쟁점토지를 분할하여 과세기간을 달리하여 양도한 것을 사실상 하나의 거래로 보아 감면한도를 재계산하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 OOO 전 5,438㎡ 및 같은 리 75번지 전 400㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 보유하다가 2019.9.2. 이를 <표1>과 같이 분할하였고, 2019.9.30. 분할한 지번 중 74․74-4․74-6번지 총면적 3,369㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 ㈜AAA(이하 “양수법인”이라 한다)에 OOO원에 양도하였으며, 2020.1.31. 분할한 지번 중 74-3․74-5․75번지 총면적 2,469㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)를 AAA(양수법인의 대표자, 이하 “양수인”이라 한다)에게 OOO원에 양도(쟁점①․②토지 거래를 합하여 “쟁점거래”라 한다)한 후, 이에 대한 양도소득세를 신고하면서 자경농지에 대한 감면세액 1억원(과세기간별 한도)을 각각 적용하여 2019년․2020년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였다. <표1> 분할 전․후 지번변동 ㅇㅇㅇ
• 나. 처분청은 2021.8.26.부터 2021.9.14.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과, 쟁점거래가 사실상 하나의 거래이나 형식상 두개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 과다하게 적용받기 위한 것으로 보아 쟁점①․②토지의 양도가액을 OOO원으로, 양도일을 2020.1.31.로 하고, 감면세액 1억원을 적용하여 2021.11.2. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2022.1.26. 이의신청을 거쳐 2022.4.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점거래는 계약당사자의 합의에 따라 정상적으로 성립하였고, 각각 매매대금을 수령하고 소유권이전등기를 하였으므로 각각의 소유권이전일이 양도소득세 납세의무의 성립일이므로 쟁점거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(1) 청구인은 1974.9.27. OOO, 2006.8.8. OOO 토지를 각 취득하여 양도할 때까지 영농에 종사하였다. 청구인과 양수법인 및 양수인은 자유의사에 따라 매매계약을 체결하고 소유권을 이전하였으며, 각 토지의 매매대금을 청산한 날은 2019.9.30.과 2020.1.31.로 양도소득의 귀속시기는 2019년과 2020년이다.

(2) 양수법인은 청구인에게 청구인 소유의 토지 1,700평 중 1,000평에 대한 분할매수 의사를 표시하여 매매협의를 진행하다가 2019.2.1. 건축사무소를 통해 작성한 분할부분과 면적(3,305㎡)이 기재된 지적도면에 표시된 좌측부분 매수를 확정하고, 계약금 OOO원을 청구인에게 지급하였다. 청구인은 분할매도한 부분의 우측필지도 중개인에게 매매의뢰하였으나, 원활하게 진행되지 않았고, 쟁점①토지의 매수자인 양수법인에 수차례 매수요청을 하던 중 2019.4.1. 양수인이 쟁점②토지도 매수하 기로 하였으며, 분할 면적을 확정한 후 매매계약서를 작성하기로 하고 계약금 OOO원(양수인 계약금 OOO원, 양수법인 계약금 증가액 OOO원)을 수령하였다. 2019.9.2. 당초 분할계획대로 쟁점토지를 쟁점①토지와 쟁점②토지로 분할하였고, 쟁점①토지는 양수법인이 2019.9.30. 잔금을 지급하고 소유권이전등기를 하였으며, 쟁점②토지는 양수인이 2020.1.31. 잔금을 지급하고 소유권이전을 하였다.

(3) 부동산매매계약은 쌍무계약으로서 어느 일방의 주장대로 계약이 성립할 수 없고, 쟁점거래는 계약당사자의 합의에 따라 정상적으로 성립하였으며, 어떠한 불법적인 행위가 개입되지 않았다. 사법상의 법률관계는 개인의 자유로운 의사에 따라 자기책임하에 규율하고 국가는 이에 간섭하지 않는 것이 원칙이며, 청구인이 부동산매매계약을 하는데 있어서 조세특례제한법 등 관련 법률 규정을 이해하고 이를 활용하는 것은 당연하다. 따라서 청구인이 자유의사에 따라 매매계약을 체결하고 대금청산일에 매매대금을 수령한 후 소유권이전등기를 한 쟁점거래는 각각의 소유권이전일이 양도소득세 과세기간 성립일이므로 쟁점①토지와 쟁점②토지의 소유권이전일을 쟁점②토지의 잔금지급일인 2020.1.31.로 보아 2019년 귀속 양도소득세 신고를 배제하고 2019년과 2020년 양도소득을 합산하여 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점토지 분할 이전에 양수법인 및 양수인과 매매계약을 체결하였고, 쟁점①․②토지 지상에 건물 신축도 동시에 이루어졌으나, 단지 잔금청산일만을 달리함으로써 조세감면을 과다하게 적용받았으므로 쟁점거래를 거래의 실질에 따라 하나의 거래로 보아 과세한 처분은 정당하다.

