합병등기일의 다음 날이 속하는 과세연도가 1년에 미달하지 아니하는 합병존속법인의 경우에는 손익계산서상의 매출액에 따라 중소기업기준을 적용하는 것이 타당해 보이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
합병등기일의 다음 날이 속하는 과세연도가 1년에 미달하지 아니하는 합병존속법인의 경우에는 손익계산서상의 매출액에 따라 중소기업기준을 적용하는 것이 타당해 보이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] OOO서장이 2022.3.21. 청구법인에게 한 2016사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 사업연수가 1년 미만인 창업법인, 합병(분할)신설법인의 경우 신설 후 매출액을 연환산하여 중소기업기준 충족 여부를 판정하여야 하나, 청구법인과 같이 사업연수가 1년 이상인 합병존속법인의 경우는 연환산 절차 없이 손익계산서상 매출액에 따라 판정하여야 한다. (가) 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호 에 의하면 매출액의 중소기업기준을 중소기업기본법 시행령 별표1의 업종별 규모기준에 따른다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제2조 제4항에 의하면 그 매출액은 손익계산서상 매출액으로 한다고 규정하면서, 단서(이하 “쟁점단서규정”이라 한다)에서 “창업․분할․합병의 경우 그 등기일의 다음 날이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액”을 매출액으로 하도록 하고 있다. (나) 과거 과세당국은 합병존속법인의 매출액에 대하여 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 (2003.3.24. 개정 전 제3항)의 규정에 의하여 환산한 금액이라고 해석한 바 있으나(서이46012-10830, 2001.12.28., 이하 “종전예규”라 한다), 이는 합병의 형태나 매출액 환산의 구체적인 방법에 대하여 표명하지 아니한 일반론적인 견해로 보인다. (다) 창업신설법인과 분할(합병)신설법인의 경우 신설일부터 사업연도 종료일까지의 매출액을 기준으로 중소기업규모 기준을 판단하는 것이 불합리하므로 쟁점단서규정을 적용하여야 할 것이나, 청구법인과 같이 사업연수가 1년 이상인 합병존속법인의 경우에는 손익계산서에 1년 동안의 모든 매출액이 이미 포함되어 있으므로 쟁점단서규정을 적용할 필요가 없다. (라) 법인세법에서도 사업연수를 기준으로 1년 미만인 경우에 연환산하는 규정을 마련하고 있으나(업무용승용차 손금한도액 산정, 법인세액 산정), 사업연도가 1년 이상인 합병존속법인의 경우에는 그 적용대상에 해당하지 아니한다.
(2) 과세당국도 사업연수가 1년 이상인 합병존속법인에 대하여 손익계산서상 매출액에 따라 중소기업 여부를 판단하여야 한다고 예규를 변경하였으므로 이 건에 적용되어야 한다. (가) 과세당국은 종전예규의 입장을 변경하여 “합병법인의 중소기업 해당 여부를 판단함에 있어 매출액은 쟁점단서규정이 적용되지 아니하고 해당 과세연도의 전체 매출액으로 한다”고 해석하였다(사전 2020-법령해석법인-139, 2020.3.2., 이하 “쟁점예규”라 한다). (나) 다만 쟁점예규에서 2019.9.4. 이후 신고․납부분부터 적용한다고 하여 적용시기를 정하고 있으나, 국세청의 사전답변 및 과세기준자문은 행정청 내부의 사무처리준칙에 근거한 것으로 국민이나 법원을 기속하는 효력이 없는바, 국세청 예규에 따라 적용시기를 달리할 경우 경제적 실질 등이 동일함에도 단지 유권해석일을 기준으로 합병존속법인의 매출액 및 중소기업 판정 기준이 상이하게 되어 과세형평을 침해하게 된다. (다) 법원․감사원 및 조세심판원도 과세당국이 기존 해석을 변경하면서 회신일 이후부터 적용되도록 제한한 예규에 대하여 소급하여 적용하는 것이 타당하다고 판단한 바 있다. (라) 처분청은 국세기본법 제18조 제3항 내지 같은 법 기본통칙 18-0…2를 근거로 기존 해석이 관행으로 확립되어 왔으므로 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세할 수 없다고 주장하나, 이는 비과세 관행 또는 해석 존중의 원칙을 잘못 이해한 것으로, 이 건의 경우 기존 해석 내지 종전예규가 납세자에게 유리한 것이라고 볼 수 없고, 쟁점예규가 모든 납세자에게 불리한 것이라고 볼 수 없으며, 과세관청이 특정한 과세요건 사실에 대하여 과세하지 않은 사실이 없는바, 이 건에 원용할 수 없다.
