처분청이 비록 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않아 국세기본법제81조의8 제7항을 위반한 사실이 있다고 하더라도 청구인에게 위 조사기간 연장에 대하여 유선으로 통지함으로써 청구인이 이 사건 연장조사 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이므로 처분청이 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않은 절차적 하자가 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 것이라고 할 수 없는 것으로 판단됨
처분청이 비록 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않아 국세기본법제81조의8 제7항을 위반한 사실이 있다고 하더라도 청구인에게 위 조사기간 연장에 대하여 유선으로 통지함으로써 청구인이 이 사건 연장조사 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이므로 처분청이 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않은 절차적 하자가 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 것이라고 할 수 없는 것으로 판단됨
OOO서장이 2022.8.17. 청구인에게 한 부가가치세 2018년 제1기 OOO원 및 2019년 제1기 OOO원의 부과처분은 OOO원 및 OOO원을 각 과세기간의 신고누락 매출액이 아닌 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
(1) OOO청장(OOO)이 이 사건 연장조사가 위법하다고 의결하였음에도, 처분청은 이 사건 연장조사 기간 중 조사한 내용을 토대로 이 사건 처분을 하였으므로 이는 위 의결에 반하는 위법한 처분이다. (가) 처분청은 2022.2.28. 이 사건 당초조사를 2022.2.28.부터 2022.4.14.까지 한다고 통보하였는데, 처분청 조사담당자가 조사할 시간이 부족하다는 이유로 청구인에게 조사중지신청서를 제출해 줄 것을 요청하여 청구인은 그럴 의사가 없었지만 어쩔 수 없이 조사중지신청서를 제출하게 되었다. (나) 한차례 조사를 중지하였음에도 불구하고, 처분청은 2022.4.29. 유선으로 이 사건 당초조사가 연장되었다는 사실만 통보하고 조사연장사유나 연장된 조사기간에 대해서는 어떠한 설명도 하지 않았고(처분청은 사후적으로 청구인이 자료제출을 불성실하게 하여 조사기간을 연장하였다고 주장하였으나, 청구인은 이 사건 당초조사 착수시부터 처분청이 요구하는 모든 자료를 성실하게 제출하였고, 조사에 최대한 협조하였다), 조시기간이 연장되었다는 사실에 대해서 공문, 이메일 등 어떠한 형태의 문서로도 통지받은 사실이 없다. (다) 처분청은 이 사건 당초조사 중에는 어떠한 소명요청도 하지 않다가, 이 사건 연장조사 기간 중인 2022.5.12. 청구인에게 쟁점사업장 사업용계좌(OOO)의 입금내역을 제시하면서 매출신고누락에 대한 소명을 요청하였고, 청구인이 2022.5.14. 이에 대하여 일부 소명을 하였으나, 처분청은 2022.5.19. 재차 1,000건이 넘는 입금내역에 대해서 5.23.까지 증빙자료를 제출하지 않을 경우 과태료를 부과하겠다고 하였다. (라) 청구인은 이에 대한 압박감을 견디지 못해 권리보호요청을 하게 되었고, OOO청장은 이 사건 연장조사가 위법하다고 인정하였다. 그럼에도 처분청은 이 사건 연장조사 기간 중에 확보한 쟁점사업장 사업용계좌의 입금내역 및 조사결과를 근거(처분청은 당초 과세전적부심사에서는 2021.3.21. 금융거래현장확인을 실시하여 쟁점사업장의 매출신고누락액을 확인하였다고 하다가, 이 건 심판청구 답변서에서는 2022.5.14. 청구인의 소명내용을 검토하여 매출신고누락액을 확인하였다고 인정하였다)로 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.