(1) 청구인은 쟁점토지의 분할이 이루어지기 전인 2019.4.12. 양수법인 및 양수인(양수법인 대표)과 분할 후 지번 및 면적을 대상물건으로 하여 양도계약을 하였고, 각각 계약서는 공장 등 건축인허가 조건부계약으로 계약내용이 동일하나 잔금일자만 다르므로(쟁점①토지는 인허가일로부터 2주 이내, 쟁점②토지는 인허가를 득하고 2020년 1월 내 쌍방합의하여 처리), 이는 실질이 하나의 거래임에도 각각의 거래로 보여주기 위한 목적으로 행한 것으로 판단된다.

(2) 경기도 김포시청에 건축물 관련 신고내역을 확인한 결과, 양수법인과 양수인은 계약일 전인 2019.4.1. 건축사사무소 OOO과 쟁점①토지와 쟁점②토지 지상에 건축물의 설계 표준계약서를 각각 작성한 것으로 확인되어 처음부터 동시에 양도한 것으로 보인다.

(3) 양수법인과 양수인은 2019.9.30.과 2020.1.31.에 토지를 취득하여 각각의 토지에 가동, 나동의 건물을 신축하였는바, 각각 건물의 설계자ㆍ공사감리자ㆍ공사시공자가 동일하고, 허가일자(2019.8.14.)와 사용승인일(2020.6.12.)도 동일하며, 착공일자만 7일 차이(2020.2.19., 2020.2.26.)가 나는 것으로 확인된다.

(4) 청구인은 분할하여 매도한 우측필지도 중개인에게 매매의뢰를 하였으나, 원활하게 진행되지 않았고, 양수법인에 수차례 요청하던 중 2019.4.1. 양수인이 쟁점②토지를 매수하기로 하였다고 주장하나, 판매처가 없는 잔여필지의 단위 면적당 거래가액은 당초 거래보다 낮아지는 것이 일반적임에도 실제는 2020년 양수인에게 양도한 토지의 단위면적당 거래가액이 더 큰 것으로 확인되어 당초부터 전체 토지에 대한 하나의 거래이나 형식상으로만 별도의 계약을 한 것으로 보인다.

(5) 대금 수취내역을 보면 2019.4.1. 양수인의 쟁점②토지 계약금을 양수법인이 대납하여 준 것으로 확인되고, 계약서상 계약금은 OOO원이나, 실제 대납하여 준 금액은 OOO원으로 OOO원의 차이가 나는 것이 확인되는바, 이는 실제 하나의 거래이기 때문이다.

(6) 쟁점①토지를 2019.9.30. 취득한 양수법인은 취득일과 같은 날 쟁점①토지에 OOO원의 근저당권을 설정하여 OOO으로부터 OOO원을 차입한 후 잔금을 지급하였고, 쟁점②토지를 2020.1.3.1. 취득한 양수인은 취득일과 같은 날 OOO원의 근저당권을 설정하여 OOO으로부터 OOO원을 차입한 후 잔금을 지급하였는바, 어느 때라도 차입금으로 잔금을 지급하여 취득할 수 있는 상태이나 각각의 거래로 보여주기 위하여 잔금일을 분리한 것으로 보인다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 분할한 후 과세기간을 달리하여 양도한 것을 사실상 하나의 거래로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

(2) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율 (3) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략) 제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.

• 다. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 양수법인은 2014.7.1.부터 OOO에서 가구제조업을 영위하는 법인이고, 대표이사는 양수인(AAA)이다.