(3) 합병존속법인에 대하여 합병등기일 이후의 매출액을 연환산할 경우, 인위적인 매출액 조절을 통해 중소기업 규모요건을 자의적으로 충족시킬 수 있는 부작용이 발생할 수 있다. (가) 합병존속법인은 합병등기일 전후 기간에 대해 자신의 장부결산과 계산에 대하여 온전히 통제할 수 있으므로 기업회계기준에 위배되지 않는 범위에서 거래조건의 변경, 세금계산서 선발급, 매출채권의 조기회수 등을 통해 매출액 인식시기를 통제함으로써 합병등기일 이후의 매출액을 과소집계하여 중소기업 규모요건을 충족시킬 수 있는바, 손익계산서상 매출액을 기준으로 중소기업 여부를 판단함이 타당하다. (나) 처분청은 지배기업이 관계기업을 흡수합병한 경우를 예시로 들어, 지배기업의 경우 관계기업의 매출액을 합산하여 중소기업을 판정하는바, 지배기업이 관계기업을 합병한 경우에 매출액을 연환산하지 아니하면 경제적 실질이 동일함에도 중소기업의 판정이 달라질 수 있어 불합리하다는 의견이나, 관계기업 및 지배기업의 관계와 합병법인의 관계는 법인격의 유무, 권리․의무의 주체, 기업회계기준에 따른 회계처리 등의 모든 기업환경의 제반영역에서 경제적 실질이 다르므로 처분청 의견은 타당하지 아니하다. (다) 처분청은 중소기업기본법에서도 중소기업 판단 시 합병법인의 매출액을 연환산한다는 의견이나, 중소기업기본법과 조세특례제한법의 제정목적이 다르고 두 법이 보호하려는 가치와 그 목표가 상이하므로 처분청 의견은 타당하지 아니하며, 조세감면의 목적에서 합병존속법인이 중소기업에 해당하는지 여부는 조세특례제한법에 따라 판단되어야 한다.
(4) 피합병법인의 재무정보가 합병존속법인의 자산총액에 가산되어 자산총액 요건에서 중소기업 판정에 고려되므로 쟁점단서규정을 합병존속법인에까지 적용하는 것은 불필요하다. (가) 종전예규는 2000.12.29. 조세특례제한법 시행령상 중소기업 요건에서 자산총액 요건이 삭제되고 매출액 요건이 처음 도입됨에 따라 합병을 통해 대형기업이 되었음에도 피합병법인의 매출액이 합병존속법인의 매출액에 산입되지 아니하고 중소기업으로 판정되는 여지를 방지하려는 취지로 보인다. (나) 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 에서 중소기업 판단요건에 자산총액요건이 다시 추가되었고, 그에 따라 피합병법인의 자산을 합병존속법인의 자산으로 인식하여 중소기업 여부를 판단하게 되므로 쟁점단서규정을 합병존속법인에까지 확대하여 적용하는 것은 불필요하다.
(1) 새로운 해석이 종전 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하여야 한다. (가) 국세기본법 제18조 제3항 에서 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 18-0…2에서 “새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다”고 규정하고 있다. (나) 국세청은 종전예규의 해석을 변경하여 사업연도가 변경되지 않는 분할법인에 대하여 연환산이 아닌 해당 과세연도의 전체 매출액을 적용하는 것이라고 해석하였고(기준-2019-법령해석법인-527, 2019.9.4.), 쟁점예규를 통해 합병법인에 대해서도 동일하게 해석하였으나, 쟁점예규 회신 전까지 합병존속법인의 해당 사업연도의 매출액은 합병등기일의 다음 날이 속하는 사업연도의 매출액을 연환산한 금액이라고 지속적으로 해석해 왔는바, 쟁점예규는 해석이 변경된 2019.9.4. 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 적용하여야 한다. (다) 이 건과 달리 해석 변경으로 인해 중소기업에서 중견기업으로 불리해지는 경우의 납세자를 보호하기 위해서라도 쟁점예규는 그 해석이 있은 날 이후부터 적용함이 타당하다.
(2) 합병존속법인의 경우 해당 사업연도의 손익계산서상 매출액을 기준으로 규모기준을 판단하는 것이 반드시 합리적인 것은 아니다. 2015사업연도의 A법인의 연간 매출액이 OOO원이고, A법인이 실질적으로 지배(지분율 50% 이상)하고 있는 관계기업인 B법인의 연간 매출액이 OOO원(월 OOO원)으로 가정할 때, 중소기업 규모판단시 A법인의 2015사업연도 매출액은 두 법인의 매출액을 합산한 OOO원이 되어 중소기업에 해당하지 아니하나, 2016사업연도 중에 2016.11.30. 합병하고 A법인이 존속하는 경우 A법인의 연간 매출액은 OOO원이 되어 중소기업에 해당하게 되는바, 경제적 실질이 동일함에도 중소기업 해당 여부가 완전히 달라지게 된다.
