재산세 감면 대상이 아닌 쟁점토지를 종합합산 또는 별도합산 과세대상으로 보고 청구법인이 종합부동산세 및 농어촌특별세 세액을 감액하는 것을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
재산세 감면 대상이 아닌 쟁점토지를 종합합산 또는 별도합산 과세대상으로 보고 청구법인이 종합부동산세 및 농어촌특별세 세액을 감액하는 것을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점토지는 분리과세 대상토지임이 명확하다. (가) 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법”이라 한다) 제106조 제1항의 규정에 따르면, ① 종합합산 과세대상 토지가 재산세가 경감될 경우 같은 항 제1호 각 목외의 단서에 따라 종합합산과세대상으로 보지 않도록 규정하고 있고, ② 별도합산과세대상 토지의 경우에는 같은 항 제2호 각 목외의 단서에 따라 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 종합합산 및 별도합산과세대상에서 제외되는 토지는 분리과세대상에 포섭될 수 밖에 없다. (나) 재산세가 감면되는 토지에 대하여 분리과세를 적용하는 것에 대해서, 법원은 재산세가 100분의 50이 경감되는 토지는 재산세 분리과세대상으로 간주됨으로써 분리과세대상의 예에 따른 과세표준 및 세율을 적용하여야 하는데도, 위 처분중 100분의 50에 관련되는 부분은 재산세 별도합산과세대상에 속하는 것을 전제로 이루어진 것이므로 위법하다(대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결 참조)고 하였고, 경감부분에 대하여 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 판단하여 재산세를 부과한 처분은 그 위법이 중대ㆍ명백하므로, 같은 부분에 대하여 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 보고 부과한 종합부동산세 부과처분도 그 위법이 중대ㆍ명백하다고 판단하였다(대법원 2021.10.18. 선고 2021다255289 판결 참조).
(2) 이 사건 경정청구에 대한 거부처분은 지방세 관련 경정이 되지 않은 것을 이유로 거부한 것으로, 지방세를 담당하는 지방공무원의 부작위를 이유로 청구법인의 경정청구권을 형해화 시킨 것이고, 종합부동산세법의 요건을 검토하여 경정여부를 판단하여야 함에도 단순히 재산세가 경정되지 않았음을 이유로 경정을 거부한 위법한 처분이다. 국세심판사무처리규정(국세청 훈령) 제22조에 따라 처분청은 위법ㆍ부당한 처분으로 심판청구가 이유가 있다고 인정되는 경우에는 처분을 직권취소하고 그 결과를 통지하여야 하나, 종합부동산세 과세처분 자체의 위법성에 따라 처분청이 종합부동산세법 및 구 지방세법 등을 검토하여 종합부동산세가 경정되어야 함에도, 처분청은 불복 청구기간이 경과하여 재산세가 경정되지 않은 것을 이유로 종합부동산세를 경정하지 않은 것은 쟁점토지와 같은 경우에는 분리과세하도록 판단한 대법원 2018.11.29. 선고 2018두45725 판결의 취지에 반하는 것이다.
(1) 청구법인은 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 및 제2호 단서조문이 경감되는 토지부분의 같은 필지의 잔여토지가 분리과세대상이라고 주장하나, 구 지방세법의 해석 및 집행(경정)은 지방자치단체의 고유 권한으로 종합합산ㆍ별도합산ㆍ분리과세의 구분 및 변경은 지방자치단체의 경정에 따르는 것이 종합부동산세법 제11조 에 부합된다고 할 것이므로 지방자치단체에 재산세 과세구분의 변동내역을 요청하여 회신받은 결과에 따라 경정청구를 거부한 것은 위법한 처분이 아니다.
(2) 신고납부방식이 아닌 부과납세방식인 재산세 부과처분에 대한 불복청구기간(90일) 도과로 인하여 청구법인이 지방자치단체에 위법한 처분을 강제할 방법이 없다고 주장하는데 부당이득반환청구소송 등 위법한 처분을 구제할 수 있는 방법이 전혀 없는 것도 아니다.
