3. 법인의 자산총액 중
소득세법 제94조제1항제4호 다목1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
⑤ 제2항을 적용할 때 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따른다.
⑥ 비상장주식등을 평가할 때 납세자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 평가한 평가가액을 첨부하여 제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회에 비상장주식등의 평가가액 및 평가방법에 대한 심의를 신청하는 경우에는 제54조제1항ㆍ제4항, 제55조 및 제56조에도 불구하고 평가심의위원회가 심의하여 제시하는 평가가액에 의하거나 그 위원회가 제시하는 평가방법 등을 고려하여 계산한 평가가액에 의할 수 있다. 다만, 납세자가 평가한 가액이 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지의 범위 안의 가액인 경우로 한정한다.
1. 해당 법인의 자산ㆍ매출액 규모 및 사업의 영위기간 등을 고려하여 같은 업종을 영위하고 있는 다른 법인(제52조의2제1항에 따른 유가증권시장과 코스닥시장에 상장된 법인을 말한다)의 주식가액을 이용하여 평가하는 방법
2. 향후 기업에 유입될 것으로 예상되는 현금흐름에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법
3. 향후 주주가 받을 것으로 예상되는 배당수익에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법
4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 방법으로서 일반적으로 공정하고 타당한 것으로 인정되는 방법 제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.
③ 제1항을 적용할 때 제59조 제2항에 따른 영업권평가액은 해당 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 그러하지 아니하다.(각 호 생략)
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인 및 쟁점법인의 대표자 변경이력은 아래 <표2>와 같다 <표2> 청구법인 및 쟁점법인의 대표자 변경이력 (나) 이 건 매도자들의 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고・경정내역(아래 <표3> 참조)을 보면, OO세무서장은 이OO의 쟁점주식거래에 대한 양도소득세 신고내용(쟁점주식 중 5,429주, 1주당 85만원에 양도)을 검토한 결과, 상증법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조의 규정에 의하여 보충적으로 평가한 가액인 1주 1,791,352원 대비 저가로 양도한 것으로 보아 이OO에게 2020년 귀속 양도소득세 2,259백만원을 경정・고지하였고, 이OO은 쟁점주식 중 620주을 1주당 95만원에 양도한 것으로 양도소득세 신고하였으나, 2021.3.12. 부당행위계산부인 등의 사유로 1주당 가액이 1,791,352원으로 경정된 것으로 나타난다. <표3> 이 건 매도인의 양도소득세 신고내역 (단위: 백만원) (다) 청구법인 및 쟁점법인의 2018~2090사업연도 법인세 신고내역은 아래 <표4>와 같고, 처분청의 청구법인에 대한 이 사건 법인세 경정내역은 아래 <표5>와 같다. <표4> 청구법인 및 쟁점법인의 2018~2020사업연도 법인세 신고내역 (단위: 백만원) <표5> 처분청의 청구법인에 대한 이 건 법인세 결의내역 (단위 천원) (라) 청구법인 및 쟁점법인의 주주현황은 아래 <표6> 및 <표7>과 같다. <표6> 청구법인 주주현황 (단위: 주, %) <표7> 쟁점법인 주주현황 (단위: 주, %) (마) 처분청과 청구법인이 제시한 쟁점주식 평가와 관련한 주요내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점주식 평가와 관련한 주요내용 (단위 원) (바) 국세전산망 에서 확인되는 쟁점법인 발행주식의 연도별 거래내역은 아래 <표9>와 같고 양수자는 모두 청구법인과 특수관계자로 확인된다. <표9> 쟁점법인의 연도별 1주당 양도가액 (단위: 주, 천원)
(2) 청구법인이 증빙으로 제시한 자료는 아래와 같다. (가) 청구법인 설립자 이OO(1924년생)은 법률상 혼인관계에 있는 배우자 안OO과 사이에 이OO(장남), 이OO(차남), 이OO(삼남), 이OO(장녀)을 두고, 사실혼 관계에 있는 일본인 여성과 사이에 출생한 자녀 4명을 두고 2011.3.13. 사망하였던바, 창업주 이OO이 사망하자 청구법인 등과 이 건 매도인 등은 2012년부터 현재까지 아래 <표10>과 재산권 다툼을 이어오고 있다. <표10> 청구법인 등과 이 건 매도인들 간 쟁송내역 (나) 위 유류분 반환청구 등 사건의 1심(OO지방법원), 2심(OO고등법원) 판결에 따라 청구법인, 쟁점법인, 이OO가 이 건 매수인 등에게 반환하여야 할 주식내역은 아래 <표: 1>과 같다. <표11> 유류분 반환소송의 결과 청구법인 등이 반환하여야 할 주식 내역 (단위: 주) (다) 쟁점법인의 연도별 누적결손금 현황은 아래 <표12>와 같다. <표12> 쟁점법인 연도별 누적결손금 (단위:백만원) (라) 청구법인은 쟁점주식거래는 특수관계인 간 거래이긴 하나 아래와 같이 상속재산 관련 법정다툼 중 경영권 방어를 위해 어쩔 수 없이 주식을 매입하게 된 것이라고 주장하며 아래와 같이 쟁점주식거래 배경 등을 제시하였다. (마) 이 건 매도인 측 법률대리인 최OO변호사의 기명날인만으로 계약이 체결되었다는 증빙으로 주식매매계약서를 제출하였다. (바) 청구법인이 제시한 유류분 반환주식의 매매계액 및 쟁점주식 매매계약의 과정은 아래와 같다. (사) 청구법인은 이 건 매도인의 법률대리인 OOO변호사와 청구법인의 대표자가 나눈 통화에 대한 속기록의 주요내용을 제출하였고, 속기록 내용에는 쟁점주식 매매가액에 대한 협의내용이 나타난다.
