쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 그 양도소득에 대하여 추가로 법인세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2015.3.11. 설립되어 OOO료 관련 제조업을 영위하는 법인으로, 2015.4.15. OOO(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 같은 리 775-12 잡종지 657㎡(이하 “인근토지”라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점토지 등”이라 한다) 등을 취득하고, 2019.6.21. 이를 양도한 후, 쟁점토지 등을 법인세법 시행령제92조의8에서 규정한 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지로 보아, 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 추가로 신고․납부하지 않았다.
• 나. 처분청은 쟁점토지 등이 폐기물처리업에 사용되지 아니하여 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아, 2021.7.20. 청구법인에게 토지 등 양도소득에 대한 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이 중 쟁점토지 관련 부과처분에 대해서만 불복하여 2022.3.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 2017년부터 매출액 급감으로 발생한 경영상 어려움을 해소하기 위해 청구법인이 소유한 OOO 토지를 매각하고자 하였고, 매수자와 협의에 따라 같은 리 775 토지(이하 “모번지 토지”라 한다)를 분할하여 쟁점토지를 매각하였으며, 매각대금은 차입금의 상환 등에 사용하였다. (2) 폐기물관리법에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지는 추가 법인세 납부의무가 있는 비사업용 토지에서 제외되는데OOO, 청구법인은 폐기물관리법에 따라 OOO군청으로부터 폐기물 중간재활용업을 허가받고 모번지 토지에서 사업을 영위하였다. (3) 청구법인은 OOO를 OOO로부터 매입하여 건조공정 등을 거쳐 OOO 원료로 거래처에 판매하여 왔는데, 모번지 토지는 위 과정에서 직접 사용되었다. 청구법인은 모번지 토지를 OOO를 1차 건조하고 자갈위에서 말리는 용도로 주로 사용하였고, 큰 화물차의 상하차․일시적인 주차 등에 사용하였다. 처분청은 모번지 토지에 소재한 건물의 면적이 903.45㎡이므로 설령 그 사용을 인정하더라도 전체 사용비율이 2.29%에 불과하다는 의견이나, OOO군청의 자연건조시설 설치 요청에 따라 설치된 구축물 바닥의 면적 등을 포함할 경우 분할 전 모번지 토지를 기준으로 21% 가량을 사용하였다. (4) 이처럼 청구법인은 분할 전 모번지 토지를 폐기물처리업에 사용한 바, 양수자와 협의에 따라 양도 직전에 분할 된 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 한 이 건 처분은 위법하다. (5) 처분청은 양도된 쟁점토지의 직접 사용여부를 입증하라고 하나, 분할 전 모번지 토지의 면적이 38,740㎡임에도 그 사용여부를 개별적으로 입증하라는 것은 무리한 요구이다. 동일 지번 내에서 매출이 발생하였으면 이를 직접 사용한 것으로 보는 것이 합리적이라 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서는 토지의 이용상황, 관계법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지를 추가 법인세 납부의무가 있는 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있다. (2) 청구법인이 제출한 폐기물처리시설 설치신고필증상 폐기물처리시설 설치신고 조건을 보면 ① 처리시설(건조장 및 보관시설)의 바닥포장(시멘트․아스팔트 등 물이 스며들지 아니하는 재료), ② 집수조 설치, ③ 자연식의 건조시설의 경우 우천시 빗물의 유입을 방지하기 위한 덮개 등 설치, ④ 사업장(건조장)부지 경계 표시 및 주변에 휀스(그물막)등 설치를 요구하고 있는데, 쟁점토지에는 위 조건에서 요구하는 바닥포장 및 덮개, 휀스(그물막) 등이 설치되어 있지 않다. (3) 청구법인이 제출한 OOO를 건조하기 위한 구축물은 쟁점토지가 아닌 분할 후 모번지 토지에 소재하는 것으로 확인되고, 쟁점토지에는 청구법인의 보유기간 동안 어떠한 건물 또는 구축물이 존재하지 않은 것으로 확인된다. (4) 청구법인이 쟁점토지를 사업용 토지라고 주장하며 제출한 사진은 모두 분할 후에도 모번지 토지에 위치하고 있는데, 쟁점토지는 이와 명확히 그 경계를 구분할 수 있고, 쟁점토지에는 폐기물처리시설 설치신고 조건에서 요구하는 바닥포장 및 덮개, 휀스(그물막) 등이 설치되어 있지 않으며, 쟁점토지 보유기간 중의 제품매입액과 분할 전 모번지 토지의 면적을 고려하면, OOO의 건조는 건조를 위하여 필요한 물적 시설물이 있는 분할 후의 모번지 토지에서 이루어진 것으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어, 결국 쟁점토지 등을 비사업용 토지로 보아 추가 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 그 양도소득에 대하여 추가로 법인세를 부과한 처분의 당부

