조세심판원 심판청구 법인세

대표자로부터 쟁점특허권을 취득한 것에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

사건번호 조심-2022-인-8025 선고일 2023.04.07

청구법인은 시제품 제작과 관련한 구체적인 증빙을 제시하지 아니한 점, 청구법인은 기술연구소를 보유하면서 고액의 연구개발비를 지출하고 있으나, 대표이사가 쟁점특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지를 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙이 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2012.1.1. 설립되어 조미식품 제조업 등을 영위하고 있는 법인이고, AAA은 2014.1.1.부터 2021.6.8.까지 청구법인 발행주식의 100%를 소유하면서 청구법인을 실질적으로 경영한 대표자였다.
  • 나. 청구법인은 AAA이 출원하여 보유하고 있던 고기류염지장치에 관한 2건의 특허권(등록번호 OOO의 특허권을 “쟁점①특허권”이라 하고, 등록번호 OOO의 특허권을 “쟁점②특허권”이라 한다)에 관하여 2017.12.27. 쟁점①특허권을 OOO원에, 2018.8.22. 쟁점②특허권을 OOO원에 각 취득한 것으로 하여 무형자산으로 계상한 후, AAA의 기타소득세 OOO원을 원천징수ㆍ납부하고 쟁점①ㆍ②특허권들의 감가상각비 합계 OOO원을 손금산입하는 등 하여 2017사업연도부터 2019사업연도까지 법인세를 신고ㆍ납부하였다.
  • 다. OOO청장(감사관실)은 OOO서(AAA의 관할세무서장)에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점①ㆍ②특허권은 당초부터 청구법인이 창출한 무형자산에 해당하므로 위 특허권의 대가로 지급한 금액의 합계 OOO원이 AAA에게 부당하게 유출되었다는 내용의 감사결과를 처분청에게 통보하였고, 처분청은 법인세법상 부당행위계산부인규정 등에 따라 쟁점①ㆍ②특허권들의 감가상각비 합계 OOO원을 손금불산입하는 등 하여 2022.1.7. 청구법인에게 2017∼2019사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정ㆍ고지하는 한편, OOO원을 AAA에 대한 상여로 소득처분하여 그 소득금액변동통지(이하 위 법인세 부과처분과 합하여 “이 사건 처분”이라 한다)를 하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.28. 이의신청을 거쳐 2022.9.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 조미분말과 소스류의 제조 및 판매사업을 주목적으로 설립된 법인으로 2014년부터 기술연구소를 설립하여 운영하고 있기는 하나 연구소 인력은 모두 식품영양학 및 조리학과를 졸업한 학사출신 인력들로서 쟁점①ㆍ②특허권에 관한 기계류를 개발할 수 있는 직원은 한 명도 없으며, 연구소에서는 오직 소스개발을 위한 장치만 있을 뿐이므로 청구법인이 쟁점①ㆍ②특허권 관련 발명을 하였다는 처분청의 의견은 타당하지 않다. (가) 청구법인은 OOO 등과 소스류 OEM 계약을 통해 소스만을 공급하는 법인으로 2014년부터 기업부설연구소를 운영하면서 OEM 계약 상대방이 요구하는 소스류 배합을 연구하고 있고, 이러한 연구를 위하여 대부분 식품영양학과를 졸업한 학사출신(나머지는 호텔조리학, 식품조리학)의 연구인력을 두고 있다. (나) 청구법인은 매출처로부터 단지 소스만 제공해 줄 것이 아니라 육류에 소스를 재워서 납품하면 어떻겠냐는 제안을 여러 차례 받았고, 사업확장측면에서 충분히 검토할만한 제안이라고 생각하였다. 이에 청구법인 내 운영진(이사 3명, 부장 1명, 대표)은 AAA이 보유하고 있던 OOO에 관한 쟁점①ㆍ②특허권을 취득하게 되면 매출처의 요구에 부응하여 매출기대효과가 있을 뿐 아니라, 특허권 자체를 보유함으로써 밀키트시장이 가지는 미래기대가치를 통해 창출되는 부의 효과가 있을 것으로 판단하여 쟁점①ㆍ②특허권을 취득하기로 결정하였다. 이후 주식회사 AAA로부터 위 특허권의 적절한 가액을 평가받아 취득하였고, 대가로 AAA에게 지급한 금액을 기타소득으로 보아 원천징수ㆍ납부하였다. (다) 그럼에도 OOO청장은 쟁점①ㆍ②특허권을 청구법인이 창출한 무형자산으로 보고, 청구법인과 AAA 간 위 특허권 양도ㆍ양수거래는 법인의 자금을 부당하게 사외유출하기 위한 가장거래라고 하여 이 사건 처분을 하였다.

