조세심판원 심판청구 법인세

청구법인이 특수관계인인 개인으로부터 매수한 쟁점주식 거래가액을 부인하고 그 시가를 상증법상 보충적 평가금액으로 보아 그 차액을 익금산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-전-1549 선고일 2022.09.06

비상장주식의 거래에 있어서 그에 관한 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우에는 그 거래가격을 시가로 보아 가액을 평가하여야 하나, 그러한 거래사례가 없으면 비상장주식의 평가에 관하여 보편적으로 인정되는 시장가치방식, 순자산가치방식, 수익가치방식 등 여러 가지 평가방법을 활용하되, 비상장주식의 평가방법을 규정한 관련 법규들은 그 제정 목적에 따라 서로 상이한 기준을 적용하고 있으므로 어느 한 가지 평가방법이 항상 적용되어야 한다고 단정할 수는 없고, 당해 회사의 상황이나 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 공정한 가액을 산정하여야 한다.

[주 문] OO세무서장이 2021.6.13. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 969,237,910원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1980.8.1. 개업하여 OO시 O구 OO대로 에서 서비스업(매표수수료)을 운영하고 있는 사업자로 2020.4.20 OO 주식회사2(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 합계 6,049주(비상장주식으로 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 특수관계자인 이OO와 이OO(위 이OO와 이OO을 합하여 이하 “이 건 매도인”이라 한다)으로부터 5,203,650,000원에 취득(이OO로부터 1주당 850,000원에 5,429주를, 이OO으로부터 1주당 950,000원에 620주를 각각 취득하였고, 이하 “쟁점주식거래”라 한다)하였다. <표1> 청구법인의 쟁점주식 취득내역 (단위: 주, 원)

1. 쟁점법인은 2020.12.31. 현재 청구법인 발행주식의 43.17%를 보유한 자회사이고 쟁점법인 전 대표 이OO와 이 건 매도인은 형제관계임

2. 이OO이 쟁점주식 양도 후 양도소득세를 신고(2020.7.24.)하자 OO세무서장은 주당 양도가액 950천원이 아닌 상증법상 보충적평가액인 1,791천원을 시가로 하여 양도소득세 172백만원을 경정ㆍ고지(완납)하였고, OO세무서장은 이OO에게 2,259백만원을 경정ㆍ고지하였음(이OO는 일본국 거주 비거주자로 고지서 송달여부는 확인되지 않음)

