쟁점거래처들의 청구법인에 대한 매출채권을 대손세액공제 대상으로 보아 해당 대손세액을 매입세액에서 차감하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분의 당부

[주 문] OOO서장이 2022.1.10. 청구법인에게 한 2017년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인(AAA 주식회사)은 1981.4.1.부터 OOO에서 건설업을 영위하던 법인으로, BBB 주식회사 등 18개 업체(이하 “일반거래처”이라 한다)와 CCC 등 2개 업체(이하 “특관자거래처”라 하고, 일반거래처와 합하여 “쟁점거래처들”이라 한다)로부터 재화 등을 공급받았으나, 이에 대한 대가를 지급하지 못하던 중, 2015.3.31. OOO법원으로부터 회생절차개시결정(2015회합17회생)을 받고, 아래 <표1>과 같이 2016.1.20. 회생계획인가결정(이하 “원회생계획”이라 한다)을, 2017.12.20. 변경회생계획인가결정(이하 “변경회생계획”이라 한다)을 받았으며, 출자전환된 주식은 원회생계획 및 변경회생계획을 거쳐 전량 무상소각되었다. <표1> 청구법인의 회생계획인가내역 OOO
• 나. 쟁점거래처들은 청구법인에 대한 매출채권에 대하여 2015년 제2기분은 ‘부도발생일로부터 6개월 이상 경과한 어음상의 채권’을 사유로, 2016년 제1기분은 채무자회생 및 파산에 관한 법률(이하 “채무자회생법”이라 한다)에 따른 회생계획인가의 결정을 사유로 <표2>와 같이 대손세액 합계 OOO원(대상 채권의 장부가액과 출자전환된 주식의 시가와의 차액 관련액)을 부가가치세 매출세액에서 공제해 달라는 경정청구를 제기하여 부가가치세를 환급받았다. <표2> 쟁점거래처들의 대손세액공제 적용금액 OOO
• 다. 처분청은 쟁점거래처들의 관할세무서로부터 쟁점거래처들의 대손세액공제 사실을 통보받고, 대손세액을 청구법인의 매입세액에서 차감하여 2019.11.8. 청구법인에게 2015년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 라. 청구법인은 출자전환주식을 전부 무상소각하지 않는 경우에는 대손요건인 회수불능으로 확정될 수 없다고 하여 OOO법원에 부가가치세 부과처분 취소소송을 제기하였고, OOO청장은 소송사건을 검토 중 쟁점거래처들 중 OOO 외 3개 법인에 대한 과세기간이 출자전환된 주식에 대한 일부감자가 있었던 2016년 제1기 부가가치세 과세기간이 아닌, 전부감자가 있었던 변경회생계획일이 속한 2017년 제2기 부가가치세 과세기간으로 경정할 것을 처분청에 요청하였으며, 이에 따라 처분청은 2016년 제1기 부가가치세 일부인 OOO원을 취소하고, 2022.1.10. 청구법인에게 2017년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2022.3.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 이 건 처분의 근거가 된 쟁점거래처들에 대한 2017년 제2기 부가가치세 환급결정의 적법성에 대한 입증이 없다면 이 건 처분은 위법하다고 할 수 있고, 선행처분의 적법성에 대한 입증은 처분청이 하여야 한다.

(2) 처분청은 2017년 제2기 대손세액공제와 관련하여 쟁점거래처들의 감액경정일자 및 금액, 채권별 채권금액․부가가치세 금액․채권발생시기를 입증하는 자료를 제시하여야 함에도 불구하고 이를 제시하지 않았으므로 이 건 처분은 위법하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 처분청이 출자전환된 주식의 전부를 감자하는 것을 내용으로 하는 변경회생계획인가일(2017.12.20.)이 속한 2017년 제2기로 과세기간을 변경하여 청구법인에게 부가가치세를 고지한 이 건 처분은 과세근거가 되는 채권별 채권금액, 채권발생 시기를 입증할 서류 등이 소송자료로 이미 제출되어 있는 상황이다.

(2) 처분청은 당초 기획재정부와 국세청의 예규, 조세심판원 결정례(기획재정부 부가가치세과-153, 2015.2.16., 서면2015부가-260, 2015.6.28., 조심 2019구1824, 2019.6.20.)에 따라 채무의 출자전환 후 일부감자를 내용으로 하는 원회생계획일(2016.1.20.)이 속하는 2016년 제1기를 쟁점거래처들의 대손확정귀속시기로 보아 부가가치세를 고지하였으나, 이후 대법원 판례(대법원 2018.6.28. 선고 2017두68295 판결, 대법원 2019.5.10. 선고 2019두31853 판결)에 따라 변경회생계획일(2017.12.20.)이 속하는 2017년 제2기로 과세기간을 변경하여 이 건 부가치세를 고지하였고, 쟁점거래처들이 이미 공제받은 과세기간 변경 처분은 국세의 부과제척기간이 도과하여 의미가 없어 생략하였을 뿐이며, 청구법인은 쟁점거래처들이 발급한 세금계산서에 대하여 실제로 부담하지 않은 매입세액을 공제받았고, 쟁점거래처들은 청구법인에 대한 회수불능채권으로 대손세액이 확정된 사실에 변동이 없는 한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점거래처들의 청구법인에 대한 매출채권을 대손세액공제대상으로 보아 해당 대손세액을 매입세액에서 차감하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제45조(대손세액의 공제특례) ① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 계산식에 따라 계산한 금액(이하 “대손세액”이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 “대손금액”이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정(更正)하여야 한다.