(2) AAA은 20년 넘게 식품업계에 몸담았던 사람으로서 예전부터 개 인적으로 관심을 가지고 있던 밀키트사업과 육류염지법 구상을 위 해 2016년 초부터 본격적으로 OOO 개발 및 연구에 매진하였고, 2017년 3월에 직접 쟁점①ㆍ②특허권 관련 기술을 발명하였다. (가) AAA은 쟁점①ㆍ②특허권 관련 기술을 철저하게 개인적으로 진행하였는바, 청구법인과 전혀 관계없는 AAA의 개인 작업실에서 연구에 들어가는 비용 일체를 부담하였고, 이렇게 개발한 기술은 고기와 뼈의 품질하락을 최소화하면서도 대용량으로 염지할 수 있는 공법으로 그 기술력을 인정받아 AAA 명의로 쟁점①특허권을 취득하게 되었고, 이후 쟁점①특허권에서 추가로 과부하 방지장치를 개발하여 쟁점②특허권을 취득하게 되었다. (나) 이와 관련하여 청구법인은 이를 입증할 수 있는 근거자료로 영수증, AAA의 발명노트, 청구법인 소속 직원들의 확인서를 제출하였다. (다) 처분청은 쟁점①ㆍ②특허권에 대한 대가의 지급방식을 문제삼아 회사자금을 유출한 것이라고 주장하나, 처분청의 주장대로라면 AAA이 가지급금 채무를 없애기 위하여 1년이 넘는 기간 동안 특허권을 준비하고 출원을 하여 감정평가를 받아 가지급금반제를 하였다는 것인데, 가지급금반제를 위해 그렇게까지 주도면밀하게 준비를 했다는 것은 지나친 비약으로 여겨진다.