  • 나. 처분청은 쟁점주식거래는 특수관계자 사이의 거래로서 그 거래가액이 시가로 보기 어렵다고 보아 이를 부인하고, 쟁점주식의 시가를 상속세 및 증여세법 (이하 “상증법”이라 한다) 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법에 따 평가한 1주당 1,791,352원(부동산과다보유법인으로 순자산가치의 80%로 주식평가함)으로 보아법인세법제15조 제2항에 따라 청구인이 쟁점주식을 특수관계자로부터 저가양수함에 따른 시가와 매입가액과의 차액인 5,632,238,240원을 익금산입하여 2021.6.13. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 969,237,910원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.8.30. 이의신청을 거쳐 2021.12.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 쟁점주식의 매매가액이 상증법상 보충적평가액(1주당 순자산가치의 80%로 계산됨)보다 현저히 낮으므로 시가로 볼 수 없다는 의견이나, 당시 주식시장에서 거래되고 있는 주식 중 주당 순자산가치(BPS)가 높은 우량자산주들의 경우 이러한 보층적평가액보다 시가가 현저히 낮다. (가) 쟁점주식 매매 당시(2020.04.20.) 우리나라 최대 우량자산주인 OO산업(2019년 순이익 1,675억원, BPS 3,777,146원, 시가율 20.1%)이 760,000원에 거래되었고 OO유화(2019년 순이익 1,063억원, BPS 287,983원, 시가율 40.6%)가 117,000원에 거래되었는데, 쟁점주식(순이익 △4억원, BPS 2,239,190원, 시가율 38.4%)의 1주당 매매가액(860,250원)은 위 OO산업의 시가보다도 높은 가액인바, 당시 시세를 충분히 반영한 합리적인 가액으로 볼 수 있다. 또한 쟁점주식 매매가액은 당시 청구법인과 이 건 매도인이 재산권 관련 소송 중이라는 특수한 사정이 있었던 점, 법률대리인 간 상당 기간 합의에 의해 결정된 가격인 점 등을 고려하면 쟁점주식거래는 부당행위계산부인 적용대상이 아니다. <증권거래소 상장기업 ‘우량자산주’와 시가와 쟁점주식의 시가 비교> (나) 쟁점주식과 같이 시장에서 거래가 쉽지 않은 비상장주식을 상증법상 보충적으로 평가할 경우 그 평가액은 재무제표에 의한 형식적 평가액에 불과하여 시장성을 반영하지 못하고, 결손법인의 경우 순자산가치만 높으면 실제 시세보다 고평가되어 시장가격과 괴리가 존재하는바, 법인세법 시행령 제89조 제2항 에서는 부당행위계산의 부인을 적용할 때에는 ‘시가가 불분명한 경우에만 보충적평가 방법을 적용’하도록 한정하고 있다. 하지만 쟁점주식거래는 일반적인 특수관계자간 거래와 달리 재산권 다툼이라는 특수한 사정이 존재하는 가운데 청구법인과 이 건 매도인으로부터 주식매매에 관한 일체의 권한을 위임받은 법률대리인이 6개월간 13차례의 협의를 통하여 매매가액을 결정한바, 실질적으로는 특수관계자간 거래로 볼 수 없고, 실제로 그 매매가액은 시세를 반영하여 회계법인의 평가액보다도 높게 결정되었다. 따라서 쟁점주식 매매가액은 ‘정당한 시가’에 해당하는 것이므로 시가가 불분명한 경우로 볼 수 없어 상증법상 보충적평가방법이나 부당행위계산부인 적용 대상이 아니다. (다) 쟁점법인은 계속적인 결손으로 인해 2020.12.31. 기준 누적결손금이 110억원에 달하여 배당 등의 가능성이 전혀 없어 저가양수에 따른 이익이 청구법인 주주들에게 돌아갈 수 없음에도, 단지 순자산가치가 높고 1주당 평균 매매가액 860,250원이 상증법상 보충적평가액 1,791,352원보다 현저히 낮다는 이유 등으로 부당행위계산부인을 적용하는 것은 불합리한 처분이다.

(2) 청구법인과 이 건 매도인은 아래의 쟁점주식의 매매가액 협상 및 계약체결 과정 등에서 알 수 있듯 양자 간 대등한 관계에서 협상하여 가격을 결정한바, 이는 객관적인 교환가치가 반영된 시가에 해당한다. (가) 청구법인은 재일동포인 이OO이 창업하였고 쟁점법인의 모회사이다. 당초 창업주와 그 자녀들 중 일부가 주주로 참여한 가족회사로 운영되다가 창업주의 뜻에 따라 국내에 거주하는 셋째 아들 이OO에게 회사의 모든 경영권이 넘어가면서 퇴출된 자녀들과 알력이 시작되었고, 2011.3.13. 창업주 이OO이 일본국에서 사망하면서 본격적으로 상속재산 다툼이 벌어지게 되었는데, 이 건 매도인(장남 이OO과 차남 이OO) 등이 청구법인과 이OO 및 쟁점법인을 피고로 2012.3.13. 유류분등반환청구소송을 제기하여 2019.5.30. 대법원이 원고 일부승소로 판결하여 소가 종료되었고, 이에 따라 이 건 매도인 등은 청구법인・쟁점법인・셋째 아들 이OO 등으로부터 청구법인 주식 1,475주와 쟁점법인 주식 2,248주를 유류분으로 반환 받아 보유하게 되었다. (나) 위 소송이 종료되자 장남 이OO은 2019.8.14. 차남 이OO 등이 유류분으로 반환받은 청구법인 발행주식 1,475주와 쟁점법인 발행주식 2,248주 합계 3,723주를 본인이 매수하여 경영권을 확보하려 하였으나 실패하자, 차라리 이OO 등이 유류분으로 반환받은 주식과 당초부터 보유하던 쟁점법인・청구법인 발행주식을 회사가 매수해가라며 변호사 최OO을 법률대리인으로 선임하여 2019.10.10. 쟁점법인에게 주식매도를 청구하면서 주식 매매협상이 시작되었다. (다) 2019.10.18. 주식 매도가액 1차 협의 시 이 건 매도인 측 최OO 변호사와 청구법인 측이 유류분으로 반환받은 주식 3,723주에 대한 매매협의를 시작하였고, 2차로 쟁점주식에 대한 매매가액 협의를 하는 등 총 13차례의 협의과정을 거쳐 2020.4.20. 쟁점주식 매매계약을 체결하였다. 계약서에도 법률대리인인 ‘변호사 최OO의 기명날인’만으로 위임계약이 체결되는 등 오랜 기간 행한 재산권 다툼과 협상 끝에 법률대리인에게 일체의 권한을 위임하여 결정된 매매가액임을 알 수 있다. (라) 또한 이 건 매도인은 쟁점주식을 저가로 양도할 이유가 전혀 없고, 오히려 이를 고가로 매도하기 위해 본인들이 직접 계약 당사자로 나서지 않고 법률대리인에게 위임한 것이며, 협상 당시 OO회계법인의 쟁점주식 1주당 평가액 831,025원을 참고로 하여 매매가격이 결정되었고, 실제로 이 건 매매계약서는 일반계약서와 달리 양측 법률대리인들 간 협의 하에 합의서 수준으로 세밀하게 작성된바, 쟁점주식의 1주당 평균 매매가액 860,250원은 정당한 거래가격으로 ‘시가’에 해당함을 알 수 있다.

