양도토지 중 일부인 쟁점토지를 농지가 아니라고 보아 양도소득세 감면대상에서 제외한 처분의 당부

[주 문] OOO서장 2022.8.5. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 답 157㎡와 같은 동 550-8 답 64㎡를 조세특례제한법 제69조 에 따른 양도소득세 감면대상으로 하여, 그 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2020.4.30. 배우자 AAA이 사망함에 따라 OOO 외 2필지 합계 549㎡(이하 “양도토지”라 한다)를 상속받아 보유하다가, 2021.12.2. OOO농업협동조합에 이를 양도한 후, 양도토지 전체를 자경농지로 보아 조세특례제한법 제69조 에 따른 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액 OOO원을 적용하여 2022.2.21. 양도소득세 OOO원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 2022.5.30.∼2022.6.14. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 양도토지 중 224㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)는 양도 당시 농지가 아니라고 보아 감면세액 일부(OOO원)를 부인하여, 2022.8.5. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다. <표1> 양도토지 및 쟁점토지 내역 ㅇㅇㅇ
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 처분청은 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제1항 에 따라 양도토지 중 쟁점토지에 대한 세액감면을 부인하였으나, 피상속인은 쟁점토지에서 실제로 영농활동을 하였고, 쟁점토지를 영농 이외의 용도로 사용한 적도 없으므로, 쟁점토지는 농지의 부수토지에 해당한다.

(2) 처분청은 자경 여부에 대한 입증책임이 납세의무자인 청구인에게 있다는 의견이나, 청구인은 처분청이 과세 당시 근거자료로 활용한 항공사진을 기준으로 이 건 처분의 위법ㆍ부당함을 주장하는 것으로, 해당 항공사진에 의하면, 비닐하우스를 포함한 쟁점①토지의 면적 157㎡에 대하여 자경농지 세액감면이 부인된 것으로 보이는데, 해당 토지는 비닐하우스들과 그 사이의 농로로, 농지와 그에 따른 작물ㆍ비료ㆍ퇴비 등의 운반통로로 사용되었다. 처분청은 비닐하우스 간 적정 간격(면적)에 대한 기준이 없음에도 불구하고, 특별한 기준도 없이 부정확하게 쟁점①토지를 측량한 뒤 농지가 아니라고 부인하였는바, 이 건 과세처분은 위법ㆍ부당하다.

(3) 처분청은 청구인을 위하여 양도토지 중 자경농지의 면적을 오히려 보수적으로 계산하였다는 의견이나, 어떻게 보수적으로 계산하였는지 그 근거는 전혀 제시되지 않고 있고, 농지로 인정하지 않는 기준 또한 제시된 바 없으므로, 이 건 과세처분은 지극히 처분청의 자의에 의한 것으로, 납세자를 위한 공평과세라고 할 수 없다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 시행규칙 제27조 제1항 은 자경감면의 대상이 되는 농지를 ‘전ㆍ답으로, 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지’로 규정하고 있다. 감면규정은 명백한 특혜규정이므로, 엄격하게 제한적으로 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는데, 2008년부터 양도시점까지의 항공사진 및 거리뷰 사진을 보면, 쟁점토지는 나지(맨땅)로서 어떠한 자경의 흔적도 확인할 수 없고, 비닐하우스 면적은 모두 농지로 인정하였으므로, 비닐하우스 면적에 대해서까지 자경감면을 부인했다는 청구주장은 사실이 아니다. 오히려 처분청은 경험칙[포털사이트인 ‘OOO’ 지도를 이용한 면적측량 이용]에 의하여, 미세한 측정오차로 청구인에게 불이익한 처분이 이뤄질 것을 염려하여 농지로 보이지 않는 부분까지 보수적으로 계산하였고, 비닐하우스 면적은 물론이거니와, 비닐하우스 주변의 면적 중 일부도 농로 및 농기구 보관용도로 보아 농지로 인정하였으므로, 처분청의 면적측정이 공평과세기준에 위배된다는 청구주장은 사실이 아니다.

(2) 자경 여부에 대한 입증책임은 양도인에게 있으나, 청구인은 측량에 의한 정확한 농지면적을 제시하지 않고 있다.