(3) 처분청이 과세근거로 주장하는 의견들에 대하여 구체적으로 반박하면 다음과 같다. (가) 처분청은 특허권 개발에 고도의 기술과 시간 및 비용이 발생함에도 이에 대한 구체적인 증빙이 없다고 주장하나, AAA이 쟁점①ㆍ②특허권을 발명하였다는 점을 입증할 수 있는 증빙을 제출하였을 뿐만 아니라, 모든 특허권 개발에 고도의 기술과 시간 및 비용이 발생한다는 것은 성급한 판단의 오류로 여겨진다. (나) 처분청은 쟁점①ㆍ②특허권이 단순 아이디어에 불과한 것으로 보아 그 감정평가액이 정상적인 가액이라고 보기 어렵다는 의견이나, 특허권은 고도의 기술, 시간, 비용이 발생하는 무형자산이라고 했다가 이를 단순 아이디어라고 하는 것은 모순이고, 특허권에 대한 정확한 내용도 파악하지 않은 채 처분청의 지극히 주관적인 의견에 따라 감정평가액이 과다하게 산정됐다고 주장하는 것은 부당하다. 쟁점①ㆍ②특허권에 대한 감정평가액은 정식의뢰를 통해 평가받은 금액인바, 만일 위 감정평가액을 신뢰할 수 없다면 처분청 역시 똑같이 감정평가사에 의뢰하여 그 가액을 평가받은 후 관련 주장을 하여야 할 것이다. 참고로 쟁점①ㆍ②특허권을 발명할 당시는 TV 및 유튜브 등 각종 미디어에서 요리하는 모습, 먹방 등을 쉽게 볼 수 있었고 요리사의 사회적 지위자체가 올라가고 있던 시기로 가정에서 고기를 숙성시킬 수 있는 수비드머신이나 피자화덕까지 구비하는 것이 어렵지 않아졌고 코로나로 홈파티가 대세를 이루는 등 문화자체가 바뀌었는데, 쟁점①ㆍ②특허권에 대한 감정평가는 이러한 시장예측을 통하여 그 가액을 평가한 것이다(만일 코로나의 영향까지 예측하였다면 그 평가액은 더 높아졌을 것이다). (다) 처분청은 쟁점①ㆍ②특허권을 발명한 것은 AAA이 청구법인의 근로자로서 직무를 수행한 것에 불과하므로 상여나 직무개발보상금을 받으면 된다고 주장한다. 그러나 대표이사가 법인의 근로자인 것은 사실이나 통상적인 대표이사라 하면 연구를 할 의무는 없고 아이디어만 제공하고 연구소에 개발을 일임하는 것이 일반적이지 법인에 별도의 기술연구소와 연구인력이 있음에도 굳이 대표이사가 법인을 위한 연구를 진행하는 것이 일반적인 사회통념인지 의문스럽다. 대표이사의 급여는 고액이니 여기에 연구직무를 수행하는 대가도 포함된다는 처분청의 의견 또한 어디까지가 고액의 급여이고, 근로자의 직무라는 것을 과세관청이 정하는 것인지 의문이라는 점에서 매우 주관적이다. (라) 처분청은 또한 일반직원이 같은 상황에서 특허권을 판매하였다면 퇴사까지 감수해야 할 사안이라고 주장하나, 일반직원이라도 사업에 도움이 될 만한 특허권을 출원했다면 어느 법인이라도 사고 싶을 것이고, 관심도에 따라 감정평가액보다 더 높은 금액을 요구할 수도 있을 것이다. (마) 처분청은 청구법인의 조미소스 제조업과 쟁점①ㆍ②특허권 관련 기술이 무관하지 않다고 주장하나, 구체적인 근거 없는 주장으로, 단순 소스만 제공하는 법인의 어느 업태가 OOO와 연관이 있는 것인지 궁금하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 전 대표이사인 AAA이 개인의 연구ㆍ개발을 통하여 쟁점①ㆍ②특허권을 출원ㆍ등록한 것이라고 주장하나, 이를 입증할만한 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있다. (가) 특허권 발명에는 고도의 기술과 시간 및 비용이 발생하는 것으로, 단순한 부품 하나를 개발할 때에도 시제품의 제작 등 다양한 실험이 필요한 것임에도 청구법인은 AAA이 쟁점①ㆍ②특허권과 관련하여 개인적으로 지출한 연구비용 등에 관한 증빙을 전혀 제출하지 못하고 있다. (나) 대표이사는 법인의 근로자로 법인 연구개발에 노하우 등 아이디어를 제공할 수 있고, 이러한 활동은 법인에 고용된 지위에 있는 자인 근로자 본연의 업무를 수행한 것으로 보아야 한다. 통상적으로 회사에 대한 대표이사의 기여정도는 급여에 반영되어 대표이사의 급여가 회사내 최고액인 경우가 대부분이고(AAA은 청구법인으로부터 OOO원 가량의 고액의 급여를 받았으며, 다른 직원들은 대부분 OOO원 이하의 급여를 받았음) 특별한 공로가 있는 경우 주주총회 등을 통해 상여나 직무개발보상금 등으로 지급받으면 되는 것으로 대표이사의 특허권 양도행위는 근로소득이 아닌 필요경비가 있는 기타소득 규정을 적용받아 세부담을 줄이기 위한 형식에 불과하다. (다) 그럼에도 청구법인은 2017.9.11. 등록된 쟁점①특허권을 2017.12.27. AAA으로부터 양수한 것으로 하면서 AAA에 대한 OOO원의 가지급금을 즉시 반제하였고, 2018.6.14. 등록된 쟁점②특허권을 2018.8.22. AAA으로부터 양수한 것으로 하면서 AAA에 대한 OOO원의 가지급금을 즉시 반제하는 등 특허권을 등록한 후 양수하기까지의 기간이 4개월에 불과한데, 이는 AAA이 대표이사라는 지위를 이용하여 회사자금을 부당하게 유출한 것으로 청구법인과 AAA 간 쟁점①ㆍ②특허권의 양도ㆍ양수거래는 정상적인 상거래 관행상 인정하기 어렵다. (라) 만약 대표이사가 아닌 일반직원 또는 연구소 직원이 회사에 기여할 수 있는 아이디어를 무형자산으로 창출하여 청구법인에 판매하고자 한다면 청구법인이 고액의 자금을 투자하여 순조롭게 매수하지는 않았을 것인바, 청구법인이 쟁점①ㆍ②특허권을 매수하는 거래를 한 것은 대표이사와의 거래이기 때문이다.