(3) 조세심판원과 대법원도 비록 특수관계자와의 거래라고 하더라도 제반 사정(특수한 사정)을 고려하여 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 거래가격이라면 그 가액을 ‘시가’로 볼 수 있다고 결정하였고, 처분청이 이 건 매매가액을 시가로 인정한다 하더라도 해당금액이 취득가액으로 계상되어 향후 쟁점주식 처분 시 이를 기준으로 계산한 양도차액이 법인세로 과세된다. (가) 조세심판원은 제반 사정(특수한 사정)을 고려하여 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 거래가격이라면 그 가액을 ‘시가’로 보고 있고, 대법원도 주식거래가 비록 특수관계에 있는 자와의 거래라고 하더라도 제반 사정을 고려하여 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 거래가격이라면 그 가액을 시가로 볼 수 있는바, 객관적 교환가치가 반영된 정상적인 시가에 해당한다고 판시(대법원 2007.01.11. 선고 2006두17055 판결 등)하였다. (나) 쟁점매매가액은 정상적인 거래가격으로 시가임이 명백하고, 설령 처분청이 이를 시가로 인정하여 이 건 법인세를 과세하지 아니하더라도 추후 쟁점주식 처분 시 시가에 의한 취득가액을 기준으로 그 차익을 계산하여 법인세로 납부하게 되므로 과세시기의 차이만 있을 뿐 법인세가 과세가 되는 것인바, 처분청의 쟁점주식에 대한 과세실익은 유지된다. (다) 청구법인은 영리를 추구하는 기업이기는 하나 국민들의 여객운송을 담당하는 공익사업을 영위하는 법인으로 성실납세를 하고 있다. 청구법인은 코로나의 영향으로 매출액이 2019사업연도 65억원에서 2020사업연도 40억원으로 38.18%나 급감하였고 당기순손실도 △31억원에 달하는 등 회사가 커다란 위기에 처해 있다. 이러한 상황에서 경영 안정화를 위해 어쩔 수 없이 쟁점주식을 52억이라는 거액에 매입하였고, 실질적인 이익을 얻은 것은 전혀 없음에도 이 건 법인세까지 부과된바 청구법인에게 너무나 가혹하고 부당한 처분이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 비상장주식인 쟁점주식의 시가를 주식시장에서 거래 중인 유사 상장법인 발행주식의 시가와 단순히 비교하는 것은 타당하지 않다. 상증법 제63조에 따른 유가증권 등의 평가는 상장주식의 경우 평가기준일 전후 각 2개월 동안의 평균액으로 계산하는 것인바, 공개된 시장에서 불특정 다수에 의하여 거래된 수많은 매매사례가액의 평균으로 계산된다는 점에서 비상장주식의 평가와는 완전히 달라 이를 청구법인의 사례와 직접 비교하는 것은 타당하지 않고, 비상장주식은 기업의 객관적인 가치가 적절하게 반영될 수 있도록 법인의 상황이나 업종의 특성, 순자산 가치, 수익가치 등의 평가요소에 의하여 적절한 방법으로 평가하여야 한다.

