쟁점건물 중 주택 면적이 주택외 면적보다 크므로 쟁점건물 전체를 1주택으로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO 국적자로서 2003.7.15. 신축한 OOO 지상 건물(1층 OOO, 2층 OOO, 3층 OOO 합계 OOO으로 공부상 다가구주택이며, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 2021.5.28. OOO원에 양도한 후 양도소득세 신고를 하였고, 이후 2021.8.5. 쟁점건물 중 3층을 제외한 1층과 2층은 주택이어서 주택 연면적(OOO)이 주택외의 부분 연면적(OOO)보다 크므로 쟁점건물 전체를 1주택으로 보아 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다고 주장하면서 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점건물 중 1층만이 주택(목사사택)이고, 2층과 3층을 주택이 아닌 종교시설(교회)로 보아 주택부분에 대한 장기보유특별공제율 80%(당초 30%)를 적용하여 OOO원을 환급하고 나머지 부분은 경정을 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2021.12.21. 이의신청을 거쳐 2022.5.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점건물의 경우 OOO의 이행강제금부과 통보내역, 건축물 현황도, 전기요금 부과내역, 도시가스 사용내역, 주거래은행 거래사실확인서, 주거래마트 거래사실확인서, 택배영수증, 관련 사진 및 교인들의 사실확인서 등을 종합해 보면 3층을 제외한 쟁점건물의 60.45%(1층, 2층)가 주택에 해당한다. &;&;&; 만약 청구인과 처분청이 그 사용용도를 달리 보고 있는 2층(OOO)을 설사 주거용에 공했는지 여부가 분명하지 아니한 경우에는 소득세법 제88조 제7호 에 따라 공부상의 용도(주택)에 따라야 한다. 또한, 관련 판례에 따르면 청구인이 쟁점건물의 2층을 사실상 상시 주거용으로 사용하지 않고 쟁점건물이 사업을 위한 종교시설이라 할지라도 쟁점건물이 오직 사업에만 전용될 수 있도록 건축된 건물이 아니라, 쟁점건물을 신축할 당시 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있었으며, 무단 용도변경으로 종교시설로 사용하였던 3층도 2014년 5월에 다시 원상회복하여 주택으로 사용하였음으로 보더라도 쟁점건물은 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있었으므로 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물에 해당하므로 이를 주택으로 보아야 한다. 청구인은 쟁점건물을 1세대1주택 양도소득세 비과세로 신고하고자 하였으나 처분청의 안내에 따라 장기보유특별공제 30%를 적용하여 일반과세로 신고하였다. 그러나 쟁점건물은 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 최종 1주택 상태에서 2년 이상 보유요건을 충족하지 못하여 1세대1주택 비과세에는 해당하지 않지만 쟁점건물의 OOO는 주택임이 명백하므로 최소한 과세대상 1세대1주택에 대한 장기보유특별공제 80%를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 ① OOO이 쟁점물건 전체를 종교시설로 보아 재산세 면제 및 개별주택가격을 공시하지 않았고, ② 청구인이 쟁점건물에 ‘AAA’라는 상호로 사업자등록을 하였으며, ③ 쟁점건물 사진에서 출입문, 내부계단, 종탑, 주차장(8대 주차) 등이 다른 교회건물들과 다른 점이 없는 점 등으로 미루어 쟁점건물 자체는 교회 건물로 판단하였으나, ④ 청구인 부부의 주소지가 쟁점건물로 되어 있고 ⑤ OOO시청 위반건축물 행정조치 담당공무원의 확인서 내용, ⑥ 처분청 직원과 OOO 직원의 유선통화내용(1층을 교회사택으로, 2층과 3층을 교회시설로 보아 전체 재산세 비과세 하였음) 및 매수자(aaa)과의 유선통화내용(10월초 통화에서 1층은 주택, 2&;3층은 교회였음) 등을 근거로 쟁점건물 중 상시주거용(목사사택)으로 사용하는 1층을 주택으로, 2층과 3층은 종교시설로 판단하였다.

• 가. 쟁 점 양도 당시 2층을 주택으로 사용한 것으로 보아 쟁점건물 전체를 1세대1주택에 따른 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것) 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

7. “주택”이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다. 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2) 소득세법 시행령(2021.2.19. 대통령령 제31472호로 개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (단서 생략)

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분[양도, 증여 및 용도변경(건축법 제19조 에 따른 용도변경을 말하며, 주거용으로 사용하던 오피스텔을 업무용 건물로 사실상 용도변경하는 경우를 포함한다)하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다]한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ⑮ 제154조 제1항을 적용할 때 건축법 시행령 별표 1 제1호 다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 본다. 다만, 해당 다가구주택을 구획된 부분별로 양도하지 아니하고 하나의 매매단위로 하여 양도하는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 본다. 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2021.5.28. 쟁점건물을 OOO원에 양도한 후 쟁점건물 전체를 과세대상으로 하여 장기보유특별공제 30%를 적용하고 납부할 세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하였고, 이후 2021.8.5. 쟁점건물을 1세대 1주택 비과세 대상으로 보아OOO원 초과 과세분에 대하여 장기보유특별공제 80%를 적용하고 OOO원을 환급받을 세액으로 하여 경정청구를 제기하였다.

