연관 형사사건의 판결에 의하면, 이 건 블로커는 청구법인이 기존에 수입하였던 범용 블로커와는 구별되는 특수 블로커로서 그 효능 내지 가치가 있어 완제품 제조에 실제로 사용되었고, 그 수입대금이 조작되었다고 보기도 어렵다는 등의 이유로 가격조작은 물론 허위세금계산서 교부 등 공소사실 모두에 대하여 무죄판결이 확정된 점, 이 건 블로커에 대하여 연관 형사사건의 판결과 다르게 볼 만한 다른 사정이 있다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점수입세금계산서의 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 블로커는 진단키트 진단율을 개선하는 효과가 있어 경제적 가치가 충분히 인정될 뿐만 아니라 진단키트 제조에 사용되었음이 확인되므로, 가치가 없거나 진단키트 제조 시 투입하지 않은 것을 전제로 한 이 건 처분은 취소되어야 한다.
(2) 세금계산서의 필요적 기재사항인 공급가액이 사실과 다르게 적혀 있다고 볼 수 있는 경우는 당사자 간에 합의된 계약 내용과 다르게 공급가액이 적힌 경우에 국한되며, 그 공급가액이 규범적으로 정당한 것인지의 여부는 원칙적으로 고려대상이 아니다. (가) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 공제하지 아니하는 매입세액의 범위에 대하여 ‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액’이라고 규정하고 있다. (나) 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결)를 말하며, 이는 곧 계약 내용이 실제로 수수되는 재화 또는 용역의 공급대가와 차이가 있는 경우를 의미할 뿐 규범적으로 정당한 가격 또는 정상적인 시장에서 거래되었더라면 형성되었을지 여부까지 판단하는 것이 아니다. (다) 계약당사자는 금전적 이익, 거래실적, 투입비용, 시장진입장벽, 거래 상대방과의 관계, 협상력 등 다양한 사정들을 참고하여 자유롭게 거래가격을 합의할 수 있으므로, 당사자가 처한 경제적 상황, 경영 판단 하에서 합의한 거래가격은 유효한 것으로서 최대한 존중되어야 하며(대법원 2019.1.31. 선고 2018두57452 판결 등), 더욱이 부가가치세법은 당사자 사이에 합의된 거래가격을 부인하고 정상적인 거래에서 적용되었어야 할 가격을 적용하는 규정이 없다.
(3) 청구법인은 합의된 계약 내용에 따라서 이 건 블로커의 대가를 지급하고 수입하여 진단키트 제조에 사용하였고 그 효과가 입증되어 경제적 가치가 확인되었으므로, 처분청이 쟁점수입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 여지가 존재하지 않는다. (가) 청구법인이 수입한 이 건 블로커는 해외 공급업체와 구속력 있는 원재료 공급계약에 따른 거래이고, 실제 수입된 원재료의 품목, 가격, 수량이 명확히 기재되어 있음이 송품장에서도 확인된다. (나) 청구법인이 해외 공급업체로부터 수입한 이 건 블로커의 주요 기능은 교차반응을 차단하는 것으로서, 진단키트 제3차 공급계약의 이행 무산에 따른 불가피한 경우 이외에는 대부분 진단키트 제조에 사용되었다. (다) 청구법인이 수입한 이 건 블로커는 효과가 입증되어 경제적 가치가 분명히 인정된다. 이 건 블로커는 진단키트 성능 향상에 필요하고 효과를 보였음이 연구 자료, 학술 논문 등에서 확인되었으며, 실제로도 이 건 블로커가 사용된 이후에 진단키트 정확도가 1% 내지 2% 향상되었다. 이 건 블로커의 교차반응 억제효과는 송품장 상에 기재된 용도, 세계적 블로커 공급업체 OOO팜플렛, 식약처 ‘의료기기 허가심사방안’에서도 객관적으로 확인된다. 블로커의 가격은 품질, 지역 특수성에 따라 편차가 크고 별도로 정해진 국제시세는 없으나, 청구법인이 다른 독립제약회사로부터 수입한 블로커의 가격이 이 건 블로커의 가격보다 더 고가인 사례가 확인되며, 제3차 공급계약이 중단된 이후에도 미리 구입한 블로커 중 일부를 국내외 제약회사에 수입가격보다 고가로 판매하였다는 사실을 종합하여 볼 때, 이 건 블로커의 경제적 가치가 상당하다는 사실을 확인할 수 있다.