(2) 청구인은 쟁점매출누락혐의금액에 대한 충분한 소명기회를 갖지 못하였고, 쟁점가공세금계산서 또한 실물 공급을 하였던 정상적인 세금계산서임에도 처분청은 청구인의 소명내용을 반영하지 않은 채 사실과 다른 처분을 하였다. (가) 처분청은 2022.5.19. 쟁점매출누락혐의금액에 대한 증빙자료제출을 요구한 후 청구인의 권리보호요청에 따라 조사가 종결되자, 청구인의 소명내용도 인정하지 않은 채 쟁점매출누락혐의금액 전부를 매출신고누락액으로 확정하였는데, 몇 가지 경우만 살펴보아도 쟁점매출누락혐의금액의 대부분이 쟁점사업장의 매출과 관련 없이 입금된 금액임을 알 수 있다(2018.4.23. 입금된 OOO원은 임차인으로부터 전세보증금을 받은 것이고, 2018.6.7. 입금된 OOO원은 현금영수증을 발급한 매출액이며, 2019.5.8. 입금된 OOO원은 친동생인 FFF로부터 받은 금액이다). (나) 처분청은 청구인(쟁점사업장)이 ‘OOO’를 운영하고 있는 AAA에게 실물공급 없이 가공세금계산서를 발급하였다고 하나, 그러한 사실이 전혀 없으며, ‘OOO’을 운영하고 있는 BBB에게도 실물공급 없이 가공세금계산서를 발급하였다고 하나, 당초 상품을 공급하기로 하고 세금계산서를 선발행하였다가 상품의 구매가 어려워져 수정세금계산서를 발급하여 매출을 취소하였다. (다) 이러한 사실들을 보면 처분청이 정확한 사실관계도 확인하지 않은 채 무리하게 이 사건 처분을 하였음을 알 수 있다.
(1) 처분청은 이 사건 당초조사에서 이미 청구인이 사업과 관련 없는 신용카드 등 매입세액을 부당하게 공제받은 사실을 확정하였고, 재고자산누락(매출누락) 및 가공세금계산서 발급 사실 또한 2022.3.21. 실시한 금융거래 현장확인 등의 내용을 통해 파악하고 있었지만 청구인에게 충분한 소명기회를 부여하기 위하여 조사기간을 연장한 것이고, OOO청장(OOO)이 위법하다고 의결한 것은 이 사건 연장조사이므로 이 사건 당초조사에서 확보한 자료 및 조사내용을 근거로 한 이 사건 처분은 위 의결내용에 반하지 않는다. (가) 처분청은 2022.4.29. 청구인에게 유선으로 이 사건 연장조사에 대한 내용을 안내하였고, 수령증을 전자메일로 회신받고자 하였으나, 청구인은 수령증 작성 등을 위하여 세무서에 직접 방문하겠다고 답변하였다(청구인은 이 사건 연장조사 기간 중인 2022.5.14. 쟁점매출누락혐의금액에 대한 소명자료를 제출하기도 하였다). (나) OOO청장(OOO)은 청구인의 권리보호요청에 대하여 이 사건 연장조사가 위법하다고 한 것이지, 이 사건 당초조사까지 위법하다고 한 것은 아니다. (다) 처분청이 청구인(쟁점사업장)에 대하여 한 이 사건 당초조사 및 연장조사의 조사기간 및 내용을 정리하면 아래 <표2>와 같은데, 조사팀은 이 사건 당초조사 기간 중 청구인(쟁점사업장)의 매출신고누락사실, 가공세금계산서 발급 혐의에 대하여 자료를 확보하고 있었던 상태(구체적으로 처분청은 청구인이 이 사건 과세기간 중 쟁점사업장의 사업용계좌에 입금된 총 1,593건, 합계 OOO원에 대하여 세금계산서 및 현금영수증을 발급하거나, 부가가치세 신고시 기타매출로 신고를 하지 않은 사실을 확인하고 있었다)였고, 이를 근거로 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분이 OOO청장(OOO)의 의결내용에 위반된다는 청구인의 주장은 오해에서 비롯된 것이다. <표2> 처분청이 제시한 이 사건 당초조사 및 연장조사의 내용 ㅇㅇㅇ (라) 비록 처분청이 청구인에게 이 사건 연장조사를 문서로 통지하지 않은 하자는 있으나, 청구인이 이 사건 연장조사에 관하여 유선으로 연락받아 인지하고 있었고, 이 사건 연장조사가 청구인에게 충분한 소명기회를 주고자 함이었으며, 이 사건 처분에 대한 객관적인 과세요건이 분명히 존재하고 있으므로 세무조사기간 연장통지에 절차상 하자가 있다고 하더라도 이것이 이 사건 처분 전체를 취소해야 하는 중대한 하자라고 볼 수는 없다(대법원 2011.6.10. 선고 2011두5223 외 다수, 같은 뜻임).