(2) 이에 처분청은 쟁점건물 중 1층OOO만 주택이고 2층&;3층 OOO을 주택이 아닌 종교시설로 보아 주택부분에 대한 장기보유특별공제를 30%에서 80%로 경정하여 OOO원을 환급 경정하고 나머지 경정청구는 거부하였다. <표1> 양도소득세 신고 및 경정 내역 &;&;&; < 경정청구 검토결과(일부) > &;&;&;

(3) 건축물대장(발급일 2021.3.22.)상 쟁점건물의 용도는 ‘다가구주택’으로, 그 밖의 기재사항란에는 ‘OOO호에 의거 국토계획 및 이용에 관한 법률 및 건축법 위반 고발(위반사항: 3층 주택을 종교집회장으로 무단 용도변경) 이행강제금 부과대상’이라고 기재되어 있다. <표2> 건축물 현황 &;&;&;

(4) 국세통합전산망의 조회자료상 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) [사업자 조회] 청구인은 2003.7.30. 대표자를 bbb에서 청구인으로, 상호를 BBB에서 ‘AAA’로 변경하고, 2003.7.31. 사업장(소재지)을 OOO에서 쟁점건물로 변경하여 AAA를 운영하다 2009.8.21. 폐업하였으며, 다시 2009.7.10. 쟁점건물에서 AAA라는 상호로 ‘법인으로 보는 단체’ 사업자등록을 하였다. <표3> 사업자 기본사항 &;&;&; (나) [개별주택가격 내역] 쟁점건물은 “비거주용도 종교시설, 비거주면적 1층 OOO, 2층 OOO, 3층 OOO”으로 나타난다. (다) [체류지 변경기록] 청구인과 배우자 ccc은 외국인 거주자로, 청구인은 2003.8.20.부터 2021.5.6.까지 쟁점건물이 거주지로 되어있고, 배우자 ccc은 2003.8.20.부터 2009.3.25.까지 쟁점건물, 2009.3.26.부터 2013.2.14.까지 OOO, 2013.2.15.부터 2021.5.6.까지 쟁점건물이 거주지로 되어 있다.

(5) 청구인은 쟁점건물 2층을 주택으로 사용하였다는 증빙으로 다음과 같은 자료를 제출하였다. (가) 쟁점건물의 매매계약서 특약사항를 보면, “① 현시설 상태의 매매계약임. OOO 2필지 위에 단독주택OOO이 건축되어 있으며, 매수자는 매수자 책임으로 건축물을 멸실 하기로 한다, ② 현재 등기사항 증명서상 채권 최고액 금 OOO원 OOO은행에 설정 상태이며, 잔금과 동시에 상환 말소하기로 한다. 채무자는 OOO 앞으로 되어 있으며, 교인과 협의된 사항이며, 매도자는 상환 말소하기로 한다.”라고 기재되어 있다. (나) OOO로부터 받은 이행강제금부과 관련 공문을 보면, ① 2004년 5월 건축과 공문에는 쟁점건물의 3층 전부 면적OOO이, 2009년 2월 이후 건축과 공문에는 3층 일부 면적OOO이 위반면적으로 기재되어 있으며, ② 2014년 5월 출장결과 보고 공문에는 “불법용도 변경된 부분이 시정되었으므로 종결처리 하고자 함”이라고 기재되어 있다. <표4> 건축과 공문상 이행강제금부과 통보내역 &;&;&; (다) 청구인은 2020년 11월 OOO으로부터 쟁점건물에 대한 ‘위반건축물 시정명령 처분 사전통지’를 받았으며, 이에 청구인이 OOO에 제출한 의견서에는 ‘현재 1, 2층 주택으로 사용중이고 3층만 교회’라고 기재되어 있다. (라) 건축물현황도 를 보면, 쟁점건물은 ‘다가구주택’으로 되어 있고, 1층은 차량 8대 정도를 주차할 수 있는 주차장과 방(4개), 주방(1개), 욕실(1개)로 구성되어 있으며, 2층과 3층은 방, 주방, 가족실, 욕실 등 유사한 구조로 되어 있다. (마) 청구인은 1층과 2층에서 주로 거주하여 전기사용량이 많고 3층은 일요일에 교회로 사용하였기 때문에 전기사용량 적었다는 주장에 대한 증빙으로 최근 3년간 전기요금 부과내역을 제출하였다. <표5> 전기요금 부과내역(발췌) &;&;&; < 전기요금 부과내역 중 요금년월 수납내역 > &;&;&; (바) 청구인은 1층과 2층에서 주로 거주하여 도시가스 사용량이 많고 3층은 일요일에 교회로 사용하였기 때문에 도시가스 사용량 적다는 주장하면서 고객별 요금부과내역서를 제출하였다. <표6> 고객별 요금부과내역서 중 ‘가스금액’ 합계액(발췌) &;&;&; (사) 청구인은 쟁점건물의 1층과 2층, 3층의 일부가 주택으로 사용되었다는 증빙으로 각층에 소재한 각 방에서 찍은 사진이라고 주장하며 8장의 사진을 제출하였다. (아) 쟁점건물의 매수인 aaa과 교인 18명(청구인 포함)의 확인서에는 “쟁점건물의 1층과 2층, 3층의 일부를 주택으로 사용하고 3층의 일부만을 교회로 사용하였다”는 내용이 기재되어 있다.

