법인세법 시행규칙 제27조에 의하면 업무무관부동산을 양도하는 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도의 업무무관비용 등을 손금에 산입하지 아니하는 경우에는 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있을 뿐, 그와 관련한 소득금액의 조정이나 세무조정에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이에 대하여는 일반적인 규정과 법리에 따라야 하는 것으로 보임
법인세법 시행규칙 제27조에 의하면 업무무관부동산을 양도하는 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도의 업무무관비용 등을 손금에 산입하지 아니하는 경우에는 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있을 뿐, 그와 관련한 소득금액의 조정이나 세무조정에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이에 대하여는 일반적인 규정과 법리에 따라야 하는 것으로 보임
[사건번호] 조심2022인7151 (2024.02.06) [세 목] 법인 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 업무무관부동산을 양도하여 법인세법 시행규칙 제27조 에 따라 종전 사업연도의 관련 비용에 대한 법인세를 추가납부하는 경우에는 양도일이 속하는 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도를 다시 계산할 수 있다는 청구주장의 당부 [결정요지] 법인세법 시행규칙 제27조 에 의하면 업무무관부동산을 양도하는 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도의 업무무관비용 등을 손금에 산입하지 아니하는 경우에는 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있을 뿐, 그와 관련한 소득금액의 조정이나 세무조정에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이에 대하여는 일반적인 규정과 법리에 따라야 하는 것으로 보임 [관련법령] 법인세법 시행규칙 제27조 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 업무무관부동산을 양도하여 법인세법 시행규칙 제27조 에 따라 업무무관비용에 대한 법인세를 추가납부하는 경우에는 손금불산입하는 종전 사업연도의 업무무관비용을 양도일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 소득금액 및 고유목적사업준비금의 손금산입 한도를 재계산할 수 있어야 한다.
(2) 조세법은 특별한 규정이 없는 한 조세법률주의의 원칙에 따라 법문대로 해석하여 법적 안정성과 예측가능성을 보장하여야 하는바, 제외규정이 없는 한 업무무관비용의 손금불산입으로 인한 소득금액 증가분은 고유목적사업준비금의 손금산입 한도 계산에 포함되어야 한다.
(3) 처분청은 쟁점비용의 손금불산입은 2003～2007사업연도의 소득금액을 증가시킬 뿐, 쟁점토지를 처분한 2019사업연도의 소득금액과는 관련이 없으므로 쟁점비용이 손금불산입을 이유로 2019사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입 한도를 재계산할 수 없다는 의견이나, 과세관청은 법인세법 시행규칙 제27조 에 따라 업무무관부동산을 처분한 시점에 소급하여 5년 이전의 손금산입액을 부인할 수 있는 반면, 납세자는 이 건과 같이 경정청구기간이 지난 경우에는 소득금액의 변동에 따른 고유목적사업준비금 손금산입 한도를 재계산할 수 없게 되는바, 법인세법 시행규칙 제27조 의 규정은 종전 사업연도의 소득금액이 증가하는 것으로 해석할 것이 아니라, 양도일이 속하는 사업연도의 귀속으로 보아 소득금액을 계산할 수 있다고 해석함이 타당하다.
(4) 업무무관비용의 손금불산입 금액에 대하여 법인세법 시행규칙 제27조 제1호 에 따라 세무조정의 방법으로 추가납부세액을 계산하는 경우에는 고유목적사업준비금 손금산입 한도가 재계산되어야 한다. (가) 법인세법 시행규칙 제27조 에서는 업무무관비용의 손금불산입에 따른 추가납부세액의 계산방법에 대하여, 세무조정을 거쳐 계산하는 방법(제1호)과 단순히 세액만을 재계산하는 방법(제2호)을 마련하고 있다. (나) 제2호에 따른 단순세액계산방법을 선택하는 경우 납부세액을 계산하여 ‘공제감면세액 및 추가납부세액 합계표 을지’(법인세법 시행규칙 별지 제8호 서식)에 기재하면 되는 반면, 제1호의 세무조정에 따른 계산방법은 ‘법인세 과세표준 및 세액조정계산서’(법인세법 시행규칙 별지 제3호 서식)의 ‘익금산입’ 항목에 반영하여 소득금액을 재계산하는 방법으로, 업무무관부동산의 양도에 따른 업무무관비용의 손금불산입 금액은 차가감 소득금액의 계산에 영향을 주고, 따라서 고유목적사업준비금의 손금산입 한도에 영향을 미친다.