(2) 청구법인의 쟁점주식 취득가액은 회계법인의 자의적인 평가액을 기초로 하여 결정된 금액이고, 재무제표를 바탕으로 상증법 규정에 따라 평가한 객관적 가치인 1주당 179만원의 46%에 불과한 가액인바, 이를 객관적인 교환가치로 보기 어렵다. (가) 비상장주식도 평가기준일 전후 불특정 다수인 사이의 객관적 교환가치를 반영한 거래가액 등이 확인되는 경우 시가로 평가하는 것이 원칙이나, 시가를 산정하기 어려울 때는 보충적 방법으로 평가할 수 있고, 비상장주식에 대한 감정가액은 시가로 인정하지 않는 것이 원칙이다(상증법 시행령 제49조 제1항의2). 비상장주식인 쟁점주식은 시가로 인정할 만한 시장에서의 거래내역이 없고, 쟁점주식 가격 결정과정에서 참고하였다는 OO회계법인의 쟁점주식 1주당 평가액 83만원은 기업의 재무제표를 바탕으로 한 상증법에 따른 평가액 179만원의 46%에 불과한 가액으로 이를 객관적 교환가치로 보기 어렵다. (나) 또한 OO회계법인의 쟁점주식평가액 83만원은 2019.10.31. 기준으로 평가한 가액으로 해당 평가보고서를 보면 평가시점인 2019년 10월과 2019년 12월(법인세신고 시 제출된 재무제표)사이에 청구법인이 특별한 자산을 취득한 사실이 없음에도, 쟁점법인의 순자산가액이 330억 이상 차이나고(평가보고서상 순자산가액을 428억원으로 하였으나, 2019.12.31. 청구법인이 제출한 재무제표 상 순자산가액은 766억원, 2020.12.31. 기준 순자산가액은 762억원으로 확인되는 등 평가에 사용된 지표들이 거래시점인 2020년 4월과 상이함), 수익가치를 계산하기 위한 추정이익 역시 통상 비상장주식의 순손익 가치는 최근 3년간의 순손익에 대해 순손익가치 환원율로 나누어 계산하는데 비해, 해당 보고서는 2019년의 추정이익만을 지표로 사용하고 있는 등 그 평가방법이 자의적이고 평가액의 객관성을 담보할 수 없다. (다) 아울러 OO회계법인 역시 해당 평가액은 청구법인이 제시한 방법에 따른 가치일 뿐 평가대상회사의 절대적 가치 또는 실현되어야 할 가치수준을 나타내거나 이를 보증하는 것은 아니며 평가에 주관성이 개입되어 있어 평가자에 따라 평가액이 달라질 수 있음을 보고서에 명시하고 있고, 2020년 4월경 청구법인의 세무대리인인 세무법인OO이 평가한 쟁점주식 1주당 가액(부동산과다법인 순자산가치 평가액) 180만원은 처분청의 평가액인 179만원과 크게 다르지 않다. 이러한 사정 등에 비추어 볼 때, 처분청의 보충적평가액이 쟁점주식의 객관적 가치를 적정하게 반영한 것으로 판단된다. (라) 비상장주식은 시가를 산정하기 어렵기 때문에 상증법 시행령 제54조에 따라 보충적으로 평가한 가액을 시가로 보도록 규정하고 있고, 납세자가 상증법 시행령 제54조의 제6항에 따라 평가심의위원회에 비상장주식의 평가가액에 대한 심의를 신청하는 경우에도 납세자가 평가한 가액이 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지의 범위 안의 가액인 경우로 한정한 것 역시 이 사건의 경우와 같이 비상장주식의 임의평가를 막기 위한 것이다. (3) 「법인세법」 제52조 제2항 제1호 의 특수관계 있는 개인으로부터 주식을 저가로 취득 시 그 시점에 과세하도록 명시한 것은 과세가 이연되는 점을 이용하여 상속세 및 증여세를 회피하는 것을 방지하기 위함인바, 대주주인 이OO와 그 배우자, 자녀 등이 주주로 있는 가족기업인 청구법인의 주식 저가양수로 인한 이익이 결국 주주인 그들에게 돌아가는 것이므로 취득시점에 과세하는 것이 법의 취지에도 부합한다. (가) 비상장주식에 대한 보충적 평가방법은 납세자들에게 일반적으로 받아들여지고 있고, 법인세법 제15조 제2항 에 따라 특수관계 개인으로부터 주식 저가양도 시 대부분의 법인은 조세회피목적과 관계없이 그 차이에 대해 익금산입 세무조정을 통해 성실히 법인세를 신고납부하고 있다. 만약 청구법인의 주장을 인정하여 법인의 임의평가를 기준으로 변호사를 대동한 협상의 결과 결정된 가액을 모두 시가로 인정한다면, 「법인세법」 제15조 뿐 아니라 제52조(부당행위 계산부인)의 근간이 흔들리게 되고, 과세관청의 처분에 대한 신뢰도 추락과 법적 불안정성에 따른 납세자 혼란을 초래하게 될 것이다. (나) 청구법인은 결손법인이므로 주식을 저가 양수함에 따른 이익이 주주에게 돌아가지 않고, 쟁점주식은 시장성이 없어 제3자에게 매매가 어려워 과세이연을 통한 조세회피 목적이 없다고 주장하나, 이러한 주장을 신뢰할 수 없고, 청구법인은 가족기업으로 지분의 99%를 자녀 등 우호세력이 보유함으로써 향후 자녀의 경영권 승계 등에 따른 이득을 미리 예단할 수 없는 점 등에 비추어 볼 때, 조세회피여부와 관계없이 법령에 따라 취득시점에 과세하는 것이 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 청구법인이 특수관계인인 개인으로부터 매수한 쟁점주식 거래가액을 부인하고 그 시가를 상증법상 보충적 평가금액으로 보아 그 차액을 익금산입하여 청구법인에게 법인세를 부과한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제15조 【익금의 범위】② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 제88조【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. 3의2. 특수관계인인 법인 간 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할에 있어서 불공정한 비율로 합병ㆍ분할하여 합병ㆍ분할에 따른 양도손익을 감소시킨 경우. 다만, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제165조의4 에 따라 합병(분할합병을 포함한다)ㆍ분할하는 경우는 제외한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  • 가. 제19조제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우
  • 나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우.