(2) 다음과 같은 사정을 보면 쟁점①ㆍ②특허권은 청구법인의 기술연구소에서 발명이 이루어졌다고 봄이 타당하다. (가) 청구법인은 2014.9.11. 자체 기술연구소를 설립하고, 아래 <표1>과 같이 연구개발비를 지출하고 이에 관한 세액공제를 받아오고 있다. <표1> 청구법인의 연구개발비 지출액 및 세액공제액 ㅇㅇㅇ (나) 즉, 청구법인은 기술연구소를 설립하고 계속하여 인적ㆍ물적설비를 투입하여 발명활동을 영위하면서 이와 관련된 비용을 해당 사업연도에 손금처리한 것으로 나타나는데, 2016.12.8. 이후 청구법인 명의로 출원한 특허가 없는 것을 보면 그 이후 출원된 쟁점①ㆍ②특허권의 연구ㆍ개발은 청구법인이 주도적으로 수행하였다고 보아야 한다. (다) 청구법인은 쟁점①ㆍ②특허권의 내용이 청구법인이 영위하는 사업과 무관하다고 주장하나, 청구법인은 ‘청구법인의 매출처에서 쟁점①ㆍ②특허권 관련 납품 제안을 여러 차례 받게 되었다’고 진술하였고, 쟁점①ㆍ②특허권에 대한 감정평가서에 ‘청구법인은 조미식품 제조 등 사업부 1개로서 신규사업이 아닌 기존사업의 효율성 증진 및 부가가치 창출을 위한 공정상의 특허’라고 기재되어 있는 점 등을 고려할 때 청구법인의 주업종인 조미식품 제조업이 쟁점①ㆍ②특허권의 OOO와 무관하다고 볼 수 없다.

(3) AAA은 쟁점①ㆍ②특허권을 양도할 당시 청구법인의 주식을 100% 소유한 대표이사로 청구법인을 사실상 지배하는 위치에 있었고, 청구법인은 오랜기간 관련 업종을 영위하면서 기술연구소를 설립하고 인적ㆍ물적 설비를 투입하여 발명활동을 함으로써 쟁점①ㆍ②특허권 관련 자료와 노하우를 축적하고 있었다. 즉, 청구법인은 고액의 연구개발비를 지출한 사실이 나타나는 반면, AAA이 쟁점①ㆍ②특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지 여부 등을 확인할만한 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있으므로 이 사건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구법인의 대표이사가 쟁점①ㆍ②특허권을 직접 발명한 것이 아니라고 보아 한 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조 (실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. (2) 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 (3) 소득세법 제20조 (근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급ㆍ급료ㆍ보수ㆍ세비ㆍ임금ㆍ상여ㆍ수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회ㆍ사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조 제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하 “총급여액”이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다.

③ 근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품 22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금 (4) 특허법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다.

2. “특허발명”이란 특허를 받은 발명을 말한다.

3. “실시”란 다음 각 목의 구분에 따른 행위를 말한다.

  • 가. 물건의 발명인 경우: 그 물건을 생산ㆍ사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약(양도 또는 대여를 위한 전시를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위
  • 나. 방법의 발명인 경우: 그 방법을 사용하는 행위
  • 다. 물건을 생산하는 방법의 발명인 경우: 나목의 행위 외에 그 방법에 의하여 생산한 물건을 사용ㆍ양도ㆍ대여 또는 수입하거나 그 물건의 양도 또는 대여의 청약을 하는 행위 제33조(특허를 받을 수 있는 자) ① 발명을 한 사람 또는 그 승계인은 이 법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다. 다만, 특허청 직원 및 특허심판원 직원은 상속이나 유증(遺贈)의 경우를 제외하고는 재직 중 특허를 받을 수 없다.