(5) 고유목적사업준비금의 손금산입 한도는 수익사업에서 발생한 소득금액에 기초하여 계산되므로 세무조정 이후의 금액이 반영되는바, 세무조정으로 차가감 소득금액이 올라간다면 고유목적사업준비금의 손금산입 한도가 재계산되어야 한다. (6) 법인세법 시행령 제56조 제3항 에 의하면 ‘경정으로 증가된 소득금액 중 특수관계인에게 상여 및 기타소득으로 처분된 금액은 제외한다’는 규정을 두고 있는 반면, 다른 세무조정에 대하여는 제한하고 있지 아니하고, 법인세법 시행규칙 제27조 에서 이월결손금이 있는 경우에는 납세자가 유리하게 선택하여 신고할 수 있도록 하고 있으며, 처분청 의견과 같이 종전 사업연도의 소득금액이 증가한 것으로 보면 납세자에게만 불리하게 적용되는 점 등을 고려할 때 고유목적사업준비금 손금산입 한도를 재계산할 수 있다고 봄이 타당하다.
(1) 종전 사업연도에 손금산입한 업무무관비용에 대한 법인세를 법인세법 시행규칙 제27조 에 따라 추가납부하는 경우, 해당 업무무관자산을 양도한 날이 속하는 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입 한도가 증가한다고 볼 수 없다(국세청 기준-2021-법령해석법인-132, 2021.10.12.). (2) 법인세법 시행령 제56조 제9항 에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인이 세무서장에게 제출하여야 하는 ‘고유목적사업준비금 조정명세서’(법인세법 시행규칙 별지 제27호 서식)의 작성방법에 의하면, 손금산입 한도 계산의 기초항목인 ‘소득금액’은 ‘법인세 과세표준 및 세액조정계산서’의 차가감 소득금액을 의미한다고 설명하고 있다. 쟁점비용은 2003～2007사업연도의 귀속분으로, 쟁점비용에 대한 법인세 추가납부세액을 2019사업연도에 납부한다고 하더라도 2019사업연도의 익금 내지 소득금액이 증가한 것이 아니므로 2019사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입 한도의 계산에 반영될 수 없다.
(3) 청구법인은 업무무관비용의 손금불산입에 따른 법인세 추가납부세액을 법인세법 시행규칙 제27조 에 따라 계산함에 있어서 제1호의 경우는 제2호와 달리 소득금액을 재계산할 수 있다고 주장하나, 법인세법 시행규칙 제27조 에서 종전 사업연도의 업무무관비용을 양도일이 속하는 사업연도의 익금에 산입할 수 있다고 규정하고 있지 아니하므로 청구주장과 같이 해석할 수 없다.
(4) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 청구주장은 조세법률주의의 엄격해석의 원칙에 위배된다.
(1) 법인세법 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 제28조(지급이자의 손금불산입) ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)
2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액
③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다.
⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)
2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우
국세기본법 제13조 제3항 에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우
4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)
5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우 (2) 법인세법 시행령 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
⑨ 법 제29조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 기획재정부령이 정하는 고유목적사업준비금조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제27조(업무와 관련없는 비용등의 손금불산입) 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산이 있는 법인은 법 제27조 제1호 및 법 제28조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 그 양도한 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도(이하 이 조에서 “종전 사업연도”라 한다)의 업무와 관련없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다.
1. 종전 사업연도의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준등을 다시 계산함에 따라 산출되는 결정세액에서 종전 사업연도의 결정세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)
2. 종전 사업연도의 과세표준과 손금에 산입하지 아니하는 지급이자등을 합한 금액에 법 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 종전 사업연도의 산출세액을 차감한 세액(가산세를 제외한다)
(1) 청구법인은 2003년경 쟁점토지를 취득한 후, 2019년경 나대지 상태로 양도하였다.
(2) 쟁점비용의 내역은 OOO 청구법인은 쟁점비용을 2003사업연도부터 2007사업연도까지 고유목적사업준비금으로 손금에 산입한 것으로 확인된다.