(2) 처분청은 청구인(쟁점사업장)이 특수관계인을 통하여 부가가치세를 부당환급받은 혐의가 있어 이 사건 당초조사에 착수하게 되었고, 이 사건 당초조사 결과 ‘청구인이 쟁점사업장의 매출을 신고누락하고, 가공세금계산서를 발급하였으며, 사업과 무관한 비용에 대한 매입세액공제를 받은’ 사실을 확인하고 청구인으로부터 소명을 받은 후, 청구인이 사실과 다르게 소명을 하거나 소명을 하지 않은 부분에 대해서는 사실관계에 따라 이 사건 처분을 하였다. (가) 청구인(쟁점사업장)은 친인척들과 ‘OOO’라는 상호로 사업자등록을 하고 가공세금계산서를 발급하는 등의 방법으로 2011년부터 10년간 부가가치세를 부당환급받은 혐의가 있어 조사대상자로 선정되었다. 10년간 컴퓨터 도소매업을 영위하면서 매년 부가가치세를 환급신고하였다는 것은 항상 매출보다 매입이 더 많았다는 것으로, 처분청은 청구인이 그동안 사업을 영위한 기간 등으로 볼 때 정상적인 도소매업종의 부가가치세 신고내용으로 볼 수 없다고 판단하였다. <표3> 청구인 등의 부가가치세 환급액 ㅇㅇㅇ (나) 이에 따라 처분청은 청구인(쟁점사업장)이 AAA(OOO)에게 실물공급 없이 가공세금계산서를 발급한 혐의를 확인하고 이 사건 당초조사 기간 중 청구인에게 쟁점사업장 사업용계좌의 입금내역에 대하여 소명해줄 것을 요청하고 소명내용을 받았으나, 처분청이 2022.4.1. 확보한 금융자료와 대사한 결과 청구인이 일부 거짓으로 소명한 사실을 확인하였고, 청구인이 AAA으로부터 물품대금 명목으로 받은 금액을 받는 즉시 반환하거나 부가가치세액 상당액만 받는 등 전형적인 자료상의 거래행태를 보이고 있었음을 확인한 반면, 청구인은 AAA과의 거래사실을 입증할만한 어떠한 구체적인 자료도 제출하지 않았다. (다) 한편, OOO서장이 2021.3.8.부터 2021.3.12.까지 BBB(OOO)에 대하여 부가가치세 현장확인을 실시한 결과, 실제 재고자산이 부가가치세 신고서 상 재고자산보다 적음을 확인하여 가공매입혐의가 있음을 확인하였고, 청구인 역시 BBB(OOO)에게 허위로 세금계산서를 발급하였음을 인정하여 이를 취소하였다. 처분청은 청구인이 세무조사에 따라 과세표준 및 세액의 경정이 있을 것을 미리 알고 세금계산서를 취소한 것이므로 정상적인 수정세금계산서로 볼 수 없다고 보아 가산세를 부과하였다. (라) 쟁점매출누락혐의금액과 관련하여 처분청은 이 사건 당초조사 기간 중에 은행으로부터 쟁점사업장 사업용계좌의 입출금내역을 받아 청구인의 매출누락사실을 인지하고 있었다. 다만, 매출누락혐의금액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 줄인 후 2022.5.12. 청구인에게 이에 대한 소명을 요청하였고, 청구인이 2022.5.14. 소명한 내용을 바탕으로 일부 입금자들에게 사실관계를 확인한 결과 청구인이 거짓으로 소명하였음을 확인하였다. 그럼에도 청구인의 일부 소명내용은 타당한 것으로 보아 청구인의 매출신고누락금액을 OOO원에서 OOO원으로 감액하였다. (마) 처분청은 청구인이 제출한 소명내용을 충분히 반영하여 청구인이 사업과 무관하게 매입세액공제한 금액을 제외하고는 모든 매입액을 정상매입분으로 인정하였고, BBB(OOO)에 발급하였다가 취소한 세금계산서에 대해서는 가산세만 부과하였으며, 나머지 청구인이 증빙을 제출하지 않은 부분에 대해서만 가공세금계산서 발급 및 매출신고누락이 있었다고 보아 이 사건 처분을 한 것이다.