(4) 처분청은 아래와 같은 이유로 이 건 블로커가 가치가 없거나 진단키트 제조 시 투입되지 않았다고 보고 있으나 타당하지 않다. (가) 처분청은 2016.6.16. 청구법인과 중개인 OOO사이에 작성된 수수료 계약서의 내용이 실행되었고 블로커 매입대금이 바로 중개수수료라는 취지로 주장하고 있다. 그러나 수수료 송금사실이 없으며 수수료계약은 합의하에 파기되었다. 수수료계약서는 브라질에서 진단키트 PDP사업을 구체화하는 약정서가 체결되고 제1차 공급계약이 이루어지기 전에 작성된 것으로, 청구법인은 OOO가 제안한 수수료계약을 진지하게 검토하였고, 계약서에 서명하기도 하였으나, 용역 범위나 수수료 산출기준이 불명확함을 이유로 계약을 체결하지 않겠다고 결정하고, OOO와 합의하여 계약을 파기하였다. 청구법인은 OOO또는 OOO가 지정한 회사에 중개수수료를 지급한 사실이 없으며, 처분청이 언급한 미화 OOO달러 지급은 OOO임직원들이 우리나라로 출장을 왔을 때 여비, 교통비, 업무경비 등 실비를 보전하여 준 것에 불과하다. (나) 처분청은 임직원의 초기진술과 관련하여 Pay Back을 리베이트로 단정짓거나, 이 건 블로커가 가치가 거의 없다는 등 취지의 의견이나, 이는 진단키트 개발·생산·유통 등과 직접 연관이 없는 임직원의 착오 등에 따른 것에 불과하다. 처분청은 a 전 최고재무책임자의 진술에서 “Pay Back”이라는 용어의 해석을 통상적으로 리베이트와 같이 되돌려주는 금액을 지칭하는 것으로 단정하였는데, a이 정리한 “Pay Back 정리” 자료에서 “Pay Back”은 “매출액에서 원료(이 건 블로커)를 구입해야 할 금액으로 다시 지출되어야 할 금액을 의미”한다고 명확히 설명되어 있고, a도 초기 진술의 오인을 바로잡고자 후속 확인서를 제출한 바 있다. 처분청은 b 전 부사장이 진단키트 원재료의 가치가 거의 없다거나 수출 완제품 가격이 인위적으로 높게 되었다라고 진술하였다고 주장하나, b은 공인회계사로서 회계처리를 담당하였을 뿐 진단키트의 전문가가 아니므로 진술 내용을 신뢰하기 어렵다. 또한 b은 수사기관의 압수수색과 소환요구에 위축되고 강경한 조사 분위기에 당황하여 추궁하는 대로 사실과 다른 진술을 하였다고 확인서를 제출하였다. (다) 처분청은 이 건 블로커의 보관·생산 기록을 문제삼거나 일부가 폐기된 것과 관련하여 이 건 블로커의 가치가 없는 것다는 의견이나, 제조·회계 기록은 진실된 것이고 폐기 역시 제3차 공급계약의 중단이라는 불가피한 사정에 의한 것이다. 처분청은 청구법인이 이 건 블로커의 기능, 가치를 연구 및 실험한 사실이 없다거나 진단키트 제조기록이 수기 작성되어 믿기 어렵다 는 의견이나, 청구법인은 이미 2016년 11월 블로커 실험기록(블로커가 없는 실험사례, OOO지정 블로커를 사용한 실험사례 비교)을 도출한 바 있으며 세무조사 시 제출하였다. 처분청은 청구법인이 회계자료 혹은 서류를 임의로 변경하여 신뢰할 수가 없다는 의견이나, 청구법인은 2017년도부터 한국채택국제회계기준을 도입하여 매출액을 부풀리지도 않았고, 회계기준을 준수하여 재무제표를 작성하였으며 외부감사에서도 지적된 바 없다. 처분청은 이 건 블로커 중 상당 부분이 폐기되었으며 수입되어 사용된 경우에도 효용이나 가치를 밝힐 연구 실험이 없었거나 기록이 믿을 수 없게 작성되었다는 의견이나, 이는 보관 문제, 고객의 일방적 사양변경·거래 단절이라는 특별한 사정으로 인해 발생한 것이다. (라) 처분청은 OOO가 지정한 원료공급업체가 모두 페이퍼컴퍼니로 이는 정상적 무역거래가 아니라는 의견이나, 국제거래에서 당사자 간 합의로 제3국 소재 도관회사를 거치는 복합적 중개무역이 성행하고 있으며, 이와 같은 중개무역의 경우 홍콩 등 소재 회사가 별도의 자산이나 인력을 두지 않는 것도 이례적이라고 보기 어렵다. (마) 처분청은 청구법인의 직원이 일부 보조업무에 협력한 것을 과장하여 수출서류를 조작하였다는 의견이나, 청구법인 소속 직원은 수출자를 위하여 무역 관계 서류의 서식 보완, 교정 등 실무 항목을 협업한 것일 뿐 수출 판매를 위한 최종 서류는 중개무역업체가 완성해 자신의 명의로 발송하였으며, 이는 소수인력으로 다양한 교역을 처리하여야 하는 중개무역업체 특성상 자연스러운 현상이다.
(5) 청구법인과 당시 대표이사는 이 건 블로커 수입거래 및 진단키트 완성품 수출거래에 관하여, 관세법(가격조작, 허위신고, 부정수입), 조세범 처벌법, 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률, 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반 혐의로 기소되었으나, 모두 무죄판결을 받았다(인천지방법원 2023.2.16. 선고 2021고합924 판결). 세무조사가 형사사건을 담당했던 검찰의 지시에 따른 것이고, 처분청의 과세논리도 형사사건의 전제인 관세법상 가격조작에 근거를 두고 있는 점을 고려하면, 연관 형사사건에서 무죄로 판결된 이상 이 건 처분 역시 위법·부당함이 명백하다. 연관 형사사건에서 법원은 이 건 블로커의 수입 거래 및 진단키트 완성품의 수출 거래가 존재하고 거래 당사자들 간 수출입 가격이 조작되지 않았으므로 관세법상 가격조작을 무죄로 판단하였다. 청구법인이 이 건 블로커의 수입 및 수입대금을 지급한 것은 실재하는 계약에 근거한 것이고, 전문가(교수, 임직원) 진술·임상시험·논문 등을 통해 이 건 블로커가 염가의 범용물질과 성능에 차이가 있다는 것이 확인되므로 수입가격도 적정하며, Payback 금액만큼 고가로 가격이 조작되었다는 수사기관의 주장 역시 타당하지 않다. 수사기관은 청구법인이 부당한 재산상의 이익을 취득하고자 진단키트 완성품 수출가격과 이 건 블로커 수입가격을 조작하였다고 주장하나, 이를 뒷받침할 객관적 증거가 없으며 외국과의 독점 수출계약에서 나타나는 일반적인 경영판단 범위를 벗어나지 않는 행위이다.
