쟁점매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2016.1.1. ‘OOO를’ 상호로 OOO에서 건설업(주거용 건물)을 주된 업종으로 개업하여 위의 주소지에서 주거용 오피스텔 15호(2층～8층, 이하 “쟁점오피스텔”이라 한다), 국민주택규모 이하의 주택 11세대(9층～12층)인 12층 건물을 신축하여 2017.1.26. 사용승인을 받고 2017년 및 2018년 쟁점오피스텔을 분양한 후 쟁점오피스텔이 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제4호의 부가가치세가 면제되는 국민주택에 해당하는 것으로 보아 종합소득세를 신고하였다.
• 나. OOO청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점오피스텔이 주택법에 따른 부가가치세 면제 대상인 국민주택으로 볼 수 없으므로 청구인이 쟁점오피스텔의 분양수입에 대해 부가가치세를 신고누락한 것으로 보아 처분청에 이에 대한 확인을 지시하였고, 처분청은 청구인에게 해명안내를 하였으며, 청구인은 2022.2.18. 부가가치세 매출세액에서 쟁점오피스텔 관련 매입세액 합계 OOO원(2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하여 부가가치세를 기한후신고하였다.
• 다. 처분청은 쟁점매입세액이 등록 전 매입세액에 해당한다 하여 부가가치세 매출세액에서 쟁점매입세액을 불공제하여 2022.7.1. 청구인에게 부가가치세 합계 OOO원(2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2018년 제1기분 OOO원)을 각각 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2022.9.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인의 면세사업자 등록번호(OOO)로 매입세금계산서를 수취하였기 때문에 면세사업 등에 관련된 매입세액으로 보아 이를 매출세액에서 불공제할 매입세액이라 판단하였으나, 이는 아래와 같은 이유로 위법하다. 청구인이 주거용 오피스텔에 대하여 국민주택규모 이하의 주택으로 보아 면세수입금액으로 하여 신고한 것에 대하여 조세심판원은 사후적으로 결정례를 변경하여 과세분으로 결정하였고 이에 근거하여 과세관청이 오피스텔 건물분양분을 과세분으로 신고하도록 하거나 경정하였기 때문에 오피스텔 건물분양과 관련하여 수취한 매입세금계산서 중 실질 귀속 매입세액 또는 공통매입세액 안분계산 과세분은 면세사업 등에 관련된 매입세액이 아니다. 단순히 매입세금계산서를 면세사업자 등록번호로 수취하였다고 하여 매입세액을 불공제한다는 규정은 없다, 즉 면세사업 등에 관련된 매입세액인지 여부가 아니라 면세사업자 등록번호로 수취하였다는 사실만으로 불공제할 것은 아니다. 만일, 이러한 경우 과세관청의 과세논리대로 면세사업자 등록번호로 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 전액 불공제하여야 한다면 청구인은 사업자등록 당시부터 국민주택규모 이하 주거용 오피스텔은 면세에 해당하는 것으로 보아 면세사업자로 등록하였기 때문에 이후 과세관청 등이 관련 유권해석을 변경하여 오피스텔 건물 분양수입금액을 과세거래로 하여 과세처분을 한다면 실제 면세사업 등에 관련된 매입세액이 아닌 과세사업에 관련된 매입세액이라도 부가가치세를 부담하고 수취한 매입세금계산서의 매입세액을 사후적으로 공제받을 수 없게 된다. 또한, 이러한 불이익을 방지하기 위하여 과세 및 면세 겸영사업자로 하여 과세사업자 등록을 한다면 매출 과세표준은 전혀 발생하지 아니하고 매입세액도 전액 불공제하여 부가가치세 납부세액은 없는 반면, 면세수입금액만 신고한 사업자는 추후 경정청구를 통해 매입세액을 공제받을 방법이 생기게 된다. 이러한 점에서 겸영사업자로 하여 과세사업자로 등록하였으나 매출과세표준은 전혀 없는 사업자와 면세사업자로 등록한 사업자와 비교하면 부가가치세 매출과세표준은 전혀 없는 겸영사업자는 경정청구를 통해 매입세액을 공제받을 수 있다는 점에서 형평성에 문제가 발생하게 된다. 처분청이 이 건 부과세액을 과세하면서 직권으로 과세사업자 등록번호(OOO)를 부여하고 과세사업자 등록번호로 고지하면서도 앞서 설명한 바와 같이 면세사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서 대부분이 쟁점오피스텔 신축분으로 매입세액 공제대상임을 알고 있음에도 이를 매출세액에서 불공제하였다. 매출과세표준을 면세에서 과세로 경정하였다면 이와 관련한 쟁점매입세액도 매출세액에서 공제하여야 하는바, 매출세액에서 쟁점매입세액을 공제하지 아니하고 청구인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 면세사업자번호로 수취한 매입세금계산서 매입세액은 ‘등록 전 매입’으로 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없다. 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 에 따르면, ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있고 같은 법 제8조 제1항의 사업자등록 의무자는 부가가치세의 납세의무 있는 사업자에 한하고 부가가치세의 면세사업자는 그 등록 의무가 없다고 할 것이므로 같은 법 제39조 제1항 제8호의 ‘제8조에 따른 등록’이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 것이며, 사업자가 ‘면세사업자용’이라고 기재된 사업자등록증을 교부받은 것만으로 같은 법 제8조에 따른 사업자등록을 한 것이라고 볼 수 없으므로 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 같은 법 제39조 제1항 제8호의 ‘제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(OOO 판결). 또한, 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 청구인은 2017년부터 2018년까지 부가가치세 과세기간에 부가가치세를 신고하거나 매입처별 세금계산서합계표를 제출한 사실이 없으며, 공급받는 자의 등록번호는 세금계산서의 필요적 기재사항으로서 공급받는 자의 등록번호가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하고, 매입세액을 매출세액에서 공제하기 위해서는 공급받는 자의 등록번호를 실제 공급받는 자의 등록번호로 볼 수 있을 것을 전제로 하고 있는 것에 비추어 면세사업자번호로 수취한 세금계산서는 매입세액을 공제할 수 없다(OOO). 따라서, 쟁점오피스텔 관련하여 면세사업자번호로 수취한 매입세금계산서 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 쟁점매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.(중략)

