다고 주장하나, 쟁점토지는 2020.5.29. 실시계획인가 고시된 ‘OOOO공원 조성사업’의 사업부지로, 이 건 양도소득세 조사 당시까지 양수법인이 쟁점토지를 개발행위를 하지 않고 청구인이 계속하여 쟁점토지를 사용하며 농작물을 수확하고 있는 것으로 확인되었고, 2020년말 양수법인에게 소유권을 이전한 쟁점①토지의 지분 2분의 1에 대한 구체적인 위치를 협의계약서상 기재한 사실도 없으며, 청구인도 2021.5.11.에서야 양수법인으로부터 2020년 소유권을 이전한 쟁점①토지의 지분 2분의 1에 대한 양도대금을 수령한 점을 고려할 때, 2020년 및 2021년의 쟁점①토지의 지분 양도거래를 실질적으로 하나의 거래라고 보아야 한다.

(2) 또한 청구인은 당초 2020년 쟁점①토지의 지분 2분의 1을 양도할 당시보다 증액한 금액으로 2021년 쟁점①토지의 지분 2분의 1 및 쟁점②토지를 양도하였으므로 2차례의 양도거래가 실질적으로도 각각의 양도거래라고 주장하나, 쟁점토지와 관련된 보상금청구서에는 쟁점토지 전체에 대한 정산금만 기재되어 있어 청구인의 주장이 사실과 다른 것으로 확인되고, 동일한 필지의 쟁점①토지를 구분하여 일부 지분을 각각 양도할만한 특별한 이유가 없는바, 2차례에 걸쳐 양도계약을 체결하고 거래를 하였다고 하여도 이를 실질적인 별개의 거래라고 인정하기는 어렵다.

• 가. 쟁 점 동일 지번의 토지를 동일 매수자에게 연도를 달리하여 지분 매매한 거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (3) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (4) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서생략) (5) 조세특례제한법 제133조 【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

(6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제16조【협의】사업시행자는 토지등에 대한 보상에 관하여 토지소유자 및 관계인과 성실하게 협의하여야 하며, 협의의 절차 및 방법 등 협의에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제17조【계약의 체결】사업시행자는 제16조에 따른 협의가 성립되었을 때에는 토지소유자 및 관계인과 계약을 체결하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 쟁점①토지의 등기사항전부증명서상 청구인은 2012.8.9. 쟁점①토지의 지분 2분의 1을 취득한 후 2016.3.7. 나머지 지분 2분의 1을 추가로 취득한 것으로 나타난다. (나) OO광역시장은 2020.5.29. OOOO공원조성 실시계획인가 고시를 하였고, OOOO공원조성사업의 수용 및 사용할 토지에 쟁점①･②토지가 포함되어 있는 것으로 나타난다. <표1> OO광역시 고시 제2020-110호(OOOO공원조성 실시계획인가 고시) OO광역시 고시 제2020-110호 도시계획시설(OOOO공원조성) 실시계획인가 고시

1. OO광역시 O구 OO동 일대의 OOOO공원 조성을 위한 도시계획시설(OOOO공원조성)사업 실시계획인가 신청에 대하여

2. ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣ 제88조 및 같은 법 시행령 제97조의 규정에 따라 실시계획 인가하고 같은 법 제91조 및 같은 법 시행령 제100조의 규정에 따라 아래와 같이 고시합니다. 2020년 5월 29일 OO광역시장

• 가. 사업시행지의 위치

• OO광역시 O구 OO동 산7-1번지 일원

• 나. 사업의 종류 및 명칭

• 종류: 도시계획시설(OOOO공원조성)

• 명칭: OOOO공원 조성사업(개발행위특례)

• 다. 사업의 내용 및 규모

• 내용: OOOO공원 조성

• 규모: 188,500㎡(시설면적 25,284㎡, 녹지면적 163,216㎡)

• 라. 시행자의 성명 및 주소(공동시행)

• OO광역시장 / OO광역시 O구 OO로 100(OO동)

• OOOOOO개발㈜ 윤OO / OO광역시 O구 OO로 11(OO동)

• 마. 사업의 착수 및 준공예정일

• 실시계획인가 고시일로부터 ~ 2024.