(6) 만일 청구법인이 수입한 이 건 블로커가 원재료로서의 재산가치가 없으므로 쟁점수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다면, 청구법인이 수입 시 납부한 부가가치세액은 환급되어야 한다.
(2) 연관 형사사건에 대한 판결 (인천지방법원 2023.2.16. 선고 2021고합924 판결)이 무죄로 확정되었더라도 해당 거래가 실지거래임이 입증되는 것은 아니다. (가) 형사소송 절차는 행정처분 절차보다 엄격한 범죄사실 증명이 요구되므로 비록 검찰의 불기소 처분이나 무죄 취지의 판결이 있다 하더라도 그것이 곧 실지거래가 입증되는 것으로 볼 수 없다(조심 2016중1173, 2016.9.13.). (나) 또한 법원에서도 형사판결에서 조세포탈로 인정된 부분을 초과하여 과세처분이 이루어진 사안에 대한 행정소송(서울행정법원 2008.11.12. 선고 2007구합21426 판결)에서 “행정소송에 있어서 형사판결이 그대로 확정된 이상 위 형사판결의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없으면 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없으나(대법원 1999.11.26. 선고 98두10424 판결 참조), 이는 공소제기된 범죄사실의 범위 내에서 위 형사판결에 의하여 사실관계가 확정된 부분의 경우 이와 배치되는 사실인정이 제한된다는 취지일 뿐이고, 형사재판에서는 공소된 범죄사실에 대한 거증책임이 검사에게 있는 것이고 유죄의 인정은 법관으로 하여금 합리적인 의심을 할 여지가 없을 정도로 공소사실이 진실한 것이라는 확신을 가지게 하는 증명력을 가진 증거에 의하여야 할 것이나, 조세소송에서는 현실적으로 조세의 납부와 관련하여 국민들 사이에 조세회피의 심리가 만연되어 있고, 과세요건사실을 뒷받침해주는 과세자료들이 모두 납세자가 직접 지배하는 생활영역 내에 있어 과세관청이 납세자의 협력 없이 과세자료를 찾아낸다는 것이 극히 어려운 상황이므로 조세소송에 있어서 형사소송에서 요구되는 정도의 입증을 요구할 수 없다고 할 것이고, 그 결과 선행 형사판결에서 확정된 부분 이외에 추가로 부과처분이 이루어진다고 하더라도 이를 위 형사판결의 확정사실에 반하는 것이라고 볼 수 없다”고 판단하여 형사소송과 행정소송에서의 요구되는 입증 정도는 다르며 형사판결의 사실 확정이 행정소송의 사실 판단을 제한할 수 없다는 점을 밝히고 있다. (다) 연관 형사사건에서 재판부도, “검사가 제출한 증거만으로는 피고인들이 자신 또는 제3자로 하여금 부당하에 이익을 취득할 목적으로 피고인들이 OOO에 수출하는 진단키트의 수출가격 및 그 진단용 시약의 원재료로 수입하는 이 건 블로커의 수입가격을 고가로 조작하여 신고하였다는 점이 합리적인 의심의 여지가 없을 정도로 증명되었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다”고 판시하였다. 즉, 연관 형사사건에서 재판부도 수입가격을 고가로 조작하여 신고하지 않았다는 점이 객관적으로 입증되었기 때문에 무죄라고 판단한 것이 아니라, 가격을 조작하여 신고하였다는 점이 합리적인 의심의 여지가 없을 정도로 증명되지 않았기 때문에 무죄로 판단한 것에 불과하다. (라) 연관 형사판결에서는 조세범 처벌법 제10조 제3항 제1호 에서 “재화의 수입”에 대한 처벌조항이 없다는 점에 근거하여 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률 위반(허위세금계산서교부등)에 관해서 무죄판결이 이루어진 것으로 이해된다. 그러나, 부가가치세법에서는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우로 규정하여 거짓의 수입계산서의 매입세액은 공제하지 않도록 명시하고 있고 (제39조 제1항 제2호), 또한 재화 또는 용역을 공급받고 세금계산서 등의 공급가액을 과다하게 기재한 세금계산서 등을 발급받은 경우 가산세를 부과하도록 하고 있다 (제60조 제3항 제6호). (마) 연관 형사판결에서도, “‘재화를 수입하지 아니하고’ 수입세금계산서를 발급받은 행위를 조세범 처벌법 제10조 제3항 제1호 를 적용하여 처벌하는 것은 피고인들에게 불리한 방향으로 지나치게 확장해석하거나 유추해석한 것으로서 죄형법정주의의 원칙에 반하여 허용될 수 없다”고 하며 “이와 같이 이 부분 공소사실을 무죄로 판단하는 이상, 허위의 세금계산서를 수취한 사실이 없다는 피고인의 주장에 관하여는 더 나아가 실피지 아니한다”고 하여, 허위의 세금계산서인지 여부는 판단하지 않았다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제35조(수입세금계산서) ① 세관장은 수입되는 재화에 대하여 부가가치세를 징수할 때(제50조의2에 따라 부가가치세의 납부가 유예되는 때를 포함한다)에는 수입된 재화에 대한 세금계산서(이하 “수입세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 수입하는 자에게 발급하여야 한다. 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)
2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액
② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.
③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(1) 청구법인의 대표이사 c는 브라질에서 OOO라는 진단키트 제조·판매 회사를 설립하여 운영하는 OOO의 소개로 OOO의 대표 OOO를 만나 브라질에서 퍼지고 있는 OOO바이러스 등에 대한 신속 진단키트 개발을 논의하였고, 청구법인은 2015.6.30. OOO주(州) 및 OOO주 보건부와 신속 진단검사 및 효소면역측정법 연구·개발·생산 및 유통과 관련된 기술 이전 및 계약 체결에 관한 양해각서(MOU)를 작성하였다.