④ 제3항에 따라 매입세액에서 대손세액에 해당하는 금액을 뺀(관할 세무서장이 결정 또는 경정한 경우를 포함한다) 해당 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액에 해당하는 금액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 더한다. (2) 부가가치세법 시행령 제62조(시가의 기준) 법 제29조 제3항 및 제4항에 따른 시가(時價)는 다음 각 호의 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

3. 제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격 제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 “파산ㆍ강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유”란 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금(貸損金)으로 인정되는 사유를 말한다.

② 법 제45조에 따른 대손세액 공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 제1항의 사유로 확정되는 대손세액(법 제57조에 따른 결정 또는 경정으로 증가된 과세표준에 대하여 부가가치세액을 납부한 경우 해당 대손세액을 포함한다)으로 한다.

③ 법 제45조 제1항 본문에 따라 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할 세무서장은 대손세액 공제사실을 공급받는 자의 관할 세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제45조 제3항 본문에 따라 공급받은 자가 관련 대손세액에 해당하는 금액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 같은 항 단서에 따라 결정하거나 경정하여야 한다. (3) 법인세법 제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액[이하 “대손금”(貸損金)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. (4) 법인세법 시행령 제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

5. 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권

9. 부도발생일부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한정한다). 다만, 해당 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우는 제외한다. 제72조(자산의 취득가액 등) ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

4. 현물출자에 따라 출자법인이 취득한 주식등의 경우 다음 각 목의 구분에 따른 금액 4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등: 취득 당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.

(5) 상법 제423조(주주가 되는 시기, 납입해태의 효과) ① 신주의 인수인은 납입 또는 현물출자의 이행을 한 때에는 납입기일의 다음날로부터 주주의 권리의무가 있다. 이 경우 제350조 제3항 후단의 규정을 준용한다.

② 신주의 인수인이 납입기일에 납입 또는 현물출자의 이행을 하지 아니한 때에는 그 권리를 잃는다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 2016.1.20. 채무자회생법에 따라 OOO법원으로부터 회생계획인가결정(2015회합17회생)을 받았고, 추후 회생계획안은 2017.12.20. 변경인가결정되었으며, 2018.1.31. 회생절차가 종결되었다. (가) 2016.1.20. 인가받은 회생계획안의 주요내용은 다음과 같고, 일반 상거래 채권이 출자전환된 주식은 액면가 OOO원에 6:1로 주식병합을 하고, 특수관계자 채권이 출자전환된 주식은 전량 무상소각하기로 하였다. OOO (나) 2017.12.20.자 변경회생계획안의 주요내용은 다음과 같고, 본 변경회생계획안 인가결정전에 발행한 보통주 802,797주, 원회생계획안 및 본변경회생계획안에 따라 발행되는 보통주는 모두 무상소각하기로 하였다. OOO

(2) 처분청이 청구법인에 대하여 2016년 제1기에서 2017년 제2기로 부가가치세 과세기간을 변경한 경정내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 부가가치세 과세기간 변경 내역 OOO

(3) 청구법인과 처분청은 현재 2015년 제2기∼2016년 제1기 부가가치세의 매입세액 공제와 관련하여 조세심판원을 거쳐(조심 2020인789, 2021.4.22.) OOO법원에 소송이 계류중인 것으로 나타나고 우리 원의 관련 결정내용은 다음과 같다. OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 부가가치세법 제45조 제1항 및 제3항, 같은 법 시행령 제87조 제1항에 따르면 재화 등을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 매입세액으로 공제받은 경우로서, 재화 등을 공급하는 자가 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 등을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 빼도록 하고 있다. (나) 처분청은 쟁점거래처들이 청구법인에 대한 매출채권에 대하여 회수불능채권으로 대손세액 공제를 받았으므로 청구법인에 대하여 2017년 제2기 부가가치세를 부과한 처분이 정당하다는 의견이나, 쟁점거래처들은 2016년 제1기분 부가가치세에 대하여 대손세액을 부가가치세 매출세액에서 공제받아 환급받았고, 이에 대하여 처분청이 청구법인에게 해당 매입세액을 불공제하여 2016년 제1기분 부가가치세를 부과한 처분에 대하여 우리 원은 달리 잘못이 없다고 결정 (조심 2020인789, 2021.4.22.)하여 관련 대손세액이 2016년 제1기분에 해당하는 것으로 본 반면, 이에 대하여 제기한 불복소송에서도 해당 결정이 위법하다고 판결로 확정되지 아니하였음에도 처분청이 직권으로 2016년 제1기분 부가가치세를 취소하고 2017년 제2기분 부가가치세를 고지한 처분에 대하여 우리 원이 달리 볼 근거가 없어 보이는 점, 원회생계획에서 ‘ 채무의 권리변경에 따라 회생채권자가 주금을 신규로 납입하지 아니하고, 채권액을 출자로 전환하는 경우 신주를 발행하고 신주발행의 효력일에 변제로 갈음한다’ 고 하였고, 매출채권과 관련된 회생채권이 출자전환된 주식으로 회수되는 경우 대손세액과 관련된 주식의 취득가액은 회생채권의 장부가액으로 보기보다는 출자전환된 시점에서 취득한 시가로 보는 것이 타당(조심 2012서1842, 2013.9.11., 조세심판관합동회의)한 점 등에 비추어 쟁점거래처들에 대한 대손이 2017년 제2기 부가가치세 과세기간에 회수불능으로 확정되었다고 보기 어렵다고 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인의 2017년 제2기분 매입세액에서 쟁점거래처들의 2016년 제1기분 대손세액 상당액을 차감하여 청구법인에게 2017년 제2기 부가가치세를 경정․고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기 본 법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한