(3) 청구법인은 종합부동산세에 대하여 적법하게 경정청구를 하였음에도 처분청은 종합부동산세법이 규정한 요건에 따라 인용여부를 판단하여야 함에도 구 지방세법상 절차를 이행하지 않았다는 사유로 경정청구를 거부한 것은 위법한 처분이라고 주장하나, 처분청은 종합부동산세법 제11조 등에서 정한 요건에 따라 경정청구의 인용여부를 판단하여 거부처분을 하였으므로, 구 지방세법절차를 이행하지 않았다는 이유로 경정청구를 거부한 사실이 없다.
① 병원부지로 사용되는 쟁점토지가 종합부동산세 분리과세 대상에 해당하는지 여부
② 재산세 과세구분에 대한 변경이 없는 것을 이유로 쟁점토지에 대한 경정청구를 거부할 수 있는지 여부
(1) 종합부동산세법 제11조(과세방법) 토지에 대한 종합부동산세는 국내에 소재하는 토지에 대하여 지방세법 제106조 제1항 제1호 에 따른 종합합산과세대상(이하 “종합합산과세대상”이라 한다)과 같은 법 제106조 제1항 제2호에 따른 별도합산과세대상(이하 “별도합산과세대상”이라 한다)으로 구분하여 과세한다.
(2) 농어촌특별세법 제5조(과세표준과 세율) ①농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호별 과세표준 세율 8 종합부동산세법에 따라 납부하여야 할 종합부동산세 100분의 20
(3) 구 지방세법(2019.12.3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조(과세대상의 구분 등) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.
1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.
2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지. 다만, 제1호가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.
3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지
(4) 지방세특례제한법 제38조(의료법인 등에 대한 과세특례) ① 의료법 제48조 에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 각각 경감한다.
1. 2024년 12월 31일까지 취득세의 100분의 30(감염병전문병원의 경우에는 100분의 40)을, 재산세의 100분의 50(감염병전문병원의 경우에는 100분의 60)을 각각 경감한다.
(1) 쟁점병원부지 내역은 아래 <표1>과 같고, 쟁점병원부지 각각에 재산세 감면율(50%)을 적용한 부분을 제외한 면적에 해당하는 부분이 쟁점토지이다. <표1> 쟁점병원부지 내역 OOO
(2) 청구법인의 경정청구에 대하여 처분청은 2021.12.6. 아래 <표2>와 같이 거부사유를 기재하여 경정청구를 거부하였다. <표2> 처분청의 경정청구 거부사유 OOO (3) 처분청은 쟁점병원부지에 대한 재산세 관할 지방자치단체장에게 “재산세 과세구분 변동내역”에 대하여 확인을 요청하였고, 그 요청에 대하여 각 지방자치단체장은 아래 <표3>과 같이 처분청의 종합부동 산세 과세구분과 동일하게 재산세도 과세구분하는 내용으로 회신하였다. <표3> 재산세 과세구분 변동내역 요청 및 회신 OOO
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 다음과 같이 살펴본다. (가) 쟁점①과 관련하여, 청구법인은 구 지방세법 제106조 제1항 의 규정에 따르면, 종합합산 과세대상 토지가 재산세가 경감될 경우 같은 항 제1호 각 목 외의 단서에 따라 종합합산과세대상으로 보지 않도록 규정하고 있고, 별도합산과세대상 토지의 경우에는 같은 항 제2호 각 목 외의 단서에 따라 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있으므로, 종합합산 및 별도합산과세대상에서 제외되는 토지는 분리과세대상에 포섭될 수 밖에 없으므로 쟁점토지도 분리과세대상이라고 주장하나, 쟁점토지는 지방세특례제한법제38조에 따라 재산세가 감면되는 부분을 제외한 나머지 부분으로서, 구 지방세법 제106조 에서 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분하면서 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 나머지는 모두 종합합산과세대상인 것으로 규정하고 있는바 같은 조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서에서 