① 이 사건 연장조사가 효력이 없다는 결정이 있었으므로 연장조사 당시 조사한 내용을 근거로 한 이 사건 처분 또한 위법하다는 청구주장의 당부
② 매출누락금액이 과다하게 산정되었다는 등의 청구주장의 당부
2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.
④ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때 다음 각 호의 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제81조의8(세무조사 기간) ① 세무공무원은 조사대상 세목ㆍ업종ㆍ규모, 조사 난이도 등을 고려하여 세무조사 기간이 최소한이 되도록 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사 기간을 연장할 수 있다.
1. 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우
② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다.
③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다.
1. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우
2. 역외거래를 이용하여 세금을 탈루(脫漏)하거나 국내 탈루소득을 해외로 변칙유출한 혐의로 조사하는 경우
3. 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우
4. 거짓계약서 작성, 미등기양도 등을 이용한 부동산 투기 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우
5. 상속세ㆍ증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자ㆍ거래관계에 있는 관련자에 대하여 동시조사를 하는 경우
④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.
⑤ 세무공무원은 제4항에 따른 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다.
⑥ 세무공무원은 제4항에 따라 세무조사를 중지한 경우에는 그 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 한다. 다만, 조세채권의 확보 등 긴급히 조사를 재개하여야 할 필요가 있는 경우에는 세무조사를 재개할 수 있다.
⑦ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제6항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다. 제81조의18(OOO) ① 납세자 권리보호에 관한 사항을 심의하기 위하여 세무서, 지방국세청 및 국세청에 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 둔다.
② 제1항에 따라 세무서에 두는 OOO(이하 “세무서 OOO”라 한다) 및 지방국세청에 두는 OOO(이하 “지방국세청 OOO”라 한다)는 다음 각 호의 사항을 심의한다.
1. 세무조사의 대상이 되는 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만(부가가치세에 대한 세무조사의 경우 1과세기간 공급가액의 합계액이 50억원 미만)인 납세자(이하 이 조에서 “중소규모납세자”라 한다) 외의 납세자에 대한 세무조사(조세범 처벌절차법 제2조제3호 에 따른 “조세범칙조사”는 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 기간의 연장. 다만, 제81조의8 제1항 제6호에 따라 조사대상자가 해명 등을 위하여 연장을 신청한 경우는 제외한다.
2. 중소규모납세자 이외의 납세자에 대한 세무조사 범위의 확대
3. 제81조의8 제3항에 따른 세무조사 기간 연장 및 세무조사 범위 확대에 대한 중소규모납세자의 세무조사 일시중지 및 중지 요청
4. 위법ㆍ부당한 세무조사 및 세무조사 중 세무공무원의 위법ㆍ부당한 행위에 대한 납세자의 세무조사 일시중지 및 중지 요청
5. 제81조의10 제4항 단서에 따른 장부등의 일시 보관 기간 연장
6. 그 밖에 납세자의 권리보호를 위하여 납세자보호담당관이 심의가 필요하다고 인정하는 안건 제81조의19(OOO에 대한 납세자의 심의 요청 및 결과 통지 등) ① 납세자는 세무조사 기간이 끝나는 날까지 세무서장 또는 지방국세청장에게 제81조의18 제2항 제3호 또는 제4호에 해당하는 사항에 대한 심의를 요청할 수 있다.
② 세무서장 또는 지방국세청장은 제81조의18 제2항 제1호부터 제5호까지의 사항에 대하여 세무서 OOO 또는 지방국세청 OOO의 심의를 거쳐 결정을 하고, 납세자에게 그 결과를 통지하여야 한다. 이 경우 제81조의18 제2항 제3호 또는 제4호에 대한 결과는 제1항에 따른 요청을 받은 날부터 20일 이내에 통지하여야 한다.