(2) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료에 따르면 쟁점거래와 관련한 일자별 사건내용은 다음과 같다. <표2> 쟁점거래와 관련한 일자별 사건내용 ㅇㅇㅇ (가) 청구인은 양수법인이 쟁점토지의 1,000평을 매수할 의사를 표시하여 매매협의를 진행하다가 2019.2.1. OOO 건축사사무소를 통해 작성된 지적도면의 좌측부분(쟁점①토지)을 매수하기로 확정하고 청구인에게 계약금 OOO원을 지급하였다며 통장사본과 지적도면을 제출하였고, 통장사본에는 2019.2.1. 양수법인 명의로 OOO원 입금된 것으로 확인된다. <건축사사무소가 작성한 예상 분할 지적도> ㅇㅇㅇ (나) 청구인은 2019.4.1. 양수인이 지적도면 우측부분(쟁점②토지)를 매수하기로 하고 쟁점②토지에 대한 계약금을 OOO원을 지급하였다며 통장사본을 제출하였고, 통장사본에는 양수인이 아닌 양수법인 명의로 OOO원이 입금된 것이 확인된다. (다) 양수법인과 양수인은 2019.4.1. OOO 건축사사무소와 각각 쟁점토지 지상(1부지 3,021㎡, 2부지 1,880㎡)에 공장시설을 신축하는 계약을 체결하였다. <분할전토지 지상 건축물 설계 계약서> ㅇㅇㅇ (라) 청구인은 2019.4.12. 양수법인 및 양수인과 이후 분할될 지번 및 면적을 거래대상으로 한 토지 매매계약을 체결하였는데, 2019.9.30. 양수법인에게 쟁점①토지를 OOO원에 양도하고, 2020.1.31. 양수인에게 쟁점②토지를 OOO원에 양도하는 계약을 체결하였다. <표3> 토지매매계약 체결 내용 ㅇㅇㅇ (마) 양수법인과 양수인은 2019.4.8. OOO에 공장용 건축물의 건축허가 신청서를 제출하였고, 2019.8.14. OOO으로부터 양수법인이 OOO 공장 1부지 3,021㎡에 공장을 신축, 양수인이 OOO 공장 2부지 1,880㎡ 및 OOO 근린생활시설 3부지 400㎡에 공장 및 근린생활시설을 신축하는 것을 허가한다는 내용의 건축허가통지를 받았다. (바) 쟁점토지는 2019.9.2. 위 <표1>과 같이 분할되었다. (사) 청구인이 제출한 통장사본에 따르면 2019.9.30. 양수법인 명의로 쟁점①토지의 잔금 OOO원이 입급되었고, 같은 날 소유권이전등기가 되었으며, 2020.1.31. 양수인 명의로 쟁점②토지의 잔금 OOO원이 입금되었고, 같은 날 소유권이전등기가 된 것으로 확인된다. (아) 쟁점①ㆍ②토지 지상 위 공장건물은 2020.2.26., 2020.2.19. 착공되어 2020.6.12. 사용승인을 받았다. <쟁점①․②토지 항공사진> ㅇㅇㅇ (자) 청구인은 쟁점①ㆍ②토지에 대한 양도소득세를 신고하면서 자경농지에 대한 감면세액 1억원(과세기간별 한도)을 각각 적용하여 2019년ㆍ2020년 귀속 양도소득세를 신고ㆍ납부하였고, 처분청은 쟁점거래가 사실상 하나의 거래를 두개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 과다하게 적용받은 것으로 보아 쟁점토지의 양도가액을 OOO원으로, 최종 잔금청산일을 2020.1.31.로 하고 감면세액 1억원을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다. <표4> 양도소득세 신고 및 경정 내용 ㅇㅇㅇ (차) 이 건 쟁점사항을 제외하고 청구인과 처분청 간에 8년 자경감면 요건 충족여부 및 취득가액 등의 다툼은 없다.

(3) 청구인은 양수법인이 쟁점토지를 분할하여 매수하게 된 경우를 작성한 사실관계확인서를 제출하였다. <양수법인이 작성한 사실관계확인서, 2021.4.26.> ㅇㅇㅇ

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점거래가 계약당사자의 합의에 따라 성립하였고, 각각 매매대금을 수령하고 소유권이전등기를 하였으므로 각각의 소유권이전일이 양도소득세 납세의무 성립일이므로 쟁점거래를 하나의 거래로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점토지는 당초 분필되지 않은 1필지의 토지로, 같은 날(2019.4.12.) 잔금지급일(2019.9.30., 2020.1.31.)만 달리하여 매매계약이 체결되었고, 양도 직전에 분필(2019.9.2.)된 점, 쟁점①토지와 쟁점②토지의 매수인은 양수법인과 양수법인의 대표자로, 청구인이 제시한 계약금 수령내역을 보면 계약일 이전에 양수법인이 쟁점①․②토지에 대한 계약금 OOO원(쟁점①․②토지 총 양도가액 OOO원의 10%)을 각각 OOO원씩 입금하였던 것으로 나타나는 점, 양수법인과 양수인은 쟁점①․②토지가 분할되기 전인 2019.4.1. 건축사사무소와 쟁점토지 위 1부지와 2부지에 공장을 신축하기로 하는 설계계약을 체결하였고, 2019.4.8. OOO에 해당 부지에 공장 및 근린생활시설에 대한 건축허가신청서를 제출하는 등 당초부터 쟁점토지에 공장을 신축할 목적이었던 것으로 보이는바, 쟁점토지를 구분하여 순차적으로 취득할 특별한 사유를 찾기 어려운 점 등에 비추어 청구인이 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 두개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 부당하게 받으려는 목적으로 쟁점토지를 나누어 양도한 것이라고 봄이 타당해 보인다. 따라서 처분청이 쟁점거래를 하나의 거래로 보아 감면한도를 재계산하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한