9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

③ 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. (3) 상속세 및 증여세법 제60조 【평가의 원칙 등】

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

④ 제1항을 적용할 때 제13조에 따라 상속재산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따른다. 제63조【평가의 원칙 등】① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식 및 출자지분의 평가
  • 가. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 거래소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만, 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전・이후 각 2개월 동안에 증자・합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부정당한 경우에는 평가기준일 이전・이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다.
  • 나. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인으로서 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목으로 준용한다.
  • 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

③ 제1항 제1호, 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 “최대주주등”이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항 의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령이 정하는 주식등을 제외한다)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보휴하는 주식등의 계산은 대통령령으로 정한다. (4) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 【평가의 원칙 등】① 법 제60조제2항에서 "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(민사집행법에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 않는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있거나 평가기간이 경과한 후부터 제78조제1항에 따른 기한까지의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 보아 상속세 또는 증여세 납부의무가 있는 자(이하 이 조 및 제54조에서 "납세자"라 한다), 지방국세청장 또는 관할세무서장이 신청하는 때에는 제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

  • 가. 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우
  • 나. 거래된 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 다음의 금액 중 적은 금액 미만인 경우(제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 심의를 거쳐 그 거래가액이 거래의 관행상 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우는 제외한다)

1. 액면가액의 합계액으로 계산한 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액

② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 그 평균액을 말한다)을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제4항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.

1. 제1항제1호의 경우에는 매매계약일 제54조【비상장주식의 평가】① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(소득세법 제94조제1항제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조제1항제1호나목의 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고 법인세법 시행령 제74조제1항제1호 마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.

④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.

3. 법인의 자산총액 중

소득세법 제94조제1항제4호 다목1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등

⑤ 제2항을 적용할 때 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따른다.

⑥ 비상장주식등을 평가할 때 납세자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 평가한 평가가액을 첨부하여 제49조의2제1항에 따른 평가심의위원회에 비상장주식등의 평가가액 및 평가방법에 대한 심의를 신청하는 경우에는 제54조제1항ㆍ제4항, 제55조 및 제56조에도 불구하고 평가심의위원회가 심의하여 제시하는 평가가액에 의하거나 그 위원회가 제시하는 평가방법 등을 고려하여 계산한 평가가액에 의할 수 있다. 다만, 납세자가 평가한 가액이 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지의 범위 안의 가액인 경우로 한정한다.

1. 해당 법인의 자산ㆍ매출액 규모 및 사업의 영위기간 등을 고려하여 같은 업종을 영위하고 있는 다른 법인(제52조의2제1항에 따른 유가증권시장과 코스닥시장에 상장된 법인을 말한다)의 주식가액을 이용하여 평가하는 방법

2. 향후 기업에 유입될 것으로 예상되는 현금흐름에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법

3. 향후 주주가 받을 것으로 예상되는 배당수익에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 방법으로서 일반적으로 공정하고 타당한 것으로 인정되는 방법 제55조【순자산가액의 계산방법】① 제54조제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다.

