쟁점건물이 부동산임대용역에 사용되었다 할지라도 임차인이 시설사용료(임대료)를 면제받고 있어 용역의 무상공급은 원칙적으로 부가가치세 과세대상 용역의 공급에 해당되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점건물과 관련한 공통매입세액을 공급가액 비율에 따라 안분하여야 하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 일부 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
쟁점건물이 부동산임대용역에 사용되었다 할지라도 임차인이 시설사용료(임대료)를 면제받고 있어 용역의 무상공급은 원칙적으로 부가가치세 과세대상 용역의 공급에 해당되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점건물과 관련한 공통매입세액을 공급가액 비율에 따라 안분하여야 하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 일부 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 2019.11.12. 증축한 쟁점건물인 ‘OOO’는 축산물 가공공장으로 아래 <표1>과 같이 청구법인과 AAA 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 및 협력업체인 ㈜BBB이 각각 사용하고 있는데, 청구법인의 가공수수료 증대와 쟁점건물의 활성화를 위해 한시적으로 시설사용료(임대료)를 면제하여 주고 있다. <표1> 쟁점건물의 사용현황 등 (단위: ㎡, %) OOO ※ 1·2층 각 1,580㎡는 기존 건물로 도축 및 출하장으로 청구법인이 사용 중임
(2) OOO는 수매비축 사업과 OOO 축산물유통, OOO 소포장제품 유통 등을 영위하는 AAA 주식회사의 유통사업부로 쟁점건물의 가공장에서는 청구법인으로부터 도축 후 가공된 축산물(부분육)을 공급받아 소포장하여 OOO 등에 유통하고 있다.
(3) ㈜BBB은 외부의뢰로 축산물(청구법인에서 도축 후 골발 가공된 부분육)의 정형 및 소포장 작업 등을 해주고, 가공수수료(포장 자재비 포함)를 지급받는 축산물 가공·포장업과 자기 계산하에 청구법인에 이용도축과 골발 가공을 의뢰하여 공급받은 축산물을 정형·소포장 후 판매하는 축산물 유통업을 영위하는 사업자이다.
(4) 청구법인은 쟁점건물에 대하여 한시적으로 시설사용료(임대료)를 면제하여 주고 있다는 사실을 확인할 수 있는 내부공문(OOO, 2021.3.22.)이 있고, 또한 ㈜BBB로부터 외부업체 임가공 시 시설사용료 명목의 임가공수수료(임대료)를 수취하고 있는 내용이 청구법인의 계열지점과의 축산물가공 도급계약서 및 세금계산서 등으로 확인되므로 실질과세원칙에 의거 쟁점건물은 임대용역에 사용되는 것으로 확인되어 쟁점건물에 대한 공통매입세액은부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조, 제82조에 의거 사용면적 비율로 안분계산함이 타당하다.
(5) 또한 쟁점건물은 청구법인 과세사업인 이용도축 관련 축산물 부분육 가공 공장으로 사용되고 있으므로 관련 매입세액은 실질귀속이 과세사업 관련 매입세액에 해당한다.
(6) 만약 쟁점건물에 대한 공통매입세액 안분기준으로 사용면적 비율이 타당하지 않다고 한다면, 아래 <표2>와 같이 쟁점건물을 사용하는 사업부가 청구법인의 가공사업부이므로 아래 <표3>의 축산물 가공공정 도축두수로 안분함이 타당하다. 처분청도 축산물 가공관련 공통매입세액에 대하여는 축산물 가공공정 도축두수 비율로 안분하여 경정(환급)하였고, 부가가치세법 시행규칙제54조 규정에도 과·면세사업에 관련된 도축두수에 따라 안분하여 계산한다고 규정하고 있다. 공정
① 입고
② 도축공정
③ 출고 및 가공장 입고
④ 가공공정
⑤ 출고 및 소포장 입고
⑥ 소포장 가공공정
⑦ 출고 안분 기준 (도축공정) 도축두수 (도축공정) 도축두수 (도축공정) 도축두수 (가공공정) 도축두수 (가공공정) 도축두수 (가공공정) 도축두수 (가공공정) 도축두수 <표2> 청구법인의 공정흐름에 따른 안분기준 <표3> 청구법인의 과세기간별 가공공정 도축두수에 따른 면세비율 (단위: 마리, %) OOO
(1) 청구법인은 축산물가공(소포장) 도급계약서 및 내부공문(OOO, 2021.3.22.) 등을 근거로 ㈜BBB로부터 OOO가 임대료를 수취하는 등 ㈜BBB이 쟁점건물을 사용하는 것이 부동산임대거래라고 주장하나, (가) 내부공문 상 수도광열비를 제외하고 시설사용료(임대료)를 면제한다고 하면서도 ㈜BBB로부터 임가공비를 임대료 명목으로 수취하였다는 것은 앞뒤가 맞지 않는 주장이다.