⑥ OOO는 제81조의18 제2항 제3호 또는 제4호에 따른 요청이 있는 경우 그 의결로 세무조사의 일시중지 및 중지를 세무공무원에게 요구할 수 있다. 이 경우 OOO는 정당한 사유 없이 위원회의 요구에 따르지 아니하는 세무공무원에 대하여 국세청장에게 징계를 건의할 수 있다.
⑦ 제1항 및 제3항에 따른 요청을 한 납세자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 의견을 진술할 수 있다.
⑧ 제1항부터 제7항까지에서 규정한 사항 외에 OOO에 대한 납세자의 심의 요청 및 결과 통지 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 국세기본법 시행령 제63조의9 (세무조사의 중지) 법 제81조의8 제4항에서 “납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 법 제81조의7 제2항에 따른 세무조사 연기신청 사유에 해당하는 사유가 있어 납세자가 조사중지를 신청한 경우 (3) 부가가치세법 제32조 (세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.
⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 (4) 부가가치세법 시행령 제70조 (수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급
(1) 처분청의 조사종결보고서, OOO청장의 이 사건 연장조사에 관한 심의내용, 쟁점사업장 사업용계좌의 입ㆍ출금내역, 국세청통합전산망(NTIS) 상 쟁점사업장 등의 기본정보 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 처분청은 청구인(쟁점사업장)이 2016년 제2기부터 2021년 제1기까지 특수관계인에게 거짓세금계산서 발급 후 우회 환급받는 방식으로 부가가치세를 부당환급받은 혐의가 있다고 보아 2022.2.28. 이 사건 당초조사에 착수하였고, 국세기본법제81조의7 제1항 단서 및 같은 조 제4항에 따라 같은 날 청구인에게 아래 <표4>와 같은 내용이 기재된 세무조사통지서를 교부하였다. <표4> 처분청의 이 사건 당초조사 관련 세무조사통지서 내용 ㅇㅇㅇ (나) 이 사건 당초조사 기간 중 처분청이 청구인에게 이메일을 통하여 요청한 자료, 청구인이 이에 대하여 회신한 내용을 정리하면 아래 <표5>와 같은데, 구체적으로 청구인은 2022.3.10. 처분청에게 쟁점사업장의 사업용계좌 입출금내역이 기재된 엑셀파일 등을 제출하였고, 처분청은 2022.3.21. ㈜OOO에게 쟁점사업장 사업용계좌의 입출금내역을 제출해줄 것을 공문으로 요청하여 입출금내역이 기재된 엑셀파일(생성날짜가 2022.4.1.로 되어 있음)을 받은 것으로 나타난다. <표5> 처분청의 자료요청 내역 및 청구인의 회신내용 ㅇㅇㅇ (다) 청구인 명의의 2022.4.6. 자 ‘세무조사 중지신청서’에는 청구인이 ‘소명자료 제출’을 사유로 2022.4.7.부터 2022.4.21.까지 이 사건 당초조사의 중지를 신청한 것으로 나타나는데, 이에 대하여 청구인은 처분청(조사팀) 직원이 2022.4.6. 유선으로 연락이 와서 이 사건 조사의 중지를 신청해 줄 것을 요청하여 그에 따라 조사중지신청서를 작성ㆍ제출하였다고 하면서 처분청(조사팀) 직원과 통화한 내용을 녹취하여 제출하였다. <표6> 청구인과 처분청 조사팀 직원의 2022.4.6.자 통화내용 ㅇㅇㅇ (라) 처분청은 내부적으로 아래 <표7>과 같은 검토를 거쳐 2022.4.29. 