30.

• 바. 수용 또는 사용할 토지 조서 “붙임 토지조서 참조(붙임 토지상 지장물건 포함)”
• 사. 관계도면: 게재생략. 끝. ※ 붙임 토지조서 연번 소재지 지목 전체면적(㎡) 편입면적(㎡) 토지소유자 구 동 지번 성명 주소 합계 320,626 188,500 … 44 O구 OO동 33-2 과 3,777 3,777 손 … 55 O구 OO동 33-13 임 1,463 1,463 손 … (다) 청구인은 2020.12.29. 양수법인과 쟁점①토지의 지분 2분의 1에 대하여 총 보상액을 924,801,990원으로 하여 보상금 협의를 한 후 아래 <표2>와 같이 손실보상협의계약을 체결하였고, 2020.12.31. 공공용지의 협의취득을 원인으로 양수법인에게 소유권이전 등기를 경료한 것으로 나타나고, 이후 2021.2.28. 아래 <표3>과 같이 2012년 중 취득한 지분고 2016년 중 취득한 지분을 각각 2분의 1씩 양도한 것으로 하고 그 중 2012년 중 취득한 지분(쟁점①토지의 지분 4분의 1)에 대하여만 조특법상 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 하여 2020년 귀속 양도소득세를 신고･납부하였으며, 2021.5.11. 양수법인으로부터 위 보상액을 청구인의 명의 계좌로 이체받은 것으로 나타난다. <표2> 쟁점①토지의 지분 2분의 1 손실보상협의계약서 사업의 명칭: OOOO공원 개발행위 특례사업 사업시행자: OO광역시장 외 1개사 협의내용 및 결과: OOOOOO개발 주식회사(양수법인) 외 1개사에서 시행하는 OOOO공원 개발행위 특례사업에 편입되는 토지 소유자 및 관계인의 토지 등의 표시 및 계약내역에 기재된 토지등(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제2조 제1호 에 따른 토지등을 가리키며 이하 “토지등”이라 함)에 대하여 보상협의를 함에 있어 토지 소유자 및 관계인은 이 계약서의 내용에 따라 보상함에 이의없으며, 공사의 시공을 승낙합니다. 제1조(계약당사자) 토지등에 대하여 매수인 OO광역시장･OOOOOO개발 주식회사(양수법인)을 갑이라 하고 매도인 토지 소유자 및 관계인을 을이라 하여 다음과 같이 손실보상협의계약을 체결한다. 제2조(손실보상금) ① 사업에 편입되는 부동산(물건 등)의 손실보상금(이하 “보상금”이라 한다)은 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣에 의한 산정가격으로 한다.

② 보상금이 지급된 이후라도 금액산정상의 착오 등이나 지적분할 또는 현장측량결과 등에 따라 편입면적 등의 차이가 발생하거나 부동산(물건 등)의 종류, 수량 등을 잘못 산정하는 등의 사유로 보상금 지급이 잘못되었을 경우에는 계약체결 당시의 단가에 의하여 보상금을 정산하며, 과다지급된 경우에는 제7조에 의하여 환수한다.