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

(2) 조세특례제한법 제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2, 제9호의3 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호, 제4호의5 및 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역(대통령령으로 정하는 리모델링 용역을 포함한다) (3) 조세특례제한법 시행령 제106조【부가가치세의 면제 등】④ 법 제106조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택으로서 그 규모가 같은 조 제6호에 따른 국민주택규모(기획재정부령으로 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다) 이하인 주택

(4) 주택법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “주택”이란 세대(世帶)의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구인이 쟁점오피스텔을 신축하여 분양하면서 면세사업자로 하여 사업자등록을 신청하였다. (2) 청구인이 제출한 증빙 등과 처분청이 제시한 심리자료는 아래와 같다. (가) 국세청 대내포털시스템을 통해 확인된 청구인의 사업자 기본사항은 아래 <표1> 및 <표2>와 같다. <표1> 사업자 기본사항(신청) ㅇㅇㅇ <표2> 사업자 기본사항(직권등록) ㅇㅇㅇ (나) 쟁점매입세액과 관련한 매입세금계산서는 면세사업자 등록번호(OOO)로 수취한 세금계산서이고, 처분청은 면세사업자에게 부가가치세를 부과할 수 없으므로 일반사업자(OOO)로 직권등록하여 이 건 부가가치세를 부과한 것으로 나타난다. (다) 이 건 세액결의서에 따르면, 처분청은 2017.12.21. 이후 공급분에 대해서만 세금계산서미교부가산세 및 무신고가산세를 부과한 것으로 기재되어 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점매입세액을 부가가치세 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나, ‘공부상의 용도가 업무시설인 오피스텔의 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 에 따른 국민주택의 공급에 해당하여 부가가치세의 면제가 적용되는지 여부’에 대하여 우리 원은 2017.12.20. 조세심판관합동회의 결정으로 오피스텔의 공급은 국민주택의 공급에 해당하지 아니하는 것으로 최종적으로 결정(조심 2017서991, 2017.12.20., 같은 뜻임)하였고, 청구인은 2016.1.20. 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 신청하였을 뿐이어서 이를 부가가치세법 제8조 제1항 에 따른 사업자등록을 하였다고 볼 수는 없는 점(조심 2022인6374, 2023.2.7., 같은 뜻임) 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.