② 2명 이상이 공동으로 발명한 경우에는 특허를 받을 수 있는 권리를 공유한다. 제37조(특허를 받을 수 있는 권리의 이전 등) ① 특허를 받을 수 있는 권리는 이전할 수 있다.

② 특허를 받을 수 있는 권리는 질권의 목적으로 할 수 없다.

③ 특허를 받을 수 있는 권리가 공유인 경우에는 각 공유자는 다른 공유자 모두의 동의를 받아야만 그 지분을 양도할 수 있다. (5) 발명진흥법 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “발명”이란 특허법실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

4. “산업재산권”이란 특허법실용신안법디자인보호법 또는 상표법에 따라 등록된 특허권, 실용신안권, 디자인권 및 상표권을 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 “특허등”이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 “특허권등”이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 다만, 사용자등이 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업이 아닌 기업인 경우 종업원등과의 협의를 거쳐 미리 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약 또는 근무규정을 체결 또는 작성하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키는 계약 또는 근무규정

2. 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등을 위하여 전용실시권을 설정하도록 하는 계약 또는 근무규정

③ 직무발명 외의 종업원등의 발명에 대하여 미리 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키거나 사용자등을 위하여 전용실시권(專用實施權)을 설정하도록 하는 계약이나 근무규정의 조항은 무효로 한다. 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.

② 사용자등은 제1항에 따른 보상에 대하여 보상형태와 보상액을 결정하기 위한 기준, 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하고 종업원등에게 문서로 알려야 한다.

③ 사용자등은 제2항에 따른 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 한다. 다만, 보상규정을 종업원등에게 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다.

④ 사용자등은 제1항에 따른 보상을 받을 종업원등에게 제2항에 따른 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알려야 한다.