(2) 그 후, 청구법인은 OOO와 사이에 2016.10.27. OOO진단키트를 독점적으로 공급하기로 하는 내용의, 2017.1.19. OOO진단키트를 독점적으로 공급하기로 하는 내용의 각 1차 공급계약을 체결하고, 2017.12.15. OOO진단키트를 독점적으로 공급하기로 하는 내용의 2차 공급계약을 체결하였으며, 그 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 진단키트 계약내역 (단위: $, test)
(3) 청구법인은 1차 및 2차 공급계약에 따라 2016.11.29.부터 2018.6.19.까지 OOO에게 아래 <표2>와 같이 OOO바이러스 등의 진단키트를 공급하였다. <표2> 진단키트 공급내역 (단위: 천원)
(4) 청구법인은 위와 같이 OOO에게 진단키트를 공급하면서 OOO또는 대리인이 지정한 해외 소재 103개 업체로부터 이 건 블로커를 수입하였으며, 그 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 이 건 블로커 수입내역 (단위: 천원)
(5) 조사청은 청구법인의 대표이사 c가 브라질 국영기업인 OOO와의 거래를 성사시키기 위하여, 중개인 OOO등에게 수수료를 지급하기 위한 명목으로 진단키트 제조에 필요하지 않은 이 건 블로커를 고가의 원료인 것으로 가장하여 수입한 것으로 보았으며, 그것의 주요 근거로 다음과 같이 세무조사 시 확보한 중개인 OOO와의 수수료 계약서의 내용대로 OOO와의 단가 계약이 이루어지고 수출대금 수취 후 선급금 형식으로 대금을 송금한 사실, 이 건 블로커의 투입 여부가 확인되지 않는 사실 등을 제시하였다. (가) (중개인 OOO와의 수수료 지급계약 체결 및 실행) ① 청구법인은 OOO와 최초 공급계약을 체결하기 5개월 전인 2016.6.16. OOO와의 거래를 중개한 OOO와 사이에 계약을 체결하였으며, 계약서에는 청구법인이 판매제품의 전체 가격을 OOO에게 청구하여 지급받으면 15일 후 생산비용과 마진을 제외한 나머지 금액을 OOO가 지정한 회사로 지불한다고 되어 있다. ② 청구법인은 OOO의 요청에 의해 매입한 이 건 블로커와 관련하여 어떠한 의사결정도 하지 않았고, 블로커의 종류와 수량, 매입 시기, 블로커 종류의 변동 및 블로커의 가격 등 거래 전반의 모든 의사결정은 OOO가 하였다. ③ 청구법인은 OOO가 대금 지급을 지시하면 선급금 명목으로 대금을 송금하였고 블로커는 상당한 기간이 지난 후에 수입되었다. ④ 청구법인은 2016년 11월 OOO에게 최초로 진단키트를 공급하고 그 대금은 2016.12.19. 지급받았으며, 2016.12.27.부터 블로커 매입대금을 송금하였다(블로커가 최초로 수입된 것은 2017.2.21.이다). ⑤ 청구법인은 2018.6.19. OOO에게 마지막으로 진단키트를 공급하였음에도 2018.11.9.까지 90여 차례 OOO원 가량의 블로커를 추가로 매입하였으며, 이는 수수료 지불계약에 따른 것이다. ⑥ 청구법인은 정확히 언제 블로커가 수입되는지 확인되지 않은 채로 OOO가 지시하면 지시받은 업체의 계좌에 선급금을 지급하였고 입금업체는 OOO와의 계약서에 첨부된 업체와 일치한다. ⑦ c는 OOO와의 계약 체결 2주 뒤인 2016.6.30. OOO에게 레터OOO를 보냈으며, 그 내용은 진단키트의 판매단가를 협의하는 내용으로 모든 진단키트의 단가는 OOO와 작성된 계약서의 단가와 일치한다. ⑧ c는 2016.11.1. OOO에게, OOO의 대표가 OOO와의 수수료 외 별도의 수수료를 요구한다는 내용의 이메일을 발송하였으며, 이에 의하면 OOO와 협의한 내용과 달라 혼란스러우니 어떻게 해야 하는지 알려달라고 요청한 내용이 확인된다. c는 OOO대표에게 리베이트 등의 명목으로 대금을 지불한 적이 없다고 답변하였으나, 추후 c와 청구법인의 직원들이 돈을 모아 지불한 내용을 정리한 파일이 확인되자 미화 OOO달러를 지불하였다고 답변하였다. (나) (청구법인 직원의 진술내용) 인천세관 수사 시, 청구법인의 실무직원들은 이 건 블로커 매입거래가 수수료 송금 목적의 명목상 거래라고 진술하였다. ① 상무 a은 재무총괄로서 이 건 블로커 매입거래 전반 업무를 수행하였으며, 이 건 블로커 매입은 매출액의 일부를 돌려줘야 하는 명목상 거래라고 일관되게 진술하였다. a은 OOO로부터 인보인스(Invoice, 송장)를 받아 페이퍼컴퍼니에 대금을 송금하는 업무를 하였으며, 본인이 작성한 수출서류들을 해당 수출업체에 요구한 사실이 없다. 