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 또는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외하도록 규정하고 있을 뿐 해당 토지 중 재산세가 과세되는 비율에 해당하는 토지에 대하여는 구 지방세법 제106조 에서 특별히 달리 정하고 있지 아니하므로 동 규정에서 정한 과세대상의 구분에 관한 일반적인 기준에 따라 구분하여 과세함이 해당 조문의 문언에 부합하여 보이는 점, 구 지방세법 제106조 에서 분리과세대상을 둔 것은 정책적 고려에 따라 중과세 또는 경과세의 필요가 있는 토지에 대하여 예외적으로 별도의 기준에 의하여 분리과세함으로써 종합 또는 별도합산과세에서 오는 불합리함을 보완하고자 하는 것으로 그 대상은 구 지방세법 제106조 및 같은 법 시행령 제102조에서 한정적으로 규정하고 있는바 쟁점토지는 분리과세대상으로 나열되어 있지 아니한 점, 구 지방세법에서 2005.1.5. 이전에는 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액’을 ‘재산세가 면제되는 토지가액’과 함께 종합합산 또는 별도합산 과세표준에 합산하지 않는다고 규정하였는데, 종합부동산세가 신설된 2005.1.5.부터는 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 ‘종합 또는 별도합산대상 토지로 보지 않는다”고 개정하였다가, 2019.12.3.에는 종합합산과세대상을 ‘별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지’로만 규정하고 “재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산 또는 별도합산 과세대상으로 보지 않는다”는 문구는 삭제하는 것으로 개정한 점 등에 비추어 구 지방세법 제106조 는 재산세가 경감되는 토지의 경감비율 부분은 각 과세대상 구분별 과세표준 합산대상에서 제외하고, 해당 토지 중 과세되는 나머지 부분은 해당 토지의 과세대상 구분에 따라 종합합산 또는 별도합산 과세대상으로 분류하여 과세하라는 의미로 해석함이 법령의 문언, 체계 및 연혁에 부합하여 보이므로(조심 2020지1436, 2020.10.15. 참조), 재산세 감면 대상이 아닌 쟁점토지를 종합합산 또는 별도합산 과세대상으로 보고 청구법인이 종합부동산세 및 농어촌특별세 세액을 감액하는 것을 구하는 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 쟁점②와 관련하여, 청구법인은 이 사건 경정청구에 대한 거부처분은 지방세 관련 경정이 되지 않은 것을 이유로 거부한 것으로, 지방세를 담당하는 지방공무원의 부작위를 이유로 청구법인의 경정청구권을 형해화 시킨 것이고, 종합부동산세법의 요건을 검토하여 경정여부를 판단하여야 함에도 단순히 재산세가 경정되지 않았음을 이유로 경정을 거부한 위법한 처분이라고 주장하나, 앞서 쟁점①에서 보듯이, 이 건 경정청구에 대한 처분청의 거부처분은 적법한 것으로 직권취소할 사유가 없는 점, 재산세는 부과납세방식의 세목으로 관할 지방자치단체장은 구 지방세법 등을 검토하여 쟁점토지가 합산과세 대상에 해당한다는 판단을 하였으므로 지방자치단체장이 쟁점토지의 과세구분을 변경하지 않은 것은 단순 불복기간 경과에 따른 것이 아닌 실질적 사유에 의한 것으로 보이는 점, 청구법인이 주장하는 구 지방세법 규정에 대한 내부검토 여부는 행정기관 내부의 문제로 처분이 위법하려면 내부검토 결과에 따라 처분 시 청구법인에게 알려주는 처분사유가 잘못된 경우이어야 하나, 처분청의 경정청구 거부통지에 기재된 거부사유에 근거법령으로 “ 종합부동산세법 제11조 ” 및 “구 지방세법 제106조 제1항 제1호 및 제2호”를 명확하게 규정하고, 처분청이 관계기관으로 지방자치단체의 과세구분 현황을 파악하여 재산세에 관한 구 지방세법의 적용 현황 등에 따라 합산과세 되고 있음을 처분사유로 명확하게 적시하고 있어 청구법인은 처분청이 경정청구를 거부한 사유가 쟁점토지는 종합부동산세법 및 구 지방세법에 따라 분리과세대상토지로 볼 수 없다는 것임을 충분히 알 수 있으므로 처분사유에 하자는 없는 것으로 판단되는 점 등에 비추어 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 처분청이 관련법령을 검토하여 실체적인 거부사유를 확인하고 이에 따라 거부한 것으로 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.