1. 청구법인이 부동산임대소득을 목적으로 쟁점건물을 증축하였고 위 임가공비가 임대료에 해당한다면 부동산임대차계약이 아닌 축산물 가공도급 계약서를 작성할 이유가 없으며, 실제 청구법인과 OOO는 쟁점건물의 사용과 관련하여 부동산임대수입을 신고한 사실이 없다.
2. 청구법인은 OOO로부터 2020년에 수도광열비 명목으로 OOO원을 수취하였으면서도 OOO는 ㈜BBB로부터 수도광열비 등 실비성격의 비용을 받지 않은 것으로 보아 위 임대료라고 주장하는 임가공비는 실비성격의 비용을 청구한 것에 불과한 것이다.
3. ㈜BBB은 쟁점건물 연면적의 97.49%를 사용하면서도 2020년 중 OOO에게 지급한 임가공비는 OOO원으로 같은 기간 OOO가 수도광열비로 청구법인에게 지급한 금액인 OOO원의 11.62%에 지나지 않는 점 등으로 미루어보아 사실상 무상으로 사용하고 있는 것이다. (나) 또한 ㈜BBB은 쟁점건물을 사용함에 있어 원료육의 구입, 작업시간, 작업지시, 인원통제 등 사업운영 전반에 걸쳐 OOO의 통제를 받고 있어 ㈜BBB과 OOO의 소포장 계약은 일반적인 부동산임대차계약이 아닌 포장공정의 외주도급계약에 해당한다.
(2) 청구법인은 쟁점건물에 대한 공통매입세액 안분기준으로 사용면적 비율 기준이 타당하지 않다면 축산물 가공두수 기준을 적용하여야 한다고도 주장하나, (가) 과·면세사업에 관련된 매입세액은 그 실지귀속을 구분할 수 있으면 실지귀속에 따라 공제여부를 판단하는 것이고, 실지귀속을 구분할 수 없는 경우 인원 수 등에 따르는 경우를 제외하고 총 공급가액에 대한 면세공급가액 등의 기준에 따라 안분하도록 하고 있다. (나) 도축업에 대하여 도축두수 기준을 적용하는 것은 도축이라는 동일한 공정에 관련된 매입이 투입 및 기여하는 정도가 동일함에도 이용도축과 수탁도축의 영업방식 차이로 인한 공통매입세액의 안분이 왜곡됨이 없도록 공통매입세액의 기여도를 적절히 반영한 것인데, ㈜BBB은 도축공정이 아닌 부분육의 세절, 포장공정을 수행하고 있으며, 이용도축 또는 수탁도축의 구분에 의하여 포장공정에 투입되는 공통매입세액 안분의 왜곡이 없음에도 단지 도축업을 영위한다는 사실만으로 도축공정과 관련이 없는 공정에 대하여 도축두수를 적용하는 것은 불합리하다. (다) 청구법인의 쟁점건물 관련 매입세액 안분에 대하여 ㈜BBB은 OOO의 협력업체로 ㈜BBB의 공급가액 기준 또는 OOO의 공급가액 기준을 적용하기 어려운 점과 쟁점건물의 증축이 청구법인의 영업 목적사업인 도축업의 활성화를 위한 것이라는 점을 고려하면 청구법인의 총 공급가액에 대한 면세공급가액 비율을 적용하여 안분하는 것이 합리적이다.
① 쟁점건물과 관련된 공통매입세액을 공급가액 비율이 아닌 면적비율로 안분계산하는 것이 타당하다는 청구주장의 당부
② 공통매입세액의 안분기준을 가공공정 도축두수로 적용할 수 있는지 여부
(1) 부가가치세법 제12조(용역 공급의 특례) ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다. 제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.
(2) 부가가치법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액
② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조 제3항 제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율
⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 공통매입세액의 안분 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. 제82조(공통매입세액의 정산) 사업자가 제81조 제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. (3) 부가가치세법 시행규칙 제54조(공통매입세액 안분 계산) ① 영 제81조 제1항에 따른 "인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우"란 도축업을 영위하는 사업자가 법 제40조에 따른 공통매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)을 과세사업과 면세사업에 관련된 도축 두수(頭數)에 따라 안분하여 계산하는 경우를 말한다.
② 영 제81조 제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 영 제81조 제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.
