3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구법인이 쟁점특허권을 자가 취득한 것으로 보아, 대표자로부터 취득한 거래를 부인하고 과세한 처분의 당부
- 나. 관련 법령
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가에 부대비용을 더한 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. (3) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ②법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.
1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산:원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액
(4) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)
(1) 처분청이 처분근거로 제시한 자료를 정리하면 다음과 같다. (가) 청구법인은 쟁점특허권이 출원(2019.12.23.)되자마자, 등록 이전인 2019.12.30. 이를 매수하였고, 이후 2021.11.18. 발명자를 대표자로, 등록권리자는 청구법인으로 하여 쟁점특허권이 등록되었다. (나) 청구법인은 아래 OOO와 같이 연구전담부서를 두고 있으며, 해당 부서에서 지출한 연구개발비는 연구인력개발비세액공제를 적용받고 있다. (다) 쟁점특허권에 대한 구체적인 의견은 OOO과 같다.
(2) 이에 대한 청구법인의 항변은 OOO과 같다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권이 대표자 개인의 아이디어와 노력으로 만들어진 개인 소유의 재산으로, 청구법인은 정당한 대가를 지급하고 이를 취득한 것이라고 주장하나, 쟁점특허권은 청구법인의 주된 사업과 무관하지 않아, 청구법인의 경험, 노하우 및 기술력이 반영된 것으로 보이고, 여기에 청구법인이 그간 연구전담부서를 설치하여 전담인력을 통해 경상개발비를 지출해왔던 사정까지 감안하면, 특별한 사정이 없는 한 쟁점특허권은 청구법인이 직접 취득한 것으로 보이는 점, 쟁점특허권에 대표자 개인의 아이디어가 반영되었을 수도 있으나, 대표자가 이를 넘어 쟁점특허권의 개발에 있어 핵심적인 역할을 담당하였는지 여부가 불분명하고, 이와 관련하여 대표자가 수행한 구체적인 연구 자료나 개발을 위한 비용 지출내역 등과 같은 객관적인 증빙자료는 확인되지 않는 점, 설령, 대표자의 개인 노력을 상당부분 인정하더라도, 대표자는 청구법인의 총괄책임자인 대표이사로서 그 직무범위가 경영 및 영업에 한정된다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어, 특별한 사정이 없는 한 쟁점특허권은 청구법인이 직접 창출하여 취득한 것으로 봄이 상당하므로, 처분청이 이를 전제로 청구법인에게 쟁점금액을 대표자상여로 소득처분하는 내용으로 소득금액변동통지를 한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.