③ 보상금이 지급된 이후라도 토지 등(계약내역에 속한 물건에 대하여 전부 포함한다.)에 대하여 을의 소유가 아닌 것으로 확인되는 경우 또는을 이외의 소유자가 그 소유를 주장하는 경우 을은 민･형사상 책임을 지고 갑의 요청에 따라 보상금에 대하여 제7조에 의거 환수한다. 제3조(보상금 지급 등) 을은 갑에게 부동산(물건 등)의 소유권이전등기 및 보상금청구 등에 필요한 구비서류를 제출하고 갑은 부동산(물건 등)의 소유권이전등기절차를 이행한 후 소정의 절차를 거쳐 아래 보상금이 을이 지정한 금융기관 계좌에 입금한다. (후략) 2020년 12월 29일 매수인 갑 OOOOOO개발 주식회사(양수법인) 매도인을 손** (청구인) ※ 토지 등의 표시 및 계약내역 소재지 공부상 지목 실제 지목 면적(㎡) 보상금액(원) 단가(1㎡당) 금액 OO광역시 O구 OO동 33-2 과수원 과수원 3,720.75×1/2 485,333 902,901,990 OO광역시 O구 OO동 33-2 과수원 대 56.25×1/2 778,667 21,900,000 <표3> 2020년 귀속 양도소득세 신고내역 구분 합계 OO광역시 O구 OO동 33-2 OO광역시 O구 OO동 33-2 양도일자 2020.12.31. 2020.12.31. 취득일자 2012.8.9. 2016.2.293 총 면적(㎡) 944.25 944.25 양도가액 924,801,990 462,400,995 462,400,995 취득가액 88,503,235 41,361,225 47,142,010 취득종류

• 실지거래가액 실지거래가액 양도차익 836,298,755 421,039,770 415,258,985 장기보유특별공제 100,587,081 67,366,363 33,220,718 양도소득금액 735,711,674 353,673,407 382,038,267 세액감면대상 353,673,407 353,673,407

• 감면종류

• 8년 이상 자경농지 (다) 청구인은 2021.4.12. 양수법인과 쟁점①토지의 나머지 지분 2분의 1, 쟁점②토지 및 OO광역시 O구 OO동 33-12 종교용지 200㎡를 총 보상액을 1,630,513,170원으로 하여 2021.4.30.까지 소유권이전등기를 경료하기로 매도확약을 하였으나, 2021.6.7. OO광역시 O구 OO동 33-12 종교용지 200㎡를 제외한 쟁점①토지의 지분 2분의 1 및 쟁점②토지를 총 보상액을 1,409,756,620원으로 하여 아래 <표4>와 같이 공공용지의 취득협의를 한 후 공공용지의 협의취득을 원인으로 양수법인에게 2021.6.15. 위 토지(쟁점①토지의 지분 2분의 1 및 쟁점②토지)에 대한 소유권이전등기를 경료하였고, 같은 날 양수법인으로부터 위 보상액을 청구인 명의의 계좌로 이체받은 것으로 나타나며, 2021.8.26. 아래 <표5>와 같이 쟁점①토지의 지분 2분의 1의 양도 중 2012년 중 취득한 지분(쟁점①토지의 지분 4분의 1)에 대하여만 조특법상 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고･납부하였다. <표4> 공공용지의 취득협의서 부동산의 표시 OO광역시 O구 OO동 33-2번지 과수원 3,777㎡(쟁점①토지) 지분 1/2 OO광역시 O구 OO동 33-13번지 임야 1,463㎡(쟁점②토지) 취득협의 성립일 2021년 6월 7일 공공용지의 협의취득 보상금 금일십사억구백칠십오만육천육백이십원정(\1,409,756,620) 위 부동산은 공공용지로서 OOOOOO개발 주식회사(양수법인)가 취득하기로 소유자와 OOOOOO개발 주식회사간에 위와 같이 협의가 성립되었으므로 이 협의서를 작성함 소유자 손**(청구인) 매수인 OOOOOO개발 주식회사(양수법인) ※ 토지 등의 표시 및 계약내역 소재지 공부상 지목 실제 지목 면적(㎡) 보상금액(원) 추가 협의 금액(원) 단가(1㎡당) 금액 OO광역시 O구 OO동 33-2 과수원 과수원 3,720.75×1/2 485,333 902,901,990 235,211,054 OO광역시 O구 OO동 33-2 과수원 대 56.25×1/2 778,667 21,900,000 5,705,072 OO광역시 O구 OO동 33-13 임야 임야 1,463 132,333 193,603,660 50,434,844 <표5> 2021년 귀속 양도소득세 신고내역 구분 합계 OO광역시 O구 OO동 33-13 OO광역시 O구 OO동 33-2 OO광역시 O구 OO동 33-2 양도일자 2021.6.7. 2021.6.7. 2021.6.7. 취득일자 2006.8.2. 2012.8.9. 2016.2.29. 총 면적(㎡) 1,463 944.25 944.25 양도가액 1,409,756,623 244,038,503 582,859,060 582,859,060 취득가액 106,907,299 18,404,064 41,361,225 47,142,010 취득종류