(3) 처분청은 청구법인이 경정청구하자 2021.7.13. 국세청에 과세기준자문을 신청하였고, 2021.10.12. 아래와 같이 기각취지(질의2)로 회신되었으며(기준-2021-법령해석법인-0132), 이에 2021.12.1. 관련 경정청구를 거부하였다. <과세기준자문 신청에 대한 회신(기준-2021-법령해석법인-0132)> 【제목】 고유목적사업준비금 손금산입한도 증가 여부
○ A법인은 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인으로서 고유목적사업준비금을 결산서에 반영하고 있고, 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정 하고 있음
○ OO지방국세청장은 A법인의 2016년 및 2018년 사업연도에 대한 법인세 일반통합조사를 실시하여
• 업무무관 법무비용 및 법인신용카드 사용 부인액 등에 대해 손금불산입을 하였고,
• 조사대상기간인 2016년 및 2018년 사업연도는 법인세 고지결정, 조사기간 외 2017년 및 2019년 사업연도에 대해서는 A법인이 수정신고를 하였으며,
• 종전 업무무관부동산 관련비용 및 지급이자는 법인이 ｢법인세법 시행규칙｣ 제27조에 따라 양도한 날이 속하는 사업연도(2019년)의 법인세에 가산하여 납부하는 수정신고를 하였음
○ (질의1) 고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상한 비영리내국법인이 과세관청의 세무조사로 인한 경정에 따라 해당 사업연도의 소득금액이 증가하는 경우
• 해당 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입한도가 증가한 것으로 보아 당초 한도초과로 손금불산입 하였던 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입할 수 있는지 여부
○ (질의2) 과세관청의 세무조사로 손금 부인된 종전 사업연도의 업무무관부동산 관련 비용에 대한 법인세액을 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부한 경우
• 업무무관부동산을 양도한 날이 속하는 사업연도의 고유목적사업준비금의 손금산입한도가 증가한 것으로 보아 당초 한도초과로 손금불산입 하였던 고유목적사업준비금을 추가로 손금산입할 수 있는지 여부 【답변내용】
○ (질의1) 귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상하고 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정하고 있는 경우로서
• 과세관청의 세무조사 결과 해당 사업연도의 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 한도액도 증가하는 경우
• 증가한 손금산입 한도액의 범위 내에서 당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 손금에 산입할 수 있는 것입니다.
○ (질의2) 귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이, 외부감사대상이 아닌 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 결산서에 손비로 계상하고 손금산입 한도초과액은 손금불산입으로 세무조정하고 있는 경우로서
• 해당 비영리내국법인이 과세관청의 세무조사 결과 손금 부인된 종전 사업연도의 업무무관부동산 관련 비용에 대한 법인세액을 ｢법인세법 시행규칙｣ 제27조 에 따라 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하는 경우
• 해당 업무무관부동산을 양도한 날이 속하는 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도가 증가하지 않는 것이므로
• 당초 세무조정에 의해 손금불산입한 금액을 추가로 손금에 산입할 수 없는 것입니다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지를 2019사업연도에 양도한 후 법인세법 시행규칙 제27조 에 따라 쟁점비용에 대한 세액을 2019사업연도의 법인세에 가산하여 납부하였으므로 그 손금불산입에 대한 소득금액 및 고유목적사업준비금 손금산입한도가 재계산되어야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결, 같은 뜻임), 법인세법 시행규칙 제27조 에 의하면 업무무관부동산을 양도하는 날이 속하는 사업연도 이전에 종료한 각 사업연도의 업무무관비용 등을 손금에 산입하지 아니하는 경우에는 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 계산한 세액을 그 양도한 날이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다고 규정하고 있을 뿐, 그와 관련한 소득금액의 조정이나 세무조정에 대하여 별도로 규정하고 있지 아니하므로 이에 대하여는 일반적인 규정과 법리에 따라야 하는 것으로 보이는 점, 쟁점비용의 경우 2003∼2007사업연도에 귀속되는 비용이므로 2019사업연도의 소득금액과 무관하고, 따라서 이를 조정하여 고유목적사업준비금의 손금산입한도를 재계산할 수 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.