이월결손금 공제한도가 도입되기 전에 발생한 이월결손금에 대하여 공제한도를 적용하는 것은 부당하다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1997.12.23. 설립되어 상호저축은행을 운영하고 있는 사업자인바, 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 법인세법(이하 “개정 법인세법”이라 하고, 개정 전 법인세법을 “구 법인세법”이라 한다) 제13조에 따라 각 사업연도 소득금액의 60% 내지 80%를 한도로 하여 이월결손금 공제액을 적용하여 2016∼2020사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다가, 2016사업연도 이전에 발생한 결손금의 경우 구 법인세법 제13조 에 따라 한도 없이 이월결손금 전액을 공제할 수 있다고 보아야 한다는 이유로 2022.3.31. 처분청에 2016∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2016∼2020사업연도의 경우 개정 법인세법 제13조 를 적용해야 한다고 보아 2022.6.10. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 개정 법인세법의 부칙 규정 해석상 개정 법인세법 제13조 는 2016.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 ‘발생하는’ 결손금부터 적용되어야 한다.

(1) 개정 법인세법 부칙은 제2조로 일반적 적용례에 관한 사항만을 정하고 있어 해당 법률의 시행 이전에 발생한 결손금에도 개정 법인세법이 적용되는지 여부가 불분명한바, 이 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지와 목적 등을 고려하여 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다(대법원 2009.2.12. 선고 2004두10289 판결 참조).

(2) 청구법인에게 발생한 결손금은 해당 결손금이 발생한 사업연도 법인세 신고를 통해 확정된 청구법인의 자산으로서 청구법인은 결손금이 발생한 사업연도에 적용되는 구 법인세법에 따라 향후 10년간 한도 없이 이를 공제받을 것으로 신뢰하였는바, 처분청의 의견과 같이 개정 법인세법을 해석하는 것은 소급입법에 의한 재산권 박탈로서 소급과세금지원칙에 반하는 것이다.

• 나. 처분청 의견 2016∼2020사업연도 법인세를 산정함에 있어서는 개정 법인세법에 따라 이월결손금의 한도를 적용하는 것이 타당하다.

(1) 법인세법의 납세의무 성립시기는 각 과세기간이 종료한 때이므로 개정 법인세법이 적용되는 2016사업연도 이후의 법인세 과세표준 및 세액을 계산함에 있어 개정 법인세법을 적용하는 것에 소급과세금지의 원칙이 적용될 여지가 없다.

(2) 법인세법개정 시 경과규정을 어떻게 정할지는 입법자가 합리적 재량 범위 내에서 정책적 판단에 따라 결정할 문제이고, 조세 법규ㆍ제도는 신축적으로 변할 수밖에 없으며 조세정책의 변화에 따라 입법자는 이월결손금의 공제한도를 조정함으로써 입법형성권을 행사한 것일 뿐이므로 이 건 과세처분에 따라 청구법인의 신뢰가 중대하게 침해되었다고 보기 어렵고, 구 법인세법에 대한 납세자의 신뢰가 공익상의 요구보다 더 보호가치가 있다고도 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 이월결손금을 각 사업연도 소득의 일부만 공제하는 개정 법인세법 규정은 법 개정 전 발생한 결손금이 아닌 개정 이후 발생하는 결손금부터 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법률

(1) 법인세법 (가) 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 (나) 2015.12.15. 법률 제13555호로 개정된 것 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 80으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 부칙 <제13555호, 2015.12.15.> 제1조【시행일】이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다. (다) 2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것 제13조【과세표준】내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 조세특례제한법 제5조 제1항 에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 (라) 2018.12.24. 법률 16008호로 개정되기 전의 것 제13조【과세표준】① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[ 조세특례제한법 제5조 제1항 에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조 제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

• 가. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것
• 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 이 법과 다른 법률에 따른 소득공제액 제14조【각 사업연도의 소득】③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다.

(2) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

④ 삭제 <1993. 12. 31.>

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 개정 법인세법 제13조 제1항 단서가 정하는 “조세특례제한법제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인”에 해당하지 않는다는 점에 대하여는 양 당사자 간 다툼이 없는 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 당초 법인세 신고 내역과 이 건 경정청구 내역을 비교하면 아래 <표>와 같다. <표> 청구법인의 법인세 신고 내역과 경정청구 내역 ◯◯◯

(3) 기획재정부의 2015 간추린 개정세법 중 개정 법인세법 제13조 개정에 관한 내용은 아래와 같다. ◯◯◯

(4) 기획재정부의 2015.8.6.자 2015년 세법개정안 보도자료 중 개정 법인세법 제13조 개정에 관한 내용은 아래와 같다. ◯◯◯

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 개정 법인세법 부칙 규정 등을 합목적적으로 해석하면 개정 전 발생한 결손금의 경우 개정 법인세법 제13조 가 아닌 구 법인세법 제13조 를 적용하여야 한다고 주장하나, 개정 법인세법 부칙 제1조는 “이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.”고 정하고 있고, 제2조는 “이 법은 이 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.”고 정하고 있는바, 개정 법인세법 시행 후 개시하는 사업연도로 이월되어 온 결손금의 공제여부는 그 사업연도의 법인세에 관한 것으로서 개정 법인세법 제13조 에 의하여 결정되어야 하는 점, 개정 법인세법의 시행일은 2016사업연도 법인세의 납세의무 성립일 이전인 2016.1.1.로서 이를 적용하는 것이 소급과세금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없는 점, 해당 사업연도에서 공제받지 못한 이월결손금은 소멸되지 아니하고 잔여 공제기간 내의 다른 사업연도로 이월되어 추가로 공제받을 수 있어 개정 법인세법 제13조 가 청구법인이 공제받지 못한 이월결손금의 공제를 배제한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 2016∼2020사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어 2016사업연도 이전에 발생한 결손금에 대하여 개정 법인세법 제13조 를 적용하여야 한다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.