(1) 법인세법(2020.8.18. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것) 제55조의2 [토지등 양도소득에 대한 과세특례] ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액

② 제1항 제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 법인세법 시행령(2021.1.5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것) 제92조의8 [사업에 사용되는 그 밖의 토지의 범위] ①법 제55조의2 제2항 제4호 다목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

9. 폐기물관리법에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지

13. 그 밖에 제1호 내지 제12호와 유사한 토지로서 토지의 이용상황 및 관계법령의 이행여부 등을 감안하여 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 토지로서 기획재정부령이 정하는 토지 (3) 폐기물관리법 제25조 [폐기물처리업] ⑤ 폐기물처리업의 업종 구분과 영업 내용은 다음과 같다.

5. 폐기물 중간재활용업: 폐기물 재활용시설을 갖추고 중간가공 폐기물을 만드는 영업

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 부동산 등기사항전부증명서, 토지대장, 부동산매매계약서, 지적도, 2019사업연도 법인세 경정결의서 등의 이 건 심리자료에 따르면, 다음의 사실 등이 나타난다. (가) 청구법인은 2015.3.13. OOO종중으로부터 아래 OOO과 같이 분할 전 모번지 토지를 포함하여 부동산OOO을 OOO원에 취득하였고, 2019.5.8. 모번지 토지에서 쟁점토지를 분할한 후, 2019.5.27. 농업회사법인 AAA(주)에게 쟁점토지 등을 OOO원에 양도하였다. (나) OOO군수가 2001.9.24. 수리한 모번지 토지에의 폐기물처리시설 설치신고의 주요조건은 아래 OOO와 같고, 청구법인은 2013.6.26. 모번지 토지에 소재한 폐기물처리시설에 대해 폐기물중간재활용업 허가를 받은 것으로 나타난다. (다) 한편, 청구법인 및 처분청이 제출한 사진자료에 따르면, 분할 전․후 모번지 토지에는 단층 건물 2개 동(183.6㎡, 719.85㎡)과 OOO를 자연건조하기 위한 구축물 등이 존재하며, 쟁점토지에는 잡석이 깔려있는 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 법인세 신고내용상 OOO 재활용과 관련된 2015∼2019사업연도 매출․매입 현황은 아래 OOO과 같다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 폐기물관리법에 따라 허가를 받아 폐기물처리업을 영위하는 법인이 당해 사업에 사용하는 토지는 추가 법인세 납부의무가 있는 비사업용 토지에서 제외되는 것이나OOO, 쟁점토지는 분할되기 전․후로 모번지 토지와 그 경계가 비교적 명확하게 구분되는 것으로 보이는데, 청구법인이 OOO 건조에 사용하는 건물 및 구축물은 분할 전․후로 모두 모번지 토지에 소재하는 것으로 나타나고, 쟁점토지에는 폐기물처리시설 설치신고 조건에서 요구하는 바닥포장, 덮개 및 휀스(그물막) 등이 설치되어 있지 않은 점 및 달리 청구법인이 쟁점토지 등을 폐기물처리업에 사용한 것으로 나타나는 객관적인 증빙자료가 확인되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점토지 등은 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보이고, 따라서 처분청이 이를 전제로 쟁점토지 등의 양도소득에 대한 추가 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.