1. 청구법인은 부분육 작업장과 부자재 창고인 쟁점건물을 증축(1·2층→1〜4층, 옥상)하고, 쟁점건물의 관리를 계열지점인 OOO에 위탁하였으며, OOO로부터 아래 <표8>과 같이 수도광열비 정도의 실비를 수취하고 있는 것으로 나타난다. <표8> 청구법인이 OOO로 발급한 세금계산서 내역 (단위: 원) OOO
2. OOO는 2019.8.14. 포장업체인 ㈜BBB과 아래 <표9>의 소포장 도급계약을 체결하고, ㈜BBB은 쟁점건물에 입점하여 영업 중인 것으로 나타난다. <표9> OOO와 ㈜BBB과의 도급계약 OOO
3. ㈜BBB은 아래 <표10>과 같이 OOO가 포장의뢰한 물량에 대한 포장가공비는 세금계산서를 발급하고, 축산육 공급은 계산서를 발급하여 대금을 수취하고 있는 것으로 나타난다. <표10> ㈜BBB이 OOO로 발급한 세금계산서 등 내역 (단위: 원) OOO
4. OOO는 아래 <표11>과 같이 ㈜BBB이 자체거래처 등 포장물량에 대하여는 임가공비의 명목으로 수수료를 지급받고 있는 것으로 나타난다. <표11> OOO가 ㈜BBB로 발급한 세금계산서 내역 (단위: 원) OOO (마) AAA의 내부공문(OOO, 2021.3.22.) 내용은 아래 <표12>와 같다. <표12> AAA의 내부공문 내용 OOO
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가)부가가치세법제40조 및 같은 법 시행령 제81조 제1항, 제2항 제1호는 사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 이를 구분할 수 없는 공통매입세액은 원칙적으로 총공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하고, 그 비율이 100분의 5 미만인 경우는 전액 공제되는 매입세액으로 한다고 규정하고 있는바, 사업자가 수종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 있어서는 면세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속을 구분하여 계산하여야 하고, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 이를 안분계산함에 있어서 그 공통매입세액과 관련된 사업의 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하는 방법에 의하여야 하며, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하면서 발생된 매입세액이라도 발생된 모든 매입세액이 안분 계산대상이 되는 것이 아니라 그 발생 건별, 금액으로 세분하여 과세사업에 실지귀속되면 매출세액에서 전액공제하고, 면세사업에 실지귀속되면 면세 관련 매입세액으로 전액불공제하는 것이 실지귀속에 부합하는 것이다. (나) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물과 관련한 공통매입세액을 그 사용면적에 따라 안분하여야 한다고 주장하나, 청구법인이 축산물의 가공공장으로 사용하고 있는 쟁점건물의 경우 그 실지귀속이 구분되려면, 과·면세분 면적의 결정과 면적에 대한 임차료 및 과·면세 공통분에 대한 임차료가 사전에 확정되어야 하고, 설령 과·면세 면적 등이 확정되었더라도 그 산정기준이 불명확하다면 실지귀속이 불분명한 것으로 보아야 하는바, 쟁점건물을 위탁관리하고 있는 OOO가 쟁점건물의 사용과 관련하여 ㈜BBB과 임대차계약이 아닌 축산물 가공(소포장) 도급계약을 체결하였고, 청구법인이 부동산임대수입을 신고한 사실이 없는 점, OOO와 ㈜BBB이 체결한 도급계약서의 내용을 보면 원료육의 공급 및 작업시간, 작업지시, 인원통제 등 사업운영 전반에 걸쳐 OOO가 ㈜BBB을 통제하고 있어 ㈜BBB이 독자적인 판단에 따라서 사업을 운영하였다기보다 청구법인의 축산물 가공(소포장) 공정을 ㈜BBB이 수행한 것으로 볼 수 있으므로 쟁점건물의 면적 중 ㈜BBB이 사용하는 면적은 과세사업에 전용하였다기보다는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하는 것으로 보는 것이 합리적인 점, 쟁점건물이 부동산임대용역에 사용되었다 할지라도 ㈜BBB이 시설사용료(임대료)를 면제받고 있어 용역의 무상공급은 원칙적으로 부가가치세 과세대상 용역의 공급에 해당되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점건물과 관련한 공통매입세액을 공급가액 비율에 따라 안분하여야 하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 일부 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점건물과 관련한 공통매입세액을 면적비율로 안분할 수 없다면 가공공정의 도축두수에 따라 안분하여야 한다고 주장하나, ㈜BBB은 OOO와의 도급계약에 따라 도축공정이 아닌 부분육의 세절 및 포장공정을 수행하고 있는바, 도축공정과 관련이 없는 공정에 대하여 도축두수를 적용하여 공통매입세액을 안분하는 것은 불합리해 보이는 점, 청구법인은 도축사업과 OOO의 유통사업을 활성화하기 위해 쟁점건물을 증축한 것으로 보이나, 쟁점건물과 관련한 매입세액에 대해 실지귀속을 밝히기 어렵고, 산정기준이 불명확하다면 실지귀속이 불분명한 것으로 보아야 하는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.