5. 부가가치세의 매출세액
(2) 부가가치세법(2016.12.20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
② 재화의 수입에 대한 부가가치세의 과세표준은 그 재화에 대한 관세의 과세가격과 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세 및 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.
(3) 국세기본법(2021.12.21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것) 제22조의3(경정 등의 효력) ① 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정(更正)은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.
② 세법에 따라 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다. 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
(1) 이 건 처분과 관련된 주요 사실관계를 정리하면 아래 <표5>와 같다. <표5> 이 건 처분과 관련된 주요 사실관계 (단위: 원)
(2) 감사청의 2021.4.12.자 “법인세 등 경정결의 잘못” 질문서에 따르면, 감사청은 OOO세무서장이 청구법인에 대한 2016사업연도 법인세 경정시 부가가치세 예수금에 대한 소득조정을 누락하여 법인세 등을 과소부과하였다고 지적하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청들은 당초 청구법인의 매출누락액을 OOO원으로 보아 2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 부과하였다가, 당초 매출누락액 산정시 쟁점부가가치세액이 누락되었다는 감사청의 지적에 따라 이 건 처분(2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원)을 하였고, 이후 차명계좌를 8개가 아닌 5개로 판단한 법원판결(서울고등법원 2022.4.5. 선고 2021누37535 판결)에 따라 매출누락액을 감액하여, 2016사업연도 법인세 OOO원 및 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 각 감액경정한바, 처분청들이 2022년에 한 감액경정은 당초 과세한 2019년 증액경정 및 2021년 증액경정과 연관되어 있으며, 또한 이들 처분들은 모두 2016사업연도 법인세 및 2016년 귀속 종합소득세 산정과 관련되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인과 청구인은 청구세액 한도 내에서 취소를 구할 수 있는 것으로 보이므로 이 건 심판청구는 본안심리대상에 해당되는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인들은 당초 매출누락된 공급가액 OOO원(<표1>의 ⓑ값)에 쟁점부가가치세액이 포함되어 있다고 주장하나, 차명계좌에 입금액 이외에 청구법인에게 부가가치세 상당액을 지급하였다는 사실이 확인되는 등의 특별한 사정이 없는 한, 차명계좌에 입금한 금액은 부가가치세가 포함된 공급‘대가’로 보는 것이 타당하나(조심 2018중3543, 2021.9.6., 같은 뜻임), 청구인들 스스로 제시한 <표1>에서도 ⓑ값의 항목은 ‘공급대가’가 아닌 ‘공급가액’으로 기재되어 있는 점, 처분청은 공급대가(ⓐ: OOO원)에서 부가가치세 OOO원을 제외하고 과소신고 소득금액을 산정한 점 등에 비추어 볼 때, 당초 2016사업연도 법인세 수입금액 산정시 공급대가가 아닌 공급가액에서 쟁점부가가치세액을 차감한 금액을 매출누락금액으로 산정하였다가 이를 바로잡아 2016사업연도 법인세 수입금액에 쟁점부가가치세액을 산입한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.