(6) 처분청은 쟁점건물 2층이 주택용이 아닌 종교시설로 사용되었다는 근거로 다음과 같은 자료를 제시하였다. (가) 처분청이 2021.8.24. OOO로부터 회신받은 ‘쟁점건물 관련 검토의견’에는 “위반사항 재적발시 위반면적: OOO(2020 위반건축물 시정명령 처분 사전통지 문서 참조)”라고 기재되어 있고, “2020 위반건축물 시정명령 처분 사전통지문” 상의 건축법 위반건축물 면적이 OOO로 되어 있다. (나) 처분청은 2021.9.1. OOO로부터 받은 ‘쟁점건물 위반건축물 당시 담당자 확인서’를 제출하였는바, 이에 대해 처분청은 2층이 상시 사용공간은 아니나 교인이나 가족 및 손님 등 필요시 사용한 곳이므로 종교시설로 보아야 한다는 의견인 반면, 청구인은 평상시 공가이며, 해외에서 거주하는 가족이나 손님이 왔을 때 거주하는 곳이므로 주택으로 보아야 한다고 주장하고 있다. &;&;&; (다) 처분청이 2021.8.19. OOO로부터 받은 공문을 보면, 쟁점건물은 2004년부터 2020년까지 종교용도 사용으로 재산세 등이 면제되었고, 2021.5.20. 철거된 사실이 나타난다. (라) 처분청이 2021.8.23. 재산세과로부터 받은 공문에는 “조사년도는 2015년, 사용현황은 건물 전체 종교시설 사용, 비고란에는 개별주택가격 미공시”라고 기재되어 있다. (마) 처분청이 2022.1.11. OOO로부터 추가 회신받은 ‘쟁점건물의 주택특성조사표’를 보면, 2015∼2020년 쟁점건물 전체가 종교시설로 기재되어 있고, 2017.11.7. 촬영된 ‘주택특성조사 관련사진’을 보면 쟁점건물 내부 안내표지판에 ‘1층 목양실, 2층 소예배실, 식당, 교육관, 3층 대예배실(본당)’로 표기 되어 있다. (바) 처분청이 2022.1.26. OOO로부터 추가 회신받은 2018년과 2019년 쟁점건물의 ‘재산세 비과세·감면 조사표’를 보면, 조사내용란에는 ‘1층 목양실, 2층 소예배실, 식당, 교육관, 3층 대예배’실로 기재되어 있다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청이 관할 지방자치단체(OOO)에 조회한 결과 ① 건축물 용도변경에 따른 시정명령 및 이행강제금 부과 관련 담당공무원의 확인내용, ② 재산세 부과내역 및 재산세 비과세&;감면 조사표, 개별주택가격 현황조사서 및 내&;외부 사진 등으로 볼 때 쟁점건물 2층은 종교시설로 사용한 것으로 보이는바, ① OOO 담당공무원은 ‘2층은 상시 사용공간은 아니나 교인이나 가족 및 손님 등 필요시 사용’을 확인하였고, ② 2004년부터 2020년까지 쟁점건물에 대하여 전체 종교용도 사용으로 재산세 면제(2021.5.20. 멸실로 2021년 재산세 과세는 해당없음)되었으며, 주택특성조사표(2017년) 및 재산세 조사표(2018～2019년)상 쟁점건물 사진 및 조사내용에는 ‘2층 식당, 교육관, 소예배실’로 기재되어 있는 점, 쟁점건물은 공부상 ‘단독주택’으로 되어 있으나, 외관사진상 건물입구는 교회현판이 있는 1층 출입구가 유일하고, 각층이 외부계단이 아닌 내부계단으로 연결된 것으로 보이며, 신축 당시부터 ‘AAA’ 사업장소재지로 사업자등록되어 있었던 점 등으로 보아 처음부터 쟁점건물을 교회용도로 사용하기 위해 건축된 것으로 보이는 점, 청구인은 쟁점건물 2층을 상시 주거용으로 사용하였다는 증빙으로 ① OOO의 이행강제금 부과내역, ② 전기요금 및 도시가스 부과내역, ③ 매수인과 교인들의 확인서 등을 제출하였으나, ① OOO이 쟁점건물 3층에 대하여만 이행강제금을 부과한 사실이 곧바로 2층을 상시 주거용으로 사용하였다는 증빙이 될 수 없고, ② 1층과 2층의 전기요금과 도시가스 사용량의 차이는 오히려 2층이 상시 주거용이 아니었다는 반증이 될 수 있으며, ③ 이해관계인의 확인서 등은 사후 임의작성한 것으로 객관적인 사실증빙으로 인정하기도 어려운 점 등에 비추어 양도 당시 2층을 주택으로 사용한 것으로 보아 쟁점건물 전체를 1세대1주택에 따른 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 한다는 청구인의 주장을 그대로 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.