또한 a은 c의 지시에 따라 OOO등에 돌려줘야하는 리베이트금액을 ‘Pay Back 정리’라는 제목으로 정리하여 기록하였다. 청구법인은 블로커 매입금액이 이미 정해져 있었기 때문에 단순히 용어만 ‘Pay Back’으로 사용한 것이라고 답변하였으나, Pay Back은 통상 리베이트 등을 지칭하는 용어로 사용되며, a이 작성한 Pay Back 파일을 보면 OOO에 정상적으로 매출한 후 회수하지 못한 채권 미화 OOO달러는 Pay Back 하지 않았고 해당 파일에서도 ‘수수료’라는 용어를 사용하였다. 회사에 유리하도록 Pay Back 금액을 계산하였다고 작성한 것으로 볼 때 Pay Back은 블로커 매입과 연관된 것이 아니라 청구법인의 매출채권과 연관되어 작성된 것임을 알 수 있다. ② 부사장 b은 청구법인의 코스닥시장 상장 준비업무 등을 담당하였으며, c로부터 OOO의 요구에 의해 리베이트를 포함한 가격으로 매출가격을 결정하고 OOO가 지정한 업체에 리베이트를 송금하고자 한다는 말을 들었다고 진술하였다. ③ 대표 c는 블로커 매입명목에 따른 송금액과 송금시기 등은 일방적으로 OOO에 의해 결정되었으며, 블로커 매입은 명목상 거래로 블로커의 가격은 확인하지 않았고 실제 판매가격과의 차액을 송금하고 수입신고하였다고 진술하였다. c는 청구법인이 매입한 블로커는 청구법인의 제품제조의 필요에 따라 구매하여 첨가하는 것이 아니라 OOO가 요구하여 매입한 것으로서 실제 블로커는 OOO의 돈으로 구매하는 것이고 청구법인은 블로커 구매에 어떠한 의사결정도 할 수 없는 구조이므로 OOO가 블로커를 얼마에 구매하였는지 구매가격은 모르며, 계약금액과 실제 판매금액과의 차액을 송금하였고 블로커 대금은 송금하지 않았다고 진술하였다. 또한 블로커 구입명목으로 지급한 대금이 OOO 대표의 비자금으로 사용된 것을 인지하였다. (다) (이 건 블로커의 재고관리 및 투입 여부)
① 청구법인은 코스닥시장 상장 등을 이유로 2018.12.19. OOO회계법인을 통해 재무실사 평가 보고서(Financial Due Diligence and Valuation)를 작성하였으며, 이에 따르면 2017년 원재료비는 매출원가에서 가장 많은 비중을 차지하는 항목이고, 2016년 대비 2017년 원재료비 상승의 주요 원인은 원재료 폐기에 따른 것으로 2017년말 보관 및 운송 과정에서 불량처리된 원재료 폐기는 OOO원으로 되어 있다. 그러나 2017년 원재료 폐기와 관련된 자료는 없고, 재무제표에도 폐기와 관련된 내용은 반영되지 않았으며, 2017년도 말 원재료 재고는 OOO원으로 기록하였고, 해당 기말재고는 2018년에 폐기 또는 소모품비로 인식하여 전부 제조에 투입되지 않은 것으로 확인되었다. ② 청구법인은 내부적으로 2017년도 말 회계감사를 대비하여 작성한 재고자산 목록에는 제품 OOO원, 공정품 OOO원, 원자재 OOO원, 부자재 OOO원으로 총 OOO원이 있는 것으로 작성하였으나, 재무제표에는 제품 OOO원, 원재료 OOO원만 신고하여 약 OOO원의 재고자산을 실제보다 과소하게 작성하였다. ③ 또한 2018년 2월과 10월에 폐기한 것으로 제출한 보고서에 따르면, 제품 종류와 수량이 모두 다름에도 금액은 정확히 OOO원으로 일치하므로 실제 폐기된 것인지 확인되지 않는다. ④ b 부사장은 최초 진술 시 폐기손실 등을 통해 손익이 적정하게 계상되도록 노력하였다고 진술하였으며, a은 회계감사를 대비하여 실제 재고와 회계상 수치를 맞추기 위해 기말에 기말재고를 역산하여 원가율 등을 고려하여 맞추었다고 답변하였다. ⑤ 청구법인은 2017년 최초 회계감사에서, “ 2017.11.27. 회사의 감사인으로 선임되었기 때문에 보고기간 개시일 현재의 재고자산 실사에 입회하지 못하였고, 대체적인 방법에 의해서도 해당 2016.12.31. 현재 보유 중인 재고자산 수량에 대해 만족할만한 결과를 얻지 못하였으며, 기초 재고자산이 재무성과와 현금흐름의 결정에 영향을 미치기 때문에 우리는 손익계산서에 보고된 연간 손익과 현금흐름표에 보고된 영업활동으로부터의 순현금흐름에 수정을 요하는 사항이 있는지 여부를 결정할 수 없었다”는 이유에서 한정의견을 받았다. ⑥ 청구법인은 2018.6.19. OOO에게 마지막으로 제품을 공급하였고 그 시점에 블로커 매입명목의 선급금 OOO원도 송금한 상태였으나, 그 이후인 2018.10.18.