(3) 합병등기일 이후 매출액을 연환산하는 경우 이를 인위적으로 조절하여 중소기업 규모요건을 자의적으로 충족시킬 수 있다는 청구주장은 타당하지 아니하다. (가) 기업이 인위적으로 매출액을 조절하여 중소기업 규모요건을 자의적으로 충족시킬 수 있다는 주장은 납세자 성실성 추정의 원칙을 무시한 논리에 지나지 않는다. (나) 오히려 손익계산서상 매출액을 기준으로 규모기준을 판단하게 되면 피합병법인이 관계기업일 때의 경우와 같이 오히려 불합리한 결과가 초래될 수 있다. (4) 중소기업기본법 시행령의 규정을 고려하더라도 종전예규의 해석이 잘못되었다고 볼 수 없다. 조세특례제한법상 중소기업 관련 규정은 중소기업기본법의 규정을 근간으로 하고 있는데, 중소기업기본법 시행령에서도 합병일부터 12개월이 되지 아니한 경우는 합병일이 속하는 달의 다음달부터 중소기업 여부 산정일이 속하는 달의 직전 달까지의 월매출액을 기준으로 연 매출액을 환산하도록 규정하고 있다.
(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “과세연도”란 소득세법에 따른 과세기간 또는 법인세법에 따른 사업연도를 말한다. 제5조(중소기업 등 투자 세액공제) ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 “중소기업”이라 한다) 및 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장(이하 이 조에서 “증권시장”이라 한다)에 최초로 신규 상장한 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 “신규상장 중견기업”이라 한다)을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산에 2018년 12월 31일까지[중소기업 중 2015년 1월 1일부터 2015년 12월 31일까지 증권시장에 최초로 신규 상장한 중소기업(이하 이 조에서 “신규상장 중소기업”이라 한다)과 신규상장 중견기업의 경우는 상장일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지] 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 3(중소기업 중 신규상장 중소기업과 신규상장 중견기업의 경우는 100분의 4)에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세[사업소득(소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득은 포함하지 아니한다. 제122조의3, 제126조의2, 제126조의6 및 제132조를 제외하고 이하에서 같다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.(각 호 생략) 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구ㆍ인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액
1. 중소기업인 경우: 100분의 25 (2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ①조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), (중 략), 신에너지 및 재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법에 따른 신ㆍ재생에너지 발전사업 또는 보안시스템 서비스업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
중소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준(“평균매출액등”은 “매출액”으로 보며, 이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것
중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 적합할 것. 이 경우 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산할 때 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외하며, 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 “평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업”은 “매출액이 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제1호 에 따른 중소기업기준에 맞지 아니하는 기업”으로 본다.
④ 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 매출액, 자산총액, 발행주식의 간접소유비율의 계산과 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (3) 조세특례제한법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제478호로 일부 개정된 것) 제2조(중소기업의 범위) ④ 영 제2조 제1항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업ㆍ분할ㆍ합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.
⑤ 영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 자산총액은 과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표상의 자산총액으로 한다.
⑦ 영 제2조 제4항에 따른 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제2조 제2항 을 준용한다.
⑧ 영 제2조 제4항에 따른 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다목에 따른 관계기업에 속하는 기업인지의 판단은 과세연도 종료일 현재를 기준으로 한다.
(4) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (5) 중소기업기본법 시행령 [별표 1] 주된 업종별 평균매출액등의 중소기업 규모 기준(제3조 제1항 제1호 가목 관련) 해당 기업의 주된 업종 분류기호 규모 기준
1. 의복, 의복액세서리 및 모피제품 제조업 C14 평균매출액등 1,500억원 이하
2. 가죽, 가방 및 신발 제조업 C15
3. 펄프, 종이 및 종이제품 제조업 C17
4. 1차 금속 제조업 C24
C28
C32
(6) 법인세법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
5. “사업연도”란 법인의 소득을 계산하는 1회계기간을 말한다.
13. “합병법인”이란 합병에 따라 설립되거나 합병 후 존속하는 법인을 말한다.
14. “피합병법인”이란 합병에 따라 소멸하는 법인을 말한다.
15. “분할법인”이란 분할(분할합병을 포함한다. 이하 같다)에 따라 분할되는 법인을 말한다.
16. “분할신설법인”이란 분할에 따라 설립되는 법인을 말한다. 제8조(사업연도의 의제) ① 내국법인이 사업연도 중에 해산(합병 또는 분할에 따른 해산과 제78조 각 호에 따른 조직변경은 제외한다)한 경우에는 다음 각 호의 기간을 각각 1사업연도로 본다.
1. 그 사업연도 개시일부터 해산등기일(파산으로 인하여 해산한 경우에는 파산등기일을 말하며, 법인으로 보는 단체의 경우에는 해산일을 말한다. 이하 같다)까지의 기간
2. 해산등기일 다음 날부터 그 사업연도 종료일까지의 기간
② 내국법인이 사업연도 중에 합병 또는 분할에 따라 해산한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 합병등기일 또는 분할등기일까지의 기간을 그 해산한 법인의 1사업연도로 본다.