국세기본법제81조의8 제1항 제1호(납세자가 장부ㆍ서류 등의 제출을 지연)를 사유로 이 사건 당초조사의 기간연장을 결정하였으나, 청구인에게 이 사건 조사의 기간연장사실을 유선으로 통지하였을 뿐, 문서로 통지하지는 않았다. <표7> 조사기간 연장신청서에 첨부된 검토조서 ㅇㅇㅇ (마) 이 사건 연장조사 기간 중 처분청이 청구인에게 이메일을 통하여 요청한 자료, 청구인이 이에 대하여 회신한 내용을 정리하면 아래 <표8>과 같은데, 구체적으로 처분청은 2022.5.12. 쟁점사업장 사업용계좌 입금액 중 OOO원에 대한 소명을 요청하였고, 청구인은 2022.5.14. 해당 입금액들은 쟁점사업장의 매출액이 아니라 기부금 및 대여금 등이라는 취지로 소명하였으며, 이에 대하여 처분청은 이 중 OOO원에 대해서는 청구인의 소명내용을 인정하였으나, 일부 입급자에게 직접 확인한 결과 청구인의 소명내용이 거짓(아래 <표9> 참조)이라고 보아 2022.5.19. 추가소명을 요구한 것으로 나타난다. <표8> 처분청의 자료요청 내역 및 청구인의 회신내용 ㅇㅇㅇ <표9> 쟁점신고누락혐의금액에 대한 청구인 소명과 처분청 확인내용 ㅇㅇㅇ (바) 청구인은 과도한 조사기간 연장 등이 부당하다는 등의 이유로 2022.5.20. 처분청에 권리보호요청서를 제출하였고, 처분청 납세자보호담당관은 같은 날 처분청 조사팀에 이 건 연장조사의 일시중지를 요청한 후(이에 따라 2022.5.24.부터 이 사건 연장조사가 중지되었음) 관련 서류를 OOO청장에게 이송하였고, OOO청 OOO는 이 사건 연장조사에 관하여 국세기본법제81조의8 제7항에 규정된 적법한 통지가 이뤄지지 않았다고 보아 2022.6.7. 이 사건 당초조사의 기간연장을 위법하여 효력이 없다고 의결하였다. <표10> OOO청 OOO의 의결내용 ㅇㅇㅇ (마) 처분청은 OOO청장의 결정에 따라 이 사건 연장조사가 중지된 상태에서 조사를 종결하고 이 사건 처분을 하였는데, 조사종결서에 기재된 조사내용을 정리하면 다음과 같다.
1. 국세청통합전산망(NTIS) 상 쟁점사업장 등에 관한 기본정보는 아래 <표11>과 같다. <표11> 쟁점사업장 등의 기본정보 ㅇㅇㅇ
2. 처분청은 쟁점사업장 사업용계좌의 입금내역을 확인한 결과, 청구인이 조사대상 기간 동안 쟁점사업장의 매출과 관련하여 OOO원(쟁점매출누락혐의금액)을 입금받고도 이에 관한 신고를 누락하였다고 보았다.
3. 처분청은 쟁점사업장의 사업용신용카드내역을 검토한 결과 청구인이 사업과 무관하게 지출한 금액 OOO원(공급가액)의 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 한 것으로 보아 당해 매입세액을 불공제하였다.
4. 처분청은 아래 <표12>와 같은 조사결과 등을 근거로 청구인이 이 사건 과세기간 중 AAA(OOO) 등에게 발급한 합계 OOO원(공급가액)의 세금계산서(아래 <표13> 참조)를 실물공급이 없는 사실과 다른 세금계산서라고 보았다. <표12> 처분청의 조사종결보고서 중 ㅇㅇㅇ <표13> 처분청이 가공매출세금계산서로 본 금액 ㅇㅇㅇ (바) 청구인은 처분청이 쟁점사업장의 매출신고누락액으로 판단한 쟁점매출누락혐의금액에는 매출과 무관한 금액이 포함되어 있다고 주장하면서 다음과 같은 증빙을 제출하였다.
1. 청구인은 2018.4.13. CCC로부터 입금받은 OOO원은 세입자 DDD로부터 받은 잔금이라고 주장하면서, DDD로부터 받은 것으로 보이는 2018.4.23.자 문자메세지(세입자로 보이는 DDD이 잔금을 보냈다는 내용임), DDD로부터 받은 것으로 보이는 카카오톡 메시지(세입자 DDD이 보증금을 반환받기 위한 계좌를 알려주는 내용임)를 제출하였다.