까지 100회 이상 선급금을 추가로 지급하고 92회 걸쳐 OOO원의 블로커를 매입하였다. 청구법인은 매입한 OOO의 블로커를 반품하려는 노력이 없었고 거래가 중단된 후 OOO원의 블로커는 연구비로 대체하였으나 연구기록 등 관련 자료는 확인되지 않으며(일부는 감모손실로 처리), 나머지 OOO원의 블로커는 2019년 전액 폐기손실충당금으로 대체한 후 2020.7.13. 폐기하였다. ⑦ 제조기록서에 의하면, 청구법인은 제품을 2016.11.29. 최초로 수출하고, 블로커를 2017.2.21. 수입하였으며, 블로커는 2017.7.12. 처음으로 투입하였다. 청구법인은 블로커를 처음으로 투입한 2017.7.12. 이전까지 OOO에게 32차례 걸쳐 총 OOO원OOO의 진단키트를 수출하였으며, 이는 1차 공급계약의 85% 이상의 제품이 블로커가 투입되지 않았음을 의미하므로, 블로커의 투입 여부가 제품단가에 영향을 미치지 않음을 알 수 있다. 또한 제조기록서에 의하면 OOO진단키트는 2018.1.2, OOO진단키트는 2018.1.10, OOO진단키트는 2018.1.3. 공정에서 어떠한 블로커도 투입되지 않았으며 블로커가 투입되지 않았을 때의 위양성(특정 바이러스에서만 양성반응이 나타나야 하나 그 외 바이러스에서도 양성 반응이 나타나는 양성반응의 오류) 반응검사 등도 이뤄지지 않았다. ⑧ 이후 제조기록에도 블로커의 투입량 변동이 심하고, 투입된 블로커의 종류와 비율도 아무런 규칙 없이 불규칙하게 이뤄진 것을 알 수 있다. 청구법인은 2017년 초부터 2018년 초까지 9종의 블로커를 수입하였고, 이후 8종의 블로커는 수입을 중단하고 새로이 3종의 블로커를 수입하였으나, 블로커의 종류가 변동될 때에도 OOO와 협의한 내용 등의 서류는 존재하지 않고, 블로커 변동 시 새로 실험한 위양성 반응검사 등도 존재하지 않는다(아래 <표4>). <표4> 2018년 OOO바이러스 진단키트 블로커 투입내역 (단위: mg) (라) (제조기록서 임의작성 및 소급 작성) 청구법인은 진단키트 제조 시마다 생산관리 직원이 제조기록서를 작성한 것으로 되어 있으나, 실제로는 생산업무와 무관하게 회계업무를 담당한 a이 회계감사 등을 대비할 목적으로 블로커의 수입량과 제품 출고량을 고려하여 적당한 비율로 블로커를 투입한 것처럼 배분해서 수입량, 출고량, 재고자산 등을 정리한 것이며, 회계감사 전 재고자산 목록을 작성하는 과정에서 작성한 메일에 따르면, 블로커의 수입량보다 출고량이 더 많아 이를 정정하는 등 연말에 소급하여 수차례 블로커 투입량을 정정하였는바, 블로커 투입근거라고 제출한 제조기록서는 그 내용이 진실하지 않다. (마) (수출통관 서류 조작 및 페이퍼컴퍼니 설립) ① 청구법인은 수출업체에서 작성하여야 하는 상업송장, 포장명세서, 성분분석표 등을 a이 c 지시에 따라 아무런 근거 없이 작성하였다. ② 청구법인은 회계감사인이 블로커 수출업체(홍콩 등에 소재한 페이퍼컴퍼니)를 방문할 가능성이 있고, 페이퍼컴퍼니와 거래한 것이 문제가 될 수 있다고 보고 청구법인 독자적으로 싱가포르에 페이퍼컴퍼니OOO를 설립하였다. 청구법인은 OOO가 지정한 페이퍼컴퍼니에 직접 송금하지 않고 OOO에 송금한 다음 OOO에서 OOO가 지정한 페이퍼컴퍼니로 송금하였으며, 송금업무 전반은 청구법인의 직원 a에 의해 이루어졌다. 청구법인은 OOO에서 블로커를 4차례 수입하는 것처럼 조작하였고, 수출통관 서류도 아무런 근거없이 조작하여 작성하였다. ③ 청구법인은 블로커 수입 시 수출업체로부터 커머셜 인보이스를 수취하였고 해당 서류에는 블로커가 오직 연구용으로만 사용되는 것으로 되어 있다. 청구법인은 블로커 수입 시 세관에 수입물품의 세번(HS부호)을 의약제품 생산에 필요한 원료물질로 신고하지 않고 실험용 시약코드로 신고하였다. (바) (불법거래 인지) 청구법인의 부사장으로 재직한 b은 2017년 3~4월경 c로부터 OOO와의 계약내용에 대해 전해 듣고, 법무법인 OOO에게 OOO측의 요구사항이 법에 저촉되는지 여부를 확인하기 위하여 컨설팅을 의뢰하였으며, 자문내용은 매출처에게 리베이트를 지급하기 위해 매출처가 지정한 업체로부터 원재료를 수입하는 조건이고, 리베이트를 원재료 수입대금으로 지급하는 것이며, 송금받는 업체와 공급업체가 다르다는 것은 말하지 않고 자문의뢰한 것으로 확인된다.