③ 제1항을 적용할 때 제59조 제2항에 따른 영업권평가액은 해당 법인의 자산가액에 이를 합산한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 그러하지 아니하다.(각 호 생략)

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에서 확인되는 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인 및 쟁점법인의 대표자 변경이력은 아래 <표2>와 같다 <표2> 청구법인 및 쟁점법인의 대표자 변경이력 (나) 이 건 매도자들의 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고・경정내역(아래 <표3> 참조)을 보면, OO세무서장은 이OO의 쟁점주식거래에 대한 양도소득세 신고내용(쟁점주식 중 5,429주, 1주당 85만원에 양도)을 검토한 결과, 상증법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조의 규정에 의하여 보충적으로 평가한 가액인 1주 1,791,352원 대비 저가로 양도한 것으로 보아 이OO에게 2020년 귀속 양도소득세 2,259백만원을 경정・고지하였고, 이OO은 쟁점주식 중 620주을 1주당 95만원에 양도한 것으로 양도소득세 신고하였으나, 2021.3.12. 부당행위계산부인 등의 사유로 1주당 가액이 1,791,352원으로 경정된 것으로 나타난다. <표3> 이 건 매도인의 양도소득세 신고내역 (단위: 백만원) (다) 청구법인 및 쟁점법인의 2018~2090사업연도 법인세 신고내역은 아래 <표4>와 같고, 처분청의 청구법인에 대한 이 사건 법인세 경정내역은 아래 <표5>와 같다. <표4> 청구법인 및 쟁점법인의 2018~2020사업연도 법인세 신고내역 (단위: 백만원) <표5> 처분청의 청구법인에 대한 이 건 법인세 결의내역 (단위 천원) (라) 청구법인 및 쟁점법인의 주주현황은 아래 <표6> 및 <표7>과 같다. <표6> 청구법인 주주현황 (단위: 주, %) <표7> 쟁점법인 주주현황 (단위: 주, %) (마) 처분청과 청구법인이 제시한 쟁점주식 평가와 관련한 주요내용은 아래 <표8>과 같다. <표8> 쟁점주식 평가와 관련한 주요내용 (단위 원) (바) 국세전산망 에서 확인되는 쟁점법인 발행주식의 연도별 거래내역은 아래 <표9>와 같고 양수자는 모두 청구법인과 특수관계자로 확인된다. <표9> 쟁점법인의 연도별 1주당 양도가액 (단위: 주, 천원)

(2) 청구법인이 증빙으로 제시한 자료는 아래와 같다. (가) 청구법인 설립자 이OO(1924년생)은 법률상 혼인관계에 있는 배우자 안OO과 사이에 이OO(장남), 이OO(차남), 이OO(삼남), 이OO(장녀)을 두고, 사실혼 관계에 있는 일본인 여성과 사이에 출생한 자녀 4명을 두고 2011.3.13. 사망하였던바, 창업주 이OO이 사망하자 청구법인 등과 이 건 매도인 등은 2012년부터 현재까지 아래 <표10>과 재산권 다툼을 이어오고 있다. <표10> 청구법인 등과 이 건 매도인들 간 쟁송내역 (나) 위 유류분 반환청구 등 사건의 1심(OO지방법원), 2심(OO고등법원) 판결에 따라 청구법인, 쟁점법인, 이OO가 이 건 매수인 등에게 반환하여야 할 주식내역은 아래 <표: 1>과 같다. <표11> 유류분 반환소송의 결과 청구법인 등이 반환하여야 할 주식 내역 (단위: 주) (다) 쟁점법인의 연도별 누적결손금 현황은 아래 <표12>와 같다. <표12> 쟁점법인 연도별 누적결손금 (단위:백만원) (라) 청구법인은 쟁점주식거래는 특수관계인 간 거래이긴 하나 아래와 같이 상속재산 관련 법정다툼 중 경영권 방어를 위해 어쩔 수 없이 주식을 매입하게 된 것이라고 주장하며 아래와 같이 쟁점주식거래 배경 등을 제시하였다. (마) 이 건 매도인 측 법률대리인 최OO변호사의 기명날인만으로 계약이 체결되었다는 증빙으로 주식매매계약서를 제출하였다. (바) 청구법인이 제시한 유류분 반환주식의 매매계액 및 쟁점주식 매매계약의 과정은 아래와 같다. (사) 청구법인은 이 건 매도인의 법률대리인 OOO변호사와 청구법인의 대표자가 나눈 통화에 대한 속기록의 주요내용을 제출하였고, 속기록 내용에는 쟁점주식 매매가액에 대한 협의내용이 나타난다.