③ 내국법인이 사업연도 중에 제78조 각 호에 따른 조직변경을 한 경우에는 조직변경 전의 사업연도가 계속되는 것으로 본다.
④ 청산 중인 내국법인의 사업연도는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 각각 1사업연도로 본다.
1. 잔여재산가액이 사업연도 중에 확정된 경우: 그 사업연도 개시일부터 잔여재산가액 확정일까지의 기간
2. 상법 제229조, 제285조, 제287조의40, 제519조 또는 제610조에 따라 사업을 계속하는 경우: 다음 각 목의 기간
⑤ 내국법인이 사업연도 중에 연결납세방식을 적용받는 경우에는 그 사업연도 개시일부터 연결사업연도 개시일 전날까지의 기간을 1사업연도로 본다.
⑥ 국내사업장이 있는 외국법인이 사업연도 중에 그 국내사업장을 가지지 아니하게 된 경우에는 그 사업연도 개시일부터 그 사업장을 가지지 아니하게 된 날까지의 기간을 1사업연도로 본다. 다만, 국내에 다른 사업장을 계속하여 가지고 있는 경우에는 그러하지 아니하다.
⑦ 국내사업장이 없는 외국법인이 사업연도 중에 제93조 제3호에 따른 국내원천 부동산소득 또는 같은 조 제7호에 따른 국내원천 부동산등양도소득이 발생하지 아니하게 되어 납세지 관할 세무서장에게 그 사실을 신고한 경우에는 그 사업연도 개시일부터 신고일까지의 기간을 1사업연도로 본다.
(1) 청구법인은 2016사업연도 법인세에 대하여 중견기업의 세액공제율을 적용하여 신고하였다가, 2021.11.24. 처분청에 조세특례제한법 제10조 등에 따른 연구ㆍ인력개발비 세액공제, 중소기업의 세액공제율 적용 등을 이유로 2016사업연도 법인세에 대한 경정청구를 제기하였고, 처분청은 일부 청구를 받아들여 감액경정하였으나, 중소기업의 세액공제율의 적용에 대한 경정청구는 청구법인의 2016사업연도 매출액이 중소기업기준을 충족하지 못한다고 보아 이를 거부하였다.
(2) 청구법인은 2016.11.30.을 합병기일(합병등기일)로 하여 쟁점피합병법인을 흡수합병하였고, 2016사업연도 매출액 현황은 아래 <표>와 같은바, 청구법인의 손익계산서상 연간 매출액은 중소기업기본법 시행령에 따른 중소기업 규모기준인 OOO원 이하에 해당하나, 합병등기일의 다음 날부터 사업연도의 마지막 날까지의 매출액(OOO원)을 연환산하면 중소기업 규모기준을 초과하게 된다. <표> 청구법인과 쟁점피합병법인의 매출액(2016사업연도) OOO
(3) 처분청은 2021.12.23. 과세기준자문을 신청하였고, 국세청장은 2022.1.28. 아래와 같이 회신하였다. <과세기준자문 회신내용(국세청 법무과-630, 2022.1.28.)> OOO
(4) 종전예규 및 쟁점예규의 내용은 아래와 같다. <종전예규 및 쟁점예규> OOO
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점예규의 경우 2019.9.4. 이후 신고․납부분부터 적용하여야 하고, 청구법인의 경우 2016.11.30. 피합병법인을 흡수합병하였으므로 합병등기일 후의 매출액을 연환산하여야 한다는 의견이나, 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제4항 에 의하면 같은 법 시행령 제2조 제1항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다고 하고, 그 단서규정(쟁점단서규정)에서 합병의 경우에 ‘그 등기일의 다음 날이 속하는 과세연도’의 매출액을 연환산한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 쟁점피합병법인을 흡수합병하여 존속한 법인으로 합병 전후의 과세연도가 변경되지 아니하였으며, 해당 사업연도의 손익계산서에 1년 간의 매출액이 모두 반영되어 있는 점, 쟁점예규에서 2019.9.4. 이후 신고․납부분부터 적용한다고 정하고 있으나, 과세관청의 예규는 행정관청 내부의 지침에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 법규적 효력이 없다 할 것이고(대법원 2007.6.14. 선고 2005두12718 판결, 같은 뜻임), 쟁점예규상 적용시기는 종전예규를 신뢰한 납세자가 쟁점예규의 적용으로 인해 불리한 처분을 받을 수 있는 경우를 방지하고자 정한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 합병등기일의 다음 날이 속하는 과세연도가 1년에 미달하지 아니하는 합병존속법인의 경우에는 손익계산서상의 매출액에 따라 중소기업기준을 적용하는 것이 타당해 보이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.