1. 2019.11.26.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용
2. 2019.12.17.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용
3. 2020.2.26.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용
4. 2020.4.2.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용 (아) OO회계법인이 2019.11.08 작성한 청구법인 및 쟁점범인의 주식가치평가보고서(평가기준일: 2019.10.31)를 보면, 상대가치에 의한 1주당 주식가치를 831,025원으로 평가하였고, 위 보고서에는 회의 요청에 따라 “증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙”에서 정한 상대가치와 본질가치 방법으로 평가업무를 수행하였고, 해당 평가는 회사가 제시한 자료 및 유사회사의 공시자료를 바탕으로 회사와 사전협의에 의해 정해진 평가기준에 따라 2019.10.31. 기준의 평가금액에 대하여 보고하는 것이며, 주주간 상속세 분쟁 종결로 인한 일부주주의 주식매수청구권 행사 시 회사에서 지급할 주식가치를 산정하기 위한 참고자료 목적 외에는 사용되어서는 안 된다고 기재되어 있다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「법인세법」 제52조 제1항 에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계자와의 거래가 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단한다(대법원 1997.5.28. 선고 95누18697판결 등 참조). 그리고 「법인세법」 제52조 제2항 에서는 “건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격”을 시가로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 ‘시가’는 “해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격”에 따른다고 규정하고 있다. 또한 비상장주식의 거래에 있어서 그에 관한 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우에는 그 거래가격을 시가로 보아 가액을 평가하여야 하나, 그러한 거래사례가 없으면 비상장주식의 평가에 관하여 보편적으로 인정되는 시장가치방식, 순자산가치방식, 수익가치방식 등 여러 가지 평가방법을 활용하되, 비상장주식의 평가방법을 규정한 관련 법규들은 그 제정 목적에 따라 서로 상이한 기준을 적용하고 있으므로ㅛ 어느 한 가지 평가방법이 항상 적용되어야 한다고 단정할 수는 없고, 당해 회사의 상황이나 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 공정한 가액을 산정하여야 한다(대법원 2014.7.24. 선고, 2013다55386 판결, 같은 뜻임). (나) 처분청은 쟁점주식거래는 청구법인이 특수관계자 개인과 거래한 것이고 그 취득가액은 상증법 규정에 따라 보충적으로 평가한 가액(1주당 179만원)의 46%에 불과한 현저히 낮은 가격이라는 이유 등으로 이를 객관적인 교환가치로 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인과 이 건 매도인은 특수관계이긴 하나, 이 건 매도인은 2012년부터 2019년까지 청구법인 등을 상대로 청구법인 창업주 이OO의 상속재산에 대한 유류분등반환청구소송을 진행하는 등 청구법인과 이해관계를 달리하는 것으로 보이고, 청구법인에게 쟁점주식을 저가에 양도하여 이익을 분여할 이유가 없어 보이는 점, 쟁점주식 거래가액(5,429주는 1주당 850,000원, 620주는 1주당 950,000원에 취득함)은 상증법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법에 따라 평가한 1주당 1,791,352원과 비교할 때 낮은 가격이긴 하나, 청구법인과 이 건 매도인의 법률대리인이 6개월간 13차례의 협상을 거쳐 결정된 가액으로 거래당사자들이 대등한 관계에서 각자의 경제적 이익의 극대화를 추구하는 과정에서 체결된 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 거래가액으로 보이는 점, 청구법인은 결손법인으로 쟁점주식의 1주당 순자산가치를 평가할 경우 그 가치가 고평가되는 점 등에 비추어 쟁점주식의 시가를 상증법상 보충적 평가방법에 의한 가액으로 보고 청구법인이 특수관계인인 이 건 매도인으로부터 쟁점주식을 저가로 양수한 것으로 보아 청구법인에게 그 차액 상당액에 대해 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.