• 가. 쟁점 양도토지 중 일부인 쟁점토지를 농지가 아니라고 보아 양도소득세 감면대상에서 제외한 처분의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서, 처분청 답변서, 국세청 통합전산망(NTIS) 자료 등의 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인에 대한 이 건 양도소득세 부과내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 2021년 귀속 양도소득세 부과내역 ㅇㅇㅇ (나) 처분청의 이 건 세무조사종결보고서의 주요내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (다) 청구인의 농지원부(4121010100-7-1-0091)에 의하면, 청구인의 배우자 고(故) AAA은 2009년 5월경부터 양도토지 중 일부인 OOO 및 같은 시 OOO(벼)의 농지를 소유하면서, 작물을 재배하였고, 청구인은 2021.2.19. 배우자 고(故) AAA로부터 농가를 승계한 것으로 나타난다. (라) OOO지점장이 2021.12.27. 발급한 거래자별 매출상세내역에 의하면, 청구인의 배우자인 고(故) AAA은 2011∼2019년 기간 동안 비료ㆍ농약ㆍ종자(배추, 열무, 쑥갓, 돌산갓, 주홍당근, 청마무 등)ㆍ씨앗 및 필름 등을 구입한 것으로 나타나고, 청구인은 2021.5.21. 비료ㆍ씨앗ㆍ호스를 구입한 것으로 나타난다. (마) 2013∼2021년 기간의 농업일지에 의하면, 청구인은 마늘ㆍ고추ㆍ옥수수ㆍ땅콩ㆍ고구마ㆍ들깨ㆍ무ㆍ콩ㆍ상추ㆍ쪽파ㆍ호박 등을 재배하였던 것으로 나타난다. 이에 대하여 청구인은 그간 양도토지에서 고추ㆍ부추ㆍ쪽파ㆍ상추ㆍ배추ㆍ무 등 주로 1년생 채소종류를 재배하였다고 주장하고 있다. (바) 포털사이트(OOO)의 2023.1.26.자 양도토지 거리뷰는 아래 <그림1>과 같다. <그림1> 2023.1.26.자 거리뷰(OOO) ㅇㅇㅇ (사) 처분청은 2008∼2021년 기간 동안의 양도토지에 대한 항공사진 및 거리뷰 사진을 제출하였다. 한편, 처분청이 양도토지 중에서 쟁점토지①를 구분ㆍ제외하여 그 면적을 측정한 근거자료(항공사진)는 아래 <그림2>와 같다. <그림2> 쟁점①토지 구분 근거자료 ㅇㅇㅇ (아) 청구인은 BBB 외 21명이 서명한 인우보증서를 제출하였는데, 해당 서류에는 ‘청구인의 배우자 고(故) AAA이 2004년 1월경부터 2020.4.30. 사망시까지 양도토지에서 농업에 종사하였고, AAA이 사망한 후 현재까지 청구인이 계속 자경하였음을 이웃주민으로서 보증한다’는 내용이 기재되어 있다. (자) 처분청은 우리 원 조사담당자와의 2023.1.26. 및 2023.1.30. 유선통화에서 “현장조사 결과, 쟁점①토지는 표면이 시멘트로 포장되어 있고 지상에 자동차가 주차되어 있는 등 이를 농지로 볼 수 없어 자경농지에서 제외하였고, 제외대상 면적의 경우 통상적으로 측량의뢰를 하거나 납세자가 제시한 면적을 시인하나, 이 건은 세무조사기간이 짧아 측량의뢰를 하기 곤란하고 납세자도 별도 면적을 제시하지 못한 점을 감안하여 포털사이트를 통해 측정된 면적을 적용(157.05㎡)하였는데, 경험칙에 의하면, 포털사이트를 통한 면적 측정의 정합성은 99% 이상이다”라고 설명하면서, “OOO농업협동조합은 양도토지를 공장ㆍ창고로 사용할 목적으로 매입하여 현장조사 당시 비닐하우스에는 별도로 작물재배를 하고 있는 흔적이 없이 잡초가 자라는 등 방치되어 있었으나, 이는 양도시부터 6개월 가까이 시간이 흐른 뒤여서 현장조사 당시 작물을 재배하고 있지 않다는 사정만으로 청구인이 양도 당시 농사를 짓지 않았다고 단정하기 어려워, 양도토지 중 비닐하우스의 면적만큼만 자경농지로 인정하고 나머지 쟁점토지에서는 자경농지가 아니라고 보았다”고 설명하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지 전체가 8년 자경농지 세액감면 대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 조세특례제한법령에 의하면, 8년 이상 자경농지에 대한 감면세액 적용대상 농지는 실지로 경작에 사용되는 토지로, 농지경영에 직접 필요한 농도 등도 이에 포함되는데, 쟁점②토지의 경우 그 지목이 ‘도로’이고, 항공사진 등에 의하더라도 농지와의 구분경계상 도로로 보일 뿐만 아니라, 실제 이용현황을 고려하더라도 이를 비닐하우스 진ㆍ출입을 위해 반드시 거쳐야 하는 농도로 단정하기는 어려운 측면이 있어 보이는 반면, 쟁점①ㆍ③토지의 경우 그 지목이 ‘답’으로, 두 비닐하우스와 하나의 필지에 소재하고 있을 뿐만 아니라, 감면이 부인된 부분은 두 비닐하우스 사이의 공간으로 달리 창고 등의 건물이 있다거나 적재물이 쌓여 있어 농지가 아닌 다른 용도로 사용된 정황은 확인되지 않으므로, 비닐하우스를 오가거나 비닐하우스에서 수확한 농작물을 작업ㆍ처리하는 등의 용도로 사용하였거나 또는 비닐하우스를 진ㆍ출입하는 진입로로 사용하였을 가능성이 높은 이상, 결국 이는 비닐하우스에서 농사를 짓는 데 직접적으로 필요한 토지로서 그 생산활동에 기여하였을 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점①ㆍ③토지에 대하여도 자경농지에 대한 세액감면을 부인하여, 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2021.8.10. 법률 제18371호로 일부개정된 것) 제69조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제133조 [양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도] ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령(2021.11.9. 대통령령 제32105호로 일부개정된 것) 제66조 [자경농지에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 “대규모개발사업”이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다. <이하 각 호 생략>

⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.

1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)

⑬ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2021.11.9. 기획재정부령 제870호로 일부개정된 것) 제27조 [농지의 범위등] ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항에 따른 농지에 해당하는지 여부의 확인은 다음 각 호의 기준에 따른다.

1. 양도자가 8년(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것. 이 경우 법 제70조의2 제1항에 따라 양도소득세를 환급받은 농업인이 환매한 농지등을 다시 양도하는 경우로서 영 제66조 제4항에 따른 농지에 해당하는지를 확인하는 경우 한국농어촌공사 및 농지관리기금법 제24조의3 제3항 에 따른 임차기간 내에 경작한 기간은 해당 농업인이 해당 농지등을 소유한 것으로 본다.

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기사항증명서 또는 토지대장 등본의 확인
• 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사, 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하는 경우에는 3년, 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 4년)농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

• 가. 전자정부법 제36조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 초본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.
• 나. 시ㆍ구ㆍ읍ㆍ면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인