2. 청구인은 2018.4.13. EEE으로부터 입금받은 OOO원은 손님에게 입금받고 현금영수증을 발급하였다고 주장하면서 문자내용을 제출하였다.
3. 청구인은 2019.5.8. FFF로부터 입금받은 OOO원은 여동생인 FFF에게 빌려줬던 금액을 반환받은 것이라고 주장하면서, 핸드폰 통화내역, 가족관계증명서를 제출하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 우선 쟁점①과 관련하여, 청구인은 이 사건 연장조사에 관하여 문서로 통지받지 못하였고, 이 사건 연장조사의 효력이 없다는 OOO청장의 결정에도 불구하고 처분청이 이 사건 연장조사 기간에 확보한 자료를 근거로 이 사건 처분을 하였으므로 위법한 처분이라고 주장하나, 처분청과 청구인이 주고받은 이메일 등의 심리자료를 보면 청구인이 이 사건 당초조사 기간 중인 2022.3.10. 처분청에게 쟁점사업장의 사업용계좌 입출금내역을 제출한 점, 처분청은 2022.3.21. 주식회사 OOO으로부터 쟁점사업장의 사업용계좌 입출금내역을 별도로 제출받아 청구인 제출자료와 비교ㆍ확인한 것으로 나타나는 점, 이 사건 연장조사 기간 중에는 처분청이 내부적으로 확정한 매출누락혐의금액에 대하여 청구인의 소명을 요청한 것에 그친 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 처분청이 이 사건 연장조사 기간 동안 수집한 특별한 자료가 없어 이 사건 당초조사 기간에 취득한 자료를 기초로 하여 이 사건 처분을 한 것으로 보이고, 처분청이 비록 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않아 국세기본법제81조의8 제7항을 위반한 사실이 있다고 하더라도 청구인에게 위 조사기간 연장에 대하여 유선으로 통지함으로써 청구인이 이 사건 연장조사 사실을 인지하고 있었던 것으로 보이므로 처분청이 이 사건 연장조사 사실을 문서로 통지하지 않은 절차적 하자가 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 것이라고 할 수 없는 것으로 판단되어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 보인다. (나) 다음으로 쟁점②와 관련하여, 청구인은 AAA(OOO) 등에게 가공세금계산서를 발급한 사실이 없고, 쟁점매출누락혐의금액이 과다하게 산정되었다고 주장하나, 과세처분의 적법성이 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 입증이 있는 경우에는 그 처분은 정당하다 할 것이며 이와 상반되는 주장과 증명은 그 상대방인 납세자에게 그 책임이 돌아간다(대법원 1984.7.24. 선고 84누124 판결, 같은 뜻임)고 할 것인바, 청구인이 AAA(OOO)으로부터 거래대금으로 부가가치세 상당액만을 지급받은 것으로 나타나는 점, 청구인이 BBB(OOO)에게 세금계산서만 발급하고 실제 물품을 공급하지 못하였다고 인정하고 있는 점, 청구인이 쟁점가공세금계산서와 관련하여 실제로 물품을 공급하였다는 사실을 입증할 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙을 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 보면 가공세금계산서를 발급한 사실이 없다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 다만, 청구인이 쟁점매출누락혐의금액의 산정에 오류가 있다고 주장하면서 제출한 증빙들을 보면, 2018.4.13. 쟁점사업장의 사업용계좌에 입금된 OOO원의 경우 청구인이 세입자 DDD로부터 받은 잔금으로 보이고, 2018.6.7. 입금된 OOO원은 쟁점사업장에 관한 매출액으로 현금영수증을 발급한 것으로 보이며, 2019.5.8. 입금된 OOO원은 청구인의 친동생인 FFF로부터 받은 금원으로 보이는 등 위 금액의 합계 OOO원은 쟁점사업장의 매출이 아니거나 기신고된 매출로 보이는바, 이 사건 처분은 쟁점사업장의 사업용계좌에 입금된 위 합계액 OOO원을 청구인의 신고누락 매출액이 아닌 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.