1. 2019.11.26.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용

2. 2019.12.17.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용

3. 2020.2.26.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용

4. 2020.4.2.자 통화녹음에 대한 속기록 주요내용 (아) OO회계법인이 2019.11.08 작성한 청구법인 및 쟁점범인의 주식가치평가보고서(평가기준일: 2019.10.31)를 보면, 상대가치에 의한 1주당 주식가치를 831,025원으로 평가하였고, 위 보고서에는 회의 요청에 따라 “증권의 발행 및 공시 등에 관한 규정 시행세칙”에서 정한 상대가치와 본질가치 방법으로 평가업무를 수행하였고, 해당 평가는 회사가 제시한 자료 및 유사회사의 공시자료를 바탕으로 회사와 사전협의에 의해 정해진 평가기준에 따라 2019.10.31. 기준의 평가금액에 대하여 보고하는 것이며, 주주간 상속세 분쟁 종결로 인한 일부주주의 주식매수청구권 행사 시 회사에서 지급할 주식가치를 산정하기 위한 참고자료 목적 외에는 사용되어서는 안 된다고 기재되어 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 「법인세법」 제52조 제1항 에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계자와의 거래가 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단한다(대법원 1997.5.28. 선고 95누18697판결 등 참조). 그리고 「법인세법」 제52조 제2항 에서는 “건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격”을 시가로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제1항에서 ‘시가’는 “해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격”에 따른다고 규정하고 있다. 또한 비상장주식의 거래에 있어서 그에 관한 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있는 경우에는 그 거래가격을 시가로 보아 가액을 평가하여야 하나, 그러한 거래사례가 없으면 비상장주식의 평가에 관하여 보편적으로 인정되는 시장가치방식, 순자산가치방식, 수익가치방식 등 여러 가지 평가방법을 활용하되, 비상장주식의 평가방법을 규정한 관련 법규들은 그 제정 목적에 따라 서로 상이한 기준을 적용하고 있으므로ㅛ 어느 한 가지 평가방법이 항상 적용되어야 한다고 단정할 수는 없고, 당해 회사의 상황이나 업종의 특성 등을 종합적으로 고려하여 공정한 가액을 산정하여야 한다(대법원 2014.7.24. 선고, 2013다55386 판결, 같은 뜻임). (나) 처분청은 쟁점주식거래는 청구법인이 특수관계자 개인과 거래한 것이고 그 취득가액은 상증법 규정에 따라 보충적으로 평가한 가액(1주당 179만원)의 46%에 불과한 현저히 낮은 가격이라는 이유 등으로 이를 객관적인 교환가치로 보기 어렵다는 의견이나, 청구법인과 이 건 매도인은 특수관계이긴 하나, 이 건 매도인은 2012년부터 2019년까지 청구법인 등을 상대로 청구법인 창업주 이OO의 상속재산에 대한 유류분등반환청구소송을 진행하는 등 청구법인과 이해관계를 달리하는 것으로 보이고, 청구법인에게 쟁점주식을 저가에 양도하여 이익을 분여할 이유가 없어 보이는 점, 쟁점주식 거래가액(5,429주는 1주당 850,000원, 620주는 1주당 950,000원에 취득함)은 상증법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 보충적 평가방법에 따라 평가한 1주당 1,791,352원과 비교할 때 낮은 가격이긴 하나, 청구법인과 이 건 매도인의 법률대리인이 6개월간 13차례의 협상을 거쳐 결정된 가액으로 거래당사자들이 대등한 관계에서 각자의 경제적 이익의 극대화를 추구하는 과정에서 체결된 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 거래가액으로 보이는 점, 청구법인은 결손법인으로 쟁점주식의 1주당 순자산가치를 평가할 경우 그 가치가 고평가되는 점 등에 비추어 쟁점주식의 시가를 상증법상 보충적 평가방법에 의한 가액으로 보고 청구법인이 특수관계인인 이 건 매도인으로부터 쟁점주식을 저가로 양수한 것으로 보아 청구법인에게 그 차액 상당액에 대해 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)