• 실지거래가액 실지거래가액 실지거래가액 양도차익 1,250,849,324 225,634,439 515,497,835 509,717,050 장기보유 특별공제 196,629,000 63,177,642 82,479,653 50,971,050 양도소득금액 1,054,220,324 162,456,797 433,018,182 458,745,345 세액감면대상 433,018,182 433,018,182

• 감면종류

• 8년 이상 자경농지

(2) 처분청은 청구인이 2020.12.31. 양수법인에게 쟁점①토지의 지분 2분의 1의 소유권을 이전하였음에도 이에 대한 양도대금을 2021.5.11. 수취한 것으로 나타나고, <표2>의 협약계약서상 소유권을 이전한 쟁점①토지의 지분 2분의 1에 대한 상세 내역을 기재하지 아니하였으며, 청구인에 대한 양도소득세 조사 당시까지 사업시행자(양수법인)가 쟁점토지에 대한 개발행위를 하지 아니하고 청구인이 이를 점유하면서 농작물을 수확하고 있으므로, 청구인이 양수법인에게 2020년 및 2021년 각각 쟁점①토지의 지분 2분의 1씩 양도한 것을 사실상 경제적 실질이 동일한 하나의 거래로 판단하여 2020년 귀속 양도소득 신고분(쟁점①토지의 지분 2분의 1의 양도)과 2021년 귀속 양도소득 신고분(쟁점①토지의 지분 2분의 1 및 쟁점②토지의 양도)을 합산하고(당초 신고세율 42%에서 합산에 따른 누진세율 45% 적용), 양도소득세 감면한도를 적용(합계 1억원)하여 청구인에게 이 건 양도소득세 부과처분을 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점①토지의 지분 2분의 1을 2020년 및 2021년 각각 양수법인에게 양도한 것이라고 주장하나, OO광역시 고시 제2020-110호의 ‘OOOO공원 조성사업 실시계획 인가고시’에 의하면 쟁점①토지는 OOOO공원 조성사업의 사업부지에 포함되어 있는 것으로 나타나 양수법인으로서는 청구인으로부터 쟁점①토지의 지분 2분의 1씩을 각각 취득할 이유가 없는 것으로 보이고, 청구인은 2020.12.31. 양수법인에게 쟁점①토지의 지분 2분의 1에 대한 소유권을 이전하였음에도 그 양도대금을 2021.5.11. 지급받은 것으로 나타나므로, 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 감면을 위해 형식적으로 2차례에 걸쳐 쟁점①토지의 각 지분(2분의 1씩)의 소유권을 이전한 것으로 보이는 점, 쟁점①토지 중 청구인이 2012년 중 취득한 쟁점①토지의 지분 2분의 1에 대하여만 8년 이상 자경요건을 충족한 것으로 보이고, 청구인이 제출한 손실보상협의계약서 및 공공용지의 취득협의서상 조특법상 8년 이상 자경농지에 대한 감면대상에 해당하는 쟁점①토지의 지분(2012년 취득한 2분의 1)을 2020년 및 2021년 2차례에 걸쳐 양도하였다고 볼 수 있는 상세 내역이 확인되지 않아, 이를 2020년 및 2021년 2차례에 걸쳐 각각 양도하였다는 청구인의 주장을 인정하기도 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 쟁점①토지의 지분 2분의 1씩을 2020년 및 2021년 2차례에 걸쳐 각각 양도한 것으로 신고한 거래를 하나의 양도거래로 보아 조특법상 자경농지 감면한도 1억원을 적용하여 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한