⑤ 사용자등이 제3항에 따라 협의하여야 하거나 동의를 받아야 하는 종업원등의 범위, 절차 등 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 특허정보검색서비스에서 확인되는 청구법인 및 AAA 명의의 특허등록내역, 쟁점①ㆍ②특허권의 청구범위, 청구법인 소속 부설연구소의 구성 및 개발과제수행 현황 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2012.1.1. 설립된 법인으로 2017.12.31. 기준 총 직원수는 58명이고, 국세청통합전산망(NTIS)에 등록된 업종은 아래 <표2>와 같으며, 2014.9.11. 기업부설연구소를 설립하여 운영(2018년 말 기준 연구원수: 7명)하고 있다. <표2> 청구법인의 업태 및 종목 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인의 주주변동내역은 아래 <표3>과 같은데, AAA은 2021.6.8. BBB 주식회사에게 청구법인 발행주식 57,968주를 매각하였고, 2021년 경 대표자는 AAA에서 BBB으로 청구법인의 상호는 주식회사 ‘주식회사 CCC’에서 ‘DDD 주식회사’으로 변경되었다. <표3> 청구법인의 주주변동내역 ㅇㅇㅇ (다) 쟁점①ㆍ②특허권은 OOO을 충진하여 OOO 공정을 수행하는 OOO의 발명에 관한 것으로 쟁점①특허권은 OOO 공급장치, 내측에 OOO을 저장하는 저장공간, 저장공간 내 수직방향으로 구비되어 회전하는 회전축 등에 관한 발명이고, 쟁점②특허권은 OOO장치 중 과부하 방지 뚜껑에 관한 발명인데, 특허정보검색서비스 사이트에 따르면 쟁점①ㆍ②특허권은 AAA이 아래 <표4>과 같이 출원ㆍ등록한 것으로 되어 있다. <표4> 쟁점①ㆍ②특허권의 출원일 및 등록일 관련 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 주식회사 AAA에 쟁점①ㆍ②특허권에 관한 감정평가를 의뢰하여 쟁점①특허권 및 쟁점②특허권의 가액을 각 OOO원 및 OOO원으로 평가받은 후(아래 <표5> 참조), 2017.12.27. 및 2018.8.22. AAA과 쟁점①특허권 및 쟁점②특허권에 관한 양도ㆍ양수계약서를 체결하였다. <표5> 쟁점①ㆍ②특허권에 대한 감정평가액 ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 AAA으로부터 쟁점①ㆍ②특허권을 취득한 것으로 하여 무형자산으로 계상한 후 위 특허권에 대한 감가상각비를 손금산입(2017사업연도 OOO원, 2018사업연도 OOO원, 2019사업연도 OOO원)하여 법인세를 신고ㆍ납부하는 한편, 쟁점①ㆍ②특허권의 취득대가로 AAA에게 지급한 합계 OOO원을 기타소득으로 보아 아래 <표6>과 같이 원천세(기타소득세) 합계 OOO원을 원천징수ㆍ납부하였는데, 처분청은 쟁점①ㆍ②특허권을 청구법인이 직접 창출한 무형자산에 해당하는 것으로 보아 위 감가상각비를 손금불산입하여 아래 <표7>과 같이 법인세를 부과하고, OOO원(2017년 OOO원, 2018년 OOO원)을 AAA에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. <표6> 청구법인의 원천세(기타소득) 징수ㆍ납부액 ㅇㅇㅇ <표7> 법인세 부과처분 내역 ㅇㅇㅇ (바) 한편, 청구법인은 쟁점①특허권의 양수에 따라 AAA에게 지급하여야 할 OOO원을 AAA에 대한 가지급금 채권과 상계처리하였고, 쟁점②특허권의 양수에 따라 AAA에게 지급하여야 할 OOO원 중 OOO원을 AAA에 대한 가지급금 채권과 상계처리한 것으로 나타난다. (사) 청구법인이 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항 제4호에 따라 과학기술통신부장관에게 제출한 연구개발과제 수행내용은 아래 <표8>과 같고, 특허청 특허검색사이트에서 청구법인이 출원인으로 등록된 특허권은 아래 <표9>와 같은 것으로 나타난다. <표8> 청구법인의 연구개발과제 수행현황 ㅇㅇㅇ <표9> 청구법인 명의로 출원되어 등록된 특허권 현황 ㅇㅇㅇ (아) 청구법인은 AAA이 쟁점①ㆍ②특허권을 직접 발명하였다고 하면서 AAA의 발명노트(쟁점①ㆍ②특허권의 출원서에 기재된 내용 및 그림과 유사한 글과 그림이 기재되어 있음), AAA의 개인연구실 사진(각종 공구 사진임), AAA이 위 특허권의 출원비용을 자비로 부담하였다는 내역(아래 <표10> 참조), 청구법인 소속 직원들이 작성한 사실확인서(청구법인 내 기업부설연구소는 소스류 개발업무에만 주력하였다는 내용임) 등의 증빙을 제출하였다. <표10> AAA 명의의 은행계좌 출금내역 ㅇㅇㅇ

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 AAA이 연구ㆍ발명하여 원시취득한 쟁점①ㆍ②특허권을 정당한 대가를 지급하고 취득하였다고 주장하나, 쟁점①ㆍ②특허권은 그 내용으로 보아 실제 의도하는 작동을 할 수 있는 것인지에 대한 확인을 위하여 시제품의 제작이 필요할 것으로 보임에도 이에 대한 구체적인 증빙이 제시되지 않은 점, 청구법인은 기술연구소를 보유하면서 고액의 연구개발비를 지출하고 있으나 AAA이 쟁점①ㆍ②특허권 개발에 어느 정도 기여하였는지 확인할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙의 제시가 미흡해 보이는 점, 불과 2∼3개월 무렵의 기간 사이에 쟁점①ㆍ②특허권 등록 후 청구법인과 양수도계약서가 작성되고 그 대금과 관련하여 당시 청구법인의 주식 100%를 보유한 대주주이자 대표이사인 AAA에 대한 가지급금 채권과 상계처리된 것으로 나타나는 점 등을 고려하면 AAA이 쟁점①ㆍ②특허권을 연구ㆍ개발하고 청구법인이 이를 매수하였다는 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)