(6) 청구법인은 이 건 블로커 수입거래 및 진단키트 완성품 수출거래에 관하여, 관세법(수출가격조작, 허위신고 및 수입가격조작, 부정수입), 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률(사기, 허위세금계산서교부등, 재산국외도피), 조세범 처벌법, 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 위반 혐의로 기소되었으나, 다음과 같은 이유에서 무죄로 판결되었다(인천지방법원 2023.2.16. 선고 2021고합924 판결). (가) (공급계약 내용의 존중) ① 청구법인은 OOO와의 진단키트 공급계약 내용에 따라 진단키트를 수출하고 수출대금을 영수하였으며, 마찬가지로 진단키트 공급계약의 내용에 따라 OOO 측으로부터 블로커를 수입하고 수입대금을 OOO가 지정하는 회사로 송금하였다. ② 블로커의 수입대금이 진단키트 수출액의 절반 이상에 해당하여 외관상으로는 OOO혹은 OOO가 지정하는 회사로 환급한 것처럼 보이지만, 진단키트 수출계약은 브라질 OOO정부가 추진하는 PDP사업에 청구법인이 참여하면서 OOO가 수입단가·물량 및 공급처 등을 사실상 결정하게 되는 불리한 계약조건을 수용하되 청구법인이 완제품의 독점적 수출권을 갖는 것을 전제로 체결된 것이므로, 수출계약에서 전제하고 있는 ‘블로커의 수입대금 지급·OOO와의 합작 내지 협력 등’은 자유롭고 정상적인 교섭의 결과 정해진 공급계약상 원재료 조달에 관한 계약조건이므로 존중되어야 한다. (나) (블로커의 가치와 수입대금의 적정성) ① 이 건 블로커는 교차반응을 방지하기 위한 것으로 제조방법, 구성물질, 원료의 성질, 투입 목적과 가격 등에서 범용 블로커와 차이가 있음을 의학 전공 교수 및 청구법인의 생산총괄 전무, 연구원 등의 진술에서 확인된다. ② 블로커를 투입 여부와 무관하게 진단키트의 매출단가가 변동되지 않았지만, 블로커의 투입이 늦어진 것은 재고확보·임상실험·테스트에 의한 것으로, 양자 간 공동연구ㆍ개발, 장기간ㆍ계속적 계약이라는 특수성을 고려하건대 블로커의 공급 및 투입 지연 등을 이유로 진단키트의 수출가격을 곧바로 조정하여 낮추는 것은 진단키트 공급계약의 특수성에 부합하지 아니한다. ③ 검사는 기존 범용 블로커와 이 건 블로커의 종류별 실험결과가 없다는 점, 제조기록서상 블로커 투입량이 불규칙하고 상당량의 블로커가 폐기되었다는 점, a이 회계감사에 대비하여 이 건 블로커틀 투입한 것처럼 제조기록서를 임의로 작성한 정황이 확인되는 점을 근거로 블로커가 OOO에 리베이트 송금을 위해 명목상 수입된 것이라고 주장하였으나, 이 건 블로커는 기존의 범용 블로커와 제작원리와 원료 물질, 작용방식 효능 등이 달라 종류별 실험이 반드시 필요하다고 볼 수 없고, 2017년 3월 OOO의과대학 기생충학 교수실 실험결과에서도 이 건 블로커의 효능을 확인할 수 있다. 진단키트 제조 전 블로커의 조합과 효능에 관한 샘플테스트를 실시하고 샘플테스트에서의 최상의 결과에 따라 진단키트를 제조하였다는 증인 d의 진술내용은 화학물질이 아닌 생물학적 활성을 가지고 있는 블로커의 특성에 비추어 납득할 수 있으며 따라서 블로커의 조합, 투입량이 제조 시마다 다르게 적용되었을 수 있다. 또한, 이 건 블로커가 진단키트 제조에 투입되었다는 것은 제조기록서를 통해 확인되고, 일부 폐기된 블로커는 감도 하락·단백질 변성 현상 등에 따른 것임을 폐기처리서, 부적합품처리서 등에서 확인할 수 있다. a의 이메일 내용만으로는 회계감사에 대비하여 회계상 수치에 맞춰 조정하는 정도를 초과하여 의도적, 지속적으로 제조기록서를 조작해왔다고 인정하기에 부족하므로 이 건 블로커를 명목상으로만 수입하였다고 볼 수 없다. b은 “리베이트로 인한 재고자산 등의 과대평가로 인하여 회계감사 시 재고자산에 대한 한정의견을 받았다”는 세관 제출 진술서에 대해 검찰에서 “2017년 기초 재고자산의 수불부가 명확하게 소명되지 않았거나 불비되어 기초 재고자산 관련 회계적 확신이 없어서 한정의견을 받게 되었다”는 취지로 진술을 번복하였고 법정에서도 세관조사 당시 진술은 사실이 아니라고 거듭 진술하였다. (다) (Payback 정리 자료 및 관련자들의 진술) ① 검사는 청구법인 측 자료 중 ‘Payback’이라는 문구에 착안하여 Payback 금액만큼 수출입가격이 고가로 조작되었을 것이라 주장하나, 블로커가 실제 수입되어 진단키트 제조에 사용되었다는 점, 블로커는 특수물질이기 때문에 통상적인 가격이 입증되지 아니한다는 점, 청구법인이 상한액으로 정한 원료 가격이 지나치게 높다고 단정할 수 없다는 점, 블로커의 수입은 진단키트 공급계약에서 당초부터 합의·예정되어 있었던 것이라는 점을 통해 볼 때 Payback이라는 문구, 자료만으로 청구법인이 수출입가격을 조작하였다고 볼 수 없다. ② c의 Payback에 대한 진술은 블로커의 투입량이나 가격이 정해져 있지 않기 때문에 청구법인이 손해를 보지 아니하는 블로커 가격의 상한선을 정해둔 것이라는 취지로 이해되는바, 공급계약의 체결 경위와 내용, 당시 OOO와의 관계 등에 비추어 상당한 설득력이 있는 진술이다. ③ Payback 정리 파일을 작성한 a은 “OOO가 리베이트를 원했다던가 실제 수출가격에 대한 부분은 제가 확인하지 못한 부분을 진술한 것이다”라는 취지로 수사기관에서 하였던 진술을 번복하였고, 법정에서 일관되게 유지하였다. ④ b 역시 법정에서 청구법인이 사용한 Payback이라는 용어가 원재료 매입액이라고 생각하였다는 취지로 진술하였다. ⑤ 범용 블로커에 비해 고가인 블로커가 실제 수입되어 진단키트 제조에 사용된 것으로 보이는 점, 청구법인이 상한선으로 정해두었다는 블로커 가격 또는 OOO가 정한 수입가격이 실제 가격보다 지나치게 고가라고 단정할 수 없는 점, OOO와 청구법인이 블로커 수입대금을 리베이트로 사용하기로 합의하였다고 볼 객관적 증거도 없는 점, OOO와 청구법인 사이에 진단키트에 관해 확인되는 객관적 합의내용인 공급계약에 블로커 수입이 당초부터 조건으로 부가되어 있었던 점, 설령 블로커 수입대금 일부가 OOO의 비자금 등 조성에 사용되었다 가정하더라도 수입대금 전액이 조작되거나 부풀려진 것이라 볼 수 없는 점 등에 비추어, Payback 정리 자료나 관련자들의 초기 진술만으로 청구법인이 진단키트나 블로커 가격을 조작하였다고 보기 어렵다. (라) (페이퍼 컴퍼니 설립 및 우회수입) 청구법인은 싱가포르에 OOO를 설립하고 블로커 매입대금을 OOO로 송금하였으나, 이는 청구법인이 현장실사에 의한 회계감사를 대비하기 위하여 거래구조를 변경한 것으로 청구법인이 OOO로 송금한 금원이 다시 OOO가 지정한 회사 명의로 재송금되었고, 다른 용도로 소비·사용되었다는 사실을 인정할 자료가 없다는 점 등을 통해 직접 수입대금을 송금하는 경우와 달리 취급할 이유가 없다. (마) (통관절차 회피 여부) 이 부분 공소사실은 청구법인이 수입하는 블로커가 실제로는 의약품 생산에 사용되는 약사법 상 원료의약품임에도 ‘실험실용 시약’인 것처럼 수입신고를 하여 약사법 상 표준통관예정보고를 세관장에게 제출하지 않고 부정수입하였다는 것인바, 약사법령 의 해석상 블로커가 의약품 생산에 사용되는 원료의약품이라고 보기 어렵고, 의료기기법령 에 의하더라도 블로커 수입을 위해 별도의 수입허가를 받거나 표준통관예정보고 등 절차를 갖추어야 한다고 보기도 어려우므로, 블로커 부정수입으로 인한 관세법 위반죄는 성립하지 않는다. (바) (거래의 불법 인지 여부) 청구법인은 원재료 및 진단키트 공급계약의 내용이 법적으로 문제되지 않는지 법무법인에 자문을 구하였고, 부당이득 목적으로 가격을 조작하여 신고하지 않았다면 원료의 고가매입이 문제될 가능성이 낮고, 완제품 수출가격이 원재료 수입가격보다 높음은 당연하며, 수입 원재료를 통해 완제품을 생산하여 수출할 경우 관세법 상 특별한 문제는 없어 보인다는 의견을 받았다. (사) (허위세금계산서 교부 여부) 조세범 처벌범 제10조 제3호 제1호는 ‘재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받는 행위 등을 처벌하는 조항으로서, 재화를 수입하지 아니하고 세금계산서를 발급받는 행위에 대하여는 규정하고 있지 아니하다. 또한 부가가치세법은 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입을 엄격하게 구별하여 수입재화에 대한 부가가치세는 재화의 국내거래에 따른 부가가치세와는 납세의무자나 과세표준, 신고납부절차, 징수절차, 납세의무 성립시기 등 그 과세체계를 달리하여 규정하고 있다. 따라서 이 부분 공소사실과 같이 재화를 수입하지 아니하고 수입세금계산서를 발급받은 행위를 조세범 처벌범 제10조 제3항 제1호를 적용하여 처벌하는 것은 피고인들에게 불리한 방향으로 지나치게 확장해석하거나 유추해석한 것으로서 죄형법정주의의 원칙에 반하여 허용될 수 없다(이와 같이 이 부분 공소사실을 무죄로 판단하는 이상, 허위의 세금계산서를 수취한 사실이 없다는 피고인들의 주장에 관하여는 더 나아가 살피지 아니한다).
(8) 검사는 원심 판결에 항소하였으나 항소심 법원도 원심과 같은 취지로 무죄판결하였으며(서울고등법원 2024.2.6. 선고 2023노906 판결), 동 판결은 2024.2.14. 확정되었다.
(9) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 수입세금계산서에 제32조 제1항의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 기재 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이라고 할 것이다(대법원 1996.12.10. 선고 96누617 판결). (나) 처분청은 청구법인이 중개수수료 등을 지급할 목적으로 해외 공급업체로부터 재산가치가 없는 이 건 블로커를 고가의 원재료를 수입하는 것으로 가장하였다는 이유로, 해외 공급업체로부터 수취한 쟁점수입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제하였으나, 연관 형사사건의 판결(인천지방법원 2023.2.16. 선고 2021고합924 판결, 및 서울고등법원 2024.2.7. 선고 2023노906 판결)에 의하면, 이 건 블로커는 청구법인이 기존에 수입하였던 범용 블로커와는 구별되는 특수 블로커로서 그 효능 내지 가치가 있어 완제품 제조에 실제로 사용되었고, 그 수입대금이 조작되었다고 보기도 어렵다는 등의 이유로 가격조작은 물론 허위세금계산서 교부 등 공소사실 모두에 대하여 무죄판결이 확정된 점, 일반적으로 민사나 행정소송에서는 형사재판에서 인정된 사실에 구속받는 것은 아니라 할지라도 관련된 형사사건의 판결에서 인정된 사실은 민사나 행정소송에서 유력한 증거자료가 되는 것이어서 특별한 사정이 없는 한 관련된 민사나 행정사건에서 이와 반대되는 사실을 인정할 수 없다고 보는 것이 상당한 것(대법원 1981.1.27 선고 80누13 판결)인바, 이 건 블로커에 대하여 연관 형사사건의 판결과 다르게 볼 만한 다른 사정이 있다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점수입세금계산서의 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
천안세무서장이 2021.10.1. 청구법인에게 한 부가가치세 2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원 및 2018년 제2기분 OOO원의 각 부과처분은 이를 모두 취소한다.